PlantAI-rag-new 首次提交：文献知识工作台
- BFF 薄适配层（FastAPI，8090）：QA 代理/SSE 中继/Neo4j 直连/抽取代理/会话持久化 - Vue3 前端：五相位检索流水线、文献来源与证据链、知识图谱、提取任务四 tab - 四档响应式（桌面/笔记本/平板/手机）、深浅主题 - 81 个 FR 全部实现，测试追溯矩阵 81/81，后端 121 测/前端 156 测 - 真实凭据已脱敏，运行时配置在 backend/.env（不入 git） Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
This commit is contained in:
jerry
@@ -0,0 +1,231 @@
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# ARCHITECTURE.md —— PlantAI-rag-new 架构与协作约定
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> 版本 1.0 ｜ 作者 PM ｜ 本文件由 PM 独占写入，所有开发/测试 agent **只读**
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## 1. 项目定位
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`PlantAI-rag-new` 是植物基因家族文献 RAG 知识系统的**新一代工作台**。
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它**不重写** RAG 算法、检索引擎与论文抽取流水线——那些是现有 `PlantAI-rag` 工程中经真实论文验证的资产。本项目做两件事：
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1. **一层薄适配（BFF, Backend-For-Frontend）**：代理并归一化现有运行中的上游服务，补齐上游缺失的能力（会话持久化、图谱直连、统一错误信封）。
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2. **一套全新的响应式前端**：严格实现 `plantai-agent-ui-prototype.html` 的视觉系统，并扩展为支持手机的四档自适应布局。
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**红线**：不修改 `PlantAI-rag`、`PlantAI-dev`、`rag-qa-v1_1_73` 的任何源文件；不占用其端口；不切换其流量。
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## 2. 系统拓扑
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┌────────── 用户浏览器（桌面 / 平板 / 手机）──────────┐
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│ │
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│ Vue 3 SPA ← 开发期 Vite dev :5180 │
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│ 生产期由 BFF 静态托管 │
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└───────────────────────┬──────────────────────────────┘
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│ /api/* (同源，JSON + SSE)
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┌───────────────────────▼──────────────────────────────┐
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│ BFF FastAPI + Uvicorn 127.0.0.1:8090 │
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│ ┌────────────┬────────────┬───────────┬──────────┐ │
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│ │ sessions │ qa │ kg │extraction│ │
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│ │ (SQLite) │ (代理+SSE) │(Bolt直连) │ (代理) │ │
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│ └────────────┴─────┬──────┴─────┬─────┴────┬─────┘ │
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└────────────────────┬┴────────────┴──────────┴────────┘
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│ │ │
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┌────────────▼──┐ ┌───────▼─────┐ ┌─▼──────────────┐
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│ QA V1.1.73 │ │ Neo4j Bolt │ │ Gene Family │
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│ 127.0.0.1:7920│ │ 19788/18788 │ │ RAG :8000 │
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│ （只读消费） │ │ /17687 │ │ 回落 :7900 │
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└───────────────┘ └─────────────┘ └────────────────┘
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**BFF 的存在理由**（不是无谓的中间层）：
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| 职责 | 为什么前端不能直连上游 |
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|---|---|
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| 会话持久化 | 上游 QA 完全无状态，没有会话概念，UI 的历史列表必须有人存 |
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| 别名归一化 | 上游同一语义有多个字段名（`answer`/`response`/`message` 等），归一化放前端会污染每个组件 |
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| SSE 阶段映射 | 上游推十余个细粒度 stage，UI 只需五阶段；映射放 BFF，前端不需要知道上游阶段名 |
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| 图谱直连 | 上游 `/kg/*` 路由指向已死的 7687 端口，必须由 BFF 用 Bolt 驱动绕过 |
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| 统一错误信封 | 三个上游三套错误格式，前端只应处理一种 |
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| 跨域与凭据 | 上游只绑回环且 Neo4j 需要密码，凭据不能进浏览器 |
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## 3. 运行时约定
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| 项 | 值 |
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|---|---|
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| BFF 监听 | `127.0.0.1:8090`（占用则退 8091） |
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| Vite dev | `127.0.0.1:5180`（占用则退 5181） |
