data_sia-alt-id
loop_
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
1   C C1  SIA -9.792  2.643 -25.471
2   C C2  SIA -8.461  2.401 -24.761
3   C C3  SIA -7.200  2.488 -25.651
4   C C4  SIA -6.995  3.928 -26.085
5   O O4  SIA -5.761  4.004 -26.809
6   C C5  SIA -6.891  4.846 -24.874
7   N N5  SIA -6.770  6.210 -25.392
8   C C6  SIA -8.191  4.667 -24.064
9   O O6  SIA -8.297  3.294 -23.642
10  C C7  SIA -8.309  5.553 -22.832
11  O O7  SIA -7.121  5.555 -22.009
12  C C8  SIA -9.437  5.080 -21.937
13  O O8  SIA -10.621 4.808 -22.722
14  C C9  SIA -9.711  6.183 -20.926
15  O O9  SIA -10.787 5.756 -20.068
16  C C10 SIA -5.843  7.103 -25.047
17  O O10 SIA -4.971  6.834 -24.241
18  C C11 SIA -5.961  8.457 -25.719
# <<< old nomenclature
19  O O1A SIA -9.933  2.165 -26.635
20  O O1B SIA -10.697 3.279 -24.857
# >>>

# mapping to new nomenclature
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
SIA  O11   O1A
SIA  O12   O1B
# <<< conflicting old<>new nomenclature, must be ignored
# (note: there might be better ways to solve this - this example
#  isn't even real because it mixes old and new nomenclature)
SIA  C2    C3
SIA  C3    C2
# >>>

# bonds with new nomenclature
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
SIA  C1   C2    SING
SIA  C1   O11   DOUB
SIA  C1   O12   SING
SIA  C2   C3    SING
SIA  C2   O2    SING
SIA  C2   O6    SING
SIA  C3   C4    SING
SIA  C4   C5    SING
SIA  C4   O4    SING
SIA  C5   C6    SING
SIA  C5   N5    SING
SIA  C6   C7    SING
SIA  C6   O6    SING
SIA  C7   C8    SING
SIA  C7   O7    SING
SIA  C8   C9    SING
SIA  C8   O8    SING
SIA  C9   O9    SING
SIA  C10  C11   SING
SIA  C10  N5    SING
SIA  C10  O10   DOUB