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1.bio
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1)修订只是SPL蛋白建立共线性，现在修订为全部蛋白共线性
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2）种间共线性问题：
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绘图自主化，无法正确绘图：/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/workspace/job_1772717264958/interspecies_synteny/analysis
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手动测试位置：/home/xia-lab/wutx/00test/geneFamily20200803/66.SPL_ComparativeGenome/02.collinearity/test/mcscan
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3）opencode处理中间共线性无法绘图问题：“我的项目在/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2,我正在测试interspecies_synteny分析功能,其中cli文件在/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/apps/cli/run_interspecies_synteny.py,前端在/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/apps/web/vue3,后端在/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/apps/web/pipeline_backend.py,同时我的手动测试项目成功的位置在/home/xia-lab/wutx/00test/geneFamily20200803/66.SPL_ComparativeGenome/02.collinearity/test/mcscan,然后我的这个分析功能的代码描述位置在/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/zhongjianSynteny/zhongjianSynteny.md(我希望你能够按照代码描述的步骤来与我现有的cli对比,看缺少哪部分,目前我手动在前端建立的文件夹中发现没有layout_mark相关文件).目前该项目能够正在在前端运行,但是结果文件没有生成对应的共线性结果图,我把我前端测试的目录给你/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/workspace/job_1772958600632,以及input和workspace的文件内容:"[Pasted ~46 lines] ,[Pasted ~29 lines] ".请你先分析,先不要修订代码,先给出修订方案(test4py311) xia-lab@xia-lab-System-Product-Name:~/wutx/00test/bbav2/workspace/job_1772958600632/inter(test4py311) xia-lab@xia-lab-System-Product-Name:~/wutx/00test/bbav2/workspace/job_1772958600632/interspecies_synteny/analysis$ tree ~/wutx/00test/bbav2/workspace/job_1772958600632/interspecies_synteny/analysis
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/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/workspace/job_1772958600632/interspecies_synteny/analysis
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$ tree ../../../../input/job_1772958600632
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../../../../input/job_1772958600632
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Thinking: 用户想要我记录修订记录并告知存储位置。让我总结一下我对 run_interspecies_synteny.py 所做的修改。
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修订记录
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文件位置
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/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/apps/cli/run_interspecies_synteny.py
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备份文件
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- /home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/apps/cli/run_interspecies_synteny.py.0308opencodeJiaZhongjiangongxianxingQian (修改前)
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- /home/xia-lab/wutx/00test/bbav2/apps/cli/run_interspecies_synteny.py.kimiXiudingqian.buchenggong (另一个备份)
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主要修改
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1. 第578行：修复变量名错误
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- 修改前：anchors_new.exists()
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- 修改后：anchors_file.exists()
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2. 第590行：修复变量名错误
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- 修改前：str(anchors_new)
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- 修改后：str(anchors_file)
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问题原因
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原代码中 anchors_new 变量未定义，导致高亮绘图逻辑被跳过，最终没有生成 layout_mark 和高亮图。
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# Interspecies Synteny Analysis: Fix Frontend Collinearity Visuals
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▣ Sisyphus (Ultraworker) · minimax-m2.5-free · 18.2s
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2.0302
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1）已修订exp,可完整执行
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现在切换回/home/xia-lab/wutx/00test/bbav2.0302项目,我想把apps/cli里面的run_rnaseq_*的rna分析功能完成,
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3.openclaw
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# 看后台log
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openclaw logs --follow
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#
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3.rag
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conda activate gfpy312
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python -m uvicorn api.main:app --host 0.0.0.0 --port 8000
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# 终端2
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python start_rag_api.py
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# 终端3
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cd frontend && python main.py
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Information on the SPL gene family in Arabidopsis thaliana
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Information on the SPL gene family in Fagopyrum tataricum
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Pfam entry for SPL
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根据搜索结果，我来为你做一个完整的苦荞转录组数据汇总：
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苦荞 (Fagopyrum tataricum) 转录组数据完整汇总
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一、转录组数据与参考基因组对应关系
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1. 冷冻胁迫转录组 (最重要)
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| 项目 | 信息 |
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| GSE编号 | GSE138546 |
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| BioProject | PRJNA576356 |
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| SRA | SRP224714 |
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| 物种 | Fagopyrum tataricum (TaxID: 62330) |
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| 测序平台 | Illumina HiSeq 2000/2500 (LC Sciences) |
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| 样本数 | 9个样本 |
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| 实验设计 | 对照 vs 记忆处理 vs 冷冻处理 |
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| 数据量 | 54 Gbases (22.7 GB) |
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| 发表论文 | Song Y et al., Front Plant Sci 2020 |
