# STRING PPI Task 7：真实 9010 E2E

日期：2026-07-21  
目标：`job_1784552755238_b8762f` / `Sv.HKL`  
结果：**PASSED — 真实 Ortholog → PPI 主链与最终 9 项矩阵通过**

## 结论

最终 attempt 5 已通过真实 9010 API 完成 `preflight → PPI-owned Ortholog → ready_reference_mapping → PPI`。PPI 使用 STRING TaxID `4555` 查询、本地 normalization label `string_taxon_4555`，解析 6/6 个基因并获得 15 条互作；scoped Manifest 为 `success`，stage status 为 `completed`，6 个 artifacts 均存在且哈希匹配。

下文保留 attempt 1–4 的失败过程与原始证据；这些失败促成了 scope identity、owner TaxID 和 normalization label 的最小修订，不代表最终状态。最终 9 项只读矩阵也已通过，证明 Os direct、Sv/Ft/第二 unsupported 植物、未知身份、At fallback 以及 PPI/KaKs 数据依赖隔离均符合计划。

## 基线

- Scope：`workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json`
- Scope SHA256：`31d8f69ef697c9c802cc929cd2383aca8e700a6c7fc52a57db408156384ed711`
- Target config：`Sv / Setaria_viridis`；显式树 TaxID `4556`
- 提交前没有 Ortholog/PPI 文件，五条 `plantai_4090_9010.*` 队列均为 0。
- 9010 PIDs：Web `2523340`；workers `2523309, 2523315, 2523323, 2523330, 2523341`。
- STRING snapshot：v12.0，ID `ede47d546d853d0ec30ee75066976a35c08fd2412e6e5fc7866bbd205fc2eeb3`，source-manifest SHA `46fd3d72d7e2086682d7cb3723c668b6bb629087ad4c8ce1e1aac9480131c6e7`。

## 1. 未确认与确认 preflight

真实请求：`POST /api/ppi/species-resolution`。核心请求体：

```json
{
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "scopeFile": "workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "ppiSpecies": "auto",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "geneFamily": "HKL",
  "targetScientificName": "Setaria viridis",
  "ppiTargetTreeTaxonId": "4556",
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": false,
  "dependencyOwner": "ppi",
  "requestedStages": ["ppi"]
}
```

未确认结果为 `confirmation_required / ppi_reference_confirmation_required`，provenance 为 `required=true, confirmed=false`。把唯一确认字段改为 `true` 后，HTTP 200 返回：

```text
status=needs_reference_data
issue_code=ppi_reference_data_missing
selected_taxon_id=4555
reference_species=string_taxon_4555
required_files=[pep]
missing_required=[pep]
```

没有 CDS 或 Ka/Ks 要求，确认后的 provenance 为 `required=true, confirmed=true`。

## 2. 真实 reference bundle 下载

请求：`POST /api/reference-bundle/download`

```json
{
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "speciesCode": "string_taxon_4555",
  "speciesName": "Setaria italica",
  "taxonId": "4555",
  "requestedStages": ["ppi"],
  "includeRecommended": false,
  "timeoutSec": 600,
  "asyncMode": true
}
```

- Task ID：`d9cdbb88-1eb0-4109-947d-f6e14f7f5eb4`
- `/api/task/{id}`：`success`，progress 100
- Assembly：`GCF_000263155.2`
- 下载：9,242,771 bytes
- `requested_file_types=[pep]`
- PEP records：35,844；CDS records：0
- PEP：[string_taxon_4555.pep.fasta](../../input/job_1784552755238_b8762f/string_taxon_4555/string_taxon_4555.pep.fasta)，SHA `2c037fe5e3e17e6afe9dd7134c7a5ed4a6eb5e12c54c1cc1b29978b2f90bd926`
- Manifest：`input/job_1784552755238_b8762f/string_taxon_4555/string_taxon_4555.reference_bundle_download.manifest.json`

## 3. 真实 PPI-owned Ortholog

第一次 direct request 错误地额外携带了普通 `referenceSpecies/refSpeciesList=[string_taxon_4555]`，入口按 config 物种校验并返回 HTTP 400，没有 task_id、队列或文件副作用。修正请求仅保留 owner 字段：

```json
{
  "stage": "ortholog",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "blastEvalue": 0.00001,
  "scopeFile": "workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}
```

- Task ID：`0a20a621-ca10-47fe-a4c3-da1d334303d2`
- Queue：`plantai_4090_9010.medium`，CPU 4
- 结果：success，6 pairs
- Log：`workspace/job_1784552755238_b8762f/logs/20260721_082842_ortholog.log`
- Mapping：`workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.orthologs.txt`，SHA `cdce241cfa9217549ec3a940cd22bf69ca610e647d3b8f3cc204eef12a9aa677`
- Sidecar：`workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.orthologs.txt.identity.json`
- Manifest：`workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.ortholog.manifest.json`
- Manifest/sidecar 均记录 reference TaxID `4555`、storage key `string_taxon_4555`、PEP SHA、target/member/mapping identity 与 mapping path。

