40 lines
2.8 KiB
Plaintext
Executable File
40 lines
2.8 KiB
Plaintext
Executable File
我口述下我对于rag和分析模块的多智能体的最终想法。以荔枝为例，我在前端问：
|
||
1.Q:总结下SPL基因家族（**RouterAgent** - 意图路由--**KnowledgeAgent** - 知识检索）
|
||
A：基于rag回复我SPL的相关内容。
|
||
2.Q:荔枝的SPL基因家族是否有发表过相关的文章（**RouterAgent** - 意图路由--**KnowledgeAgent** - 知识检索）
|
||
A：执行rag检索看是否有相关文章发表，如果没有，则回复没有；
|
||
3.Q:如果我想开展荔枝的SPL基因家族研究，可以吗？（**RouterAgent** - 意图路由--**KnowledgeAgent** - 知识检索--**PlanningAgent** - 任务规划）
|
||
A：给出实际的基因家族分析方案（包含目标物种、参考基因组、一些用于比较基因家族分析的物种基因组、注释文件、cds、pep的数据下载地址，或者如本地有则说明本地数据位置），检索是否有可用的荔枝转录组数据可用；并询问是否执行分析？
|
||
4.Q:执行分析（**RouterAgent** - 意图路由-- **ExecutionAgent** - 任务执行）
|
||
A:提示用户按照文件命名要求修订分析文件名称，然后上传文件；并执行分析；（分析过程中弹出参数确认，如果30秒内用户没有点击确认则自动使用默认参数进行分析）
|
||
5.分析如果遇到问题，则启动“**DiagnosisAgent** - 错误诊断”分析问题，修订代码、测试代码，没问题后则继续执行分析。（同时触发**LearningAgent** - 学习优化进行修订学习）
|
||
6.分析得到结果后进行**ValidatorAgent** - 结果验证和 **ResultParserAgent** - 结果解析，最后结合**KnowledgeAgent** - 知识检索生成报告
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
|
||
1. **RouterAgent** - 意图路由
|
||
2. **PlanningAgent** - 任务规划
|
||
3. **ExecutionAgent** - 任务执行
|
||
4. **DiagnosisAgent** - 错误诊断
|
||
5. **KnowledgeAgent** - 知识检索
|
||
6. **ResultParserAgent** - 结果解析
|
||
7. **ValidatorAgent** - 结果验证
|
||
8. **LearningAgent** - 学习优化
|
||
|
||
identify, motif, phylogeny, domain 待执行 (14个阶段): 1. structure 2. promoter 3. synteny 4. karyotype 5. expression 6. ppi 7. kaks 8. pep 9. interspecies 10. rnaseq_qc 11. rnaseq_align 12. rnaseq_quant 13. rnaseq_de 14. rnaseq_enrich
|
||
|
||
|
||
|
||
关于执行顺序，其实很多都可以并行的：
|
||
1.基因家族鉴定、rnaseq_qc可并行进行；
|
||
2.基因家族鉴定完毕后，可以并行执行phylogeny、 pep 、synteny、interspecies；rnaseq_qc完毕后，可rnaseq_align；
|
||
3.phylogeny完毕后，可并行structure、motif、domain 、promoter；
|
||
4.synteny完毕后，可并行 karyotype、ppi；
|
||
5.interspecies完毕后，可kaks；
|
||
6.rnaseq_alig完毕后，可rnaseq_quant 、rnaseq_de 、rnaseq_enrich.
|
||
除了第1步是需要必须先执行完外，其他步骤根据上一步执行完流程，则可自动开启下一步分析。你明白我说的逻辑吗？请你复述一遍，并告知我如何开展
|