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Python
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Python
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#B* This file contains source code for the PyMOL computer program
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#C* copyright 1998-2000 by Warren Lyford Delano of DeLano Scientific.
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#E* It is unlawful to modify or remove this copyright notice.
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#F* -------------------------------------------------------------------
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#G* Please see the accompanying LICENSE file for further information.
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#H* -------------------------------------------------------------------
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#I* Additional authors of this source file include:
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('HID' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
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('HID' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
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('HID' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
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('HID' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
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('HID' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1800 } ,
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('HID' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
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('HIE' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
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('HIE' , '2HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
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('HIE' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
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('HIE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
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('HIE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
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('HIE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1810 } ,
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('HIE' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3016 } ,
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('HIE' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0365 } ,
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('HIP' , '1HD' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
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('HIP' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
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('HIP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
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('HIP' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
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('HIP' , '2HE' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
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('HIP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
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('HIP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1680 } ,
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('HIP' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.2000 } ,
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('HIP' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.6500 } ,
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('HIP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.1820 } ,
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('HIP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
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('HIP' , 'ND1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7000 } ,
|
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('HIP' , 'NE2' ) : { 'type' : '31' , 'charge' : -0.7000 } ,
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('HIP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
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|
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|
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|
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|
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('ILE' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
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('ILE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
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('ILE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
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('ILE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
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('ILE' , 'CD1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'CG1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
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('ILE' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
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('ILE' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
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('ILE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('ILE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('LEU' , '1HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '1HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('LEU' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('LEU' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CD1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CD2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('LEU' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('LEU' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('LYS' , '1HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('LYS' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('LYS' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'CE' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5030 } ,
|
|
('LYS' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('LYS' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('LYS' , 'NZ' ) : { 'type' : '32' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('LYS' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('MET' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('MET' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('MET' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'CE' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('MET' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('MET' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('MET' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('MET' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('MET' , 'SD' ) : { 'type' : '49' , 'charge' : -0.4600 } ,
|
|
('NME' , '1HH3' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('NME' , '2HH3' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('NME' , '3HH3' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('NME' , 'CH3' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3001 } ,
|
|
('NME' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('NME' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('PHE' , '1HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('PHE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('PHE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1435 } ,
|
|
('PHE' , 'CD1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CE2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1435 } ,
|
|
('PHE' , 'CZ' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('PHE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , 'HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('PHE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('PRO' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('PRO' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('PRO' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3001 } ,
|
|
('PRO' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.6602 } ,
|
|
('PRO' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('SER' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('SER' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('SER' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2800 } ,
|
|
('SER' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('SER' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , 'HG' ) : { 'type' : '42' , 'charge' : 0.4000 } ,
|
|
('SER' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('SER' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('SER' , 'OG' ) : { 'type' : '16' , 'charge' : -0.6800 } ,
|
|
('THR' , '1HG' ) : { 'type' : '42' , 'charge' : 0.4000 } ,
|
|
('THR' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('THR' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('THR' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2800 } ,
|
|
('THR' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('THR' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('THR' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('THR' , 'OG1' ) : { 'type' : '16' , 'charge' : -0.6800 } ,
|
|
('TRP' , '1HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '1HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
|
|
('TRP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , '2HH' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '2HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '3HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('TRP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('TRP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1810 } ,
|
|
