BotanicalBaseAgent - 基因家族分析

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▶ Analysis Stage

📋 File Naming Convention

Genome: At.genome.fasta

GFF: At.gff3

CDS: At.cds.fasta

PEP: At.pep.fasta

HMM: WRKY.hmm

Subfamily: At_WRKY.subfamily

💡 At=Arabidopsis, WRKY=Gene Family

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📂 Working Directory

Job: {{ jobInfo.job_id }}

Input: {{ jobInfo.input_dir }}

Output: {{ jobInfo.output_dir }}

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Agent Assistant / Execution Log

Rounds: {{ Math.floor(agentSession.messages.length / 2) }}

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Analysis Stage: {{ getStageLabel(msg.intent.stage) }}

AI 正在思考中...

📊 Analysis Results

⏳

{{ currentTask.stage.toUpperCase() }} Executing

⏱️ {{ executeElapsed }}s | Refresh every 5s

⏹ Stop

Polling

🌐 {{ f.name }} {{ formatSize(f.size) }}

🖼️ {{ getFileName(img) }}

{{ isImageFile(f.name) ? '🖼️' : (f.name.endsWith('.ppi_url.txt') ? '🔗' : '📄') }} {{ f.name }} (点击打开STRING) {{ formatSize(f.size) }}

No files

Agent Tasks ({{ agentTasks.length }})

{{ task.status === 'completed' ? '✓' : task.status === 'failed' ? '✗' : task.status === 'running' ? '⟳' : '⏸' }} {{ task.progress }}%

{{ task.current_stage || 'Pending' }} | {{ formatTime(task.start_time) }}

{{ selectedImage }} Select Image

➕

➖

⟲

⬇

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{{ logContent.includes('Error') || logContent.includes('Traceback') || logContent.includes('失败') ? 'Execution Error' : 'Execution Log' }}

Clear

{{ logContent }}

Basic Parameters

Genome Prepare 参数

📦 Input文件要求（支持.gz压缩）：

JGI: *protein_primaryTranscriptOnly.fa + *gene_exons.gff3 (+ *genome.fa)

Ensembl: *.pep.all.fa + *.gff3 (+ *.cds.all.fa)

NCBI: *_protein.faa + *_genomic.gff (+ *_cds_from_genomic.fna)

💡 智能提取：如果没有蛋白文件，但有 genome.fa + GFF，系统会自动用 gffread 提取蛋白序列

✅ Output文件将保存到 input/{job_id}/ 目录供后续分析使用

Identify 参数

Phylogeny 参数

Motif 参数

Domain 参数

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

📊 表达量数据来源（Select一种）：

✅ 方式1：直接上传 - 上传表达量矩阵(*.fpkm.txt/*.tpm.txt)+基因ID+sample.txt到Input目录

✅ 方式2：GEO编号 - InputGEO编号(如 GSE111937)自动Download

RNA-seq 参数 (原始FASTQ数据Complete Pipeline)

🔬 RNA-seq 数据来源：

✅ 上传模式：需要上传以下文件到Input目录：
  • 参考Genome (*.fa/*.fasta)
  • 基因注释 (*.gtf/*.gff)
  • 样本配置文件 (samples.yaml)
  • 原始测序文件 (*_R1.fastq.gz, *_R2.fastq.gz)

🔍 检索Download模式：Input物种拉丁名后，系统会自动搜索并返回参考Genome和GTF的FTPDownload链接

RNA-seq QC 参数 (Quality Control - Step 1)

📋 所需文件：

• 样本配置文件 samples.yaml
• 原始测序文件 *_R1.fastq.gz, *_R2.fastq.gz
• 参考Genome *.fa/*.fasta
• 基因注释 *.gtf/*.gff

💡 可通过上方"Download Examples文件"获取samples.yaml模板

• 数据路径下需包含：samples.yaml + FASTQ文件
• input目录仍需上传：参考Genome + 基因注释
• 支持多个路径（逗号分隔），自动合并所有FASTQ文件
• 系统将自动创建FASTQ文件的软链接

💡 适合大数据量/多组织/多时期，避免重复上传

RNA-seq Align 参数 (Alignment - Step 2)

✅ 自动使用上一步Output：

• 使用 QC Output的 clean reads
• 使用上一步的参考Genome和GTF

无需再次Upload Files

RNA-seq Quant 参数 (Quantification - Step 3)

