diff --git a/bioflow_kernel/cli/run_extension.py b/bioflow_kernel/cli/run_extension.py
index 3ca7437..f2d997e 100644
--- a/bioflow_kernel/cli/run_extension.py
+++ b/bioflow_kernel/cli/run_extension.py
@@ -362,7 +362,11 @@ def main(argv: list[str] | None = None) -> int:
 
     input_dir = Path(args.input_dir)
     output_dir = Path(args.output_dir)
-    work_dir = Path(args.work_dir) if args.work_dir else output_dir
+    # 2026-09-15 修复:默认工作目录 = 代码目录(而非 output_dir)。
+    # 用户脚本语义(18 用例)是「cd 代码目录后 bash run.sh」——run.sh 内
+    # 的相对脚本路径(python check_inputs.py)依赖 cwd=代码目录;
+    # 显式 --work-dir 参数仍可覆盖。
+    work_dir = Path(args.work_dir) if args.work_dir else code_dir
     output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
     work_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)