## 4. 阻断：post-Ortholog preflight

再次发送已确认的真实 preflight，HTTP 200 返回：

```text
status=needs_ortholog
decision=needs_reference_ortholog
issue_code=stale_ortholog_identity_conflict
message=Existing Ortholog mapping identity is stale or unverifiable:
        ppi_owner_mapping_sidecar_identity_mismatch.
```

逐字段重算结果：

| 字段 | Expected | Actual | 结果 |
|---|---|---|---|
| reference TaxID | `4555` | `4555` | 相同 |
| storage key | `string_taxon_4555` | `string_taxon_4555` | 相同 |
| reference PEP SHA | `2c037f…bd926` | `2c037f…bd926` | 相同 |
| query path | `Target.Sv.HKL.curated_members.pep.fa` | 同左 | 相同 |
| query SHA | `5da2e0…bc3a1` | 同左 | 相同 |
| target identity | `c59de0…6f847` | 同左 | 相同 |
| mapping path/SHA | `Sv.HKL.orthologs.txt` / `cdce24…677` | 同左 | 相同 |
| member-set input | 空字符串 | 空字符串 | 相同 |
| scope ID | `…target_only` | `…target_plus_reference` | **不同** |
| member identity | `d29df1…d49e` | `6ba954…bb1f` | **不同** |
| mapping identity | `a8f853…b060` | `f288bd…0568` | **不同** |

复算 `target_plus_reference` scope 精确得到 sidecar actual 的两项 identity，证明根因是 scope 身份分叉。

调用路径：

- preflight：`_ppi_mapping_identity_matches_current_inputs` → 从传入的原 `target_only` scope 调 `build_scope_id` → `build_ortholog_run_identity`。
- producer：`run_stage(stage="ortholog")` 的 request context 把执行 scope 指向已有 `target_plus_reference` scope；PPI owner override 再替换 reference 为 `string_taxon_4555`，随后写 sidecar/manifest。

## 停止边界与安全

按“任一步失败立即报告”的要求，阻断后没有提交 PPI，没有运行 API species matrix，没有构造 Bn backend job。最终没有任何 PPI 文件，default/medium 队列均为 0，也没有删除任何用户结果。

9000 五个 worker PID 保持 `3588799, 3588807, 3588814, 3588821, 3588830`。本任务没有向 9000 或 19000 发送请求/信号。只读终检发现先前的 19000 PID `2483131` 已由外部机制替换为 `2526118`（启动时间 08:28:48）；该进程仅被观察，未被本任务操作。

结构化证据见 [JSON](./2026-07-21-string-ppi-task7-live-e2e.json)。

## Attempt 2：scope 修复后的真实 9010 复验

9010 在受控重启后使用的新模块 SHA：

- `apps/web/vue3/main.py`: `72261549d622e70a90a43f8795e3c9cf0eccf499899c62233e1f7c25768fd3e1`
- `tasks.py`: `89b434ccd7e2a4c997efc87cbec954fbfd63857931752b2daa0549279f13fc08`
- `gfa_core/mas/tools/stage_tools.py`: `ffda6ec77256e8ef23c2635210f5624db550c2e657aaaf8b38b0c3b820d5f1a9`
- `apps/web/pipeline_backend.py`: `32b4391ec4d3fda87d78180b923bcb1c5d4066588980bbc61e73d5fe153b5d17`
- `gfa_core/ortholog_materialize.py`: `a0a70088f230eb0560355c7a68cb05a9b4933c72cc626c9ebef6427f46c97913`

### Attempt 2 请求

再次向真实 `POST /api/execute` 提交 owner-only Ortholog 请求：

```json
{
  "stage": "ortholog",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "blastEvalue": 0.00001,
  "scopeFile": "workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}
```

请求没有发送 `forceRerun` 或 `forceRerunStages`，所以 API 模型/参数构造中的有效值为 `forceRerun=false`、`forceRerunStages=[]`。请求模型没有 `use_existing` 字段，本次也未发送任何 `use_existing` 参数。

- API task ID：`cb4515ba-117f-4749-9b72-a5a083ad04dd`
- Celery task ID：`66463b47-abe9-49f4-82a3-87263e11fad6`
- Queue：`plantai_4090_9010.medium`
- `/api/task/{id}`：`success`，6 pairs，Celery 用时 `0.5197922608349472s`