✅ 自动使用上一步Output：

• 使用 Align Output的 BAM 文件
• 使用上一步的 GTF 注释

无需再次Upload Files

RNA-seq DE 参数 (差异表达 - Step 4)

✅ 自动使用上一步Output：

• 使用 Quant Output的表达量矩阵
• 使用 samples.yaml 中的分组信息

无需再次Upload Files

RNA-seq Enrich 参数 (Enrichment Analysis - Step 5)

✅ 自动使用上一步Output：

• 使用 DE Output的差异基因列表

无需再次Upload Files

PPI 参数 (Protein Interaction)

✅ 自动使用 Identify Output：

• 使用基因家族 ID 列表查询 STRING 数据库
• 置信度越高，互作关系越可靠
需要先运行 Identify 阶段

📤 同源映射文件（可选）：

• 如需查询非模式植物，请上传同源映射文件到 input 目录
• 文件名：ortholog_pairs.txt 或 Ft_Ath_orthologs.txt
• 格式：FtGeneID\tAthGeneID（制表符分隔）
• 系统会自动搜索 workspace/kaks_analysis/ 目录下的映射文件

Ka/Ks 参数 (KaKs Analysis)

📤 需要Upload Files：

• cds1.fasta - 物种1 CDS序列 (如 Ft.cds.fasta)
• cds2.fasta - 物种2 CDS序列 (如 Ath.cds.fasta)
• pep1.fasta - 物种1蛋白序列 (如 Ft.pep.fasta)
• pep2.fasta - 物种2蛋白序列 (如 Ath.pep.fasta)
• ortholog_pairs.txt - 同源基因对
系统会自动搜索以下位置的文件：
• input/ 目录
• workspace/<job>/kaks_analysis/ 目录
• 支持格式：FtGeneID\tAthGeneID（制表符分隔）

💡 提示：以上参数可根据具体数据进行调整。如不调整，则使用默认参数。

📋 待执行阶段列表 ({{ batchExecuteStages.length }}个)

{{ idx + 1 }}. {{ typeof stage === 'object' ? stage.name : stage }}

✓

执行中...

正在执行: {{ typeof batchExecuteStages[batchExecuteIndex] === 'object' ? batchExecuteStages[batchExecuteIndex].name : batchExecuteStages[batchExecuteIndex] }} ({{ batchExecuteIndex + 1 }}/{{ batchExecuteStages.length }})

调整参数重新绘图

🔄 重新绘图

📋 当前阶段: {{ selectedStage }}

进度: {{ stageConfirmCurrent }} / {{ stageConfirmTotal }}

基本参数

PPI 参数

💡 基因ID将自动从 final/{{ confirmParams.prefix }}.final_members.id 读取

KaKs 参数

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

📊 表达量数据来源（Select一种）：

✅ 方式1：直接上传 - 上传表达量矩阵(*.fpkm.txt/*.tpm.txt)+基因ID+sample.txt到Input目录

✅ 方式2：GEO编号 - InputGEO编号(如 GSE111937)自动Download

RNA-seq 参数

⚠️ RNA-seq分析需要预先上传样本数据。如未上传，此阶段将跳过。

💡 提示：15秒内不操作将使用默认参数自动执行

✓

{{ resultDialogParams.stage }} 执行完成

⏱️ 执行时间: {{ resultDialogParams.elapsed }}

Job ID

已完成阶段

操作

无

Select

暂无已有Working Directory

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📁 Upload Files ({{ uploadedFiles.length }})

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📊 Analysis Results

Basic Parameters

Genome Prepare 参数

Identify 参数

Phylogeny 参数

Motif 参数

Domain 参数

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

RNA-seq 参数 (原始FASTQ数据Complete Pipeline)

RNA-seq QC 参数 (Quality Control - Step 1)

RNA-seq Align 参数 (Alignment - Step 2)

RNA-seq Quant 参数 (Quantification - Step 3)

RNA-seq DE 参数 (差异表达 - Step 4)

RNA-seq Enrich 参数 (Enrichment Analysis - Step 5)

PPI 参数 (Protein Interaction)

Ka/Ks 参数 (KaKs Analysis)

📋 待执行阶段列表 ({{ batchExecuteStages.length }}个)

调整参数重新绘图

基本参数

PPI 参数

KaKs 参数

Expression 参数 (FPKM/TPM矩阵)

RNA-seq 参数

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