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Domain Analysis Skill - 蛋白结构域分析技能

概述

使用HMMER对Pfam数据库进行蛋白结构域分析。

功能

• hmmscan Pfam数据库搜索
• 必需结构域筛选
• HMM覆盖度过滤
• 生成Domain表格和成员列表

输入

• protein_fasta: 蛋白序列FASTA文件
• pfam_hmm: Pfam HMM模型文件
• scope_file（可选）: 若由 scoped phylogeny 触发，应使用同一 scope 的 scope_input_fasta；蛋白序列中的 * stop marker 使用 job-local clean FASTA 处理。

输出

• domtblout: Domain表格输出
• domains.tsv: 所有Domain信息表
• final_members.tsv: 符合筛选条件的成员
• 可复现性文件包

使用方法

# 基本用法
python run.py --input protein.fa --pfam PF03110.hmm --output ./domain

# Demo模式
python run.py --demo --output ./domain

# 自定义参数
python run.py --input protein.fa --pfam PF03110.hmm --evalue 1e-5 --coverage 0.5 --output ./domain

参数

参数	默认值	说明
--input, -i	必需	蛋白序列FASTA文件
--pfam	必需	Pfam HMM模型文件
--evalue	1e-5	E-value阈值
--coverage	0.5	HMM覆盖度阈值
--cpu	8	CPU线程数
--output, -o	必需	输出目录

依赖

• hmmer (HMMER3)
• biopython
• pandas

技能版本

1.0.0