## 搜索pfam结构域
hmmsearch    --cut_tc   --domtblout SPL_dom.domtblout    -o SPL_dom.hmmout    SBP.hmm    Ft.pep.fasta  


## 提取结果结构域在序列上位置信息生成bed文件
awk ' $1 !~ /^#/ && $7 < 1e-10 {print $1"\t"$18-1"\t"$19}'  SPL_dom.domtblout  >  SPL_dom.bed

## 提取结构域区域对应序列
seqtk subseq  Ft.pep.fasta  SPL_dom.bed  > SPL_dom.fasta

## 使用muscle进行多序列比对
muscle  -in  SPL_dom.fasta -out SPL_dom.aln.fasta

## 重新构建结构域hmm模型
hmmbuild SPL_dom.rebuild.hmm  SPL_dom.aln.fasta