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| BFF conda 环境 | `plantai-bff`（Python 3.11，新建，**不复用** `gfpy312`） |
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| SQLite 路径 | `backend/data/plantai.db`（WAL 模式） |
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| 前端工具链 | Vite **5.4.x** + @vitejs/plugin-vue **5.2.x** + Vue **3.5.x** + Pinia **2.3.x** |
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| Node | v18.19.1（已 EOL）——**禁止升级 Vite 至 7**（需 Node 20+），**禁止用 `npm create vite`** |
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生产形态：`npm run build` 产出 `frontend/dist`，BFF 用 `StaticFiles` 挂载，单进程从 `:8090` 提供服务。
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## 4. 开发工作流：本地 staging + rsync
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远端机器是**运行与测试环境**，本地是**编辑环境**。原因：agent 在本地能用完整的读/写/编辑工具迭代，通过 SSH 逐行改远端文件既慢又易错。
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| 角色 | 路径 |
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|---|---|
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| 本地编辑（权威源） | `/Users/jerry/haiguji/PlantAI-rag-new/` |
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| 远端运行（部署副本） | `/home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new/` |
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同步命令（由 `deploy/sync.sh` 封装）：
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```bash
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rsync -az --delete \
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--exclude 'node_modules' --exclude '__pycache__' --exclude '.venv' \
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--exclude 'backend/data' --exclude 'frontend/dist' --exclude '.pytest_cache' \
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/Users/jerry/haiguji/PlantAI-rag-new/ \
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100.109.52.26:/home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new/
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```
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**规则**：
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- 所有 agent **只在本地路径写文件**，绝不用 SSH heredoc 改代码。
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- 同步由 **PM 统一执行**，agent 不自行 rsync（避免半成品覆盖远端）。
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- `backend/data`（数据库）、`node_modules`、`dist` 不同步，属远端运行时产物。
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- 文档最终必须在远端 `docs/` 下可查——每次里程碑结束由 PM 同步一次。
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## 5. Agent 分工与文件归属
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**铁律：文件归属严格互斥。任何 agent 不得写入不属于自己的文件。** 需要跨归属改动时，向 PM 提出，由 PM 单点裁决修改。
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| Agent | 职责 | 独占路径 |
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|---|---|---|
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| **PM** | 契约文档、集成、缺陷派发、验收、rsync | `docs/{PRD,API,UI_SPEC,ARCHITECTURE,TEST_PLAN,ACCEPTANCE,CHANGELOG}.md`、`deploy/**`、`src/i18n/labels.js`、`src/config/modes.js`、`backend/mock/**` |
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| **D0 探测** | 上游探测与选型 | `docs/DISCOVERY.md` |
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| **A1 后端·骨架** | app 工厂、配置、SQLite、会话与消息 CRUD、归一化器、错误信封 | `backend/pyproject.toml`、`backend/run.sh`、`backend/.env.example`、`backend/app/{main,config,db,schemas,upstream}.py`、`backend/app/routers/{health,sessions}.py`、`backend/app/services/normalize.py` |
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| **A2 后端·QA** | QA 代理、SSE 中继、阶段映射、重试与看门狗 | `backend/app/routers/qa.py`、`backend/app/services/sse_relay.py` |
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| **A3 后端·图谱与抽取** | Neo4j Bolt 直连、抽取代理与回落 | `backend/app/routers/{kg,extraction}.py`、`backend/app/services/{neo4j,extraction}.py` |
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| **B1 前端·基础** | 令牌层、AppShell、四档响应式框架、主题、顶栏/底栏、通用 UI、健康轮询 | `frontend/{package.json,vite.config.js,vitest.config.js,index.html}`、`frontend/src/{main.js,App.vue}`、`frontend/src/styles/**`、`frontend/src/components/{layout,ui}/**`、`frontend/src/stores/{theme,health}.js`、`frontend/src/api/http.js`、`tests/frontend/unit/b1/**` |
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| **B2 前端·会话与对话** | 会话列表与抽屉、对话区、作曲器、流水线卡、SSE 客户端 | `frontend/src/components/{session,chat}/**`、`frontend/src/stores/{sessions,chat}.js`、`frontend/src/sse/**`、`frontend/src/api/{qa,sessions}.js`、`tests/frontend/unit/b2/**` |
