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553 B
Bash
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553 B
Bash
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## 搜索pfam结构域
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hmmsearch --cut_tc --domtblout SPL_dom.domtblout -o SPL_dom.hmmout SBP.hmm Ft.pep.fasta
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## 提取结果结构域在序列上位置信息生成bed文件
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awk ' $1 !~ /^#/ && $7 < 1e-10 {print $1"\t"$18-1"\t"$19}' SPL_dom.domtblout > SPL_dom.bed
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## 提取结构域区域对应序列
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seqtk subseq Ft.pep.fasta SPL_dom.bed > SPL_dom.fasta
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## 使用muscle进行多序列比对
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muscle -in SPL_dom.fasta -out SPL_dom.aln.fasta
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## 重新构建结构域hmm模型
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hmmbuild SPL_dom.rebuild.hmm SPL_dom.aln.fasta
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