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PPI Skill - Protein-Protein Interaction Analysis

概述

蛋白互作网络分析技能，基于STRING数据库构建基因家族的蛋白互作网络。

功能

• STRING数据库查询: 获取基因家族成员的蛋白互作数据
• 网络构建: 构建互作网络，支持功能性和物理性互作
• 网络统计: 节点数、边数、置信度分布
• 可视化输出: 默认尝试下载 STRING PNG；本地网络图(PDF/PNG)为可选产物；核心输出为数据表(TSV)、ID解析报告、报告和manifest

输入

• gene_ids: 基因ID列表文件 (每行一个基因ID)
• species: 物种代码 (如: ath, osa, zma)
• mapping: 同源基因映射文件 (可选，用于非模式植物)

同源映射文件格式

# source_id\ttarget_id
FtPinG0000212200.01.T01\tAT1G01010.1
FtPinG0000286400.01.T01\tAT1G01020.1

输出

• {prefix}.ppi_network.tsv: 互作网络数据表
• {prefix}_id_resolution.tsv: STRING ID解析报告
• {prefix}.ppi_report.md: 分析报告
• {prefix}.ppi.manifest.json: 机器可读清单
• {prefix}.ppi_network.string.png: STRING PNG 网络图，可选；下载失败不代表PPI分析失败
• {prefix}.ppi_network.pdf: 本地网络可视化图，可选

使用方法

# 基本用法
python run.py --gene-ids genes.txt --species ath --prefix Ft.SPL --output ./ppi

# Demo模式
python run.py --demo --output ./ppi

# 自定义置信度阈值
python run.py --gene-ids genes.txt --species ath --score 400 --output ./ppi

参数

参数	默认值	说明
--gene-ids, -i	必需	基因ID列表文件
--species, -s	ath	物种代码 (ath/osa/zma/etc)
--prefix, -p	必需	输出前缀
--output, -o	必需	输出目录
--score	200	置信度阈值 (0-1000)
--network-type	functional	网络类型 (functional/physical)
--mapping	None	同源映射文件 (非模式植物必需)

依赖

• Python: requests, pandas
• R: igraph, ggplot2 (用于网络可视化)
• STRING API (在线)

技能版本

1.0.0