…

..

api_clients

…

config

…

extension_stage

…

extension_stage_lightweight

…

mas

…

pipelines

…

schemas

…

templates

…

tools

…

workflows

…

api_config.py

…

config_templates.py

…

enhanced_analysis.py

…

gene_family_report_data.py

…

gene_family_report_html.py

…

gene_family_report.py

…

gene_family_scope.py

…

gene_family_stage_context.py

…

genotype_context.py

…

gwas_fmt_context.py

…

gwas_legacy_lineage.py

…

gwas_root_inputs.py

…

gwas_scientific_identity.py

…

gwas_upstream_manifest.py

…

id_resolution.py

…

methodology_bridge.py

…

nl_executor.py

…

ortholog_materialize.py

…

pipeline_api_integration.py

…

pipeline_with_repro.py

…

population_manifest.py

…

population_stage_runtime.py

…

ppi_provenance.py

…

ppi_string_policy.py

…

project_paths.py

…

reproducibility_v2.py

…

reproducibility.py

…

rnaseq_context.py

…

rnaseq_de_design.py

…

rnaseq_de_design.py.bak_20260716

…

rnaseq_report.py

…

string_rate_gate.py

…

string_species_registry.py

…

wgs_samples.py

…

wgs_scientific_identity.py

…

wgs_upstream_manifest.py

…