+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 取消
+ 确认保存
+
+
+
+
+
+
+
+ 取消
+ 预览命令
+ 确认并执行
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 方法学文献
+ +
+
+
+
+ 提取方法学
+
+
+ 刷新记录
+
+
+
+
+ {{ methodologyLatestJob.status === 'completed' ? '打开最新提取结果' : '查看最新提取状态' }}
+
+
+
+
+
+
+ {{ methodologySelectedJob.status === 'completed' ? '打开所选提取结果' : '查看所选提取状态' }}
+
+
+
+ {{ methodologyStatusText }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 拓展分析阶段
+
+ 已写阶段
+
+
+
+
+ 名称
+
+ 原始代码
+
+
+
+
+
+
+ 测试数据
+
+
+
+ 移除
+
+
+
+ 服务器测试数据路径
+
+
+ 移除
+
+
+
+ 生成并发布
+
+
+ 运行已发布
+
+ 运行结果
+
+
+
+
+
+
+ 预览 已应用 删除
+
+ 预览 已应用 删除
+
+
+
+
+
+ 分析家族
+
+
+ 目标物种
+
+
+
+ 主参考物种
+
+
+
+
+ Identify BLAST参考
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ autofillState.rows && autofillState.rows.length ? '重新识别' : '生成草稿' }}
+ 添加行
+ 检查 DE 设计
+ 确认并写入正式配置
+ 取消
+ confidence: high 可确认，medium 建议检查，low 必须人工补全；正式写入前会自动备份旧文件。
+
+
+
+
+ {{ autofillState.type === 'samples' ? 'samples.yaml 批量修订区' : '配置批量修订区' }}：筛选 → 填值 → 预览 → Apply
+ 显示 {{ autofillVisibleRows.length }} 行；匹配 {{ autofillBulkMatchedCount }} / {{ autofillState.rows.length }} 行
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 预览到表格
+ Apply 确认填入
+ 取消预览
+
+
+
+ {{ autofillBulkPreviewText }}
+ {{ autofillState.bulkLastSummary }}
+
+
+ {{ autofillState.designReview.module }} {{ autofillState.designReview.module_name }}；模型 {{ autofillState.designReview.design_formula }}
+
+
+ Batch
+ {{ autofillState.designReview.batch.display }}
+
+ 比较主轴：{{ autofillState.designReview.comparison_axis }}；按 {{ autofillState.designReview.stratify_axis }} 分层
+ 将生成的比较：
+ • {{ item.display }}
+ • {{ autofillState.designReview.interaction.display }}（LRT + Wald）
+
+ 字段说明：
+ Original_File_Name 必须匹配上传文件名；Species_Code 是物种简称；Species_Name 只填拉丁名/别名，文章复现时为必填项；Gene_Family 只在已知家族参考序列行必填；
+ File_Type 使用 genome/gff/cds/pep；Ref 是兼容旧流程的 TRUE/FALSE；
+ Species_Role 表示 target、reference、comparative、outgroup 或 seed_reference；
+ File_Scope 表示 whole_genome 或 known_family；
+ 上方“主参考物种”和“Identify BLAST参考”是参考配置主入口，会分别写入 Analysis.Primary_Reference_Species 与 Analysis.Identify_Blast_Reference_Species。
+ Reference_Use 仅作为行级高级覆盖或旧配置兼容，通常留空。
+
+
+ 字段说明：
+ run 是测序运行号/SRR号，用于匹配 FASTQ；sample_id 是样本信息表中的样本名，也是 samples.yaml 的样本键；fastq_1/fastq_2 是双端测序文件；condition 表示处理/组织/分组；replicate 是生物学重复编号。
+ time/stage 只在时间序列或明确发育时期实验中填写，普通组织比较请留空；library_strandness 必须按建库说明填写 non_stranded / forward / reverse；分组角色用于标记 control/baseline、compare group 或 ignore，DE 会按设计生成对照比较或多组两两比较。
+
+
+
+
+
+ {{ formatSize(row.size || 0) }}
+
+
+
+ {{ extensionBuild.extensionId }}
+ 参数
+ 输出
+ {{ extensionBuild.previewCommand }}
+
+
+ 暂无状态记录
+
+
+
+ {{ event.type }}
+ {{ event.time }}
+
+ {{ event.message }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ row.spec && row.spec.type || 'string' }}
+
+
+ {{ row.spec && row.spec.description || '' }}
+
+
+
+
+
+ {{ extensionRunParameterState.displayName || extensionRunParameterState.extensionId }}
+
+
+ {{ extensionRunParameterState.previewCommand }}
+
+
+
+
+
+ {{ run.display_name || run.extension_name }} / {{ run.run_id }} / {{ run.status }}
+
+
+
+
+
+ 当前 job: {{ jobInfo.job_id }}
+ 刷新结果
+
+ 暂无拓展分析阶段结果
+ {{ run.workspace }}
+
+
+
+ {{ extensionOutputIcon(out) }} {{ out.name }}
+ {{ formatSize(out.size || 0) }}
