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▶ 分析阶段 Analysis Stage

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方法学文献

提取方法学

刷新记录

{{ methodologyLatestJob.status === 'completed' ? '打开最新提取结果' : '查看最新提取状态' }}

{{ methodologySelectedJob.status === 'completed' ? '打开所选提取结果' : '查看所选提取状态' }}

拓展分析阶段

已写阶段

名称

原始命令

环境

原始代码

移除

测试数据

移除

服务器测试数据路径

生成并发布

运行已发布

运行结果

主参考物种

Identify BLAST参考

{{ autofillState.rows && autofillState.rows.length ? '重新识别' : '生成草稿' }}

添加行

检查 DE 设计

确认并写入正式配置

取消

confidence: high 可确认，medium 建议检查，low 必须人工补全；正式写入前会自动备份旧文件。

{{ autofillState.type === 'samples' ? 'samples.yaml 批量修订区' : '配置批量修订区' }}：筛选 → 填值 → 预览 → Apply 显示 {{ autofillVisibleRows.length }} 行；匹配 {{ autofillBulkMatchedCount }} / {{ autofillState.rows.length }} 行

预览到表格

Apply 确认填入

取消预览

字段说明： Original_File_Name 必须匹配上传文件名；Species_Code 是物种简称；Species_Name 只填拉丁名/别名，文章复现时为必填项；Gene_Family 只在已知家族参考序列行必填； File_Type 使用 genome/gff/cds/pep；Ref 是兼容旧流程的 TRUE/FALSE； Species_Role 表示 target、reference、comparative、outgroup 或 seed_reference； File_Scope 表示 whole_genome 或 known_family；上方“主参考物种”和“Identify BLAST参考”是参考配置主入口，会分别写入 Analysis.Primary_Reference_Species 与 Analysis.Identify_Blast_Reference_Species。 Reference_Use 仅作为行级高级覆盖或旧配置兼容，通常留空。

字段说明： run 是测序运行号/SRR号，用于匹配 FASTQ；sample_id 是样本信息表中的样本名，也是 samples.yaml 的样本键；fastq_1/fastq_2 是双端测序文件；condition 表示处理/组织/分组；replicate 是生物学重复编号。 time/stage 只在时间序列或明确发育时期实验中填写，普通组织比较请留空；library_strandness 必须按建库说明填写 non_stranded / forward / reverse；分组角色用于标记 control/baseline、compare group 或 ignore，DE 会按设计生成对照比较或多组两两比较。

参数

输出

{{ extensionBuild.previewCommand }}

暂无状态记录

{{ event.message }}

{{ extensionRunParameterState.displayName || extensionRunParameterState.extensionId }}

                            {{ extensionRunParameterState.previewCommand }}
                        

当前 job: {{ jobInfo.job_id }}

刷新结果

暂无拓展分析阶段结果

{{ run.error }}

📂 Working Directory

Job: {{ jobInfo.job_id }}

Input: {{ jobInfo.input_dir }}

Output: {{ jobInfo.output_dir }}

➕ New

📂 Select

Agent Assistant / Execution Log

Rounds: {{ Math.floor(agentSession.messages.length / 2) }}

Clear

Execution Runtime

Gene-Family {{ geneFamilyQueuesOnline ? 'online' : 'offline' }}

Rgene GF {{ geneFamilyWorkerCount }}

RNA-seq {{ rnaseqQueueOnline ? 'online' : 'offline' }}

重启 Celery

重启项目

{{ runtimeActiveTaskCount }} active

CPU {{ runtimeCpuText }}

Tokens {{ tokenTotalText }}

Calls {{ tokenCallText }}

Cost {{ tokenCostText }}

Prefix {{ runtimeOps.queue_prefix || 'unknown' }} Redis {{ runtimeOps.redis_url || 'unknown' }} Script {{ runtimeOps.start_script_exists ? 'configured' : 'missing' }}

Gene-Family Queues

Queue {{ runtimeQueueLabel(queue.name) }}

Workers {{ queue.worker_count }} worker

Active {{ queueActiveTaskText(queue) }}

No Gene-Family queue data

RNA-seq Queues

Queue {{ runtimeQueueLabel(queue.name) }}

Workers {{ queue.worker_count }} worker

Active {{ queueActiveTaskText(queue) }}

No RNA-seq queue data

Resource Limits

Machine threads {{ machineThreadCount }}

Analysis threads

Max running tasks

Gene-family

Project CPU cap

Default 是新提交任务使用的线程数；Max 是该阶段上限。直接提高 Default 时会同步提高 Max。

Max Default

RNA-seq

Project CPU cap

QC sample parallel

Align sample parallel

Default 是新提交任务使用的线程数；Max 是该阶段上限。样本并行数只影响 QC/Align 的样本级并发。

Max Default

Apply to newly submitted tasks

💬 当前会话:

更多会话

新建

Welcome — multi-omics assistant

Identification, phylogeny, motifs, domains, RNA-seq, and more.

Tip: describe your goal (default prefix At).

