+
+
+ 📋 当前阶段: {{ getStageLabel(confirmParams.stage) }}
+
+
+ 进度: {{ stageConfirmCurrent }} / {{ stageConfirmTotal }}
+
+
+
+
+
+
{{ t('基本参数') }}
+
+
+
{{ isGwasStage(confirmParams.stage) ? '物种简称（用于结果前缀）' : '输出标签 / Prefix' }}
+
+
+ {{ outputLabelAutoMessage(confirmParams.stage) }}
+
+
+
+ 本阶段 CPU 线程数
+
+
+
+ {{ t('样本并行数量') }}
+
+ {{ t('同时处理的样本数') }}
+
+
+
+
+
+
GWAS 输入 VCF
+
+
+
+
+
+
+ 检测到多个有效 VCF，请选择
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Java Xmx
+
+
+
+
+ {{ t('不受支持标记处理策略') }}
+
+
+
+
+ mask 会排除 TASSEL/HapMap 无法无损表示的标记；输出仅保留可严格复现的标记子集。
+
+
+
+
+
+
+
{{ t('群体遗传输入') }}
+
+
+ 11 样本 VCF（必填）
+
+
+
+ 样本分组表（PCA/LD 可选）
+
+
+
+
+
K 最小值
+
K 最大值
+
指定 GWAS K（0=仅报告最佳 K）
+
+
+
+ {{ t('染色体策略') }}
+
+
+
+
+
+
+
+ 染色体（逗号分隔）
+
+
+
+
+
+
+
+
PPI/KaKs 参考数据处理
+
+
+
+
+
+
+
{{ t('目标物种') }}
+
{{ confirmParams.ppiKaksTargetSpecies || '未识别' }}
+
+
+
{{ t('涉及阶段') }}
+
{{ (confirmParams.ppiKaksRequestedStages || []).map(getStageLabel).join('、') || 'PPI/KaKs' }}
+
+
+
{{ t('当前参考物种') }}
+
{{ confirmParams.ppiKaksCurrentReferenceSpecies || '未选择' }}
+
+
+
Ortholog 映射
+
{{ confirmParams.ppiKaksOrthologMapping ? '已检测到' : '未生成' }}
+
+
+
+
+
推荐近源/同源参考物种
+
+
+
+ {{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationName || confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationText }}
+ {{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationCode }}
+ STRING taxon {{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationTaxon }}
+
+
{{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationMeta || '来自 STRING 物种列表的近源参考推荐' }}
+
+
未找到可直接下载的 STRING 近源参考物种。
+
+
+
+
+
{{ t('数据需求') }}
+
+
+ 需要：
+ {{ item }}
+ pep
+
+
+ 当前缺失：
+ {{ item }}
+ {{ t('无') }}
+
+
+
+
+
+
{{ t('处理方式') }}
+
+
+ 下载/补齐推荐参考数据后继续
+ 直接使用项目参考物种 {{ confirmParams.ppiKaksProjectReferenceSpecies }}
+ 本次先跳过 PPI/KaKs
+
+ 系统会先准备参考 PEP/CDS，再由 Ortholog 生成映射，之后执行 PPI/KaKs。
+
+
+
+
+
+
+
PPI/KaKs 下载失败兜底确认
+
+
+
+
+
{{ t('原推荐参考') }}
+
+
+
+ {{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationName || confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationText }}
+ {{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationCode }}
+
+
{{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationMeta || '下载未完成，不能直接用于本次 PPI/KaKs。' }}
+
+
未记录推荐参考物种。
+
+
+
+
{{ t('下一步') }}
+
+
+ {{ t('使用拟南芥作为显式兜底') }}
+ 本次先跳过 PPI/KaKs
+
+ 拟南芥只会写入 Ortholog/PPI/KaKs 专用参考参数，不会把全流程其它分析阶段改成 At。
+
+
+
+
+
+
+
RNA-seq 分析链路确认
+
+
统计链：HISAT2 BAM -> featureCounts raw fragment counts -> DESeq2 -> DE genes -> GO/KEGG/FGSEA/WGCNA/candidate。
+
展示链：Salmon/tximport TPM 只在 bridge QC 通过后进入 expression plots；tximport counts_from_abundance 不作为默认 DESeq2 输入。
+
样本配置：{{ confirmParams.rnaseqSampleConfig || '自动使用 input/final 中的 samples.yaml' }}
+
+
+
+
+
RNA-seq QC 工具参数
+
+
+ QC 工具
+
+
+
+
+
+
+ fastp 可执行文件
+
+ 留空时使用 FASTP_BIN 或 PATH
+
+
+
+ 自动检测 PE adapter
+
+
+
+ cut front
+
+
+
+ cut tail
+
+
+
+ window size
+