### Attempt 2 实际行为

worker 日志明确记录：

```text
09:00:12.554 WARN Effective member FASTA resolution failed for Target.string_taxon_4555.HKL
09:00:12.591 INFO Reusing identity-matched ortholog pairs for Sv -> string_taxon_4555:
                  workspace/job_1784552755238_b8762f/ortholog/Sv.HKL.Sv_to_string_taxon_4555_pairs.txt
09:00:12.596 Direct single-stage result: success, 6 pairs
09:00:12.672 Celery task succeeded in 0.5197922608349472s
```

API/Celery success 消息声称日志为 `workspace/job_1784552755238_b8762f/logs/20260721_090012_ortholog.log`，但该文件不存在。`/api/task` 返回的 `log` 字段实际仍是 attempt 1 的 `20260721_082842_ortholog.log` 内容。这与 worker 的 reuse 行一致：attempt 2 没有执行新的 `run_ortholog.py` 命令。

中间产物没有变化：

| 文件 | mtime | SHA256 |
|---|---|---|
| `ortholog/Sv.HKL.Sv_to_string_taxon_4555_pairs.txt` | `08:28:47.682668677` | `4c5e1c3b…d35f29` |
| `ortholog/Sv.HKL.Sv_to_string_taxon_4555_pairs.txt.identity.json` | `08:28:47.714255320` | `f97a7774…6201` |

final 物化产物在 attempt 2 被重写：

| 文件 | mtime | SHA256 |
|---|---|---|
| `final/Sv.HKL.orthologs.txt` | `09:00:12.591883154` | `cdce241c…a677` |
| `final/Sv.HKL.orthologs.txt.identity.json` | `09:00:12.592846398` | `f0a96652…14bca` |
| `final/Sv.HKL.ortholog.manifest.json` | `09:00:12.593582705` | `3236e7ed…8f60` |
| scoped Ortholog manifest | `09:00:12.594018966` | `dcccb1b7…1420` |

intermediate sidecar 的核心 identity 仍为：TaxID `4555`、storage key `string_taxon_4555`、target identity `c59de0…6f847`、member identity `6ba954…bb1f`、mapping identity `00c273…6a0a`。物化后的 final sidecar 保留相同 target/member identity，final mapping identity 为 `f288bd…0568`。

### Attempt 2 根因

新的 producer 修复位于 `pipeline_backend.py:9477-9506`：只有传入的 `ortholog_scope_data.scope_mode == "target_only"` 时，才设置 `preserve_target_only_scope=true`；随后 `build_ortholog_run_identity` 和 `ortholog_run_identity_matches` 决定是否复用中间结果。

但请求在到达该修复前已被 `/api/execute` 改写：

1. owner-only 请求只带 `ppiReferenceStorageKey=string_taxon_4555`，未带普通 `refSpecies/ppiReferenceSpecies/referenceBundleSpecies`。
2. `main.py:8898-8913` 构造 `technical_reference_species` 时不读取 `ppiReferenceStorageKey`，因此列表为空。
3. Ortholog 在 `main.py:8914-8937` 进入通用 target-reference fallback，恢复 job 默认参考 `At` 和 `target_plus_reference`。
4. `_ensure_gene_family_scope_file` 在 `main.py:9002-9013` 判定原 `target_only` scope 与新 expected scope 不同，生成 `Sv.HKL.HKL.target-Sv.ref-At.target_plus_reference.scope.json` 并替换请求中的 `scopeFile`。
5. Celery 经 `tasks.py::execute_single_stage_task` → `StageToolRegistry.execute` → `StageToolExecutor.execute` → `pipeline_backend.run_stage` 收到的是已经改写的 scope。
6. producer 看到 `source_scope_mode=target_plus_reference`，因此 `preserve_target_only_scope=false`；expected identity 与旧 intermediate sidecar 相同，`ortholog_run_identity_matches` 返回 true，并复用旧 pairs。

因此，attempt 2 证明当前修复点太晚：它能保留收到的 `target_only` scope，却无法纠正 API 入队前已经发生的 scope 改写。

### Attempt 2 停止点

post-Ortholog 真实 preflight 在 `09:00:54` 再次返回 `needs_ortholog / stale_ortholog_identity_conflict`。按失败即停规则，没有提交 PPI，也没有运行 species matrix 或独立 Bn job；本轮没有代码修改或结果删除。

## Attempt 3：target-only producer 修复后的真实主链

### Gate 与 9010 重启

真实 job scope：

- 绝对路径：`/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json`
- SHA256：`31d8f69ef697c9c802cc929cd2383aca8e700a6c7fc52a57db408156384ed711`
- `scope_id=HKL.target-Sv.target_only`，`scope_mode=target_only`，target=`[Sv]`，reference=`[]`

