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2026-04-05 项目记录 - bbav20311

项目信息

• 项目: bbav20311 (BotanicalBaseAgent)
• 路径: /home/xia-lab/wutx/00test/bbav20311
• 记录时间: 2026-04-05

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今日修订内容

1. RNA-seq 分析优化

1.1 Agent意图识别优化 ✅

问题: 对话框执行RNA-seq分析需要16分钟才弹出参数确认

原因: Orchestrator 意图识别流程耗时过长（LLM多次调用）

解决方案: 添加 fast_intent.py 关键词匹配，置信度>0.8时跳过LLM调用

修改文件:

• gfa_core/mas/core/fast_intent.py (新增)
• gfa_core/mas/core/orchestrator.py

效果: 16分钟 → <5秒

1.2 RNA-seq 改为异步执行 ✅

问题: 点击确认后同步执行，前端卡死14.5分钟

解决方案:

• Agent返回意图，不直接执行
• 用户确认后通过 /api/execute 异步执行
• 前端轮询显示进度

修改文件:

• gfa_core/mas/core/orchestrator.py
• apps/web/vue3/main.py (添加 ASYNC_STAGES)

1.3 取消超时限制 ✅

问题: RNA-seq分析可能运行数小时，默认7200秒超时

解决方案: timeout=None (无超时限制)

修改文件:

• gfa_core/mas/core/orchestrator.py

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2. RNA-seq 目录结构标准化

2.1 统一目录结构

问题: RNA-seq各阶段目录结构不一致

• rnaseq_align/rnaseq_align/ (嵌套)
• rnaseq_de/rnaseq_de/ (嵌套)
• rnaseq_enrich/rnaseq_enrich/analysis/ (三重嵌套)

标准结构: stage/analysis/

修改文件:

• apps/cli/run_rnaseq_align.py: rnaseq_align/ → analysis/
• apps/cli/run_rnaseq_de.py: rnaseq_de/ → analysis/
• apps/cli/run_rnaseq_enrich.py: rnaseq_enrich/analysis/ → analysis/

2.2 RNA-QC 目录结构优化

问题: 直接输出到 final，无中间目录

解决方案:

• 中间文件: rnaseq_qc/analysis/
• 最终结果: final/ (标准命名)

文件存放策略:

文件类型	存放位置	说明
*.clean.fastq.gz	final/	下游分析需要
*_fastqc.html	final/ + analysis/	前端展示
*_cutadapt.log	final/	统计信息
*_fastqc.zip	analysis/	大文件备用

修改文件:

• apps/cli/run_rnaseq_qc.py

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3. RNA-seq 文件命名标准化

3.1 统一命名格式

格式: {prefix}.rnaseq_{stage}.{filename}

示例:

• Ft.SPL.rnaseq_qc.SRR6847695_1_fastqc.html
• Ft.SPL.rnaseq_de.treat_vs_control.DE_results.txt
• Ft.SPL.rnaseq_align.SRR6847695.sorted.bam

修改文件:

• apps/cli/run_rnaseq_qc.py
• apps/cli/run_rnaseq_de.py
• apps/cli/run_rnaseq_align.py

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4. 基因家族特异性分析

4.1 添加家族特异性绘图

功能: 为基因家族生成特异性 MA图和火山图

输出文件:

• {prefix}.rnaseq_de.{family_name}_{comp_name}_family_MA_plot.pdf/png
• {prefix}.rnaseq_de.{family_name}_{comp_name}_family_volcano_plot.pdf/png

修改文件:

• apps/cli/run_rnaseq_de.py

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5. Bug修复

5.1 修复 re 模块未定义错误

文件: gfa_core/mas/core/orchestrator.py

5.2 修复 prefix 变量未定义错误

文件: apps/cli/run_rnaseq_de.py

5.3 修复 --final-dir 参数传递

文件: apps/cli/run_rnaseq_de.py (添加调试信息)

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修改文件清单

文件路径	修改类型	说明
gfa_core/mas/core/fast_intent.py	新增	快速意图识别
gfa_core/mas/core/orchestrator.py	修改	集成快速意图、取消超时、RNA-seq返回意图
apps/cli/run_rnaseq_qc.py	修改	添加analysis目录、标准化命名、文件存放策略
apps/cli/run_rnaseq_align.py	修改	目录结构标准化
apps/cli/run_rnaseq_de.py	修改	目录结构标准化、家族特异性绘图
apps/cli/run_rnaseq_enrich.py	修改	目录结构标准化
apps/web/vue3/main.py	修改	添加ASYNC_STAGES、进度提示

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测试结果

RNA-seq DE 测试

• 意图识别: 3秒内返回 rnaseq_de
• 异步执行: 任务提交后立即返回
• 目录结构: rnaseq_de/analysis/ ✅
• 文件命名: Ft.SPL.rnaseq_de.* ✅
• 家族绘图: 正常生成 ✅

RNA-seq QC 测试

• 目录结构: rnaseq_qc/analysis/ ✅
• 文件存放: clean reads + fastqc.html 在 final ✅
• 文件命名: Ft.SPL.rnaseq_qc.* ✅

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待办事项

• RNA-QC 执行完成验证
• 前端结果展示测试
• 完整RNA-seq流程测试（QC→Align→Quant→DE→Enrich）

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记录时间: 2026-04-05 22:14