('TRP' , 'CD1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3016 } ,
|
|
('TRP' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , 'CE2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1516 } ,
|
|
('TRP' , 'CE3' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1810 } ,
|
|
('TRP' , 'CH2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CZ2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CZ3' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('TRP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('TRP' , 'NE1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : 0.0332 } ,
|
|
('TRP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('TYR' , '1HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TYR' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TYR' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TYR' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TYR' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TYR' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TYR' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('TYR' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('TYR' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1435 } ,
|
|
('TYR' , 'CD1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TYR' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TYR' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TYR' , 'CE2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TYR' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1435 } ,
|
|
('TYR' , 'CZ' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0825 } ,
|
|
('TYR' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('TYR' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TYR' , 'HH' ) : { 'type' : '42' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('TYR' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('TYR' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('TYR' , 'OH' ) : { 'type' : '16' , 'charge' : -0.5325 } ,
|
|
('VAL' , '1HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '2HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '3HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('VAL' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3611 } ,
|
|
('VAL' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'CG1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('VAL' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('VAL' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
}
|
|
|
|
n_terminal = {
|
|
('ALA' , '1HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , '1HT' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ALA' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , '2HT' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ALA' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , '3HT' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ALA' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('ALA' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('ALA' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , 'N' ) : { 'type' : '32' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('ALA' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('ARG' , '1HH1' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '1HH2' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '2HH1' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '2HH2' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('ARG' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('ARG' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3276 } ,
|
|
('ARG' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , 'CZ' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 1.2000 } ,
|
|
('ARG' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , 'HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('ARG' , 'NE' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.8443 } ,
|
|
('ARG' , 'NH1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.9667 } ,
|
|
('ARG' , 'NH2' ) : { 'type' : '31' , 'charge' : -0.9667 } ,
|
|
('ARG' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('ASN' , '1HD2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ASN' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ASN' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASN' , '2HD2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ASN' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ASN' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASN' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ASN' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('ASN' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('ASN' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0610 } ,
|
|
('ASN' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('ASN' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASN' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('ASN' , 'ND2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.8000 } ,
|
|
('ASN' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('ASN' , 'OD1' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('ASP' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ASP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASP' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ASP' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASP' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ASP' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('ASP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('ASP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : -0.1060 } ,
|
|
('ASP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('ASP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASP' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('ASP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('ASP' , 'OD1' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ASP' , 'OD2' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
|
|
('CYS' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('CYS' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYS' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('CYS' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYS' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('CYS' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('CYS' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('CYS' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('CYS' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYS' , 'HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1800 } ,
|
|
('CYS' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('CYS' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('CYS' , 'SG' ) : { 'type' : '49' , 'charge' : -0.4100 } ,
|
|
('CYX' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('CYX' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYX' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('CYX' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYX' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('CYX' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('CYX' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('CYX' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('CYX' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYX' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('CYX' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('CYX' , 'SG' ) : { 'type' : '49' , 'charge' : -0.2300 } ,
|
|
('GLN' , '1HE2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('GLN' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('GLN' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , '2HE2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('GLN' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('GLN' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('GLN' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('GLN' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('GLN' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , 'CD' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('GLN' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0610 } ,
|
|
('GLN' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('GLN' , 'NE2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.8000 } ,
|
|
('GLN' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('GLN' , 'OE1' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('GLU' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('GLU' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('GLU' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('GLU' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('GLU' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('GLU' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , 'CD' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('GLU' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : -0.1060 } ,
|
|
('GLU' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('GLU' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('GLU' , 'OE1' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('GLU' , 'OE2' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('HID' , '1HD' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
|
|
('HID' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HID' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HID' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HID' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HID' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HID' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HID' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HID' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('HID' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('HID' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1800 } ,
|
|
('HID' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0772 } ,
|
|