重启前确认 9010 Web/worker 全部位于目标目录，使用 `BBAV5_QUEUE_PREFIX=plantai_4090_9010`、`BBAV5_REDIS_URL=redis://localhost:6379/11`，DB11 PONG。只停止旧 9010 Web PID `2544115` 和五个 worker master `2544081/2544089/2544096/2544103/2544116`。

重启后：

- Web：`2586056`
- default/heavy/medium/light/rnaseq：`2586051/2586052/2586053/2586054/2586055`
- 5/5 worker pong；`/docs` 与 `/openapi.json` 均 HTTP 200
- 9000 worker master `3588799/3588807/3588814/3588821/3588830` 与 19000 Web `2529914` 未变
- 当前 `apps/web/vue3/main.py` SHA：`90240498d608c8182afb10ad79e81a0213b20e428c3a20f69a7c63c9458266a4`

### 真实 preflight 与 Ortholog

confirmed owner preflight 使用原 target-only scope、TaxID `4555`、storage key `string_taxon_4555`，先返回预期的 `needs_ortholog / stale_ortholog_identity_conflict`。随后提交：

```json
{
  "stage": "ortholog",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "blastEvalue": 0.00001,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}
```

- API task：`eaf45f36-d86e-4887-ae2d-d799d3ccaaef`
- Celery task：`6ad681e3-e7d5-49fd-b78c-0d8c999b3df6`
- 真实新命令已执行，Celery 用时 `5.773302449146286s`；没有 reuse 行
- 新日志：`logs/20260721_100750_ortholog.log`，SHA `902d3998e3c3098ff62b67817867d89dfb3aa7d690877dee292627118b4215f5`
- intermediate pair/sidecar mtime 均更新为 `10:07:56`；sidecar SHA `21d61a72…00fe6`
- final sidecar SHA `ffd3c39b…90358`
- scoped manifest：`Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ortholog.manifest.json`，SHA `95e74562…1ce07`
- manifest/sidecar 均记录 TaxID `4555`、storage key `string_taxon_4555`、PEP SHA `2c037f…bd926`、target identity `c59de0…6f847`、member identity `dc9fbb…094a`
- manifest `scope_id=HKL.target-Sv.target_only`、`scope_mode=target_only`、`analysis_route=target_only`，scopeFile 保持原绝对路径

post-Ortholog preflight 返回 HTTP 200：`status=ready`、`decision=ready_reference_mapping`、issue code 为空，provenance `required=true, confirmed=true`。

### 真实 PPI 请求与失败

在 ready gate 后提交的完整请求：

```json
{
  "stage": "ppi",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiSpecies": "auto",
  "ppiScore": 200,
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}
```

- API task：`1f2a89c4-5042-4b93-a50f-923cd8925bfa`
- Celery task：`a25e255e-6d14-4c8f-98ac-151b90aa682c`
- Queue：`plantai_4090_9010.light`，CPU 4
- Celery task wrapper 用时 `11.837375451112166s`，业务结果为 failed
- 错误：`PPI 无法从 Ortholog 映射推断 STRING 参考物种`
- issue code：`ppi_invalid_ortholog_mapping`

Celery 的原始 kwargs 未写入 task 状态或 worker 日志，不能事后逐字恢复；可验证的有效参数链为：`main.py` 将请求的 `ppiSpecies/ppiReferenceTaxonId/StorageKey/SelectionMode/UserConfirmed` 放入 params，`StageToolExecutor` 将同名字段传入 `run_stage`。失败 provenance 保留 `selection_mode=tree_nearest`、`confirmed=true`、mapping reference=`string_taxon_4555` 和 mapping path，证明 owner 状态已到达执行层。

PPI 在调用 `skills/ppi/run.py` 之前失败，所以：

- 没有新的 PPI stage log
- worker 没有 `[CMD] ... skills/ppi/run.py`
- 没有 network/report/url/id-resolution 等 PPI 成功 artifacts
- 仅生成中间 source ID 文件 `ppi/analysis/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi_source_ids.txt`，6 IDs，SHA `1e0cc6…df2ef`
- failed manifest：`final/Sv.HKL.ppi.manifest.json`，SHA `ce6e65ec…f885a`，`artifacts={}`
- 精确 scope 的 `/api/stage-status` 为 `not_found/completed=false`，因为 scoped PPI manifest 未生成

failed manifest resolution 为：`ppiSpecies=auto`、selected taxon/reference 为空、fallback=`invalid_mapping`、reason=`ortholog_mapping_target_species_not_supported_by_string`。失败 provenance 的 selected taxon 也为空，但仍保留确认信息与 `string_taxon_4555` mapping。