查看本次知识检索过程

✓{{ step.message }}

📚 参考文献

{{ sidx + 1 }}. {{ ref.title }}

停止等待

{{ card.summary }}

{{ card.error }}

Yes，确认无误

取消

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重新生成说明

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结果无误，继续

授权发布

确认执行

Preference:

💡 使用小Tip

Upload Files ({{ uploadedFiles.length }})

⏳

{{ executionIndicatorStage.toUpperCase() }} Executing

⏱️ {{ executionIndicatorElapsed }}s | {{ executionIndicatorStatusText }}

⏹ Stop

Polling

🌐 {{ f.name }} {{ formatSize(f.size) }}

HMM/Pfam 审计

Requested: {{ listText(stage.hmm_audit.requested_pfams, '未记录') }}

Loaded: {{ listText(stage.hmm_audit.loaded_accessions, '未记录') }}

Missing: {{ listText(stage.hmm_audit.missing_requested_pfams) }}

HMM: {{ stage.hmm_audit.hmm_members || 0 }} | BLAST: {{ stage.hmm_audit.blast_members || 0 }} | Candidate: {{ stage.hmm_audit.candidate_members || 0 }} | Final: {{ stage.hmm_audit.final_members || 0 }}

PPI Reset

🖼️ {{ getFileName(img) }}

{{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : (isJumpFile(f.name, stage.name) ? '🔗' : '📄') }} {{ f.name }} {{ getArtifactRoleLabel(f.role) }} (open STRING) (open) {{ formatSize(f.size) }}

No files

暂无结果

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全屏

{{ selectedImage }} Select Image

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⛶ Full screen

📄 过滤全库页

节点: {{ kgStats.nodes }} | 关系: {{ kgStats.edges }} | 类型: {{ kgStats.nodeTypes }}

{{ kgSelectedNode.name }} ({{ kgSelectedNode.category }})
连接数: {{ kgSelectedNode.degree }}

RAG loads a subgraph; Reload pulls the full JSON (can be slow). Double-click the graph for fullscreen.

节点总数:{{ kgStats.nodes }}

关系总数:{{ kgStats.edges }}

节点类型:{{ kgStats.nodeTypes }}

节点名称

节点类型

{{ nodeTypeLabels[kgSelectedNode.category] || kgSelectedNode.category }}

连接关系数

{{ kgSelectedNode.degree }} 个

基础参数

{{ isGwasStage(confirmParams.stage) ? '物种简称（用于结果前缀）' : '输出标签 / Prefix' }}

本阶段 CPU 线程数

样本并行数量

同时处理的样本数

RNA-seq 分析链路确认

统计链：HISAT2 BAM -> featureCounts raw fragment counts -> DESeq2 -> DE genes -> GO/KEGG/FGSEA/WGCNA/candidate。

展示链：Salmon/tximport TPM 只在 bridge QC 通过后进入 expression plots；tximport counts_from_abundance 不作为默认 DESeq2 输入。

样本配置：{{ confirmParams.rnaseqSampleConfig || '自动使用 input/final 中的 samples.yaml' }}

RNA-seq QC 工具参数

QC 工具

fastp 可执行文件

留空时使用 FASTP_BIN 或 PATH

RNA-seq Align 参数

Known splice site 来源

splice site / 注释路径

RNA-seq 定量参数

定量模式

丰度引擎

Salmon libType

tximport counts

Transcriptome FASTA

tx2gene TSV

Kallisto bias

featureCounts raw fragment counts 是后续 DESeq2 的默认证据；Salmon/tximport TPM 用于表达展示，只有样本名和 gene ID overlap 检查通过后才会给 expression plots 使用。

RNA-seq 差异分析参数

padj 阈值

|log2FC| 阈值

实验设计模块

DESeq2 默认输入为 featureCounts raw fragment counts；padj 与 |log2FC| 只影响显著 DE gene 筛选，不改变原始 count matrix。

RNA-seq 富集高级参数

pvalue cutoff

qvalue cutoff

背景来源

top pathways

OrgDb species

keyType

GO OBO

KEGG level

KEGG filter

Highlight mode

KEGG organism

Plot type

禁用 KEGG 网络

跳过 pathview

RNA-seq FGSEA 参数

comparison

min size

max size

permutations

seed

KEGG organism

FGSEA 使用 DESeq2 统计量排序，并使用 gene2ko/KEGG gene set；comparison 留空时自动选择可用比较。

RNA-seq WGCNA 参数

表达矩阵

count matrix

sample table

min mean

max genes

min module size

merge cut height

powers

RNA-seq Candidate 参数

max DE proteins

InterProScan

InterProScan applications

InterProScan 需要本机可执行文件和 Java 环境；auto 模式只在缺少可用功能注释且环境可用时运行。

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}

Family

Scope

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '将鉴定物种' : 'target 目标物种' }}

{{ listText(confirmParams.stage === 'identify' ? identifyExecutionSpecies(confirmParams) : confirmParams.targetSpecies) }}

reference 参考物种

后续主参考物种

{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, '未设置') }}

Identify BLAST参考

{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies, '未设置') }}

comparative 比较物种

这里是 identify 的执行集合；不会改变 config 中 target / comparative / reference 的数据角色。 Identify BLAST参考：{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies) }}。后续主参考：{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies) }}。

仅目标

目标+参考

目标+比较

全部

target 目标物种

reference 参考物种（仅用于标签迁移）

comparative 比较物种（参与比较/分类，不改为 target）

Genome Prepare 参数

📦 Input文件要求（支持.gz压缩）：

JGI: *protein_primaryTranscriptOnly.fa + *gene_exons.gff3 (+ *genome.fa)

Ensembl: *.pep.all.fa + *.gff3 (+ *.cds.all.fa)

NCBI: *_protein.faa + *_genomic.gff (+ *_cds_from_genomic.fna)

