修复：输出前缀绑定替换保留原引号，避免 Python -c 字符串字面量变裸标识符（zh01 NameError）

gfa_core/extension_stage_lightweight/runtime_binding.py

@@ -1536,6 +1536,20 @@ def _shell_word_pattern(literal: str) -> re.Pattern[str]:
     )
 
 
+def _shell_word_replacement(replacement: str) -> Callable[[re.Match[str]], str]:
+    """替换函数：保留原文中字面量自带的引号。
+
+    ``shlex.quote`` 在 shell 上下文是正确的，但 ``python -c "...'a.fa'..."`` 里的
+    字符串字面量替换后必须保留引号，否则会变成裸标识符导致 NameError。
+    """
+
+    def _replace(match: re.Match[str]) -> str:
+        quote = match.group("quote") or ""
+        return f"{quote}{replacement}{quote}"
+
+    return _replace
+
+
 def _script_positional_args(contract: dict[str, Any], script: str) -> list[str]:
     try:
         tokens = shlex.split(str(contract.get("original_command") or ""))
@@ -1710,7 +1724,7 @@ def _render_script_updates(
                     "PATCH_TARGET_INVALID", f"invalid match count for {literal}"
                 )
             updated, count = _shell_word_pattern(literal).subn(
-                shlex.quote(replacement), text
+                _shell_word_replacement(replacement), text
             )
             if count < expected:
                 raise RuntimeBindingError(