#  有"_fpkm.txt.gz"数据的差异表达分析流程
## 数据下载
- 从文献中查找适合的差异表达数据
- 登陆NCBI
- 点击Taxonomy,跳转至Taxonomy检索页
- 检索框内输入物种拉丁名
- 选择物种拉丁名跳转，以Fagopyrum tataricum为例
- 点击Fagopyrum tataricum,进入Ft物种页面
- 点击选择GEO DataSets选项，然后点击物种Fagopyrum tataricum  (Tartarian buckwheat)跳转至Ft的GEO DataSets页面
- 在Ft的GEO DataSets详情页，在   Entrez records表格中的Database name为GEO DataSets,点击其对应的Direct links 跳转至GEO DataSets数据Search results页面
- 选择要下载的数据，可以通过查找对应的Series或Accession,本测试是Series: GSE111937,然后点击对应的数据跳转至样本页面
- 在样本页面点击Series：GSE111937,跳转至含有fpkm.txt.gz数据页面，即能看到Supplementary file为GSE111937_fpkm.txt.gz,这时在Download可选择ftp或http方式下载
- 在样本页面还有样本信息，“Samples (9)
GSM3045452	X2_1
GSM3045453	X2_2
GSM3045454	X2_3
GSM3045455	X3_1
GSM3045456	X3_2
GSM3045457	X3_3
GSM3045458	X4_1
GSM3045459	X4_2
GSM3045460	X4_3”，需要提取出来编辑成sample.txt，格式为“X2_1    X2
X2_2    X2
X2_3    X2
X3_1    X3
X3_2    X3
X3_3    X3
X4_1    X4
X4_2    X4
X4_3    X4
”

## 数据处理
- 得关注id是否与现在做的数据id一致，如果不一样，还得使用SRA原始数据和参考基因组进行处理，做差异表达矩阵等。但是本次处理的方式是“表达量表格的基因ID没有.T01后缀，因此只需要修改geneID列表 ”，所以无需重头开始做。
### 修订ID
sed 's/\.T01//' Ft.SPL.geneID  > Ft.SPL.geneID_new

### 进入rnaR环境
conda deactivate
conda activate rnaR
### 执行分析
Rscript  scripts/draw_expression.R  GSE111937_fpkm.txt Ft.SPL.geneID_new  sample.txt   Ft.SPL.exp

### 切换回原来的test4py311环境
conda deactivate 
conda activate test4py311