💡 智能提取：如果没有蛋白文件，但有 genome.fa + GFF，系统会自动用 gffread 提取蛋白序列

✅ Output文件将保存到 input/{job_id}/ 目录供后续分析使用

NCBI序列下载

按ID提取序列

Identify 参数

本次成员鉴定物种

目标物种（默认勾选）

{{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）

比较物种（按需勾选）

{{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）

参考物种（仅参考，不参与目标鉴定）

当前鉴定：{{ listText(identifyExecutionSpecies(confirmParams)) }}

Phylogeny 参数

Combo 修订参数

当前图片：{{ getFileName(confirmParams.comboSourceImage) }}

选择要在 combo 图中展示的分析类型；单类型图请使用对应阶段已有结果。

Motif

Gene structure

Domain

至少选择两个类型；默认三类全选。重绘会复用已完成的 phylogeny/motif/structure/domain 结果，不重新运行上游分析。

启动子自定义绘图

复用已完成 promoter 阶段的 PlantCARE filtered 表，不重新提交 PlantCARE。

启动子元件

功能类别

{{ item.category }} ({{ item.count }})

匹配方式

图例颜色

Top N

图类型

位置分布图

Heatmap

Barplot

种内共线性 Circos 修订参数

当前图片：{{ getFileName(confirmParams.syntenySourceImage) }}

绘图数据：复用 synteny 阶段的 GFF、MCScanX collinearity、family gene ID 和 genome。

基因ID大小

基因ID距离染色体色块

基因ID轨道外边界

染色体色块粗细

染色体标注位置

染色体标注大小

基因ID距离参数对应 Circos text plot 的 r0；数值越小越靠近染色体色块。字号增大时系统会自动加宽外侧文字轨道，避免 Circos 丢弃标签。默认不覆盖原图，生成 synteny_replot_circos 文件。

MSA区间绘图参数

当前图片：{{ getFileName(confirmParams.msaSourceImage) }}

MSA来源：{{ confirmParams.msaFile }}

MSA来源：将根据当前图片/manifest自动解析

推荐保守区：alignment {{ confirmParams.msaRecommendedStartCol }}-{{ confirmParams.msaRecommendedEndCol }} score={{ Number(confirmParams.msaRecommendedScore || 0).toFixed(3) }}, non-gap={{ Number(confirmParams.msaRecommendedNongap || 0).toFixed(3) }}

使用推荐区间

正在分析当前 MSA 的保守区推荐...

手动区间

自动保守窗口

起始位点

终止位点

窗口长度

最小非缺口比例

默认读取 final/{{ confirmParams.prefix }}.pep.msa.fa；位点为 alignment 列坐标，包含缺口列。

亚家族确认参数

覆盖 final/{{ confirmParams.prefix }}.geneID.subfamily 兼容文件

Motif 参数

Domain 参数

TFBS 参数

基因家族 promoter 扫描

同时跑全注释基因 promoter 背景

扫描双链

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

📊 表达量数据来源（Select一种）：

✅ 方式1：直接上传 - 上传表达量矩阵(*.fpkm.txt/*.tpm.txt)+基因ID+sample.txt到Input目录

✅ 方式2：GEO编号 - InputGEO编号(如 GSE111937)自动Download

RNA-seq 参数

🔬 RNA-seq 数据来源：

✅ 上传模式：需要上传以下文件到Input目录：
  • 参考Genome (*.fa/*.fasta)
  • 基因注释 (*.gtf/*.gff)
  • 样本配置文件 (samples.yaml)
  • 原始测序文件 (*_R1.fastq.gz, *_R2.fastq.gz)

🔍 检索Download模式：Input物种拉丁名后，系统会自动搜索并返回参考Genome和GTF的FTPDownload链接

RNA-seq 物种信息（KEGG/fgsea/富集用）

KEGG/fgsea 会优先复用本地物种级 KEGG 缓存；没有缓存时尝试 KEGG REST 下载。若 KEGG 无该物种或网络不可用，则回退到 KO 全库并在构建 gene set 前过滤人类疾病和动物系统通路。

RNA-seq QC 参数 (Quality Control - Step 1)

QC 工具

fastp 可执行文件

📋 所需文件：

• 样本配置文件 samples.yaml
• 原始测序文件 *_R1.fastq.gz, *_R2.fastq.gz
• 参考Genome *.fa/*.fasta
• 基因注释 *.gtf/*.gff

💡 可通过上方"Download Examples文件"获取samples.yaml模板

• 数据路径下需包含：samples.yaml + FASTQ文件
• input目录仍需上传：参考Genome + 基因注释
• 支持多个路径（逗号分隔），自动合并所有FASTQ文件
• 系统将自动创建FASTQ文件的软链接

💡 适合大数据量/多组织/多时期，避免重复上传

RNA-seq Align 参数 (Alignment - Step 2)

Known splice site 来源

splice site / 注释路径

✅ 自动使用上一步Output：

• 使用 QC Output的 clean reads
• 使用上一步的参考Genome和GTF

无需再次Upload Files

RNA-seq Quant 参数 (Quantification - Step 3)

✅ 自动使用上一步Output：

• 使用 Align Output的 BAM 文件
• 使用上一步的 GTF 注释

无需再次Upload Files

RNA-seq DE 参数 (差异表达 - Step 4)

✅ 自动使用上一步Output：

• 使用 Quant Output的表达量矩阵
• 使用 samples.yaml 中的分组信息

无需再次Upload Files

RNA-seq Enrich 参数 (Enrichment Analysis - Step 5)

⚠️ 自动注释说明：

• GO 缺背景时优先用 AnnotationHub/biomaRt 生成 gene2go；不可用时回退 InterProScan
• KEGG 缺背景时仍用 KofamScan 生成 gene2ko；该部分可能耗时较长
• 所需背景生成后会继续执行 RNA-seq 富集分析

✅ 自动使用上一步Output：

• 基因家族模式使用 family_DE_genes；全基因组模式使用 DE_genes

无需再次Upload Files

PPI 参数 (Protein Interaction)

