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15 KiB
JSON
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JSON
 
|
{
|
|||
|
|
"meta": {
|
|||
|
|
"name": "bioflow flow_docs 评估集",
|
|||
|
|
"version": 1,
|
|||
|
|
"total": 50,
|
|||
|
|
"criteria": [
|
|||
|
|
"每条含 1-2 个黄金断言（golds，真实语料关键词）",
|
|||
|
|
"stage_keyword / source_required 驱动检索口径断言（答案需含对应 stage/来源的引用块）",
|
|||
|
|
"hit 判定 = 检索条目命中（主条 source == source_required 且 stage/主题匹配，或仅 source 匹配的兜底）",
|
|||
|
|
"quote 判定 = top5 条目正文拼接后包含全部 golds",
|
|||
|
|
"bypass = 原文逐字黄金词（检索必全中），属检索底线自查而非代表检索质量"
|
|||
|
|
],
|
|||
|
|
"scoring": {
|
|||
|
|
"hit": "检索命中（口径断言）",
|
|||
|
|
"quote": "引用原文包含黄金断言",
|
|||
|
|
"pass": "hit 且 quote"
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
"categories": {
|
|||
|
|
"gf_stage_io": "基因家族阶段输入输出",
|
|||
|
|
"rnaseq_stage_io": "RNA-seq 阶段输入输出",
|
|||
|
|
"wgs_stage_io": "WGS 阶段输入输出",
|
|||
|
|
"pop_gwas_io": "群体遗传/GWAS 阶段输入输出",
|
|||
|
|
"params": "默认参数与阈值",
|
|||
|
|
"preconditions": "前置条件与依赖链",
|
|||
|
|
"software": "软件对照（附加入库源的差异化价值）",
|
|||
|
|
"delivery": "质控/交付与整体咨询"
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
"items": [
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 1,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "identify 阶段需要什么输入？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "identify",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"Pfam HMM",
|
|||
|
|
"全蛋白"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 2,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "genome_prepare 输出哪些标准文件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "genome_prepare",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
".gff3",
|
|||
|
|
".cds.fasta"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 3,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "identify_refine 之后应该跑哪个阶段？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "identify_refine",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"phylogeny",
|
|||
|
|
"权威成员"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 4,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "phylogeny 阶段的主要输出文件是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "phylogeny",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"MAFFT",
|
|||
|
|
".tree.nwk"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 5,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "motif 分析用什么软件，输出什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "motif",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"MEME",
|
|||
|
|
"motif 表"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 6,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "domain 结构域注释的输入和输出文件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "domain",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"Pfam",
|
|||
|
|
"domtblout"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 7,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "structure 阶段需要哪些输入文件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "structure",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"GFF3/GTF",
|
|||
|
|
"系统树"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 8,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "promoter 分析的上游默认长度是多少，用什么工具？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "promoter",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"2000 bp",
|
|||
|
|
"PlantCARE"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 9,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "tfbs 阶段的输入和默认过滤阈值？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "tfbs",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"PlantTFDB",
|
|||
|
|
"q=0.05"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 10,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "synteny 共线性分析的输入文件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "synteny",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"GFF3",
|
|||
|
|
"共线性区块"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 11,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "kaks 分析需要什么输入，输出什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "kaks",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"CDS FASTA",
|
|||
|
|
"kaks_results.csv"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 12,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "ppi 蛋白互作网络用什么数据库？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "ppi",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"STRING",
|
|||
|
|
"ppi_network.tsv"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 13,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "pep 阶段预测哪些蛋白性质？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "pep",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"ProtParam",
|
|||
|
|
"DeepTMHMM"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 14,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "expression 阶段两种模式分别怎么用？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "expression",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"TPM",
|
|||
|
|
"rnaseq_auto"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 15,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "gene_family_report 报告的输入来源是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "gene_family_report",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"Manifest",
|
|||
|
|
"文件哈希"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 16,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "ortholog 阶段用哪种比对方法建立目标与参考物种的映射？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "ortholog",
|
|||
|
|
"source_required": "stage_contract",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"BLASTP",
|
|||
|
|
"ppiReferenceStorageKey"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 17,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "结构域的基因结构可视化阶段对输入树文件有什么要求？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "structure",
|
|||
|
|
"source_required": "stage_contract",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"final_members.id",
|
|||
|
|
"系统发育树文件"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 18,
|
|||
|
|
"category": "gf_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "annotation 阶段建立什么映射关系？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "annotation",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"gene2go",
|
|||
|
|
"InterProScan"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 19,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "identify 默认的 HMMER e-value 和覆盖度阈值是多少？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "identify",
|
|||
|
|
"source_required": "skill",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"1e-5",
|
|||
|
|
"0.3"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 20,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "kaks 技能说明里的参数与依赖软件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "kaks",
|
|||
|
|
"source_required": "skill",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"Ka/Ks",
|
|||
|
|
"yn00"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 21,
|
|||
|
|
"category": "rnaseq_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "rnaseq_qc 用什么工具清洗数据，输出什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_qc",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"fastp",
|
|||
|
|
"clean R1/R2"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 22,
|
|||
|
|
"category": "rnaseq_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "rnaseq_align 用什么比对软件，输入是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_align",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"HISAT2",
|
|||
|
|
"链特异性"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 23,
|
|||
|
|
"category": "rnaseq_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "rnaseq_quant 定量阶段输出哪些矩阵文件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_quant",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"featureCounts",
|
|||
|
|
"count_matrix"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 24,
|
|||
|
|
"category": "params",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "DESeq2 差异表达分析的默认阈值是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_de",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"log2FoldChange",
