# 共线性
## 数据
- 修订id后的gff3,暂时在用户上传的input文件夹里Ft_final.gff3；

- 物种蛋白文件Ft.pep.fasta，在上传的input里；

## diomand比对
- 构建diamond数据库
(1)构建数据库：
diamond makedb   --in Ft.pep.fasta --db Ft.pep.fasta
(2)使用diamond blastp进行比对，Ft.blast这个命名方式需以blast结尾，Ft.blast这个命名方式需以blast结尾,  --max-target-seqs 5保持5  1e-10或者5；
diamond blastp --query Ft.pep.fasta --db  Ft.pep.fasta  --out Ft.blast  --outfmt 6   --max-target-seqs 5 --evalue 1e-10
- 用blastp构建数据库
(1)构建数据库
makeblastdb -in Ft.pep.fasta -dbtype prot -out Ft.pep.fasta
(2)比对
blastp -query Ft.pep.fasta -db Ft.pep.fasta -outfmt 6 -out Ft.blast -num_threads 10 -num_alignments 5 -evalue 1e-10

##  过滤gff3文件,染色体、基因、起始、终止
- awk -F ";"以分号为分割符,保存文件名必须与blast的文件名输出一致"Ft";
awk '$3=="mRNA"' Ft_final.gff3 | awk -F ";" '{print $1}'|awk '{print $1"\t"$9"\t"$4"\t"$5}'|sed 's/ID=//' > Ft.gff

## 种内基因复制模式分析,复制基因分类,只需要Ft前缀,会自动查找blast和gff
- 分析
duplicate_gene_classifier ./Ft > Ft.dup_class.log
- 统计
(1)cat Ft.dup_class.log 
(2)less Ft.gene_type |cut -f 2| sort | uniq -c 

## 种内共线性分析ll
MCScanX ./Ft

## 种内共线性分圈图
- 数据
(1)Ft.genome.fasta   
(2)Ft.SPL.geneID
(3)共线性分析"MCScanX ./Ft"的结果Ft.collinearity
(4)过滤gff3文件“染色体 基因id 起始 终止”Ft.gff
(5)绘图配置文件ideogram.conf、circos.conf、ticks.conf
- 计算染色体长度
seqkit fx2tab -l -n -i Ft.genome.fasta |grep  "^Ft" |awk '{print $1"\t"$2}' > genome.len
- 生成染色体文件，即核型信息文件，共7列
awk '{print "chr\t-\t"$1"\t"$1"\t0\t"$2"\tchr"NR}' genome.len > Ft.karyotype.circos.txt
- 生成ciscos作图数据文件
perl scripts/get_mcscanx_circos.pl  Ft.gff  Ft.collinearity  Ft.SPL.geneID  Ft.SPL.circos  
- 绘图
circos

## 微共线图：microsynteny绘图，微供线性。展示部分， 超过10条就不好展示
- 数据
(1)Ft.collinearity
(2)Ft_final.gff3
- 绘图
(1)选取需要图示的共线性块信息,生成文件为2列，为块内共线性基因对
awk  '$1 ~ /^0-/' Ft.collinearity | awk -F "\t" '{print $2"\t"$3}'|head -n 10  >  blocks
(2)准备好基因位置信息及方向文件
awk '$3=="mRNA"' Ft_final.gff3 | awk -F ";" '{print $1}'|awk '{print $1"\t"$4"\t"$5"\t"$9"\t.\t"$7}'|sed 's/ID=//' > Ft.bed
(3)绘制微共线性图:--shadestyle=line线性;--genelabelsize 6 （4-5-6都行）
conda activate bgpy310
- 编辑绘图配置文件（需要学习这个）
vim blocks.layout
- 绘制1：默认
python -m jcvi.graphics.synteny blocks  Ft.bed  blocks.layout  --shadestyle=line --glyphstyle=arrow --genelabelsize 6
- 绘制2：制定微共线性图的线条颜色
(1)vim blocks g*FtPinG0003151100.01.T01 FtPinG0005492300.01.T01
(2)python -m jcvi.graphics.synteny blocks  Ft.bed  blocks.layout  --shadestyle=line --glyphstyle=arrow --genelabelsize 6