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| **B3 前端·工作台** | 右侧四个 tab：检索过程、文献来源、提取任务、知识图谱 | `frontend/src/components/bench/**`、`frontend/src/stores/bench.js`、`frontend/src/api/{kg,extraction}.js`、`tests/frontend/unit/b3/**` |
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| **T 测试** | 用例编写与执行、缺陷报告 | `tests/backend/api/**`、`tests/e2e/**`、`playwright.config.js`、`docs/TEST_CASES.md`、`docs/TEST_REPORT_*.md` |
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后端各 agent 的单测放在各自归属子树内（`backend/app/**/test_*.py`，随代码一起交付），运行 `pytest backend/app -q`；T 的 L2 接口测试与 L5 e2e 放在 `tests/`。
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### 跨归属的接缝
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以下文件被多方读取但只有一个写入方，接缝处必须按契约对齐：
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| 接缝 | 写入方 | 读取方 | 契约依据 |
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|---|---|---|---|
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| BFF 接口形态 | A1/A2/A3 | B1/B2/B3、T | `API.md` |
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| 设计令牌 CSS 变量 | B1 (`styles/tokens.css`) | B2、B3 | `UI_SPEC.md` §令牌 |
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| 组件类名 | B1 定义基础类，B2/B3 复用 | 互相 | `UI_SPEC.md` §组件 |
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| 五阶段标签与颜色 | PM (`i18n/labels.js`) | A2（计算 phase）、B2、B3 | `PRD.md` FR-CHAT-009 |
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| 模式参数集 | PM (`config/modes.js`) | B2 | `PRD.md` FR-CHAT-006 |
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| 块联合结构 | A1（落库）、B2（渲染） | T | `API.md` §块联合 |
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## 6. 并行解耦：mock server
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前端三个 agent **不等待后端**。M0 阶段 PM 产出 `backend/mock/mock_server.py`：
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- FastAPI，监听 `127.0.0.1:8099`
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- 实现 `API.md` 中**全部**接口，返回 `backend/mock/fixtures/*.json` 里的固定数据
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- 包含一条**可回放的 SSE 事件序列**（按真实时序 sleep），让流式 UI 能在无上游时开发
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- 支持 `?scenario=` 查询参数切换场景：`normal` / `empty`（空结果）/ `slow`（慢响应）/ `error`（上游故障）/ `degraded`（部分降级）
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B 组开发时把 `vite.config.js` 的 proxy 指向 8099；集成阶段由 PM 切回 8090。
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**fixtures 是单一事实源**：mock 与真实 BFF 的单元测试共用同一批 fixture 文件，保证契约不漂移。
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## 7. 集成节奏
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M0 契约锁定 ──┬─→ A1 A2 A3（对真实上游）──┐
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├─→ B1 B2 B3（对 mock） ─┤→ M2 PM 集成 → M3 补齐 → M4 测试循环 → M5 验收
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└─→ T 写用例（对 PRD） ─┘
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- 每一波结束，agent 向 PM 汇报「完成项 + 未决问题 + 对契约的偏差建议」，**不直接改契约**。
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- PM 在集成点统一处理契约偏差，必要时更新 `API.md` 并广播给受影响的 agent。
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- 缺陷修复一律**批量派发**，禁止边测边改（见 `TEST_PLAN.md` 轮次纪律）。
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## 8. 目录结构
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PlantAI-rag-new/
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├── docs/ # 全部文档，见第 5 节归属
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├── deploy/
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│ ├── sync.sh # 本地 → 远端 rsync
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│ └── start-dev.sh # 拉起 BFF + vite，打印隧道命令
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├── backend/
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│ ├── pyproject.toml run.sh .env.example
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│ ├── data/ # plantai.db（不入库、不同步）
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│ ├── mock/
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│ │ ├── mock_server.py
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│ │ └── fixtures/*.json
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│ └── app/
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│ ├── main.py config.py db.py schemas.py upstream.py