+
+
+ mean quality
+
+
+
+ qualified phred
+
+
+
+ unqualified %
+
+
+
+ N base limit
+
+
+
+ length required
+
+
+
+
+
+
+
+
RNA-seq Align 参数
+
+
+ Known splice site 来源
+
+
+
+
+
+
+
+
+ splice site / 注释路径
+
+
+
+
+
+
+
RNA-seq 定量参数
+
+
+ {{ t('定量模式') }}
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('丰度引擎') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Salmon libType
+
+
+
+ tximport counts
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Transcriptome FASTA
+
+
+
+ tx2gene TSV
+
+
+
+ Kallisto bias
+
+
+
+
+ featureCounts raw fragment counts 是后续 DESeq2 的默认证据；Salmon/tximport TPM 用于表达展示，只有样本名和 gene ID overlap 检查通过后才会给 expression plots 使用。
+
+
+
+
+
RNA-seq 差异分析参数
+
+
+ padj 阈值
+
+
+
+ |log2FC| 阈值
+
+
+
+ {{ t('实验设计模块') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 设计审查：{{ confirmParams.rnaseqDesignReview.module }} - {{ confirmParams.rnaseqDesignReview.module_name }}；{{ confirmParams.rnaseqDesignReview.design_formula }}
+ 批次：{{ confirmParams.rnaseqDesignReview.batch.display }}
+ • {{ item.display }}
+ • {{ confirmParams.rnaseqDesignReview.interaction.display }}（LRT + Wald）
+
+
{{ confirmParams.rnaseqDesignReview.error }}
+
+
+ DESeq2 默认输入为 featureCounts raw fragment counts；padj 与 |log2FC| 只影响显著 DE gene 筛选，不改变原始 count matrix。
+
+
+
+
+
RNA-seq 富集高级参数
+
+
+ pvalue cutoff
+
+
+
+ qvalue cutoff
+
+
+
+ {{ t('背景来源') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+ top pathways
+
+
+
+ OrgDb species
+
+
+
+ keyType
+
+
+
+ GO OBO
+
+
+
+ KEGG level
+
+
+
+
+
+
+ KEGG filter
+
+
+
+
+
+
+ Highlight mode
+
+
+
+
+
+
+
+ KEGG organism
+
+
+
+ Plot type
+
+
+
+
+
+
+ 禁用 KEGG 网络
+
+
+
+ 跳过 pathview
+
+
+
+
+
+
+
RNA-seq FGSEA 参数
+
+
+ comparison
+
+
+
+ min size
+
+
+
+ max size
+
+
+
+ permutations
+
+
+
+ seed
+
+
+
+ KEGG organism
+
+
+
+
+ FGSEA 使用 DESeq2 统计量排序，并使用 gene2ko/KEGG gene set；comparison 留空时自动选择可用比较。
+
+
+
+
+
RNA-seq WGCNA 参数
+
+
+ {{ t('表达矩阵') }}
+
+
+
+ count matrix
+
+
+
+ sample table
+
+
+
+ min mean
+
+
+
+ max genes
+
+
+
+ min module size
+
+
+
+ merge cut height
+
+
+
+ powers
+
+
+
+
+
+
+
RNA-seq Candidate 参数
+
+
+ max DE proteins
+
+
+
+ InterProScan
+
+
+
+
+
+
+
+ InterProScan applications
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ InterProScan 需要本机可执行文件和 Java 环境；auto 模式只在缺少可用功能注释且环境可用时运行。
+
+
+
+
+
{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}
+
+
+
Family
+
{{ confirmParams.geneFamily || '未设置' }}
+
+
+
Scope
+
{{ scopeModeLabel(confirmParams.scopeMode) }}
+
+
+
{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '将鉴定物种' : 'target 目标物种' }}
+
{{ listText(confirmParams.stage === 'identify' ? identifyExecutionSpecies(confirmParams) : confirmParams.targetSpecies) }}
+
+
+
reference 参考物种
+
{{ listText(confirmParams.referenceSpecies, '无') }}
+
+
+
{{ t('后续主参考物种') }}
+
{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, '未设置') }}
+
+
+
