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RNA-seq Quantification Skill

RNA-seq 定量分析技能 - 使用 StringTie 和 featureCounts 进行基因表达定量

功能

• 使用 StringTie 进行转录本组装和定量
• 使用 featureCounts 进行基因计数
• 生成基因计数矩阵、FPKM/TPM 表达矩阵

输入

• 排序后的 BAM 文件（来自 RNA-seq Align 阶段）
• 参考基因组 GTF 注释文件
• 样本配置文件（可选）

输出

• 基因计数矩阵（*.count_matrix.txt）
• FPKM 表达矩阵（*.fpkm_matrix.txt）
• TPM 表达矩阵（*.tpm_matrix.txt）
• StringTie GTF 文件（*_stringtie.gtf）
• 定量报告（*.rnaseq_quant_report.md）
• Manifest 文件（*.rnaseq_quant.manifest.json）

使用方式

命令行

conda activate rnaseq
python apps/cli/run_rnaseq_quant.py \
  -i /path/to/bam/files \
  -g /path/to/genome.gtf \
  -o /path/to/output \
  -p prefix \
  -j job_id

Python API

from apps.cli.run_rnaseq_quant import main
# 使用 argparse 参数调用

依赖

• stringtie >= 2.2.0
• subread (featureCounts) >= 2.0.0
• python >= 3.11

环境

conda activate rnaseq

版本

• v1.0.0 - 初始版本