✅ 自动使用 Identify Output：

• 使用基因家族 ID 列表查询 STRING 数据库
• 置信度越高，互作关系越可靠
需要先运行 Identify 阶段

📤 同源映射文件（可选）：

• 如需查询非模式植物，请上传同源映射文件到 input 目录
• 文件名：ortholog_pairs.txt 或 At_Os_orthologs.txt
• 格式：query_gene_id\treference_gene_id（制表符分隔）
• 系统会自动搜索 workspace/kaks_analysis/ 目录下的映射文件

Ka/Ks 参数 (KaKs Analysis)

📤 需要Upload Files：

• cds1.fasta - 物种1 CDS序列 (如 At.cds.fasta)
• cds2.fasta - 物种2 CDS序列 (如 Os.cds.fasta)
• pep1.fasta - 物种1蛋白序列 (如 At.pep.fasta)
• pep2.fasta - 物种2蛋白序列 (如 Os.pep.fasta)
• ortholog_pairs.txt - 同源基因对
系统会自动搜索以下位置的文件：
• input/ 目录
• workspace/<job>/kaks_analysis/ 目录
• 支持格式：gene_id_1\tgene_id_2（制表符分隔）

Interspecies species selection

Loading species from config.xlsx...

Targets are selected by default. Comparative/outgroup species are treated as reference comparison species; legacy Ref=True is still supported.

Target species (Species_Role=target or legacy Ref=False)

No target species found

Comparison/reference species (Species_Role=comparative/outgroup or legacy Ref=True)

No reference species found

BLAST engine

diamond is the default fast engine. blastp uses NCBI BLAST+. Both write outfmt 6 for MCScanX.

绘图模式

Target species: target species from config.xlsx; unchecked species are excluded from the tree and pairwise synteny.

Comparison/reference species: comparative/outgroup or legacy Ref=True species. If no curated family FASTA exists, run identify on their whole proteomes first so final_members can be split by species.

BLAST engine: whole-proteome pairwise search used by MCScanX. Selected: {{ confirmParams.blastEngine }}.

Auto-run: runs after 40 seconds with the current selection, or click confirm to run immediately.

Current selection: targets {{ confirmParams.targetSpecies.join(', ') || 'none' }}; references {{ confirmParams.refSpeciesList.join(', ') || 'none' }}; plot mode {{ confirmParams.interspeciesPlotMode || 'both' }}.

💡 提示：以上参数可根据具体数据进行调整。如不调整，则使用默认参数。

原因: {{ autoAnnotationReasonLabel(autoAnnotationConfirmData) }}

需要补充: {{ autoAnnotationRequiredBackgrounds(autoAnnotationConfirmData) }}

蛋白文件: {{ autoAnnotationConfirmData.protein_file }}

当前 gene2go: {{ autoAnnotationConfirmData.overlap_report.path }}

交集: {{ autoAnnotationConfirmData.overlap_report.normalized_overlap || 0 }} / {{ autoAnnotationConfirmData.overlap_report.de_genes || 0 }} DE genes

背景ID示例: {{ (autoAnnotationConfirmData.overlap_report.background_examples || []).join(', ') }}

自动注释是长任务。40秒内不操作将自动确认；可暂停倒计时后手动决定。

{{ methodologyConfig.paper_id }} / {{ methodologyConfig.family }}

自动审核: {{ methodologyConfig.review ? methodologyConfig.review.status : 'unknown' }}

{{ (methodologyConfig.stages || []).length }} 个方法阶段

{{ (methodologyConfig.species || []).length }} 个物种

{{ methodologyFigureInventory(methodologyConfig).length }} 条图表标题

{{ methodologyFigureStages(methodologyConfig).length }} 个预览阶段

文章涉及物种与下载入口

{{ sp.bbav5_role || sp.species_role }} · {{ sp.file_scope || 'scope?' }} · evidence {{ sp.evidence_count || 0 }}

{{ link.label }} 背景提及，不进入数据准备未识别到内置下载链接

数据准备

{{ req.bbav5_role }} · {{ req.requirement_type }}

待补数据

缺少: {{ (req.missing_files || []).join(', ') }}

文献方法与 bbav5 阶段核对只会执行已勾选且可执行的阶段

图表标题驱动复现规划预览

标题 {{ methodologyFigureInventory(methodologyConfig).length }}

阶段 {{ methodologyFigureStages(methodologyConfig).length }}

缺失 Fig {{ (methodologyFigureAudit(methodologyConfig).missing_figures || []).length }}

缺失 Table {{ (methodologyFigureAudit(methodologyConfig).missing_tables || []).length }}

标题推断的候选阶段

未从图表标题推断出额外阶段

图表标题清单

加入正式列表

需检查

未提取到图表标题

文献工具

{{ tool.tool_name }} v{{ tool.version }} · {{ tool.role }} 链接

未识别到文献工具

文献参数

{{ param.parameter_name }} = {{ param.parameter_value }}

{{ note.parameter_name }} = {{ note.parameter_value }} · {{ note.note || note.status }}

执行

bbav5 工具

bbav5 参数

输入要求: {{ JSON.stringify(stage.input_requirements) }}

📋 待执行阶段列表 ({{ batchExecuteStages.length }}个)

{{ idx + 1 }}. {{ typeof stage === 'object' ? (stage.name || getStageLabel(stage.id)) : getStageLabel(stage) }}

已完成

✓

执行中...