+
+ {{ run.error }}
+
+
+ 📂 Working Directory
+
+
+
+ Job:
+ {{ jobInfo.job_id }}
+
+
+
+
+ Input:
+ {{ jobInfo.input_dir }}
+
+
+
+
+ Output:
+ {{ jobInfo.output_dir }}
+
+
+
+
+
+ ➕ New
+
+
+ 📂 Select
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Rounds: {{ Math.floor(agentSession.messages.length / 2) }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Prefix
+ {{ runtimeOps.queue_prefix || 'unknown' }}
+
+
+ Redis
+ {{ runtimeOps.redis_url || 'unknown' }}
+
+
+ Script
+ {{ runtimeOps.start_script_exists ? 'configured' : 'missing' }}
+
+
+
+
+
+
+
+ Gene-Family Queues
+
+
+
+
+
+ Queue
+ {{ runtimeQueueLabel(queue.name) }}
+
+
+ Workers
+ {{ queue.worker_count }} worker
+
+
+ Active
+ {{ queueActiveTaskText(queue) }}
+
+ No Gene-Family queue data
+
+
+
+
+
+ RNA-seq Queues
+
+
+
+
+
+ Queue
+ {{ runtimeQueueLabel(queue.name) }}
+
+
+ Workers
+ {{ queue.worker_count }} worker
+
+
+ Active
+ {{ queueActiveTaskText(queue) }}
+
+ No RNA-seq queue data
+
+
+
+ Resource Limits
+
+
+
+ Machine threads
+ {{ machineThreadCount }}
+
+
+ Analysis threads
+
+
+ Max running tasks
+
+
+
+
+ Gene-family
+
+
+
+
+
+ Project CPU cap
+
+
+ Default 是新提交任务使用的线程数；Max 是该阶段上限。直接提高 Default 时会同步提高 Max。
+
+
+
+
+
+
+
+ Max
+ Default
+
+
+ {{ row.label }}
+
+
+
+
+ RNA-seq
+
+
+
+
+
+ Project CPU cap
+
+
+ QC sample parallel
+
+
+ Align sample parallel
+
+
+ Default 是新提交任务使用的线程数；Max 是该阶段上限。样本并行数只影响 QC/Align 的样本级并发。
+
+
+
+
+
+
+
+ Max
+ Default
+
+
+ {{ row.label }}
+
+
+ Apply to newly submitted tasks
+
+
+ 💬 当前会话:
+
+
+
+
+ 更多会话
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ conv.title }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ Welcome — multi-omics assistant
+
+ Identification, phylogeny, motifs, domains, RNA-seq, and more.
+Tip: describe your goal (default prefix At).
+
+ +
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ msg.time }}
+
+
+ Me
+
+
+
+ AI
+
+
+ {{ msg.time }}
+
+
+
+
+ 查看本次知识检索过程
+
+ ✓{{ step.message }}
+
+
+
+ 📚 参考文献
+
+ {{ sidx + 1 }}. {{ ref.title }}
+
+ {{ sidx + 1 }}. {{ ref.title }}
+
+
+
+
+
+
+ 停止等待
+
+
+
+
+
+
+ {{ pidx === ragProgress.events.length - 1 ? '●' : '✓' }}
+
+ {{ step.message }}
+
+
+
+
+
+
+
+ AI
+
+
+
+
+
+ {{ card.status_label || card.status }}
+
+
+
+ {{ card.title }}
+ {{ card.purpose }}
+ {{ card.summary }}
+ {{ card.collapsed_summary }}
+
+
+ {{ input.key }}
+
+ {{ parameter.label }}
+
+ 输出前缀
+
+ {{ card.error }}
+
+ Yes，确认无误
+ 取消
+ 提出修订意见
+ 重新生成说明
+ 开始验证
+ 结果无误，继续
+ 授权发布
+ 确认执行
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ preferenceMode ? 'RAG' : 'Analysis' }}
+
+
+
+ Preference:
+
+
+
+
+
+ 💡 使用小Tip
+
+
+
+
+
+ 一、分析模块快速指令
+
+
+ 1.选择输入框上方"Analysis"
+ 2.粘贴数据位置
+ 3.核对配置文件
+ 4.执行数据准备
+ 5.执行XX物种的亚家族分类
+ 6.执行XX物种的基因家族分析
+ 7.执行rnaseq分析 +
+ + 2.粘贴数据位置
+ 3.核对配置文件
+ 4.执行数据准备
+ 5.执行XX物种的亚家族分类
+ 6.执行XX物种的基因家族分析
+ 7.执行rnaseq分析 +
+ 二、文章复现步骤
+
+
+ 1.点击"浏览"上传文献
+ 2.点击提取方法学
+ 3.核对分析步骤
+ 4.点击保存方案
+ 5.上传数据
+ 6.发送"按已保存的方法学方案继续执行" +
+ + 2.点击提取方法学
+ 3.核对分析步骤
+ 4.点击保存方案
+ 5.上传数据
+ 6.发送"按已保存的方法学方案继续执行" +
+ 三、RAG快速指令
+
+
+ 1.选择输入框上方"RAG"
+ 2.输入问题
+ 3.点击"知识图谱"查看关系 +
+ + 2.输入问题
+ 3.点击"知识图谱"查看关系 +
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ file.name }}
+ ✓
+ ✗
+ ⟳
+
+ 暂无已上传文件
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ ⏳
+
+
+
