# 2026-04-04 项目记录 - bbav20311

## 项目信息
- **项目**: bbav20311 (BotanicalBaseAgent)
- **路径**: `/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311`
- **记录时间**: 2026-04-04

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## 今日修订内容

### 1. 前端停止执行按钮 ✅

**需求**: 添加停止执行按钮，用户可随时取消正在运行的分析

**修改文件**: `/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/apps/web/vue3/index.html`

**修改内容**:
- 左侧控制面板：执行按钮下方添加红色"⏹ 停止执行"按钮（执行时显示）
- 右侧结果面板：执行状态卡片添加"⏹ 停止"按钮
- 新增数据变量：`isExecuting`, `isStopping`, `currentTaskId`
- 新增方法：`stopExecution()` - 调用 `/api/agent/cancel/{task_id}` 停止任务

**按钮显示逻辑**:
```html
<!-- 执行按钮 -->
<el-button :disabled="!selectedStage || isExecuting" :loading="isExecuting">
    {{ isExecuting ? '⏳ 执行中...' : '🚀 执行分析' }}
</el-button>

<!-- 停止按钮 -->
<el-button v-if="isExecuting" type="danger" @click="stopExecution">
    {{ isStopping ? '⏹ 正在停止...' : '⏹ 停止执行' }}
</el-button>
```

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### 2. RNA-seq 文件检测修复 ✅

**问题**: Agent执行时（对话框输入）找不到 `samples.yaml`，但手动执行可以

**原因**: 
- 对话框执行时 `session_id` 是 "session_xxx" 格式，不是 "job_xxx" 格式
- 原代码只查找最新的 job_ 目录，没有考虑配置文件位置

**修改文件**: `/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/gfa_core/mas/core/orchestrator.py`

**修复内容**:
1. 新增辅助方法 `_get_input_dir()`:
```python
def _get_input_dir(self, session_id: str, stage_name: str = "") -> tuple[Path, str]:
    """获取输入目录，优先查找包含samples.yaml的job目录"""
```

2. 应用到以下方法:
   - `_execute_rnaseq_qc` (RNA-QC)
   - `_execute_rnaseq_align` (RNA-ALN)
   - `_execute_rnaseq_quant` (RNA-QUAN)
   - `_execute_rnaseq_de` (RNA-DE)
   - `_execute_rnaseq_enrich` (RNA-ENRICH)
   - `_execute_kaks` (KaKs)

**查找逻辑**:
- 如果 `session_id` 不是 job_ 开头，查找所有 job_ 目录
- 优先选择包含 `samples.yaml` 或 `group_sample.yaml` 的目录
- 如果没有配置文件，使用最新的 job 目录

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### 3. RNA-seq 缓存结果问题修复 ✅

**问题**: 对话框执行15秒就返回"完成"，但实际执行需要15分钟

**原因**: 
- 代码逻辑 `if has_results` 只要结果文件存在就返回成功
- 之前执行的结果文件还在，系统直接返回缓存结果

**修改文件**: `/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/gfa_core/mas/core/orchestrator.py`

**修复内容**:

1. **严格的成功判断**:
```python
# 修改前：只要结果文件存在就算成功
if has_results:

# 修改后：必须执行成功且结果文件存在
execution_success = (result.returncode == 0) and has_results
if execution_success:
```

2. **结果文件时效检查**:
```python
# 如果结果文件超过24小时，删除旧结果重新执行
if age_hours > 24:
    shutil.rmtree(qc_dir)
    qc_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
```

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## 修改文件清单

| 文件路径 | 修改类型 | 说明 |
|---------|---------|------|
| `apps/web/vue3/index.html` | 修改 | 添加停止执行按钮、状态管理 |
| `gfa_core/mas/core/orchestrator.py` | 修改 | 添加`_get_input_dir()`方法、修复RNA-seq执行逻辑、修复缓存问题 |

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## 待验证

- [ ] 停止按钮在前端正确显示
- [ ] 点击停止按钮能正确取消任务
- [ ] 对话框执行RNA-seq能正确找到samples.yaml
- [ ] RNA-seq执行时间符合预期（约15分钟）

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## 相关记录

- 昨日记录: `memory/2026-04-03.md` - Celery集成修订
- 项目索引: `MEMORY.md`

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*记录时间: 2026-04-04 22:57*