PlantAI-dev/memory/2026-03-30-compliance-assessment.md

bbav20311 分析脚本规范性评估报告

生成时间: 2026-03-30 01:45 评估标准: 以 run_phylogeny.py 为模板

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评估标准（8项要素）

要素	说明
1. 标准文档字符串	清晰的输入输出说明
2. get_tool_versions()	获取工具版本信息
3. compute_file_hash()	计算文件SHA256哈希
4. validate_previous_stage()	验证上游manifest
5. prepare_directories()	创建标准目录结构
6. 生成manifest.json	符合manifest_v1.schema.json
7. 生成report.md	人可读分析报告
8. 可复现性信息	cmd历史、参数、版本等

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评估结果

1. run_phylogeny.py (标准模板) ✅

评分: 10/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ✅ validate_identify_output() (验证上游)
• ✅ prepare_directories()
• ✅ 生成manifest.json
• ✅ 生成report.md
• ✅ 可复现性信息完整

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2. run_genome_prepare.py

评分: 7/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ❌ 缺失: validate_previous_stage() (无上游)
• ✅ prepare_directories() (在类中)
• ⚠️ 部分: manifest.json生成简单
• ❌ 缺失: report.md生成
• ⚠️ 部分: 可复现性信息不完整

需修订:

1. 完善manifest.json格式（符合schema）
2. 添加report.md生成
3. 完善可复现性信息

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3. run_identify.py

评分: 8/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions() (通过run_cmd)
• ✅ compute_file_hash()
• ❌ 缺失: validate_previous_stage() (无上游，但应验证输入)
• ❌ 缺失: prepare_directories() (分散在代码中)
• ✅ 生成manifest.json
• ✅ 生成report.md
• ✅ 可复现性信息

需修订:

1. 添加prepare_directories()函数
2. 统一目录创建逻辑

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4. run_motif.py

评分: 7/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ⚠️ 部分: 有resolve_protein_fasta()但非标准validate
• ❌ 缺失: prepare_directories()
• ✅ 生成manifest.json
• ✅ 生成report.md
• ⚠️ 部分: 可复现性信息

需修订:

1. 添加prepare_directories()
2. 标准化validate_previous_stage()
3. 完善可复现性信息

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5. run_domain.py

评分: 7/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ⚠️ 部分: 有find_latest_manifest()但非标准validate
• ❌ 缺失: prepare_directories()
• ✅ 生成manifest.json
• ✅ 生成report.md
• ⚠️ 部分: 可复现性信息

需修订:

1. 添加prepare_directories()
2. 标准化validate_previous_stage()
3. 完善可复现性信息

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6. run_promoter.py

评分: 8/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ❌ 缺失: validate_previous_stage() (需要phylogeny产物)
• ❌ 缺失: prepare_directories()
• ✅ 生成manifest.json
• ✅ 生成report.md
• ✅ 可复现性信息

需修订:

1. 添加prepare_directories()
2. 添加validate_phylogeny_output()
3. 添加figures字段到manifest

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7. run_expression.py

评分: 4/10 ⚠️ 最不完整

• ⚠️ 部分: 简单文档字符串
• ❌ 缺失: get_tool_versions()
• ❌ 缺失: compute_file_hash()
• ❌ 缺失: validate_previous_stage()
• ❌ 缺失: prepare_directories()
• ❌ 缺失: manifest.json生成
• ❌ 缺失: report.md生成
• ❌ 缺失: 可复现性信息

需大幅修订:

1. 重写为标准结构
2. 添加所有缺失要素

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8. run_karyotype.py

评分: 6/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ⚠️ 部分: validate_inputs()但非标准validate_previous_stage
• ✅ prepare_directories()
• ❌ 缺失: manifest.json生成
• ❌ 缺失: report.md生成
• ❌ 缺失: 可复现性信息

需修订:

1. 添加manifest.json生成
2. 添加report.md生成
3. 添加可复现性信息

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9. run_synteny.py

评分: 6/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ⚠️ 部分: validate_inputs()但非标准
• ❌ 缺失: prepare_directories()
• ❌ 缺失: manifest.json生成
• ❌ 缺失: report.md生成
• ⚠️ 部分: 可复现性信息

需修订:

1. 添加prepare_directories()
2. 添加manifest.json生成
3. 添加report.md生成
4. 完善可复现性信息

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10. run_interspecies_synteny.py

评分: 6/10

• ✅ 标准文档字符串
• ✅ get_tool_versions()
• ✅ compute_file_hash()
• ❌ 缺失: validate_previous_stage()
• ✅ prepare_directories()
• ❌ 缺失: manifest.json生成
• ❌ 缺失: report.md生成
• ⚠️ 部分: 可复现性信息

需修订:

1. 添加manifest.json生成
2. 添加report.md生成
3. 完善可复现性信息

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修订优先级排序

🔴 P0 - 高优先级（基础依赖）

顺序	脚本	评分	原因
1	run_genome_prepare.py	7/10	所有分析的起点
2	run_identify.py	8/10	核心鉴定步骤
3	run_phylogeny.py	10/10	已是标准，无需修订

🟡 P1 - 中优先级（主要分析）

顺序	脚本	评分	原因
4	run_motif.py	7/10	依赖identify
5	run_domain.py	7/10	依赖identify
6	run_promoter.py	8/10	依赖phylogeny

🟢 P2 - 低优先级（进阶分析）

顺序	脚本	评分	原因
7	run_synteny.py	6/10	进阶分析
8	run_karyotype.py	6/10	依赖synteny
9	run_interspecies_synteny.py	6/10	进阶分析
10	run_expression.py	4/10	独立流程，需大幅重写

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修订计划总览

Phase 1: 基础阶段 (P0)

• run_genome_prepare.py - 完善manifest和report
• run_identify.py - 添加prepare_directories

Phase 2: 核心分析阶段 (P1)

• run_motif.py - 标准化结构
• run_domain.py - 标准化结构
• run_promoter.py - 添加依赖验证

Phase 3: 进阶分析阶段 (P2)

• run_synteny.py - 完整manifest和report
• run_karyotype.py - 完整manifest和report
• run_interspecies_synteny.py - 完整manifest和report
• run_expression.py - 重写为标准结构

Phase 4: MAS集成

• 创建Stage适配器层
• 连接RAG API
• 多智能体联动

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评估完成，准备开始修订