# 修订记录 - 2026-04-13

## 今日任务
修复"/api/agent/execute"执行核型分析时返回错误阶段的问题

## 问题描述
用户说"帮我执行核型分析"，但系统执行了identify阶段，而不是synteny+karyotype阶段。

## 根本原因
1. `/api/agent/plan` 直接调用 `orchestrator.plan()` → PlanningAgentV2，正确返回['synteny', 'karyotype']
2. `/api/agent/execute` 调用 `orchestrator.run()` → LangGraph → `_planning_node` → PlanningAgentV2
3. `completed_stages` 在传递过程中丢失，PlanningAgentV2收到空列表

## 已完成的修复

### 1. IntentAgentV2 依赖定义统一
**文件**: `gfa_core/mas/agents/intent_v2.py`
- 将 `synteny` 依赖从 `["identify", "phylogeny"]` 改为 `["identify"]`
- 添加 karyotype 关键词检查到 fallback 方法
- 修改 LLM prompt，明确指示不要过度推断

### 2. PlanningAgentV2 使用 completed_stages
**文件**: `gfa_core/mas/agents/planning_v2.py`
- 在 `_generate_plan_with_llm` 中添加逻辑，检查依赖阶段是否已完成
- 添加调试日志 `print(f"[PlanningAgentV2] completed_stages: {completed_stages}")`

### 3. 接受 partial_success 作为已完成状态
**文件**: `apps/web/vue3/main.py`
- `/api/agent/plan` 现在接受 `partial_success` 作为已完成状态

### 4. LangGraphOrchestrator 使用 PlanningAgentV2
**文件**: `gfa_core/mas/core/langgraph_orchestrator.py`
- 将 `PlanningAgent` 改为 `PlanningAgentV2`
- 修复 `state.get("user_input")` 可能为 None 的错误
- 在 `_to_agent_state` 中添加 `completed_stages` 传递

### 5. tasks.py 使用 LangGraphOrchestrator
**文件**: `tasks.py`
- 将 `Orchestrator` 改为 `LangGraphOrchestrator`
- 添加 `messages` 字段到 initial_state
- 添加 `completed_stages` 查询逻辑
- 添加调试日志

### 6. GraphState 添加 completed_stages 字段
**文件**: `gfa_core/mas/core/state.py`
- 添加 `completed_stages: list[str]` 字段

## 当前状态

### 验证结果

**`/api/agent/plan` 测试**:
```bash
curl -s "http://localhost:7867/api/agent/plan" \
  -X POST -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"message":"帮我执行核型分析","session_id":"job_1776004000991"}'
# 返回: ['synteny', 'karyotype'] ✅ 正确
```

**`/api/agent/execute` 调试日志**:
```
[tasks.py] Completed stages: ['identify', 'phylogeny']  ✅ 正确查询
[PlanningAgentV2] completed_stages: []  ❌ 收到空列表
```

### 待解决问题
`completed_stages` 在从 `tasks.py` 传递到 `PlanningAgentV2` 的过程中丢失

可能原因:
1. LangGraph 工作流中 state 被修改导致 `completed_stages` 丢失
2. `_to_agent_state` 方法没有正确读取 `completed_stages`
3. RouterAgent 或其他节点修改了 state

## 明日计划
1. 修复 `completed_stages` 传递丢失问题
2. 验证 `/api/agent/execute` 正确返回 ['synteny', 'karyotype']
3. 测试完整执行流程

## 总体计划
1. 修复阶段依赖识别问题 ✅
2. 修复 completed_stages 传递问题 ⏳
3. 测试核型分析完整流程 ⏳
4. 修复其他潜在问题 ⏳

## 今日完成任务数
**已完成**: 6 项修复
**进行中**: 1 项（completed_stages 传递）
**剩余**: 3 项