|
|||
|
|
"padj < 0.05"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 25,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "KEGG 富集和 GO 富集分别用什么 R 包？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_enrich",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"clusterProfiler",
|
|||
|
|
"gene2ko"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 26,
|
|||
|
|
"category": "rnaseq_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "rnaseq_wgcna 的默认参数有哪些？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_wgcna",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"min_module_size=30",
|
|||
|
|
"soft-threshold"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 27,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "fgsea 阶段需要什么全量输入文件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_fgsea",
|
|||
|
|
"source_required": "stage_contract",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"DE_results.txt",
|
|||
|
|
"gene2ko"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 28,
|
|||
|
|
"category": "preconditions",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "rnaseq_candidate_family 阶段的性质和它下游衔接什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_candidate_family",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"优先级",
|
|||
|
|
"identify"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 29,
|
|||
|
|
"category": "rnaseq_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "RNA-seq 样本配置文件怎么组织？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"samples.yaml",
|
|||
|
|
"group_role"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 30,
|
|||
|
|
"category": "delivery",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "RNA-seq 报告阶段的要求是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "rnaseq_report",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"报告",
|
|||
|
|
"Manifest"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 31,
|
|||
|
|
"category": "params",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "wgs_qc 的 fastp 默认参数是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_qc",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"length_required=50",
|
|||
|
|
"qualified_quality_phred=5"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 32,
|
|||
|
|
"category": "wgs_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "wgs_index 会生成哪些索引文件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_index",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
".fai",
|
|||
|
|
".dict"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 33,
|
|||
|
|
"category": "wgs_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "wgs_align 用什么比对软件？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"BWA-MEM2",
|
|||
|
|
"BAM"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 34,
|
|||
|
|
"category": "wgs_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "wgs_markdup 对重复 reads 做什么处理？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_markdup",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"remove_duplicates=true",
|
|||
|
|
"重复比例"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 35,
|
|||
|
|
"category": "wgs_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "wgs_haplotype_calling 用什么工具和模式生成 gVCF？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_haplotype_calling",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"HaplotypeCaller",
|
|||
|
|
"ERC=GVCF"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 36,
|
|||
|
|
"category": "preconditions",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "gVCF 合并阶段的质控要求是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_gvcf_combine",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"wgs_samples.yaml",
|
|||
|
|
"完全一致"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 37,
|
|||
|
|
"category": "wgs_stage_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "wgs_joint_genotyping 的默认参数有哪些？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_joint_genotyping",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"GenotypeGVCFs",
|
|||
|
|
"替代等位基因数 6"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 38,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "变异硬过滤的 SNP 默认阈值是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_variant_filter",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"QD<2",
|
|||
|
|
"MQ<40"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 39,
|
|||
|
|
"category": "params",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "wgs_impute 的 Beagle 默认参数是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_impute",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"imp_states 1600",
|
|||
|
|
"window 40"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 40,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "变异分离阶段允许用 bcftools 吗？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "wgs_variant_select",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"SelectVariants",
|
|||
|
|
"静默回退"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 41,
|
|||
|
|
"category": "pop_gwas_io",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "群体遗传分析有哪五个阶段？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "pop",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"pop_pca",
|
|||
|
|
"pop_ld_decay"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 42,
|
|||
|
|
"category": "params",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "pop_snp_density 的窗口大小是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "pop_snp_density",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"1 Mb",
|
|||
|
|
"500 kb"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 43,
|
|||
|
|
"category": "preconditions",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "gwas_mlm 的前置阶段有哪些？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "gwas_mlm",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"gwas_kinship",
|
|||
|
|
"gwas_cov"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 44,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "EMMAX 分析的输出文件表头是什么？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "gwas_emmax",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"emmax_pvalues",
|
|||
|
|
"SNPID"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 45,
|
|||
|
|
"category": "preconditions",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "GWAS 三条模型路线各是什么定位？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "gwas",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"MLM/CMLM",
|
|||
|
|
"EMMAX"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 46,
|
|||
|
|
"category": "preconditions",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "WGS 最终 VCF 可以衔接哪些下游分析？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"pop_pca",
|
|||
|
|
"gwas_fmt"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 47,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "kinship 亲缘矩阵用什么软件计算，依赖哪个上游？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "gwas_kinship",
|
|||
|
|
"source_required": "stage_contract",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"TASSEL",
|
|||
|
|
"gwas_fmt"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 48,
|
|||
|
|
"category": "software",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "MAFFT 和 IQ-TREE 用在哪个基因家族阶段？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "phylogeny",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"MAFFT",
|
|||
|
|
"IQ-TREE"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 49,
|
|||
|
|
"category": "delivery",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "项目最终交付目录应该怎么组织？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"00_input_and_design",
|
|||
|
|
"99_manifests_and_reproducibility"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
},
|
|||
|
|
{
|
|||
|
|
"id": 50,
|
|||
|
|
"category": "delivery",
|
|||
|
|
"type": "hit",
|
|||
|
|
"query": "报告中建议固定包含哪些内容？",
|
|||
|
|
"stage_keyword": "",
|
|||
|
|
"source_required": "corpus",
|
|||
|
|
"golds": [
|
|||
|
|
"SHA256",
|
|||
|
|
"软件和数据库"
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
}
|
|||
|
|
]
|
|||
|
|
}
|