# 2026-04-05 项目记录 - bbav20311

## 项目信息
- **项目**: bbav20311 (BotanicalBaseAgent)
- **路径**: `/home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311`
- **记录时间**: 2026-04-05

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## 今日修订内容

### 1. RNA-seq 分析优化

#### 1.1 Agent意图识别优化 ✅
**问题**: 对话框执行RNA-seq分析需要16分钟才弹出参数确认

**原因**: Orchestrator 意图识别流程耗时过长（LLM多次调用）

**解决方案**: 添加 `fast_intent.py` 关键词匹配，置信度>0.8时跳过LLM调用

**修改文件**:
- `gfa_core/mas/core/fast_intent.py` (新增)
- `gfa_core/mas/core/orchestrator.py`

**效果**: 16分钟 → <5秒

#### 1.2 RNA-seq 改为异步执行 ✅
**问题**: 点击确认后同步执行，前端卡死14.5分钟

**解决方案**: 
- Agent返回意图，不直接执行
- 用户确认后通过 `/api/execute` 异步执行
- 前端轮询显示进度

**修改文件**:
- `gfa_core/mas/core/orchestrator.py`
- `apps/web/vue3/main.py` (添加 ASYNC_STAGES)

#### 1.3 取消超时限制 ✅
**问题**: RNA-seq分析可能运行数小时，默认7200秒超时

**解决方案**: `timeout=None` (无超时限制)

**修改文件**:
- `gfa_core/mas/core/orchestrator.py`

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### 2. RNA-seq 目录结构标准化

#### 2.1 统一目录结构
**问题**: RNA-seq各阶段目录结构不一致
- `rnaseq_align/rnaseq_align/` (嵌套)
- `rnaseq_de/rnaseq_de/` (嵌套)
- `rnaseq_enrich/rnaseq_enrich/analysis/` (三重嵌套)

**标准结构**: `stage/analysis/`

**修改文件**:
- `apps/cli/run_rnaseq_align.py`: `rnaseq_align/` → `analysis/`
- `apps/cli/run_rnaseq_de.py`: `rnaseq_de/` → `analysis/`
- `apps/cli/run_rnaseq_enrich.py`: `rnaseq_enrich/analysis/` → `analysis/`

#### 2.2 RNA-QC 目录结构优化
**问题**: 直接输出到 final，无中间目录

**解决方案**:
- 中间文件: `rnaseq_qc/analysis/`
- 最终结果: `final/` (标准命名)

**文件存放策略**:
| 文件类型 | 存放位置 | 说明 |
|---------|---------|------|
| `*.clean.fastq.gz` | `final/` | 下游分析需要 |
| `*_fastqc.html` | `final/` + `analysis/` | 前端展示 |
| `*_cutadapt.log` | `final/` | 统计信息 |
| `*_fastqc.zip` | `analysis/` | 大文件备用 |

**修改文件**:
- `apps/cli/run_rnaseq_qc.py`

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### 3. RNA-seq 文件命名标准化

#### 3.1 统一命名格式
**格式**: `{prefix}.rnaseq_{stage}.{filename}`

**示例**:
- `Ft.SPL.rnaseq_qc.SRR6847695_1_fastqc.html`
- `Ft.SPL.rnaseq_de.treat_vs_control.DE_results.txt`
- `Ft.SPL.rnaseq_align.SRR6847695.sorted.bam`

**修改文件**:
- `apps/cli/run_rnaseq_qc.py`
- `apps/cli/run_rnaseq_de.py`
- `apps/cli/run_rnaseq_align.py`

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### 4. 基因家族特异性分析

#### 4.1 添加家族特异性绘图
**功能**: 为基因家族生成特异性 MA图和火山图

**输出文件**:
- `{prefix}.rnaseq_de.{family_name}_{comp_name}_family_MA_plot.pdf/png`
- `{prefix}.rnaseq_de.{family_name}_{comp_name}_family_volcano_plot.pdf/png`

**修改文件**:
- `apps/cli/run_rnaseq_de.py`

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### 5. Bug修复

#### 5.1 修复 `re` 模块未定义错误
**文件**: `gfa_core/mas/core/orchestrator.py`

#### 5.2 修复 `prefix` 变量未定义错误
**文件**: `apps/cli/run_rnaseq_de.py`

#### 5.3 修复 `--final-dir` 参数传递
**文件**: `apps/cli/run_rnaseq_de.py` (添加调试信息)

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## 修改文件清单

| 文件路径 | 修改类型 | 说明 |
|---------|---------|------|
| `gfa_core/mas/core/fast_intent.py` | 新增 | 快速意图识别 |
| `gfa_core/mas/core/orchestrator.py` | 修改 | 集成快速意图、取消超时、RNA-seq返回意图 |
| `apps/cli/run_rnaseq_qc.py` | 修改 | 添加analysis目录、标准化命名、文件存放策略 |
| `apps/cli/run_rnaseq_align.py` | 修改 | 目录结构标准化 |
| `apps/cli/run_rnaseq_de.py` | 修改 | 目录结构标准化、家族特异性绘图 |
| `apps/cli/run_rnaseq_enrich.py` | 修改 | 目录结构标准化 |
| `apps/web/vue3/main.py` | 修改 | 添加ASYNC_STAGES、进度提示 |

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## 测试结果

### RNA-seq DE 测试
- **意图识别**: 3秒内返回 `rnaseq_de`
- **异步执行**: 任务提交后立即返回
- **目录结构**: `rnaseq_de/analysis/` ✅
- **文件命名**: `Ft.SPL.rnaseq_de.*` ✅
- **家族绘图**: 正常生成 ✅

### RNA-seq QC 测试
- **目录结构**: `rnaseq_qc/analysis/` ✅
- **文件存放**: clean reads + fastqc.html 在 final ✅
- **文件命名**: `Ft.SPL.rnaseq_qc.*` ✅

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## 待办事项
- [ ] RNA-QC 执行完成验证
- [ ] 前端结果展示测试
- [ ] 完整RNA-seq流程测试（QC→Align→Quant→DE→Enrich）

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*记录时间: 2026-04-05 22:14*