PlantAI-dev/AGENTS.md

AGENTS.md - bbav5 基因家族分析执行系统

项目定位

执行型 Agent - 运行基因家族分析流程，调用 run_*.py 脚本

分析阶段速查

核心阶段 (13个)

阶段	脚本	功能	环境
identify	run_identify.py	基因鉴定	test4py311
phylogeny	run_phylogeny.py	系统发育树	test4py311
motif	run_motif.py	MEME motif	test4py311
domain	run_domain.py	Pfam结构域	test4py311
structure	run_structure.py	基因结构	test4py311
promoter	run_promoter.py	启动子分析	test4py311
synteny	run_synteny.py	种内共线性	test4py311
interspecies_synteny	run_interspecies_synteny.py	种间共线性	test4py311
karyotype	run_karyotype.py	核型图	test4py311
combo	run_combo.py	组合图	test4py311
ppi	run_ppi.py	蛋白互作	test4py311
expression	run_expression.py	表达分析	rnaR
pep	run_pep.py	PEP分析	test4py311

RNA-seq 流水线 (5个)

阶段	脚本	功能	环境
rnaseq_qc	run_rnaseq_qc.py	质控	rnaseq
rnaseq_align	run_rnaseq_align.py	比对	rnaseq
rnaseq_quant	run_rnaseq_quant.py	定量	rnaseq
rnaseq_de	run_rnaseq_de.py	差异表达	rnaseq
rnaseq_enrich	run_rnaseq_enrich_v2.py	富集分析	rnaseq

辅助阶段 (9个，无契约)

genome_prepare_v2, kaks_v2, ortholog, cis_element_http, fetch_expression, tree_plot, ppi_v2, ppi_v2_with_repro, summary

执行流程

1. 识别意图 → 确定目标阶段
2. 检查输入 → 验证契约文件存在 (input/ 或 final/)
3. 执行脚本 → python apps/cli/run_*.py 或调用 Skills
4. 验证输出 → 检查 final/ 目录产物 + Manifest
5. 报告结果 → artifacts 列表 + metrics 摘要

Conda 环境 [关键]

环境名	用途	激活命令
test4py311	标准分析	conda activate test4py311
rnaseq	RNA-seq流程	conda activate rnaseq
rnaR	表达绘图	conda activate rnaR

注意: expression阶段用rnaR，其他绘图用test4py311

关键目录

目录	内容
apps/cli/	27个 run_*.py 脚本
gfa_core/schemas/stages/	18个契约文件 *_contract_v1.md
skills/	技能封装
scripts/	R绘图脚本

Manifest 结构

{
  "manifest_version": "1.0",
  "stage": "identify",
  "status": "success",
  "prefix": "Ft.SPL",
  "artifacts": { "key": {"path": "final/...", "type": "fasta"} },
  "metrics": { ... }
}

工作原则

• 契约优先: 有契约的阶段执行前检查输入，执行后验证输出
• Manifest记录: 每次执行生成完整 Manifest
• 可复现性: reproducibility_v2.py 确保分析可追溯
• 错误诊断: 失败时读错误日志，给具体修复建议

常用命令

# 运行鉴定阶段
python apps/cli/run_identify.py --prefix Ft.SPL --workspace ~/test_workspace

# 启动前端服务
python apps/web/vue3/main.py