### Attempt 3 根因判定

这不是验证请求遗漏字段，也不是 API→Celery 传输丢字段。当前前端真实请求构造同样保持 `ppiSpecies=auto`：`executeStageDirect` 从 stage/confirm 取值，否则为 `auto`；`applyPpiOwnerFieldsToRequest` 只追加 owner TaxID/storage/mode/confirmed，不把 `ppiSpecies` 改成 selected TaxID。因此本次请求与真实前端路径一致。

执行层的分叉为：

1. `run_stage` 对 `ppiSpecies=auto` 将 execution species 初始化为空。
2. target-only scope 的 reference list 为空，所以不能从 scope 得到 execution species。
3. 读取 mapping 第五列得到 `string_taxon_4555`，但 `infer_string_species_from_ortholog_mapping` 仅调用 legacy `species_to_string_code`；storage key 不在该别名表中，因此返回空。
4. `run_stage` 虽已收到 `ppiReferenceTaxonId=4555` 与 storage key，却没有在该解析分支用 owner TaxID 作为 STRING execution identity，于 CLI 前失败。
5. 失败 provenance 的 selected taxon 为空是次生记录问题：`fail_ppi_execution` 仅从空的 `ppi_species` 计算 TaxID，也没有使用 `ppi_reference_taxon_id`。

按失败即停规则，没有重试、没有改请求、没有修改代码、没有运行物种矩阵或 Bn job。终检五个 9010 队列均为 0；9000/19000 PID 保持不变。

## Attempt 4：复用 ready Ortholog 后的单次真实 PPI 重试

### Gate、重启与请求

本轮没有重跑 Ortholog。重启前、重启后分别用真实 `/api/ppi/species-resolution` 确认已有映射为 `ready / ready_reference_mapping`：TaxID `4555`、storage key `string_taxon_4555`，provenance confirmation 为 `required=true, confirmed=true`。复用的 final mapping 为 `final/Sv.HKL.orthologs.txt`，SHA256 `cdce241c…a677`；final sidecar SHA256 `ffd3c39b…90358`；scoped Ortholog manifest SHA256 `95e74562…1ce07`。

只重启了 9010：Web PID `2595459`，default/heavy/medium/light/rnaseq worker master 为 `2595454/2595455/2595456/2595457/2595458`，5/5 pong，`/docs` 与 `/openapi.json` 均 HTTP 200。9000 worker master `3588799/3588807/3588814/3588821/3588830` 和 19000 Web PID `2529914` 未变化。

生效代码 SHA256：

| 文件 | SHA256 |
|---|---|
| `apps/web/vue3/main.py` | `90240498d608c8182afb10ad79e81a0213b20e428c3a20f69a7c63c9458266a4` |
| `tasks.py` | `89b434ccd7e2a4c997efc87cbec954fbfd63857931752b2daa0549279f13fc08` |
| `gfa_core/mas/tools/stage_tools.py` | `ffda6ec77256e8ef23c2635210f5624db550c2e657aaaf8b38b0c3b820d5f1a9` |
| `apps/web/pipeline_backend.py` | `57b35484a89cb096211ac18032a34ad220a33dbc5bc98a455724713ce3303d05` |
| `gfa_core/ortholog_materialize.py` | `a0a70088f230eb0560355c7a68cb05a9b4933c72cc626c9ebef6427f46c97913` |
| `gfa_core/ppi_provenance.py` | `b4d947d5…c3031` |
| `gfa_core/mas/tools/stage_status.py` | `a3fc7012…d473` |
| `skills/ppi/run.py` | `8518de8c…36afe` |

提交的完整 PPI 请求与 attempt 3 相同：

```json
{
  "stage": "ppi",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiSpecies": "auto",
  "ppiScore": 200,
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}
```

- API task ID：`fd77c17d-0387-477c-a294-747f41277529`
- Celery task ID：`f401575e-43ac-43dd-84ac-26d1b20a392e`
- Queue：`plantai_4090_9010.light`，CPU 4
- wrapper 用时：`29.942377381026745s`
- 业务状态：`failed`

### 完整执行身份与失败证据

本轮通过了 attempt 3 的 execution-species 阻塞，真实 CLI 已执行：

```text
/home/xzq/miniconda3/envs/test4py311/bin/python skills/ppi/run.py --gene-ids /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/ppi/analysis/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi_source_ids.txt --species 4555 --normalization-species-label 4555 --prefix Sv.HKL --output /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/ppi --score 200 --provenance-json /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/ppi/Sv.HKL.ppi_provenance.json --mapping /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.orthologs.txt --id-map /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/input/job_1784552755238_b8762f/string_taxon_4555/string_taxon_4555.pep_cds_idmap.tsv
```