GWAS 物种与输出

物种简称（用于结果前缀）

本次完整 GWAS 的所有阶段统一使用该前缀。

正在执行: {{ typeof batchExecuteStages[batchExecuteIndex] === 'object' ? (batchExecuteStages[batchExecuteIndex].name || getStageLabel(batchExecuteStages[batchExecuteIndex].id)) : getStageLabel(batchExecuteStages[batchExecuteIndex]) }} ({{ batchExecuteIndex + 1 }}/{{ batchExecuteStages.length }})

参考数据下载：{{ referenceBundleDownloadState.speciesLabel || 'reference' }} {{ referenceBundleDownloadState.status || 'running' }}

数据角色（来自 config.xlsx）

Family

Scope

target 目标物种

reference 参考物种{{ batchIncludesPpiKaks() ? '（仅作为初步推荐，执行前将确定技术参考物种）' : '' }}

comparative 比较物种

仅目标

目标+参考

目标+比较

全部

target 目标物种

{{ batchIncludesPpiKaks() ? 'reference 参考物种（仅作为初步推荐，执行前将确定技术参考物种）' : 'reference 参考物种（仅用于标签迁移）' }}

种间共线性绘图设置

正在加载种间物种列表...

Target species

Ref-side species

BLAST 引擎

绘图模式

默认生成所有物种总图和两两共线性图。

{{ outputLabelAutoMessage(getFirstGeneFamilyStage(batchExecuteStages), batchExecuteParams) }}

多物种处理方式

多物种联合分析与确认（默认）

target、comparative 与 reference 放入同一棵树、同一张组合证据图和一张联合亚家族确认表；确认表只包含待分类物种。

按单个物种分别分析与确认

每个待分类物种分别与 reference 生成独立树、组合图、亚家族分类结果和确认表。

当前选择：{{ subfamilyAnalysisModeLabel(batchExecuteParams.analysisMode) }}。 {{ subfamilyStateText(batchExecuteParams) }}

本次亚家族分类对象（target + comparative）

选择本次分类/鉴定对象

仅目标物种

仅比较物种

目标+比较物种

Target 角色物种（可作为本次待分析物种）

{{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）

Comparative 角色物种（可作为本次待分析物种）

{{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）

参考物种（仅参考，不参与目标鉴定）

本次亚家族分类对象：{{ listText(identifyExecutionSpecies(batchExecuteParams)) }}。comparative 可参与分类/鉴定，但不会改写为 target；reference 只作为亚家族标签迁移参考。

⚠️ 检测到问题

诊断动作

{{ action.issue_code }} : {{ action.action }}

当前参数

→

建议参数

当前筛选命中 {{ domainReviewFilteredIds.length }} 个成员；默认保留 {{ domainReviewDefaultIds.length }} 个成员。

{{ subfamilyReviewFilteredRows.length }}/{{ subfamilyReviewRows.length }} kept / original {{ subfamilyReviewOriginalRowCount }}

已修改 {{ subfamilyReviewChangedCount }} 个；已删除 {{ subfamilyReviewRemovedCount }} 个；置信度为 medium/low 的行会以浅黄色显示。

矩形树 + 亚家族 + Motif/Structure/Domain

重置

Adjust size and redraw

🔄 Redraw

当前显示 {{ tablePreviewFilteredRows.length }} / {{ tablePreviewRows.length }} 行

{{ col }}
{{ row[col] }} {{ row[col] }}

未解析到表格行；请确认文件内容为 TSV/CSV

新增

保留	gene_id	source	操作
	{{ row.gene_id }}	{{ row.source }}	删除

未加载到 gene ID；请确认 PPI 已生成输入基因列表

当前保留 {{ ppiResetKeptCount }} / {{ ppiResetRows.length }} 个 ID

📋 当前阶段: {{ getStageLabel(confirmParams.stage) }}

进度: {{ stageConfirmCurrent }} / {{ stageConfirmTotal }}

基本参数

{{ isGwasStage(confirmParams.stage) ? '物种简称（用于结果前缀）' : '输出标签 / Prefix' }}

本阶段 CPU 线程数

样本并行数量

同时处理的样本数

GWAS 输入 VCF

检测到多个有效 VCF，请选择

Java Xmx

不受支持标记处理策略

mask 会排除 TASSEL/HapMap 无法无损表示的标记；输出仅保留可严格复现的标记子集。

群体遗传输入

11 样本 VCF（必填）

样本分组表（PCA/LD 可选）

K 最小值

K 最大值

指定 GWAS K（0=仅报告最佳 K）

染色体策略

染色体（逗号分隔）

PPI/KaKs 参考数据处理

目标物种

涉及阶段

{{ (confirmParams.ppiKaksRequestedStages || []).map(getStageLabel).join('、') || 'PPI/KaKs' }}

当前参考物种

Ortholog 映射

推荐近源/同源参考物种

{{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationName || confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationText }}

STRING taxon {{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationTaxon }}

{{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationMeta || '来自 STRING 物种列表的近源参考推荐' }}

未找到可直接下载的 STRING 近源参考物种。

数据需求

需要：

pep

当前缺失：

无

处理方式

下载/补齐推荐参考数据后继续

直接使用项目参考物种 {{ confirmParams.ppiKaksProjectReferenceSpecies }}

本次先跳过 PPI/KaKs

系统会先准备参考 PEP/CDS，再由 Ortholog 生成映射，之后执行 PPI/KaKs。

PPI/KaKs 下载失败兜底确认

原推荐参考

{{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationName || confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationText }}

{{ confirmParams.ppiKaksReferenceRecommendationMeta || '下载未完成，不能直接用于本次 PPI/KaKs。' }}

