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2026-03-28 ~ 2026-03-29 工作记录 - bbav20311 Promoter分析可视化优化

日期: 2026-03-28 15:09 ~ 2026-03-29 02:00 参与: xialab的幸运星 主题: Promoter分析模块可视化升级与热图融合

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1. 工作目标

优化Promoter（启动子顺式作用元件）分析模块的可视化输出，融合多种热图绘制方法，创建更符合发表要求的组合图。

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2. 主要工作内容

2.1 热图绘制方法对比与融合

脚本	来源	特点	问题
promoter_v4_final.R	现有V4版本	7大分类、外部树图、红绿配色	连续渐变不够清晰
promoter_analysis_complete.R	complete版本	方块+数字、蓝白分级	元件命名处理逻辑有问题
promoter_v5_fused_heatmap.R	融合版	V4分类 + complete显示方式	✅ 采用

融合策略:

• 保留V4的7大分类逻辑
• 采用complete的方块+数字显示
• 9级蓝白分级配色

2.2 5面板组合图开发 (V6)

创建全新的5面板组合图布局：

A (左)     B (中左)    C (中)          D (右)         E (最右)
进化树  +  亚家族竖线  +  7大分类堆叠  +  热图(方块+数字)  +  图例

文件: scripts/promoter_v6_combined.R

特点:

• 画布自动调整 (9000×6000)
• Panel C宽度增加 (8 → 12)
• 热图方格为正方形
• 实线边框 (grey60)
• 0值显示白色背景

2.3 集成到分析流程

修改 apps/cli/run_promoter.py:

1. 集成V6脚本 - 自动生成5面板组合图
2. 保留其他统计图 - 甜甜圈、柱形图、UpSet等
3. 移除旧版 - _02_combined.png 不再生成
4. 修复manifest - 添加figures字段供前端显示

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3. 关键修改文件

3.1 新增/修改的R脚本

文件	路径	说明
promoter_v5_fused_heatmap.R	scripts/	融合版热图 (V5)
promoter_v6_combined.R	scripts/	5面板组合图 (V6)

3.2 修改的Python脚本

文件	路径	修改内容
run_promoter.py	apps/cli/	集成V6，添加figures字段

3.3 生成的可视化文件

文件	说明
Ft.SPL_promoter_v6_combined.png	新版5面板组合图
Ft.SPL_promoter_01_heatmap.png	独立热图
Ft.SPL_promoter_03_element_barplot.png	元件柱形图
Ft.SPL_promoter_03b_big7_barplot.png	7大分类柱形图
Ft.SPL_promoter_04_category_stacked.png	分类堆叠图
Ft.SPL_promoter_05_upset.png	UpSet图
Ft.SPL_promoter_06_category_donut.png	甜甜圈图

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4. 7大分类定义

分类	颜色	包含元件
Core promoter	#e41a1c	TATA-box, CAAT-box, Inr, Y-patch
Light response	#377eb8	G-box, GT1, I-box, Sp1, Box.4, GATA
Hormone signaling	#4daf4a	ABRE, GARE, CGTCA, TCA, TGA, ERE
Stress response	#984ea3	DRE, LTR, ARE, STRE, W-box
TF binding	#ff7f00	MYB, MYC, WRKY
Development	#f781bf	RY, AAGAA, CAT, GCN4
Other	#999999	未分类

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5. 技术细节

5.1 热图颜色分级

count_colors <- c(
  "[0,1)"   = "#f7fbff",  # 白色（0值）
  "[1,2)"   = "#c6dbef",  # 浅蓝
  "[2,3)"   = "#9ecae1",
  "[3,5)"   = "#6baed6",
  "[5,10)"  = "#4292c6",
  "[10,20)" = "#2171b5",
  "[20,50)" = "#08519c",
  "[50,100)"= "#08306b",
  "[100,200]"="#041d3a"   # 深蓝
)

5.2 画布自适应计算

# 根据内容自动计算画布大小
total_width <- (x_D_right - x_A_left) + 3  # 加上图例空间
total_height <- max_y + 2
max_width <- 30
max_height <- 20
final_width <- min(total_width, max_width)
final_height <- min(total_height, max_height)

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6. 测试结果

6.1 测试任务

• 任务ID: job_1774711833127
• 基因: 24个 Ft.SPL 基因
• 启动子元件: 3699条记录

6.2 生成文件验证

$ ls final/Ft.SPL_promoter*.png

Ft.SPL_promoter_01_heatmap.png           (131K)
Ft.SPL_promoter_03b_big7_barplot.png     (38K)
Ft.SPL_promoter_03_element_barplot.png   (21K)
Ft.SPL_promoter_04_category_stacked.png  (68K)
Ft.SPL_promoter_05_upset.png             (32K)
Ft.SPL_promoter_06_category_donut.png    (60K)
Ft.SPL_promoter_v6_combined.png          (701K)  # 新版5面板

6.3 Manifest验证

{
  "figures": [
    {"name": "Ft.SPL_promoter_01_heatmap", ...},
    {"name": "Ft.SPL_promoter_03_element_barplot", ...},
    {"name": "Ft.SPL_promoter_03b_big7_barplot", ...},
    {"name": "Ft.SPL_promoter_04_category_stacked", ...},
    {"name": "Ft.SPL_promoter_05_upset", ...},
    {"name": "Ft.SPL_promoter_06_category_donut", ...},
    {"name": "Ft.SPL_promoter_v6_combined", ...}  # 新版
  ]
}

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7. 问题与解决

问题	原因	解决方案
V6图不显示在结果中	manifest缺少figures字段	添加figures数组
堆叠图太拥挤	Panel C宽度不足	width_C从8增加到12
热图方格变形	element_width设置不当	改为正方形 (gene_height * 2)
旧版_02_combined仍在生成	未移除V2调用	修改流程，只生成V6和其他统计图
其他统计图丢失	V2调用被跳过	先运行V6，再运行V2生成其他图

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8. 时间记录

时间段	时长	内容
15:09 - 17:18	2小时	分析热图绘制方法，创建V5融合版
17:18 - 20:00	3小时	开发V6 5面板组合图
20:00 - 23:30	3.5小时	集成到流程，修复manifest
23:30 - 02:00	2.5小时	调试优化，测试验证
总计	11小时	完成所有目标

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9. 状态

• V5融合版热图: ✅ 完成
• V6 5面板组合图: ✅ 完成
• 集成到分析流程: ✅ 完成
• manifest修复: ✅ 完成
• 测试验证: ✅ 通过

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10. 下一步建议

1. 用户反馈收集 - 根据实际使用调整面板宽度
2. 颜色方案优化 - 如有需要可调整7大分类颜色
3. 字体大小调整 - 根据期刊要求调整
4. 批量测试 - 测试更多基因家族数据

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记录时间: 2026-03-29 02:00 记录位置: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311/memory/2026-03-28.md 状态: ✅ 已保存