ID map 的 header 与首个证据行是：

```text
species_code protein_id pep_id cds_id gene_id ncbi_gene_id pep_present cds_present pep_header cds_header
string_taxon_4555 NP_001267731.1 NP_001267731.1 ...
```

skill 在载入 6 个 source IDs 和 6 条 Ortholog mapping 后停止，精确错误为：

```text
Alias evidence species mismatch at row 2: declared '4555', observed 'string_taxon_4555'
```

因此 attempt 4 的单一直接阻塞点是两个不同层级的身份被当成同一个字段：

- STRING 远程查询 execution identity：TaxID `4555`，`--species 4555` 正确；
- 本地 reference bundle / ID-map normalization identity：storage key `string_taxon_4555`；
- 实际错误参数：`--normalization-species-label 4555`，与 ID map 的 `species_code=string_taxon_4555` 冲突。

也就是说，Ortholog mapping、owner TaxID、STRING 查询物种和确认 provenance 都已正确到达执行层；本次失败只由 normalization label 未使用 storage identity 触发。

### Manifest、provenance 与停止点

| 文件 | SHA256 | 结果 |
|---|---|---|
| `logs/20260721_102510_ppi.log` | `07f7cb3a…d650` | 完整 CLI 与 mismatch 错误 |
| `final/Sv.HKL.ppi.manifest.json` | `987b929b…886f` | failed，`artifacts={}` |
| `ppi/Sv.HKL.manifest.json` | `71250422…6463e` | failed，精确 mismatch message |
| `ppi/Sv.HKL.ppi_provenance.json` | `94875cbf…4242` | selected TaxID `4555`、mapping reference `string_taxon_4555`、normalization label `4555` |
| scoped source IDs | `1e0cc6e5…df2ef` | 6 IDs |

`final/Sv.HKL.ppi.manifest.json` 是 stale/merge 的 legacy failed manifest：顶层 error 已更新为 attempt 4 的 exit-code/log，但 timestamp 和 `parameters.ppi_species_resolution` 仍保留 attempt 3 的 `10:09:28 / invalid_mapping`；其 provenance 则已更新为 selected TaxID `4555` 和 normalization label `4555`。因此不能把旧 resolution 块当作本轮根因。

精确 scoped `/api/stage-status` 返回 `not_found/completed=false`，期望 manifest 为 `final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi.manifest.json`；legacy task stage status 为 `failed/completed=false`、`artifacts_checked=0`。没有生成 network/report/url/id-resolution 等成功产物。

按失败即停规则，本轮没有 PPI 重试、没有 Ortholog 重跑、没有物种矩阵、没有独立 Bn job、没有代码修改或文件删除。终检五个 9010 队列均为 0，9000/19000 进程保持不变。

## Attempt 5：normalization identity 修复后的真实 PPI 成功

### Gate 与 9010 重启

本轮仍只执行 PPI，没有重跑 Ortholog。重启前和重启后两次真实 `/api/ppi/species-resolution` 均返回：

```text
status=ready
decision=ready_reference_mapping
selected_taxon_id=4555
reference_species=string_taxon_4555
mapping_reference_species=string_taxon_4555
confirmation required=true, confirmed=true
```

既有 Ortholog 身份未变化：mapping SHA256 `cdce241c…a677`，final sidecar `ffd3c39b…90358`，target-only scoped Ortholog manifest `95e74562…1ce07`。生效代码 SHA256 为：

| 文件 | SHA256 |
|---|---|
| `apps/web/vue3/main.py` | `90240498d608c8182afb10ad79e81a0213b20e428c3a20f69a7c63c9458266a4` |
| `tasks.py` | `89b434ccd7e2a4c997efc87cbec954fbfd63857931752b2daa0549279f13fc08` |
| `gfa_core/mas/tools/stage_tools.py` | `ffda6ec77256e8ef23c2635210f5624db550c2e657aaaf8b38b0c3b820d5f1a9` |
| `apps/web/pipeline_backend.py` | `9834917f36c9b400b22b7a8a50b7e047a57a3cf3e01ee83184f5e3b5aa9a629a` |
| `gfa_core/ortholog_materialize.py` | `a0a70088f230eb0560355c7a68cb05a9b4933c72cc626c9ebef6427f46c97913` |
| `gfa_core/ppi_provenance.py` | `b4d947d5ffa05db776039ffdec0c6f713e247a706994673dff1d92e4733c3031` |
| `gfa_core/mas/tools/stage_status.py` | `a3fc701271bbfca599324eeac721f027dd67752a1e640977b9ffef76cb21d473` |
| `skills/ppi/run.py` | `2f592370b3c0c97d8f5e0500f348099fb85e581ad29219e2143b629011327a12` |