未记录推荐参考物种。

下一步

使用拟南芥作为显式兜底

本次先跳过 PPI/KaKs

拟南芥只会写入 Ortholog/PPI/KaKs 专用参考参数，不会把全流程其它分析阶段改成 At。

RNA-seq 分析链路确认

统计链：HISAT2 BAM -> featureCounts raw fragment counts -> DESeq2 -> DE genes -> GO/KEGG/FGSEA/WGCNA/candidate。

展示链：Salmon/tximport TPM 只在 bridge QC 通过后进入 expression plots；tximport counts_from_abundance 不作为默认 DESeq2 输入。

样本配置：{{ confirmParams.rnaseqSampleConfig || '自动使用 input/final 中的 samples.yaml' }}

RNA-seq QC 工具参数

QC 工具

fastp 可执行文件

留空时使用 FASTP_BIN 或 PATH

RNA-seq Align 参数

Known splice site 来源

splice site / 注释路径

RNA-seq 定量参数

定量模式

丰度引擎

Salmon libType

tximport counts

Transcriptome FASTA

tx2gene TSV

Kallisto bias

featureCounts raw fragment counts 是后续 DESeq2 的默认证据；Salmon/tximport TPM 用于表达展示，只有样本名和 gene ID overlap 检查通过后才会给 expression plots 使用。

RNA-seq 差异分析参数

padj 阈值

|log2FC| 阈值

实验设计模块

DESeq2 默认输入为 featureCounts raw fragment counts；padj 与 |log2FC| 只影响显著 DE gene 筛选，不改变原始 count matrix。

RNA-seq 富集高级参数

pvalue cutoff

qvalue cutoff

背景来源

top pathways

OrgDb species

keyType

GO OBO

KEGG level

KEGG filter

Highlight mode

KEGG organism

Plot type

禁用 KEGG 网络

跳过 pathview

RNA-seq FGSEA 参数

comparison

min size

max size

permutations

seed

KEGG organism

FGSEA 使用 DESeq2 统计量排序，并使用 gene2ko/KEGG gene set；comparison 留空时自动选择可用比较。

RNA-seq WGCNA 参数

表达矩阵

count matrix

sample table

min mean

max genes

min module size

merge cut height

powers

RNA-seq Candidate 参数

max DE proteins

InterProScan

InterProScan applications

InterProScan 需要本机可执行文件和 Java 环境；auto 模式只在缺少可用功能注释且环境可用时运行。

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}

Family

Scope

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '将鉴定物种' : 'target 目标物种' }}

{{ listText(confirmParams.stage === 'identify' ? identifyExecutionSpecies(confirmParams) : confirmParams.targetSpecies) }}

reference 参考物种

后续主参考物种

{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, '未设置') }}

Identify 只负责成员鉴定；这里显示的是本阶段执行集合，不改变 config 中 target / comparative / reference 的数据角色。 Identify BLAST参考：{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies, '未设置') }}。后续主参考：{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, '未设置') }}。

仅目标

目标+参考

目标+比较

全部

target 目标物种

reference 参考物种

comparative 比较物种

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}

Family

Scope

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '将鉴定物种' : 'target 目标物种' }}

{{ listText(confirmParams.stage === 'identify' ? identifyExecutionSpecies(confirmParams) : confirmParams.targetSpecies) }}

reference 参考物种

后续主参考物种

{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, "未设置") }}

Identify BLAST参考

{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies, "未设置") }}

comparative 比较物种

Identify 只负责成员鉴定；这里显示的是本阶段执行集合，不改变 config 中 target / comparative / reference 的数据角色。 Identify BLAST参考：{{ listText(confirmParams.pipelineIdentifyBlastReferenceSpecies, "未设置") }}。后续主参考：{{ listText(confirmParams.pipelinePrimaryReferenceSpecies, "未设置") }}。

Identify 参数

本次成员鉴定物种

目标物种（默认勾选）

{{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）

比较物种（按需勾选）

{{ item.species }}（未检测到蛋白FASTA）

参考物种（仅参考，不参与目标鉴定）

当前鉴定：{{ listText(identifyExecutionSpecies(confirmParams)) }}

Identify 需要 HMM 文件或 Required Pfams 二选一。WOX 家族常见为 PF07507；也可在 config.xlsx 的 Analysis.Required_Pfams 预先填写。

Phylogeny 参数

Motif 参数

Domain 参数

TFBS 参数

基因家族 promoter 扫描

同时跑全注释基因 promoter 背景

扫描双链

亚家族确认参数

覆盖 final/{{ confirmParams.prefix || 'prefix' }}.geneID.subfamily 兼容文件

种间共线性比较物种

正在从 config.xlsx 加载物种列表...

选择 target 侧与 ref 侧比较物种；默认勾选 config 中全部 ref-side 物种。

Target species

未找到 target 物种

Reference / comparative species

未找到 reference 物种

BLAST 引擎

diamond 为默认快速引擎；blastp 使用 NCBI BLAST+。两者均输出 MCScanX 所需的 outfmt 6。

绘图模式

当前选择：targets {{ listText(confirmParams.targetSpecies) }}；ref-side {{ listText(confirmParams.refSpeciesList) }}；BLAST 引擎 {{ confirmParams.blastEngine || 'diamond' }}；绘图模式 {{ confirmParams.interspeciesPlotMode || 'both' }}。

PPI 参数

💡 Gene IDs are read from final/{{ (confirmParams.prefix || '').trim() || 'At' }}.final_members.id

