PlantAI-dev/skills/rnaseq-align/SKILL.md

RNA-seq Alignment Skill

RNA-seq 比对分析技能 - 使用 HISAT2 将 clean reads 比对到参考基因组

功能

• 使用 HISAT2 进行 RNA-seq reads 比对
• SAM 转 BAM 格式转换
• BAM 文件排序和索引
• 生成比对统计报告

输入

• Clean FASTQ 文件（来自 RNA-seq QC 阶段）
• HISAT2 索引文件（*.ht2）
• 样本配置文件（可选）

输出

• 排序后的 BAM 文件（*.sorted.bam）
• BAM 索引文件（*.sorted.bam.bai）
• HISAT2 比对日志（*_hisat2.log）
• 比对报告（*.rnaseq_align_report.md）
• Manifest 文件（*.rnaseq_align.manifest.json）

使用方式

命令行

conda activate rnaseq
python apps/cli/run_rnaseq_align.py \
  -i /path/to/clean/reads \
  -x /path/to/hisat2/index \
  -o /path/to/output \
  -j job_id \
  -p prefix

Python API

from apps.cli.run_rnaseq_align import main
# 使用 argparse 参数调用

依赖

• hisat2 >= 2.2.1
• samtools >= 1.15
• python >= 3.11

环境

conda activate rnaseq

版本

• v1.0.0 - 初始版本