仅重启 9010：Web PID `2608735`，default/heavy/medium/light/rnaseq worker master 为 `2608731/2608635/2608732/2608607/2608636`；5/5 pong，`/docs` 与 `/openapi.json` HTTP 200。9000 worker master `3588799/3588807/3588814/3588821/3588830` 与 19000 Web PID `2529914` 未变化。

### 唯一真实 PPI 请求

```json
{
  "stage": "ppi",
  "job_id": "job_1784552755238_b8762f",
  "prefix": "Sv.HKL",
  "cpu": 4,
  "scopeFile": "/home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/PlantAI-dev/workspace/job_1784552755238_b8762f/final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.scope.json",
  "scopeMode": "target_only",
  "analysisRoute": "target_only",
  "geneFamily": "HKL",
  "targetSpecies": ["Sv"],
  "ppiSpecies": "auto",
  "ppiScore": 200,
  "ppiReferenceTaxonId": "4555",
  "ppiReferenceStorageKey": "string_taxon_4555",
  "ppiReferenceSelectionMode": "tree_nearest",
  "ppiReferenceUserConfirmed": true,
  "dependencyOwner": "ppi"
}
```

- API task ID：`72ddcc69-fa90-4514-bd78-3a931e8054c9`
- Celery task ID：`44f60fe5-ffcc-4def-b9fd-48d531a085a2`
- Queue：`plantai_4090_9010.light`，CPU 4
- Celery wrapper：`32.72843774687499s`
- 最终业务状态：`success`

真实 CLI 中两个身份已正确分离：

```text
... skills/ppi/run.py ... --species 4555 --normalization-species-label string_taxon_4555 ...
```

其中 `4555` 仅用于 STRING 远程查询，`string_taxon_4555` 用于本地 reference bundle / ID-map 归一化校验。attempt 4 的 alias-evidence mismatch 不再出现。

### STRING 真实请求与生物结果

stage log `logs/20260721_104344_ppi.log`（SHA256 `eb3cfcb8…dc5f`）记录：载入 6 个目标 ID、6 条 Ortholog mapping；向 STRING TaxID `4555` 查询 6 个已解析 ID：

```text
4555.K3Z5J1, 4555.K3Z625, 4555.K3ZDE9,
4555.A0A368R4B9, 4555.K3XGZ3, 4555.K3XGV8
```

真实 STRING URL 明确包含 `species=4555&required_score=200&network_type=functional`。结果：6/6 genes、15 interactions，平均 score `0.904`，15 条均为 high-confidence；ID resolution 的 member/query mapping rate 均为 `1.0`，0 unresolved、0 ambiguous。STRING network image API 另生成有效 PNG，`3253 × 793`、RGBA、161,819 bytes。

### Manifest、artifacts 与 scoped status

target-only scoped success manifest：`final/Sv.HKL.HKL.target-Sv.target_only.ppi.manifest.json`，SHA256 `118ddf51…0359`。其 `scope_id=HKL.target-Sv.target_only`、`scope_mode=target_only`、`analysis_route=target_only`、`member_set_id=HKL.target-Sv.target_only:target_only:all_members`。

| Artifact | SHA256 | 大小 |
|---|---|---:|
| `final/Sv.HKL.ppi_network.tsv` | `9fe9e10c…c52a` | 492 |
| `final/Sv.HKL.ppi_report.md` | `866e63d6…d60f` | 717 |
| `final/Sv.HKL.ppi_id_resolution.tsv` | `488f0a2a…5399` | 1,845 |
| `final/Sv.HKL.ppi_url.txt` | `3c26395f…dbdf` | 304 |
| `final/Sv.HKL.ppi_network.string.png` | `fe7891cf…b862` | 161,819 |
| `final/Sv.HKL.ppi_alphafold2_links.tsv` | `dde7bdba…1598` | 1,748 |

精确 scoped `/api/stage-status` 返回 `status=completed, completed=true, manifest_status=success, artifacts_checked=6`，missing artifacts 与 errors 均为空。provenance 一致记录：selected STRING TaxID `4555`、mapping reference `string_taxon_4555`、normalization label `string_taxon_4555`、selection mode `tree_nearest`、user confirmation `required=true, confirmed=true`，STRING snapshot ID 仍为 `ede47d…eeb3`。

本轮没有 Ortholog 重跑、PPI 重试、物种矩阵、独立 Bn job、代码修改或文件删除。终检五个 9010 队列均为 0；9000/19000 进程保持不变。