KaKs 参数

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

📊 表达量数据来源（Select一种）：

✅ 方式1：直接上传 - 上传表达量矩阵(*.fpkm.txt/*.tpm.txt)+基因ID+sample.txt到Input目录

✅ 方式2：GEO编号 - InputGEO编号(如 GSE111937)自动Download

RNA-seq 参数

RNA-seq KEGG/fgsea 会优先使用物种级 KEGG gene set；没有物种级缓存时再回退到 KO 全库植物过滤。当前默认值来自 samples.yaml 元数据、job 资源前缀或已完成 manifest。

当前阶段会复用 RNA-seq 定量输出和 samples.yaml。若选择基因家族差异表达，需要已有 final_members.id；若选择全基因组差异表达，不依赖基因家族成员列表。

自动注释会按当前富集类型补缺失背景：GO 缺 gene2go 时优先用 AnnotationHub/biomaRt，失败再回退 InterProScan；KEGG 缺 gene2ko 时仍运行 KofamScan。

当前阶段会复用 samples.yaml 和上游真实产物；如缺少输入，后端预检/日志会给出具体缺失文件。

Combo 修订参数

当前图片：{{ getFileName(confirmParams.comboSourceImage) }}

选择要在 combo 图中展示的分析类型；单类型图请使用对应阶段已有结果。

Motif

Gene structure

Domain

至少选择两个类型；默认三类全选。重绘会复用已完成的 phylogeny/motif/structure/domain 结果，不重新运行上游分析。

启动子自定义绘图

复用已完成 promoter 阶段的 PlantCARE filtered 表，不重新提交 PlantCARE。

启动子元件

功能类别

{{ item.category }} ({{ item.count }})

匹配方式

图例颜色

Top N

图类型

位置分布图

Heatmap

Barplot

种内共线性 Circos 修订参数

当前图片：{{ getFileName(confirmParams.syntenySourceImage) }}

绘图数据：复用 synteny 阶段的 GFF、MCScanX collinearity、family gene ID 和 genome。

基因ID大小

基因ID距离染色体色块

基因ID轨道外边界

染色体色块粗细

染色体标注位置

染色体标注大小

进化树图修订参数

当前图片：{{ getFileName(confirmParams.treeSourceImage) }}

树文件：{{ confirmParams.treeFile }}

树文件：将根据当前图片自动解析对应 .tree.nwk

标记模式

基因ID距离

基因ID大小

树枝颜色

树枝粗细

Bootstrap

Bootstrap大小

标记大小

Tip标记形状

参考物种形状（角色树）

亚家族外圈弧线

弧线避让距离

亚家族名称距离

亚家族名称大小（0=自动）

输出将使用 tree_replot 命名，不覆盖原始树图。标记模式为“自动”时，多物种树按物种生成 Species 图例，单物种树使用统一 Tip 标记；角色树才会区分目标/参考物种形状。

MSA区间绘图参数

当前图片：{{ getFileName(confirmParams.msaSourceImage) }}

MSA来源：{{ confirmParams.msaFile }}

MSA来源：将根据当前图片/manifest自动解析

使用推荐区间

正在分析当前 MSA 的保守区推荐...

参考基因编号

alignment列

自动保守窗口

参考基因

起始残基

终止残基

起始 alignment 列

终止 alignment 列

窗口长度

最小非缺口比例

参考基因编号按所选基因的非 gap 残基计数；系统会自动换算为 alignment 列后截取所有序列。alignment 列模式包含缺口列；自动模式按保守度窗口筛选。

💡 提示：请先选择有效 VCF；当前不会自动执行。 💡 提示：下载失败后的拟南芥兜底必须手动确认，不会自动执行。 💡 提示：40秒内不操作将使用当前参数自动执行，可随时暂停倒计时后手动确认。

✓

{{ resultDialogParams.stage }} 执行完成

⏱️ 执行时间: {{ resultDialogParams.elapsed }}

Job ID

已完成阶段

操作

无

Select

暂无已有Working Directory

🔬 {{ interpretationReportKindLabel(interpretationReport) }} · {{ interpretationReport.metadata.title }}

分析流程: {{ interpretationReport.metadata.included_stages.join(' → ') }} | 完成: {{ (interpretationReport.metadata.completed_expected_stages || []).length }}/{{ (interpretationReport.metadata.expected_stages || interpretationReport.metadata.included_stages || []).length }} | 生成时间: {{ formatTime(interpretationReport.metadata.generated_at) }}

待补阶段: {{ interpretationReport.metadata.missing_expected_stages.join('、') }}

边界: {{ interpretationReport.metadata.interpretation_boundary }}

📈 当前累计进展

🔗 阶段间关联分析

{{ conn.from }} → {{ conn.to }}

💡 {{ conn.insight }}

💡 当前累计发现

{{ finding.id }}. {{ finding.title }}

📋 证据: {{ finding.evidence }}

🧩 跨阶段 Results 解读

{{ item.title || item.group }} · {{ item.readiness }}

阶段: {{ item.stages.join('、') }}

缺口: {{ item.missing_slots.join('；') }}

边界: {{ item.boundary }}

三个 agent 贡献审计

结果 agent

阶段 {{ interpretationReport.agent_contribution_audit.result_agent?.stage_count || 0 }} 个；事实证据 {{ interpretationReport.agent_contribution_audit.result_agent?.fact_count || 0 }} 条；风险 {{ interpretationReport.agent_contribution_audit.result_agent?.risk_count || 0 }} 条

{{ interpretationReport.agent_contribution_audit.result_agent?.boundary }}

发现 agent

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{{ interpretationReport.agent_contribution_audit.discovery_agent?.boundary }}

