1.9 KiB
Executable File
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有"_fpkm.txt.gz"数据的差异表达分析流程
数据下载
- 从文献中查找适合的差异表达数据
- 登陆NCBI
- 点击Taxonomy,跳转至Taxonomy检索页
- 检索框内输入物种拉丁名
- 选择物种拉丁名跳转，以Fagopyrum tataricum为例
- 点击Fagopyrum tataricum,进入Ft物种页面
- 点击选择GEO DataSets选项，然后点击物种Fagopyrum tataricum (Tartarian buckwheat)跳转至Ft的GEO DataSets页面
- 在Ft的GEO DataSets详情页，在 Entrez records表格中的Database name为GEO DataSets,点击其对应的Direct links 跳转至GEO DataSets数据Search results页面
- 选择要下载的数据，可以通过查找对应的Series或Accession,本测试是Series: GSE111937,然后点击对应的数据跳转至样本页面
- 在样本页面点击Series：GSE111937,跳转至含有fpkm.txt.gz数据页面，即能看到Supplementary file为GSE111937_fpkm.txt.gz,这时在Download可选择ftp或http方式下载
- 在样本页面还有样本信息，“Samples (9) GSM3045452 X2_1 GSM3045453 X2_2 GSM3045454 X2_3 GSM3045455 X3_1 GSM3045456 X3_2 GSM3045457 X3_3 GSM3045458 X4_1 GSM3045459 X4_2 GSM3045460 X4_3”，需要提取出来编辑成sample.txt，格式为“X2_1 X2 X2_2 X2 X2_3 X2 X3_1 X3 X3_2 X3 X3_3 X3 X4_1 X4 X4_2 X4 X4_3 X4 ”
数据处理
- 得关注id是否与现在做的数据id一致，如果不一样，还得使用SRA原始数据和参考基因组进行处理，做差异表达矩阵等。但是本次处理的方式是“表达量表格的基因ID没有.T01后缀，因此只需要修改geneID列表 ”，所以无需重头开始做。
修订ID
sed 's/.T01//' Ft.SPL.geneID > Ft.SPL.geneID_new
进入rnaR环境
conda deactivate conda activate rnaR
执行分析
Rscript scripts/draw_expression.R GSE111937_fpkm.txt Ft.SPL.geneID_new sample.txt Ft.SPL.exp
切换回原来的test4py311环境
conda deactivate conda activate test4py311