## Final read-only matrix：当前 9010 + 已部署 snapshot

验证方式：仅调用既有 job `job_1784552755238_b8762f` 的 `POST /api/ppi/species-resolution`，并读取 attempt 5、Task 4 的既有证据。没有调用 `/api/execute`、没有新建 job、没有触发 PPI/Ortholog/KaKs、没有重启或修改代码。所有预检请求 HTTP 均为 `200`。

| # | 场景 | 关键请求 | 关键响应/证据 | 等级 | 结果 |
|---:|---|---|---|---|---|
| 1 | Os direct，无 Ortholog | `Os / Oryza sativa Japonica Group / TaxID 39947 / requestedStages=[ppi]` | `ready / ready_target_string / exact_string / selected=39947 / candidates=[]`。未传 scope/mapping。父种 TaxID `4530` 另返回 Oryza Top3，未被错误当作 exact。 | real API | PASS |
| 2 | Sv tree-nearest Top3 与确认 | `Sv / Setaria viridis / 4556`；确认时 owner=`4555,string_taxon_4555,tree_nearest,true` | 未确认：`confirmation_required`，Top3 `4555(d2),4540(d6),888268(d6)`；确认：`ready_reference_mapping`，mapping=`final/Sv.HKL.orthologs.txt`，provenance confirmed=true。 | real API + real job | PASS |
| 3 | Ft 动态近源 | `Ft / Fagopyrum tataricum / 62330` | Top3 `3562(d10),3476(d12),3775(d12)`；`candidate_source=string_species_tree`、`resolution_source=explicit_tree_taxon_id`、policy=`string_species_tree_v12_topology_v1`。响应没有静态 Ft 标记。 | real API | PASS |
| 4 | 旧 map 外、registry 内 | `Bn / Brassica napus / 3708` | 当前 API：`ready_target_string / exact_string / selected=3708`。真实 STRING 证据：`docs/validation/2026-07-21-string-ppi-task4-real-network.{md,json}`，TaxID 3708 alias/network 均成功。 | real API + prior real STRING | PASS |
| 5 | 第二 unsupported 植物稳定 Top3 | `Cs / Camellia sinensis / 4442`，相同请求两次 | 两次均为 `542762(d1),1590841(d7),4155(d9)`，`candidate_source=string_species_tree`；非 Ft。 | real API ×2 | PASS |
| 6 | unknown 补身份，不猜 At | 第一次 `Xx` 无 scientific name/TaxID；第二次补 `Camellia sinensis / 4442` | 第一次 `unresolved / target_string_tree_unresolved`、空 candidates/reference；补身份后返回 Camellia Top3，第一候选 `542762`，不是 At。 | real API | PASS |
| 7 | 自然 At fallback 的确认门 | `Aa / Arabidopsis arenosa / 38785`，候选 Top1 `3702 At`；owner storage=`At`、mode=`model_fallback` | 未确认：`confirmation_required`；确认：`needs_ortholog`（未执行），selected=`3702`、reference=`At`、PEP complete；provenance required=true/confirmed=true，species_resolution.reference_selection_mode=`model_fallback`。 | real API | PASS |
| 8 | nearest 主链成功 | 读取 attempt 5 | scoped manifest SHA `118ddf51…0359` 与当前文件一致；network SHA `9fe9e10c…c52a`；6/6 genes、15 interactions、mapping rate 1.0；TaxID 4555、storage normalization `string_taxon_4555`。 | prior real job + current file verification | VERIFIED |
| 9 | PPI 与 KaKs/CDS 独立 | PPI-only 使用已确认 Sv owner；KaKs-only 使用同一 storage/reference | PPI-only 保持 `ready_reference_mapping`；KaKs-only 返回 `needs_reference_data / kaks_reference_cds_missing`，bundle=`pep_only`、missing=`[cds]`、`kaks_ready=false`。没有触发任何 stage。 | real API | PASS |

### 请求/响应身份摘要

- API：`http://127.0.0.1:9010/api/ppi/species-resolution`
- Snapshot：STRING `12.0`，ID `ede47d546d853d0ec30ee75066976a35c08fd2412e6e5fc7866bbd205fc2eeb3`
- 所有 tree-nearest 候选均携带 LCA、两侧 edge 数和 `tree_distance`。
- Item 7 特意使用 snapshot 中 At 自然为 Top1 的 `Arabidopsis arenosa`；对 Ft 强塞 At 的试探被 API 继续阻断为 `confirmation_required`，没有把非候选伪装成 fallback。
- Item 9 的 PPI 与 KaKs 是两个独立预检请求；KaKs 缺 CDS 没有覆盖或中断 PPI 的 ready 状态。
- 终检五个 `plantai_4090_9010.*` Redis 队列长度均为 `0`。

结构化字段已追加到同名 JSON 的 `final_read_only_matrix`。