术语表与论点—证据边界

一句话论点

在植物生物信息学分析中，PlantAI通过LangGraph引导的意图解析与规划、契约约束的阶段执行、轻量代码转写闭环和Graph RAG证据检索，将自然语言分析需求转换为可执行、可追踪的工作流；该结论目前限于已经实现并完成验证的分析类型，跨模态和重测序—GWAS泛化仍需后续实证。

规范术语	首次定义	禁用或历史变体	决定
PlantAI	PlantAI总体系统	bbav5、PLantAI	仅用PlantAI指总系统
PlantAI-dev	PlantAI分析与执行层	PlantAI核心仓库、bbav5	功能上包含基因家族、RNA-seq和Extension
PlantAI-RAG	PlantAI知识与证据层	gene-family-mas-v2	论文使用产品名；实现溯源记录当前仓库名
LangGraph编排	基于状态图的智能体路由与执行编排	9-Agent协作	不以Agent数量作为贡献
核心执行智能体	Intent/Router、PlanningAgentV2和ExecutionAgent	全部Agent同等协作	只对实际核心路径作强表述
深度解读组件	ResultParser和Discovery	结果智能体、发现智能体全流程参与	作为后处理支持，不作核心贡献
轻量Extension loop	将已有可运行代码转写为标准阶段的迭代闭环	权威模式、自动发明算法	使用用户指定的回退版本
Graph RAG	基于实体—关系—证据图的检索与问答	agentic RAG、Self-RAG	当前结果只写Graph RAG
阶段契约	规定阶段输入、输出和完成条件的机器/文档契约	常规接口	与Manifest共同定义科学完成状态
Manifest	记录阶段状态、产物、指标和追溯信息的清单	日志文件	不与普通运行日志混用
分析范围	物种、成员集合和分析路线共同定义的科学对象	scope	首次给出英文标识后保持一致
模拟草稿数据	仅用于版式与写作占位的合成数据	示例数据、伪真实数据	图内和图注明确标识，不作为性能证据

主张	当前证据	状态	投稿前要求
PlantAI可将自然语言需求转为阶段计划	LangGraph路由、PlanningAgentV2及相关测试	已有实现证据；仍需任务级基准	报告真实任务成功率和错误类型
PlantAI可执行基因家族分析	契约、CLI阶段、Manifest及真实基线资产	支持	选定一个主案例并核验全部产物
PlantAI支持多场景RNA-seq设计	Analysis Manager、场景编译、设计/确认接口	实现支持	完成多场景验证集与至少一个真实数据案例
RNA-seq可连接候选家族深度分析	candidate-family契约和下游阶段接口	部分支持	完成RNA-seq→候选家族→深度分析闭环
轻量Extension loop可转写不同复杂度代码	baseline、conversion、trial、confirm、validation与gate实现	实现支持	用分级案例报告成功率、迭代次数和一致性
Graph RAG可返回带来源的实体关系证据	Neo4j图接口、证据字段、邻域和路径查询	实现支持	与关键词/向量基线作真实检索比较
ResultParser和Discovery改善深度解读	路由存在且深度解读可见	证据不足	仅作辅助组件描述，或补充消融
Diagnosis Agent提高修复成功率	代码存在但用户确认未发挥作用	不支持	从论文贡献和主图中删除
PlantAI可泛化到重测序—GWAS	尚未完成转写验证	待验证	仅作为未来高复杂度压力测试