('HID' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0365 } ,
|
|
('HID' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3316 } ,
|
|
('HID' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HID' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('HID' , 'ND1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : 0.0332 } ,
|
|
('HID' , 'NE2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.5653 } ,
|
|
('HID' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('HIE' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIE' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIE' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIE' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIE' , '2HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
|
|
('HIE' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIE' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIE' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('HIE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('HIE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1810 } ,
|
|
('HIE' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3016 } ,
|
|
('HIE' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0365 } ,
|
|
('HIE' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0462 } ,
|
|
('HIE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIE' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('HIE' , 'ND1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.5653 } ,
|
|
('HIE' , 'NE2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : 0.0332 } ,
|
|
('HIE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('HIP' , '1HD' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIP' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIP' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIP' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIP' , '2HE' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIP' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIP' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIP' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIP' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('HIP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('HIP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1680 } ,
|
|
('HIP' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.2000 } ,
|
|
('HIP' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.6500 } ,
|
|
('HIP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.1820 } ,
|
|
('HIP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIP' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('HIP' , 'ND1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7000 } ,
|
|
('HIP' , 'NE2' ) : { 'type' : '31' , 'charge' : -0.7000 } ,
|
|
('HIP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('ILE' , '1HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ILE' , '2HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '2HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ILE' , '3HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '3HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ILE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('ILE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('ILE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'CD1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'CG1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('ILE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('LEU' , '1HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '1HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LEU' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LEU' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LEU' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('LEU' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('LEU' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CD1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CD2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('LEU' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('LYS' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '1HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '2HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '3HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('LYS' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('LYS' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'CE' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5030 } ,
|
|
('LYS' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('LYS' , 'NZ' ) : { 'type' : '32' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('LYS' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('MET' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('MET' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('MET' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('MET' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('MET' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('MET' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'CE' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('MET' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('MET' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('MET' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('MET' , 'SD' ) : { 'type' : '49' , 'charge' : -0.4600 } ,
|
|
('PHE' , '1HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('PHE' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('PHE' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('PHE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('PHE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('PHE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1435 } ,
|
|
('PHE' , 'CD1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CE2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1435 } ,
|
|
('PHE' , 'CZ' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , 'HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('PHE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('PRO' , '2H' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('PRO' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3H' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('PRO' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'C' ) : { 'type' : '7' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('PRO' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('PRO' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5030 } ,
|
|
('PRO' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.9060 } ,
|
|
('PRO' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('SER' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('SER' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('SER' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('SER' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('SER' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('SER' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2800 } ,
|
|
('SER' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , 'HG' ) : { 'type' : '42' , 'charge' : 0.4000 } ,
|
|
('SER' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('SER' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('SER' , 'OG' ) : { 'type' : '16' , 'charge' : -0.6800 } ,
|
|
('THR' , '1HG' ) : { 'type' : '42' , 'charge' : 0.4000 } ,
|
|
('THR' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('THR' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('THR' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('THR' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('THR' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('THR' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2800 } ,
|
|
('THR' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('THR' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('THR' , 'OG1' ) : { 'type' : '16' , 'charge' : -0.6800 } ,
|
|
('TRP' , '1HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '1HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
|
|
('TRP' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('TRP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , '2HH' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('TRP' , '2HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('TRP' , '3HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('TRP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('TRP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1810 } ,
|
|
('TRP' , 'CD1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3016 } ,
|
|
('TRP' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , 'CE2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1516 } ,
|
|
('TRP' , 'CE3' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1810 } ,
|
|
('TRP' , 'CH2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CZ2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CZ3' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('TRP' , 'NE1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : 0.0332 } ,
|
|
('TRP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('VAL' , '1HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '1HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('VAL' , '2HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '2HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('VAL' , '3HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '3HT' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('VAL' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('VAL' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5640 } ,
|
|
('VAL' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'CG1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'N' ) : { 'type' : '26' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('VAL' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
}
|
|
|
|
c_terminal = {
|
|
