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Phylogeny Skill - 系统发育分析技能

概述

系统发育树构建技能，支持多物种基因家族进化分析。

功能

• 多序列比对 (MAFFT/Muscle)
• 系统发育树构建 (IQ-TREE/FastTree)
• 物种颜色标注
• 支持Bootstrap验证

输入

• protein_fasta: 多物种蛋白序列FASTA文件
• gene2spc: 基因ID与物种对应表 (可选)
• scope_file（可选）: 指定 target/reference/comparative 范围；同一 scope 的下游 motif/domain/structure/combo 必须复用该范围。

输出

• 比对文件 (.aln/.fa)
• 系统发育树 (.nwk/.treefile)
• 可复现性文件包

使用方法

# 基本用法
python run.py --input protein.fa --output ./phylogeny

# Demo模式
python run.py --demo --output ./phylogeny

# 自定义参数
python run.py --input protein.fa --aligner mafft --tree-builder iqtree --output ./phylogeny

参数

参数	默认值	说明
--input, -i	必需	蛋白序列FASTA文件
--aligner	mafft	比对工具 (mafft/muscle)
--tree-builder	iqtree	建树工具 (iqtree/fasttree)
--cpu	8	CPU线程数
--output, -o	必需	输出目录

依赖

• mafft 或 muscle
• iqtree2/iqtree 或 FastTree
• biopython
• pandas
• matplotlib

技能版本

1.0.0