# Functional Annotation Skill Configuration (API Mode)
# 功能注释技能配置（API模式）- 无需下载数据库

skill:
  name: annotation-api
  version: "1.0.0"
  description: "功能注释分析 - eggNOG API（在线模式）"
  author: "bbav20311-team"

input:
  protein_fasta: null  # 必需: 蛋白序列FASTA文件

parameters:
  api:
    # API 模式参数
    delay: 1.0              # API请求间隔(秒)，建议1.0-2.0避免限流
    timeout: 60             # 请求超时(秒)
    db: "euk"               # 数据库: euk(真核)/bact(细菌)/arch(古菌)
    
    # 过滤参数
    min_seq_length: 10      # 最小序列长度
    max_seq_length: 50000   # 最大序列长度(防止过大序列)
  
output:
  format: ["gene2go"]       # 输出格式
  include_reproducibility: true

dependencies:
  conda:
    channels:
      - conda-forge
    packages:
      - python=3.9
      - requests=2.31.0
      - pyyaml=6.0.1

# 使用示例:
# python run_api.py --input protein.fa --output ./annotation --config config_api.yaml