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│ ├── routers/ health.py sessions.py qa.py kg.py extraction.py
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│ └── services/ normalize.py sse_relay.py neo4j.py extraction.py
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├── frontend/
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│ ├── package.json vite.config.js index.html vitest.config.js
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│ └── src/
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│ ├── main.js App.vue
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│ ├── styles/ tokens.css base.css animations.css responsive.css
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│ ├── i18n/labels.js config/modes.js
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│ ├── api/ http.js qa.js sessions.js kg.js extraction.js
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│ ├── sse/ parser.js
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│ ├── stores/ theme.js health.js sessions.js chat.js bench.js
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│ └── components/
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│ ├── layout/ AppShell 相关、TopBar、StatusBar、AuroraBg、Drawer
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│ ├── ui/ StatusBadge、StatusDot、IconButton、Skeleton、EmptyNotice
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│ ├── session/ SessionPanel、SessionItem、SessionRail、SearchBox
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│ ├── chat/ ChatPanel、MessageList、Composer、PipelineCard、ToolCard …
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│ └── bench/ BenchPanel、RetrievalPane、SourcesPane、ExtractionPane、KgPane …
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├── tests/
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│ ├── backend/ # pytest
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│ ├── frontend/ # vitest
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│ └── e2e/ # playwright
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└── playwright.config.js
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```
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## 9. 编码约定
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**后端**
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- 全异步（`async def` + httpx.AsyncClient + aiosqlite）；不在请求路径上做阻塞 IO。
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- 所有对上游的调用集中在 `services/`，`routers/` 只做参数校验与响应组装。
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- 不吞异常：上游故障必须转成带 `code` 的错误信封，并在日志里保留原始异常。
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- 类型标注齐全，Pydantic v2 模型定义在 `schemas.py`。
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**前端**
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- Vue 3 `<script setup>` + Composition API；组件单一职责，超过 ~250 行考虑拆分。
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- **样式一律用 `--pa-*` 令牌**，禁止硬编码颜色值（令牌表见 `UI_SPEC.md`）。
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- 组件内 `<style scoped>`；跨组件复用的类放 `styles/base.css`（B1 归属）。
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- 状态跨组件共享一律走 Pinia store，禁止用 provide/inject 传业务状态。
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- 所有用户可见文案走 `i18n/labels.js`，组件内不写死中文字符串（错误提示除外，见 `PRD.md` §全局约定）。
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**通用**
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- 文件编码 UTF-8，LF 换行。
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- 提交粒度：一个 FR 一次提交，提交信息含 FR 编号。
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## 10. 已知的既存故障（不修，仅规避）
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| 现象 | 影响 | 我们的对策 |
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|---|---|---|
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| 默认端口 7687 无 Neo4j，`:8000/api/v1/kg/*` 与 `/v15-graph-qa/*` 报错 | 上游图谱路由不可用 | BFF 用 Bolt 直连非标准端口实例，见 `DISCOVERY.md` |
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| PlantAI-dev `.env` 指向 `7925`（空端口），实际 QA 在 `7920` | PlantAI-dev 知识问答当前是坏的 | 与本项目无关，仅记录；本项目指向 7920 |
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| 上游 QA 无 token 级流式，答案在终态一次返回 | 无法做真流式打字 | 客户端揭示动画，视觉一致但不伪造数据流 |
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| 上游 `max_rounds: 1`，每个提问独立 | 无多轮上下文 | UI 明确提示「每次提问独立检索」，不假装有上下文记忆 |
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