('ALA' , '1HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('ALA' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('ALA' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ALA' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ALA' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('ALA' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ALA' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ARG' , '1HH1' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '1HH2' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '2HH1' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '2HH2' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('ARG' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('ARG' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3276 } ,
|
|
('ARG' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , 'CZ' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 1.2000 } ,
|
|
('ARG' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ARG' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ARG' , 'HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('ARG' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('ARG' , 'NE' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.8443 } ,
|
|
('ARG' , 'NH1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.9667 } ,
|
|
('ARG' , 'NH2' ) : { 'type' : '31' , 'charge' : -0.9667 } ,
|
|
('ARG' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ARG' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ASN' , '1HD2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ASN' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASN' , '2HD2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ASN' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASN' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('ASN' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('ASN' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0610 } ,
|
|
('ASN' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('ASN' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ASN' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASN' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('ASN' , 'ND2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.8000 } ,
|
|
('ASN' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ASN' , 'OD1' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('ASN' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ASP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASP' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASP' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('ASP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('ASP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : -0.1060 } ,
|
|
('ASP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('ASP' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ASP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ASP' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('ASP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ASP' , 'OD1' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ASP' , 'OD2' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ASP' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('CYS' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYS' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYS' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('CYS' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('CYS' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('CYS' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('CYS' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYS' , 'HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1800 } ,
|
|
('CYS' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('CYS' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('CYS' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('CYS' , 'SG' ) : { 'type' : '49' , 'charge' : -0.4100 } ,
|
|
('CYX' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYX' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYX' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('CYX' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('CYX' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('CYX' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('CYX' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('CYX' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('CYX' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('CYX' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('CYX' , 'SG' ) : { 'type' : '49' , 'charge' : -0.2300 } ,
|
|
('GLN' , '1HE2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('GLN' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , '2HE2' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('GLN' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('GLN' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('GLN' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , 'CD' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.5690 } ,
|
|
('GLN' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0610 } ,
|
|
('GLN' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('GLN' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLN' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('GLN' , 'NE2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.8000 } ,
|
|
('GLN' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('GLN' , 'OE1' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.5700 } ,
|
|
('GLN' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('GLU' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('GLU' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('GLU' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , 'CD' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('GLU' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : -0.1060 } ,
|
|
('GLU' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('GLU' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('GLU' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('GLU' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('GLU' , 'OE1' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('GLU' , 'OE2' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('GLU' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('HID' , '1HD' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
|
|
('HID' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HID' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HID' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HID' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HID' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('HID' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('HID' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1800 } ,
|
|
('HID' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0772 } ,
|
|
('HID' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0365 } ,
|
|
('HID' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3316 } ,
|
|
('HID' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('HID' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HID' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('HID' , 'ND1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : 0.0332 } ,
|
|
('HID' , 'NE2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.5653 } ,
|
|
('HID' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('HID' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('HIE' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIE' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIE' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIE' , '2HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
|
|
('HIE' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('HIE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('HIE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1810 } ,
|
|
('HIE' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3016 } ,
|
|
('HIE' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0365 } ,
|
|
('HIE' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0462 } ,
|
|
('HIE' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('HIE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIE' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('HIE' , 'ND1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.5653 } ,
|
|
('HIE' , 'NE2' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : 0.0332 } ,
|
|
('HIE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('HIE' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('HIP' , '1HD' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIP' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIP' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('HIP' , '2HE' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('HIP' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIP' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('HIP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('HIP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1680 } ,
|
|
('HIP' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.2000 } ,
|
|
('HIP' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.6500 } ,
|
|
('HIP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.1820 } ,
|
|
('HIP' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('HIP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('HIP' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('HIP' , 'ND1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7000 } ,
|
|
('HIP' , 'NE2' ) : { 'type' : '31' , 'charge' : -0.7000 } ,
|
|