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| PubMed | 33365044 |
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样本详情：
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| 样本 | 处理 |
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| GSM4113552-4 | control-1/2/3 (对照) |
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| GSM4113555-7 | memory-1/2/3 (记忆处理) |
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| GSM4113558-60 | shock-1/2/3 (冷冻胁迫) |
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配套数据：
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- GSE138497 (甲基化组 BS-Seq) - 同一项目的甲基化分析
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2. 其他转录组研究
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| 编号 | 研究内容 | 样本类型 | 年份 |
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| - | 种子发育生理变化 | 种子不同发育阶段 | 2018 |
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| - | miRNA+转录组 | 种子发育 | 2021 |
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| - | 种子灌浆动态 | 不同灌浆阶段 | 2022 |
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| - | 种子营养积累 | 营养物质积累 | 2017 |
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| - | 盐胁迫响应 | 盐胁迫处理 | 2017 |
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| - | IAA刺激转录组 | 幼苗组织 | 2024 |
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二、参考基因组版本
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主要版本
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| 版本 | 编号 | 测序技术 | 组装水平 | 基因组大小 |
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| 最新版本 | GWHAAEO00000000 | PacBio 71x | 染色体级别 | ~1.2 Gb |
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| 早期版本 | PRJNA395279 | Illumina + SMRT | Scaffold | ~1.2 Gb |
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基因组来源
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- 2019版本: 中国科学院 (CNGB-CAS), GWH
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- 2017版本: 韩国 consortium (NABIC), PRJNA395279
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三、你可能没想到的重要信息
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1. 数据可用性
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| 数据类型 | 位置 | 说明 |
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| 原始数据 | SRA (SRP224714) | 9个样本的raw reads |
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| 表达矩阵 | GEO | FPKM expression (3MB) |
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| 甲基化数据 | GSE138497 | BS-Seq 配套 |
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2. 配套分析
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- SuperSeries: GSE138547 (包含RNA-Seq和BS-Seq)
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- 发表文章: 1篇 (Front Plant Sci 2020)
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- 数据量: 54 Gbases
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3. 其他潜在用途
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- 比较基因组学: 可与甜荞 (F. esculentum) 比较
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- 基因家族分析: SPL, WRKY, MYB等转录因子
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- 功能验证: 候选基因挖掘后可做转基因验证
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- 育种标记: SNP/Indel开发
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4. 数据下载方式
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# 从SRA下载原始数据
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ascp -QT -l 300m -P 33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
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anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:geo/series/GSE138nnn/GSE138546/suppl/ .
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# 或从GEO直接下载
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wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE138nnn/GSE138546/soft/*.soft.gz
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四、建议分析流程
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1. 下载表达矩阵 (GSE138546_genes_fpkm_expression.xlsx)
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2. 差异表达分析 (DESeq2/edgeR)
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↓
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3. GO/KEGG富集分析
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↓
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4. 与参考基因组 (GWHAAEO00000000) 比对定位
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↓
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5. 候选基因挖掘 (如SPL家族)
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↓
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6. 跨物种比较 (vs 甜荞/拟南芥)
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需要我帮你整理成文档或进一步分析吗？
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# 读取下0306的 Rag 项目记录
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▣ Sisyphus (Ultraworker) · minimax-m2.5-free · 1m 25s
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1）现在查下项目位置
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已更新 PROJECT_RECORD.md，记录了以下修订：
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2026-03-06 更新日志
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修复内容
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| 问题 | 原因 | 解决方案 |
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| BGE-M3 模型加载失败 | PyTorch 输出大量进度日志导致 IO 瓶颈 | 添加环境变量抑制日志 |
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| /chat 返回空结果 | 1) BM25 索引返回空 2) 无 fallback 3) LLM 无 API Key | 添加 substring fallback + 改用 Ollama |
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测试结果
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| 查询 | 状态 |
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| SPL gene | ✅ 工作 |
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| MYB | ✅ 工作 |
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| WRKY | ✅ 工作 |
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当前限制
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1. 长句/复杂问句匹配差
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2. 需要关键词触发
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3. 知识库仅 87 篇论文
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修改的文件
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- src/rag/hybrid_retriever.py - 添加 fallback 机制
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- config/llm.yaml - 改用 Ollama
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- scripts/rag_api.py - 已有日志抑制
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