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# 共线性
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## 数据
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- 修订id后的gff3,暂时在用户上传的input文件夹里Ft_final.gff3；
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- 物种蛋白文件Ft.pep.fasta，在上传的input里；
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## diomand比对
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- 构建diamond数据库
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(1)构建数据库：
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diamond makedb --in Ft.pep.fasta --db Ft.pep.fasta
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(2)使用diamond blastp进行比对，Ft.blast这个命名方式需以blast结尾，Ft.blast这个命名方式需以blast结尾, --max-target-seqs 5保持5 1e-10或者5；
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diamond blastp --query Ft.pep.fasta --db Ft.pep.fasta --out Ft.blast --outfmt 6 --max-target-seqs 5 --evalue 1e-10
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- 用blastp构建数据库
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(1)构建数据库
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makeblastdb -in Ft.pep.fasta -dbtype prot -out Ft.pep.fasta
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(2)比对
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blastp -query Ft.pep.fasta -db Ft.pep.fasta -outfmt 6 -out Ft.blast -num_threads 10 -num_alignments 5 -evalue 1e-10
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## 过滤gff3文件,染色体、基因、起始、终止
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- awk -F ";"以分号为分割符,保存文件名必须与blast的文件名输出一致"Ft";
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awk '$3=="mRNA"' Ft_final.gff3 | awk -F ";" '{print $1}'|awk '{print $1"\t"$9"\t"$4"\t"$5}'|sed 's/ID=//' > Ft.gff
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## 种内基因复制模式分析,复制基因分类,只需要Ft前缀,会自动查找blast和gff
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- 分析
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duplicate_gene_classifier ./Ft > Ft.dup_class.log
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- 统计
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(1)cat Ft.dup_class.log
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(2)less Ft.gene_type |cut -f 2| sort | uniq -c
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## 种内共线性分析ll
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MCScanX ./Ft
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## 种内共线性分圈图
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- 数据
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(1)Ft.genome.fasta
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(2)Ft.SPL.geneID
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(3)共线性分析"MCScanX ./Ft"的结果Ft.collinearity
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(4)过滤gff3文件“染色体 基因id 起始 终止”Ft.gff
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(5)绘图配置文件ideogram.conf、circos.conf、ticks.conf
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- 计算染色体长度
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seqkit fx2tab -l -n -i Ft.genome.fasta |grep "^Ft" |awk '{print $1"\t"$2}' > genome.len
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- 生成染色体文件，即核型信息文件，共7列
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awk '{print "chr\t-\t"$1"\t"$1"\t0\t"$2"\tchr"NR}' genome.len > Ft.karyotype.circos.txt
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- 生成ciscos作图数据文件
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perl scripts/get_mcscanx_circos.pl Ft.gff Ft.collinearity Ft.SPL.geneID Ft.SPL.circos
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- 绘图
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circos
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## 微共线图：microsynteny绘图，微供线性。展示部分， 超过10条就不好展示
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- 数据
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(1)Ft.collinearity
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(2)Ft_final.gff3
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- 绘图
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(1)选取需要图示的共线性块信息,生成文件为2列，为块内共线性基因对
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awk '$1 ~ /^0-/' Ft.collinearity | awk -F "\t" '{print $2"\t"$3}'|head -n 10 > blocks
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(2)准备好基因位置信息及方向文件
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awk '$3=="mRNA"' Ft_final.gff3 | awk -F ";" '{print $1}'|awk '{print $1"\t"$4"\t"$5"\t"$9"\t.\t"$7}'|sed 's/ID=//' > Ft.bed
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(3)绘制微共线性图:--shadestyle=line线性;--genelabelsize 6 （4-5-6都行）
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conda activate bgpy310
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- 编辑绘图配置文件（需要学习这个）
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vim blocks.layout
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- 绘制1：默认
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python -m jcvi.graphics.synteny blocks Ft.bed blocks.layout --shadestyle=line --glyphstyle=arrow --genelabelsize 6
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- 绘制2：制定微共线性图的线条颜色
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(1)vim blocks g*FtPinG0003151100.01.T01 FtPinG0005492300.01.T01
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(2)python -m jcvi.graphics.synteny blocks Ft.bed blocks.layout --shadestyle=line --glyphstyle=arrow --genelabelsize 6
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