# 2026-03-30 工作记录 - bbav20311 项目状态更新

> 日期: 2026-03-30
> 项目: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311
> 状态: 文档整理与架构设计阶段

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## 今日概述

今日主要进行项目文档整理和架构设计工作，无新增代码修改。重点整理了多物种基因家族分析的工作流设计方案。

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## 当前项目状态

### 1. 已完成工作（3月28-29日）

#### Promoter分析模块优化 ✅
- **V6五面板组合图**: 已完成并集成到分析流程
- **可视化输出**: 热图、系统发育树、亚家族标注、7大分类堆叠
- **文件位置**: `scripts/promoter_v6_combined.R`

#### 竞品分析文档 ✅
- **对比对象**: PangenePro、PlantTribes2
- **分析结果**: 识别了可直接借鉴的功能点
- **优先级**: P0（泛基因分类、Ka/Ks增强）、P1（复制事件检测）
- **文件位置**: `memory/2026-03-29_comparative_analysis.md`

### 2. 架构设计文档（3月29日创建）

| 文档 | 路径 | 内容 |
|:---|:---|:---|
| 多物种工作流设计 | `docs/multi_species_workflow_design.md` | 目标物种vs参考物种概念、文件命名规范 |
| 基于文件夹的工作流 | `docs/folder_based_workflow.md` | 物理文件夹结构设计方案 |
| 多智能体架构设计 | `docs/multi_agent_genome_prepare.md` | Master/Species/File/Quality Agent架构 |

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## 文档存储位置

### 项目内记忆文档
```
/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/memory/
├── 2026-03-27.md                      # Promoter分析修订
├── 2026-03-28.md                      # Promoter V6组合图
└── 2026-03-29_comparative_analysis.md # 竞品分析
```

### 架构设计文档
```
/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/docs/
├── multi_species_workflow_design.md   # 多物种工作流概念设计
├── folder_based_workflow.md           # 文件夹结构方案
└── multi_agent_genome_prepare.md      # 多智能体架构设计
```

### OpenClaw工作区记忆
```
/home/xia-lab/.openclaw/workspace/memory-bbav20311/
├── README.md                          # 项目索引
├── 2026-03-20.md                      # RNA-seq集成
├── 2026-03-20-rnaseq-integration.md   # RNA-seq详细记录
├── 2026-03-22.md                      # 多物种分析
└── 2026-03-23.md                      # 状态更新
```

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## 待办事项状态

### 当前待办（来自README.md）

| 任务 | 状态 | 备注 |
|:---|:---:|:---|
| 从bbav2迁移各阶段代码 | ⏳ 进行中 | identify, phylogeny已完成 |
| 验证Python 3.11兼容性 | ⏳ 待验证 | 基础功能已测试 |
| 测试端口7865服务启动 | ⏳ 待验证 | FastAPI后端 |
| 逐一验证11个分析阶段 | ⏳ 进行中 | expression已验证 |
| 多物种工作流实现 | 📝 设计中 | 3个设计方案待评审 |

### 竞品分析建议的实现优先级

**P0 - 高优先级**
- [ ] 泛基因分类 (core/dispensable/unique)
- [ ] Ka/Ks分析增强 (PAML + EMMIX)

**P1 - 中优先级**
- [ ] 大规模复制事件检测
- [ ] 多品种/多样本比较分析

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## 技术债务

### 已知问题
1. **Promoter分析**: V6组合图已集成，但需用户反馈调优
2. **RNA-seq集成**: Step 1 (QC)完成，Step 2-5待实现
3. **多物种支持**: 设计方案完成，待代码实现

### 近期计划
1. 评审并选择多物种工作流方案（A/B/C）
2. 实现选定的多物种genome_prepare
3. 更新identify阶段支持多参考物种BLAST

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## 文件完整性检查

### 已记录文件 ✅
- [x] 2026-03-27.md - Promoter分析修订记录
- [x] 2026-03-28.md - Promoter V6组合图详细记录
- [x] 2026-03-29_comparative_analysis.md - 竞品分析完整记录
- [x] docs/multi_species_workflow_design.md - 多物种工作流设计
- [x] docs/folder_based_workflow.md - 文件夹结构方案
- [x] docs/multi_agent_genome_prepare.md - 多智能体架构设计

### OpenClaw工作区同步状态 ✅
- [x] memory-bbav20311/README.md - 项目索引已更新
- [x] 所有历史记录已归档

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## 记录完整性确认

| 检查项 | 状态 |
|:---|:---:|
| 代码修改记录 | ✅ 完整（3月28-29日） |
| 架构设计文档 | ✅ 完整（3个设计文档） |
| 竞品分析报告 | ✅ 完整 |
| 待办事项跟踪 | ✅ 已更新 |
| 文件存储位置 | ✅ 已记录 |

**结论**: 截至2026-03-30，bbav20311项目的修订记录已完整保存。

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*记录时间: 2026-03-30 00:55*
*记录位置: `/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/memory/2026-03-30.md`*
*状态: ✅ 已完整记录*