PlantAI-dev/manuscript/plantai_aiia_zh/README.md

PlantAI AIIA 中文稿件包

工作题目：PlantAI：面向证据约束与可执行植物生物信息学分析的可扩展多智能体系统

英文工作题目：PlantAI: an extensible multi-agent system for evidence-grounded and executable plant bioinformatics analysis

文件结构

• 00_terminology_claims.md：术语表、核心论点与证据边界。
• 01_manuscript_zh.md：中文第一稿。
• 02_pre_submission_review.md：审稿人、生信分析师、智能体工程师和AIIA适配审计。
• PlantAI_AIIA中文论文阅读版_图表完整.html：自包含中文论文阅读版，内嵌五张主图和三张正文表。
• PlantAI_AIIA实验方案版_图表完整.html：自包含0–16章实验方案版，内嵌主图、主表、评价门槛与预审清单。
• figures/FIGURE_CONTRACTS.md：主图结论、分面和数据合同。
• figures/scripts/：Python绘图脚本。
• figures/source_data/：主图源数据；模拟数据必须带状态字段。
• figures/exports/：SVG、PDF、TIFF和PNG。
• figures/QA_NOTES.md：图件导出、源数据与视觉审校记录。
• scripts/build_dual_html.py：两份HTML的可复现生成器。
• scripts/test_dual_html.py：Markdown转换、内容边界和HTML完整性测试。
• tables/TABLE_PLAN.md：正文与补充表设计。
• tables/Table1_*.md至Table3_*.md：三张正文表。
• references/verified_references.md：已核验参考文献及使用位置。

数据诚信约定

架构与流程图可直接依据实现绘制。定量图若尚无真实结果，可在草稿阶段使用模拟数据，但必须同时满足：图内显示 SIMULATED DATA — DRAFT ONLY、图注首句声明、源数据记录随机种子和生成规则、正文不将模拟值写成真实性能。投稿版必须替换为真实结果，或把模拟实验作为透明的方法学实验单独报告。

当前交付边界

Figure 1是依据代码结构绘制的架构图；Figures 2–5是显著标识的模拟草稿图，只用于完善结构和版式。本目录是研究与写作工作包，不是可直接提交给期刊的终稿。