62 lines
2.0 KiB
Python
62 lines
2.0 KiB
Python
|
"""
|
||
|
|
Testing PyQt Fab & Builder
|
||
|
|
"""
|
||
|
|
from pymol import cmd, testing
|
||
|
|
|
||
|
|
@testing.requires_version('2.3')
|
||
|
|
class TestNucBuilder(testing.PyMOLTestCase):
|
||
|
|
def testCanInit(self):
|
||
|
|
self.assertEqual(cmd.fnab("A"), None)
|
||
|
|
|
||
|
|
def testSingleDNAFASTA(self):
|
||
|
|
dna = "ATGC"
|
||
|
|
cmd.fnab(input=dna, mode="DNA", form="B", dbl_helix=-1)
|
||
|
|
fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
|
||
|
|
self.assertEqual(dna, fasta_str[1])
|
||
|
|
|
||
|
|
def testSingleRNAFASTA(self):
|
||
|
|
rna = "AUGC"
|
||
|
|
cmd.fnab(input=rna, mode="RNA")
|
||
|
|
fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
|
||
|
|
self.assertEqual(rna, fasta_str[1])
|
||
|
|
|
||
|
|
def testDoubleDNAFASTA(self):
|
||
|
|
dna = "ATCCCCG"
|
||
|
|
revcomp = "CGGGGAT"
|
||
|
|
cmd.fnab(input=dna, dbl_helix=1)
|
||
|
|
fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
|
||
|
|
fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
|
||
|
|
sense_strand = fasta_raw[0]
|
||
|
|
antisense_strand = fasta_raw[1]
|
||
|
|
self.assertEqual(dna, sense_strand)
|
||
|
|
self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)
|
||
|
|
cmd.delete('all')
|
||
|
|
cmd.fnab(input=dna)
|
||
|
|
fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
|
||
|
|
fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
|
||
|
|
sense_strand = fasta_raw[0]
|
||
|
|
antisense_strand = fasta_raw[1]
|
||
|
|
self.assertEqual(dna, sense_strand)
|
||
|
|
self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)
|
||
|
|
|
||
|
|
def testDoubleRNAFASTA(self):
|
||
|
|
rna = "AUUUUUUUCG"
|
||
|
|
cmd.fnab(input=rna, mode="RNA", form="B", dbl_helix=1)
|
||
|
|
|
||
|
|
fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
|
||
|
|
self.assertEqual(len(fasta_str), 2)
|
||
|
|
sense_strand = fasta_str[1]
|
||
|
|
self.assertEqual(rna, sense_strand)
|
||
|
|
|
||
|
|
def testMixedCase(self):
|
||
|
|
dna = "AtG"
|
||
|
|
revcomp = "CAT"
|
||
|
|
cmd.fnab(input=dna)
|
||
|
|
|
||
|
|
fasta_str = cmd.get_fastastr().splitlines()
|
||
|
|
fasta_raw = (fasta_str[1], fasta_str[3])
|
||
|
|
sense_strand = fasta_raw[0]
|
||
|
|
antisense_strand = fasta_raw[1]
|
||
|
|
self.assertEqual(dna.upper(), sense_strand)
|
||
|
|
self.assertEqual(revcomp, antisense_strand)
|