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来源 {{ interpretationReport.agent_contribution_audit.rag_agent?.reference_count || 0 }} 条；直接支持 {{ interpretationReport.agent_contribution_audit.rag_agent?.claim_bound_count || 0 }}；方法/背景 {{ interpretationReport.agent_contribution_audit.rag_agent?.method_support_count || 0 }}/{{ interpretationReport.agent_contribution_audit.rag_agent?.biological_background_count || 0 }}

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🔎 科学发现 / 候选假设

{{ item.id }}. {{ item.title }}

证据编号: {{ item.evidence_refs.join('、') }}

📋 证据: {{ item.evidence }}

解读: {{ item.interpretation }}

可信度: {{ item.confidence }}；边界: {{ item.caveat }}

RAG解读: {{ interpretationRagStatusLabel(item.rag_binding_status) }}

可借鉴写法: {{ item.rag_interpretation.suggested_wording }}

🧪 证据质量 / RAG解读审计

刷新RAG解读

Claims

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原始证据

RAG来源

文献支撑claim

方法参考

{{ interpretationReport.rag_audit.biological_context_count || 0 }}

背景知识

🧬 Claim级结果解读

解读: {{ claim.interpretation }}

边界: {{ claim.caveat }}

本地证据 {{ (claim.local_evidence || []).length }} 条；反证/风险 {{ (claim.counter_evidence || []).length }} 条；可信度 {{ claim.confidence || 'medium' }}

证据编号: {{ claim.evidence_refs.join('、') }}

可信度依据: {{ claim.confidence_reason }}

RAG解读增强

文献支撑当前结论: {{ interpretationReferenceList(claim.rag_interpretation.claim_support) }}

方法学参考: {{ interpretationReferenceList(claim.rag_interpretation.method_reference) }}

生物学背景: {{ interpretationReferenceList(claim.rag_interpretation.biological_context) }}

边界提醒: {{ claim.rag_interpretation.boundary_note }}

可借鉴写法: {{ claim.rag_interpretation.suggested_wording }}

文献启发的下一步: {{ claim.rag_interpretation.next_validation_from_literature.slice(0, 2).join('；') }}

未作为当前结论支撑的原因: {{ claim.rag_rejected_reason }}

下一步验证: {{ claim.next_validation.slice(0, 2).join('；') }}

⚠️ 解释风险

{{ risk.stage }} · {{ risk.severity }}

🧾 阶段审阅

可发表性: {{ review.publication_readiness }}

🧬 生物学故事

📋 下一步建议

{{ step.stage }}: {{ step.description }}

🧷 证据卡

{{ card.id || ('E' + String(idx + 1).padStart(3, '0')) }} · {{ card.stage || 'unknown' }} {{ card.source_type || card.interpretation_level || 'evidence' }}

📚 RAG参考来源

{{ ref.claim_id || ref.stage || 'RAG' }} {{ ref.support_level || ref.status || ref.source_type || 'reference' }}

{{ ref.title || ref.paper_title || ref.message || ref.query || '参考来源' }}

{{ [ref.source, ref.paper_id, ref.journal, ref.year].filter(Boolean).join(' · ') }}

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Query: {{ ref.query }}

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▶ 分析阶段 Analysis Stage

Examples

方法学文献

拓展分析阶段

📂 Working Directory

基础参数

RNA-seq 分析链路确认

RNA-seq QC 工具参数

RNA-seq Align 参数

RNA-seq 定量参数

RNA-seq 差异分析参数

RNA-seq 富集高级参数

RNA-seq FGSEA 参数

RNA-seq WGCNA 参数

RNA-seq Candidate 参数

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}

Genome Prepare 参数

NCBI序列下载

按ID提取序列

Identify 参数

本次成员鉴定物种

Phylogeny 参数

Combo 修订参数

启动子自定义绘图

种内共线性 Circos 修订参数

MSA区间绘图参数

亚家族确认参数

Motif 参数

Domain 参数

TFBS 参数

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

RNA-seq 参数

RNA-seq 物种信息（KEGG/fgsea/富集用）

RNA-seq QC 参数 (Quality Control - Step 1)

RNA-seq Align 参数 (Alignment - Step 2)

RNA-seq Quant 参数 (Quantification - Step 3)

RNA-seq DE 参数 (差异表达 - Step 4)

RNA-seq Enrich 参数 (Enrichment Analysis - Step 5)

PPI 参数 (Protein Interaction)

Ka/Ks 参数 (KaKs Analysis)

Interspecies species selection

📋 待执行阶段列表 ({{ batchExecuteStages.length }}个)

GWAS 物种与输出

数据角色（来自 config.xlsx）

多物种处理方式

本次亚家族分类对象（target + comparative）

⚠️ 检测到问题

{{ diagnosisFixData.solutionTitle }}

Adjust size and redraw

基本参数

GWAS 输入 VCF

群体遗传输入

PPI/KaKs 参考数据处理

PPI/KaKs 下载失败兜底确认

RNA-seq 分析链路确认

RNA-seq QC 工具参数

RNA-seq Align 参数

RNA-seq 定量参数

RNA-seq 差异分析参数

RNA-seq 富集高级参数

RNA-seq FGSEA 参数

RNA-seq WGCNA 参数

RNA-seq Candidate 参数

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}

{{ confirmParams.stage === 'identify' ? '本阶段成员鉴定对象' : '本阶段执行范围' }}

Identify 参数

本次成员鉴定物种

Phylogeny 参数

Motif 参数

Domain 参数

TFBS 参数

亚家族确认参数

种间共线性比较物种

PPI 参数

KaKs 参数

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

RNA-seq 参数

Combo 修订参数

启动子自定义绘图