+ Identify 只负责成员鉴定；这里显示的是本阶段执行集合，不改变 config 中 target / comparative / reference 的数据角色。
+ Identify BLAST参考：{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies, '未设置') }}。
+ 后续主参考：{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, '未设置') }}。
+
+
+
+ {{ t('仅目标') }}
+ 目标+参考
+ 目标+比较
+ {{ t('全部') }}
+
+
+
+
+ Family
+
+
+
+
+
+ {{ t('主参考') }}
+
+
+
+ BLAST参考
+
+
+
+
target 目标物种
+
+ {{ sp }}
+
+
+
+
reference 参考物种
+
+ {{ sp }}
+
+
+
+
comparative 比较物种
+
+ {{ sp }}
+
+
+
+
+
+
{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}
+
+
+
Family
+
{{ confirmParams.geneFamily || "未设置" }}
+
+
+
Scope
+
{{ scopeModeLabel(confirmParams.scopeMode) }}
+
+
+
{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '将鉴定物种' : 'target 目标物种' }}
+
{{ listText(confirmParams.stage === 'identify' ? identifyExecutionSpecies(confirmParams) : confirmParams.targetSpecies) }}
+
+
+
reference 参考物种
+
{{ listText(confirmParams.referenceSpecies, "无") }}
+
+
+
{{ t('后续主参考物种') }}
+
{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, "未设置") }}
+
+
+
Identify BLAST参考
+
{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies, "未设置") }}
+
+
+
comparative 比较物种
+
{{ listText(confirmParams.comparativeSpecies, "无") }}
+
+
+
+ Identify 只负责成员鉴定；这里显示的是本阶段执行集合，不改变 config 中 target / comparative / reference 的数据角色。
+ Identify BLAST参考：{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies, "未设置") }}。
+ 后续主参考：{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, "未设置") }}。
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Identify 参数
+
+
{{ t('本次成员鉴定物种') }}
+
+
目标物种（默认勾选）
+
+
+ {{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）
+
+
+
+
+
比较物种（按需勾选）
+
+
+ {{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）
+
+
+
+
+
参考物种（仅参考，不参与目标鉴定）
+
+ {{ item.species }}
+
+
+
+ 当前鉴定：{{ listText(identifyExecutionSpecies(confirmParams)) }}
+
+
+
+
+
+ hmmsearch domain i-Evalue
+
+
+
+
+ HMM Coverage 0-1
+
+
+
+
+
+
+ Blast E-value
+
+
+
+
+ Blast Identity %
+
+
+
+
+
+
+ Required Pfams
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Identify 需要 HMM 文件或 Required Pfams 二选一。WOX 家族常见为 PF07507；也可在 config.xlsx 的 Analysis.Required_Pfams 预先填写。
+
+
+
+
+
Phylogeny 参数
+
+
+
+ MAFFT
+
+
+
+
+
+
+ IQ-TREE
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Motif 参数
+
+
+
+ Motif数量
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('最小宽度') }}
+
+
+
+
+ {{ t('最大宽度') }}
+
+
+
+
+
+
+
Domain 参数
+
+
+
+ hmmscan E-value
+
+
+
+
+ Coverage %
+
+
+
+
+
+
+
TFBS 参数
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('基因家族 promoter 扫描') }}
+ 同时跑全注释基因 promoter 背景
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('扫描双链') }}
+
+
+
+
+
{{ t('亚家族确认参数') }}
+
+
+
+ {{ t('参考分类') }}
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('目标前缀') }}
+
+
+
+
+ {{ t('参考前缀') }}
+
+
+
+
+
+ 覆盖 final/{{ confirmParams.prefix || 'prefix' }}.geneID.subfamily 兼容文件
+
+
+
+
+
+
{{ t('种间共线性比较物种') }}
+
正在从 config.xlsx 加载物种列表...