('HIP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('HIP' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ILE' , '1HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '2HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '2HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '3HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '3HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('ILE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('ILE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'CD1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'CG1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('ILE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('ILE' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('ILE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('ILE' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('LEU' , '1HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '1HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '2HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HD1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , '3HD2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('LEU' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('LEU' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CD1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CD2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('LEU' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LEU' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('LEU' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('LEU' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('LYS' , '1HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '2HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , '3HZ' ) : { 'type' : '44' , 'charge' : 0.4500 } ,
|
|
('LYS' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('LYS' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('LYS' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'CE' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.5030 } ,
|
|
('LYS' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('LYS' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('LYS' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('LYS' , 'NZ' ) : { 'type' : '32' , 'charge' : -0.8530 } ,
|
|
('LYS' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('LYS' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('MET' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('MET' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('MET' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'CE' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('MET' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2300 } ,
|
|
('MET' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('MET' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('MET' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('MET' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('MET' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('MET' , 'SD' ) : { 'type' : '49' , 'charge' : -0.4600 } ,
|
|
('PHE' , '1HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '1HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '2HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('PHE' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('PHE' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1435 } ,
|
|
('PHE' , 'CD1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CE1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CE2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1435 } ,
|
|
('PHE' , 'CZ' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('PHE' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PHE' , 'HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('PHE' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('PHE' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('PHE' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('PRO' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '2HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '2HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , '3HG' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('PRO' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('PRO' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'CD' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.3001 } ,
|
|
('PRO' , 'CG' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('PRO' , 'N' ) : { 'type' : '27' , 'charge' : -0.6602 } ,
|
|
('PRO' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('PRO' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('SER' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('SER' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('SER' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2800 } ,
|
|
('SER' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('SER' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('SER' , 'HG' ) : { 'type' : '42' , 'charge' : 0.4000 } ,
|
|
('SER' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('SER' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('SER' , 'OG' ) : { 'type' : '16' , 'charge' : -0.6800 } ,
|
|
('SER' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('THR' , '1HG' ) : { 'type' : '42' , 'charge' : 0.4000 } ,
|
|
('THR' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('THR' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('THR' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.2800 } ,
|
|
('THR' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('THR' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('THR' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('THR' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('THR' , 'OG1' ) : { 'type' : '16' , 'charge' : -0.6800 } ,
|
|
('THR' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('TRP' , '1HD' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '1HE' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.2700 } ,
|
|
('TRP' , '2HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , '2HH' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '2HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '3HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , '3HE' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , '3HZ' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('TRP' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('TRP' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1810 } ,
|
|
('TRP' , 'CD1' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.3016 } ,
|
|
('TRP' , 'CD2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , 'CE2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1516 } ,
|
|
('TRP' , 'CE3' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CG' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1810 } ,
|
|
('TRP' , 'CH2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CZ2' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'CZ3' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : -0.1500 } ,
|
|
('TRP' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('TRP' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('TRP' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('TRP' , 'NE1' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : 0.0332 } ,
|
|
('TRP' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('TRP' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('VAL' , '1HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '1HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '2HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '2HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '3HG1' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , '3HG2' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'C' ) : { 'type' : '2' , 'charge' : 0.9060 } ,
|
|
('VAL' , 'CA' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.1941 } ,
|
|
('VAL' , 'CB' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'CG1' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'CG2' ) : { 'type' : '3' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'H' ) : { 'type' : '43' , 'charge' : 0.3700 } ,
|
|
('VAL' , 'HA' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'HB' ) : { 'type' : '41' , 'charge' : 0.0000 } ,
|
|
('VAL' , 'N' ) : { 'type' : '25' , 'charge' : -0.7301 } ,
|
|
('VAL' , 'O' ) : { 'type' : '15' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
('VAL' , 'OXT' ) : { 'type' : '18' , 'charge' : -0.9000 } ,
|
|
}
|
|
|
|
numeric_map = {
|
|
1 : 'C1',
|
|
2 : 'C2',
|
|
3 : 'C3',
|
|
4 : 'CA',
|
|
5 : 'CB',
|
|
6 : 'CC',
|
|
7 : 'CD',
|
|
8 : 'CE',
|
|
9 : 'CF',
|
|
10 : 'CM',
|
|
11 : 'CP',
|
|
12 : 'CR',
|
|
14 : 'C0',
|
|
15 : 'O2',
|
|
16 : 'O3',
|
|
17 : 'OA',
|
|
18 : 'OM',
|
|
19 : 'OW',
|
|
20 : 'OP',
|
|
21 : 'OQ',
|
|
23 : 'O0',
|
|
24 : 'N1',
|
|
25 : 'N2',
|
|
26 : 'N3',
|
|
27 : 'NA',
|
|
28 : 'NB',
|
|
29 : 'NC',
|
|
30 : 'ND',
|
|
31 : 'N4',
|
|
32 : 'N5',
|
|
33 : 'NE',
|
|
34 : 'NF',
|
|
35 : 'NG',
|
|
36 : 'NH',
|
|
37 : 'NI',
|
|
40 : 'N0',
|
|
41 : 'H1',
|
|
42 : 'H2',
|
|
43 : 'H3',
|
|
44 : 'H4',
|
|
45 : 'H5',
|
|
48 : 'H0',
|
|
49 : 'S1',
|
|
50 : 'SA',
|
|
51 : 'SM',
|
|
52 : 'S0',
|
|
53 : 'P0',
|
|
54 : 'B2',
|
|
55 : 'B3',
|
|
56 : 'F0',
|
|
57 : 'Cl',
|
|
58 : 'Br',
|
|
59 : 'I0',
|
|
60 : 'Si',
|
|
61 : 'Du',
|
|
62 : 'Z0',
|
|
63 : 'Lp',
|
|
64 : '00',
|
|
}
|
|
|
|
alpha_map = {}
|
|
|
|
for a in numeric_map.keys():
|
|
alpha_map[numeric_map[a]] = a
|
|
|
|
# convert numeric entries in type definitions above
|
|
# alpha-numeric
|
|
|
|
for a in normal.keys():
|
|
na = normal[a]
|
|
na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]
|
|
|
|
for a in n_terminal.keys():
|
|
na = n_terminal[a]
|
|
na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]
|
|
|
|
for a in c_terminal.keys():
|
|
na = c_terminal[a]
|
|
na['type'] = numeric_map[int(na['type'])]
|
|
|
|
|
|
def check_sum(dct):
|
|
sm = {}
|
|
for a in dct.keys():
|
|
if a[0] not in sm:
|
|
sm[a[0]] = dct[a]['charge']
|
|
else:
|
|
sm[a[0]] = sm[a[0]]+ dct[a]['charge']
|
|
|
|
for a in sm.keys():
|
|
print(a,'%7.4f'%sm[a])
|