# Expression Skill - FPKM/TPM表达量绘图

## 概述

Expression 阶段负责基因家族成员的表达量可视化，不负责 DESeq2 差异表达统计。

## 两种模式

- `legacy` / standalone：使用用户上传或 GEO 获取的 FPKM/TPM 矩阵、单 target 家族成员 ID、`sample.txt` 绘制表达热图、相关性热图和表达分布图。scope 模式必须写入 `analysis_route`、`member_set_id` 和 `stage_context`。
- `rnaseq_auto`：由 `rnaseq_de` 自动触发，复用 RNA-seq quant/sample_qc/de 产物生成表达图；结果归属 RNA-seq scope，展示在 `rnaseq_de` 下。

## 输入

- standalone：`expression_matrix`、`gene_id_file`、`sample.txt`，或 `geoId` 自动下载矩阵与样本信息。
- rnaseq_auto：FPKM、TPM、VST、sample_table、DE目录，通常由后端自动传入。

## 输出

- standalone：`{prefix}.expression.gene-exp.heatmap.*`、`{prefix}.expression.gene-cor.heatmap.*`、`{prefix}.expression.gene-exp.hist.*`、`{prefix}.expression.manifest.json`。
- rnaseq_auto：`{prefix}.rnaseq_expression_plot.*` 与 expression manifest；若同 prefix 已有 gene-family scoped expression manifest，使用 `{prefix}.rnaseq_expression.manifest.json` 避免覆盖。

## 关键约束

- 不要把 RNA-seq DE 自动表达图当作 standalone Expression 完成状态。
- 不要放宽 stage status 的 strict identity 校验；应在 manifest 中补齐身份字段。
- Expression 的差异表达统计由 `rnaseq_de` 阶段负责。