+
+
+ 选择 target 侧与 ref 侧比较物种；默认勾选 config 中全部 ref-side 物种。
+
+
+
Target species
+
+ {{ sp }}
+
+
未找到 target 物种
+
+
+
Reference / comparative species
+
+ {{ sp }}
+
+
未找到 reference 物种
+
+
+
BLAST 引擎
+
+ {{ engine.label }}
+
+
+ diamond 为默认快速引擎；blastp 使用 NCBI BLAST+。两者均输出 MCScanX 所需的 outfmt 6。
+
+
+
+
{{ t('绘图模式') }}
+
+ {{ mode.label }}
+
+
+
+
{{ t('当前选择') }}：targets {{ listText(confirmParams.targetSpecies) }}；ref-side {{ listText(confirmParams.refSpeciesList) }}；BLAST 引擎 {{ confirmParams.blastEngine || 'diamond' }}；绘图模式 {{ confirmParams.interspeciesPlotMode || 'both' }}。
+
+
+
+
+
+
+
PPI 参数
+
+
+
+ {{ t('参考物种') }}
+
+
+
+
+ Score阈值
+
+
+
+
+ 💡 Gene IDs are read from final/{{ (confirmParams.prefix || '').trim() || 'At' }}.final_members.id
+
+
+
+
+
+
KaKs 参数
+
+
+
+ {{ t('中性速率') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)
+
+
+
+ GEO编号
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
📊 表达量数据来源（Select一种）：
+
+
✅ 方式1：直接上传 - 上传表达量矩阵(*.fpkm.txt/*.tpm.txt)+基因ID+sample.txt到Input目录
+
✅ 方式2：GEO编号 - InputGEO编号(如 GSE111937)自动Download
+
+
+
+
+
+
+
RNA-seq 参数
+
+
+
+ {{ t('拉丁名') }}
+
+
+
+
+ KEGG organism
+
+
+
+RNA-seq KEGG/fgsea 会优先使用物种级 KEGG gene set；没有物种级缓存时再回退到 KO 全库植物过滤。当前默认值来自 samples.yaml 元数据、job 资源前缀或已完成 manifest。
+
+
+
+
+
+ {{ t('差异表达范围') }}
+
+
+
+
+
+
+ 当前阶段会复用 RNA-seq 定量输出和 samples.yaml。若选择基因家族差异表达，需要已有 final_members.id；若选择全基因组差异表达，不依赖基因家族成员列表。
+
+
+
+
+
+ {{ t('富集类型') }}
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('前景基因') }}
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('背景来源') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Applications
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ OrgDb物种
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ KEGG organism
+
+
+
+ 自动注释会按当前富集类型补缺失背景：GO 缺 gene2go 时优先用 AnnotationHub/biomaRt，失败再回退 InterProScan；KEGG 缺 gene2ko 时仍运行 KofamScan。
+
+
+
+ 当前阶段会复用 samples.yaml 和上游真实产物；如缺少输入，后端预检/日志会给出具体缺失文件。
+
+
+
+
+
+
Combo 修订参数
+
+
当前图片：{{ getFileName(confirmParams.comboSourceImage) }}
+
选择要在 combo 图中展示的分析类型；单类型图请使用对应阶段已有结果。
+
+
+
+ Motif
+ Gene structure
+ Domain
+
+
+