+ {{ executionIndicatorStage.toUpperCase() }} Executing
+
+
+ ⏱️ {{ executionIndicatorElapsed }}s | {{ executionIndicatorStatusText }}
+
+
+
+ ⏹ Stop
+
+ Polling
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 自动保守区 MSA 图 ({{ stage.msa_groups.conserved.length }})
+
+
+
+
+
+
+
+ MSA区间图 ({{ stage.msa_files.length }})
+
+
+
+
+
+
+
+ PPI Reset 结果 ({{ stage.reset_groups.length }})
+
+
+
+
+
+ {{ group.label || group.reset_id }}
+ 输入 {{ group.metrics.input_gene_count || 0 }} / 删除 {{ group.metrics.deleted_count || 0 }} / 新增 {{ group.metrics.added_count || 0 }}
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ {{ group.label }}
+ {{ group.fileCount }} files
+
+
+
+
+
+ 🔗 MCScanX HTML Results
+
+ {{ mcscanxHtmlFiles.length }} files
+
+
+
+
+
+ 🌐 {{ f.name }}
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+
+
+
+ {{ stage.label }}
+ (Time: {{ stage.elapsed_time }}s)
+
+ {{ resultVisibleCount(stage) }} files
+
+
+
+
+
+
+ HMM/Pfam 审计
+ Requested: {{ listText(stage.hmm_audit.requested_pfams, '未记录') }}
+ Loaded: {{ listText(stage.hmm_audit.loaded_accessions, '未记录') }}
+ Missing: {{ listText(stage.hmm_audit.missing_requested_pfams) }}
+ HMM: {{ stage.hmm_audit.hmm_members || 0 }} | BLAST: {{ stage.hmm_audit.blast_members || 0 }} | Candidate: {{ stage.hmm_audit.candidate_members || 0 }} | Final: {{ stage.hmm_audit.final_members || 0 }}
+
+
+ PPI Reset
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 🖼️ {{ getFileName(img) }}
+
+
+
+
+
+ {{ treeReplotGroupTitle(stage) }}
+
+
+ {{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : '📄' }} {{ f.name }}
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+
+
+
+
+ {{ circosReplotGroupTitle(stage) }}
+
+
+ {{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : '📄' }} {{ f.name }}
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+
+
+
+
+ {{ comboReplotGroupTitle(stage) }}
+
+
+ {{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : '📄' }} {{ f.name }}
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+
+
+
+ {{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : '📄' }} {{ f.name }}
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+
+
+
+ {{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : '📄' }} {{ f.name }}
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+
+
+
+ 🖼️ {{ getFileName(img) }}
+
+
+ {{ isJumpFile(f.name, stage.name) ? '🔗' : '📄' }} {{ f.name }}
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+
+
+
+
+ {{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : (isJumpFile(f.name, stage.name) ? '🔗' : '📄') }}
+ {{ f.name }}
+ {{ getArtifactRoleLabel(f.role) }}
+ (open STRING)
+ (open)
+
+ {{ formatSize(f.size) }}
+
+ No files
+
+ 暂无结果
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ ⟲
+ ⬇
+ 修订
+
+
+
+
+
+
+
+
+ ![]()
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ 🔍
+
+ 🔄 重新加载
+ ⟲ 重置视图
+
+
+ ⛶ Full screen
+ 📄 过滤全库页
+
+
+
+ 节点: {{ kgStats.nodes }} | 关系: {{ kgStats.edges }} | 类型: {{ kgStats.nodeTypes }}
+
+ {{ kgSelectedNode.name }} ({{ kgSelectedNode.category }})
+
连接数: {{ kgSelectedNode.degree }} +
+ 连接数: {{ kgSelectedNode.degree }} +
RAG loads a subgraph; Reload pulls the full JSON (can be slow). Double-click the graph for fullscreen.
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