+ 至少选择两个类型；默认三类全选。重绘会复用已完成的 phylogeny/motif/structure/domain 结果，不重新运行上游分析。
+
+
+
+
+
{{ t('启动子自定义绘图') }}
+
+
复用已完成 promoter 阶段的 PlantCARE filtered 表，不重新提交 PlantCARE。
+
+
+
+ {{ t('输出标签') }}
+
+
+
+
{{ t('启动子元件') }}
+
+
+
+
+
+
{{ t('功能类别') }}
+
+ {{ item.category }} ({{ item.count }})
+
+
+
+
+
{{ t('匹配方式') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
{{ t('图例颜色') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
{{ t('图类型') }}
+
+ {{ t('位置分布图') }}
+ Heatmap
+ Barplot
+
+
+
+
+
+
种内共线性 Circos 修订参数
+
+
当前图片：{{ getFileName(confirmParams.syntenySourceImage) }}
+
绘图数据：复用 synteny 阶段的 GFF、MCScanX collinearity、family gene ID 和 genome。
+
+
+
+ {{ t('输出标签') }}
+
+
+
+
+
+
+ 基因ID距离参数对应 Circos text plot 的 r0；数值越小越靠近染色体色块。字号增大时系统会自动加宽外侧文字轨道，避免 Circos 丢弃标签。默认不覆盖原图，生成 synteny_replot_circos 文件。
+
+
+
+
+
+
{{ t('进化树图修订参数') }}
+
+
当前图片：{{ getFileName(confirmParams.treeSourceImage) }}
+
树文件：{{ confirmParams.treeFile }}
+
树文件：将根据当前图片自动解析对应 .tree.nwk
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ t('输出标签') }}
+
+
+
+
{{ t('标记模式') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
{{ t('树枝颜色') }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
参考物种形状（角色树）
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 输出将使用 tree_replot 命名，不覆盖原始树图。标记模式为“自动”时，多物种树按物种生成 Species 图例，单物种树使用统一 Tip 标记；角色树才会区分目标/参考物种形状。
+
+
+
+
+
MSA区间绘图参数
+
+
当前图片：{{ getFileName(confirmParams.msaSourceImage) }}
+
MSA来源：{{ confirmParams.msaFile }}
+
MSA来源：将根据当前图片/manifest自动解析
+
+
+
+ 推荐保守区：alignment {{ confirmParams.msaRecommendedStartCol }}-{{ confirmParams.msaRecommendedEndCol }}
+ score={{ Number(confirmParams.msaRecommendedScore || 0).toFixed(3) }}, non-gap={{ Number(confirmParams.msaRecommendedNongap || 0).toFixed(3) }}
+
+
{{ t('使用推荐区间') }}
+
+
+ 正在分析当前 MSA 的保守区推荐...
+
+
+
+ {{ t('参考基因编号') }}
+ alignment列
+ {{ t('自动保守窗口') }}
+
+
+
+
+
{{ t('参考基因') }}
+
+
+
+ {{ seq.id }}
+ {{ seq.header }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 参考基因编号按所选基因的非 gap 残基计数；系统会自动换算为 alignment 列后截取所有序列。alignment 列模式包含缺口列；自动模式按保守度窗口筛选。
+
+
+
+
+ 💡 提示：请先选择有效 VCF；当前不会自动执行。
+ 💡 提示：下载失败后的拟南芥兜底必须手动确认，不会自动执行。
+ 💡 提示：40秒内不操作将使用当前参数自动执行，可随时暂停倒计时后手动确认。
+
+
+ 
+