diff --git a/docs/MANUAL_TEST_BIOFLOW.md b/docs/MANUAL_TEST_BIOFLOW.md
new file mode 100644
index 0000000..2129a13
--- /dev/null
+++ b/docs/MANUAL_TEST_BIOFLOW.md
@@ -0,0 +1,145 @@
+# 生信流程编排 · 手工测试方法手册
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+> 供用户逐项实测。每个功能点给出：示例 prompt/操作 → 期望输出 → 通过判据。
+> 环境：内网 http://192.168.0.175:8090（BFF 已开 BIOFLOW_ENABLED，生信服务 8098 已部署）。
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+## 0. 前置条件
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+- 浏览器打开 http://192.168.0.175:8090
+- 工作区应能看到「生信任务」「生信档案」两个 TAB（探活成功时出现；若看不到说明生信服务未启动）
+- 服务器 docker 已有 8 个 bioflow 镜像（bioflow-gf:dev 等）
+- 金标测试数据已固化在服务器：`bioflow_kernel/assets/examples/test_input/`（Ft 四件套：pep/cds/genome/gff3）
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+---
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+## 1. 意图分流（FR-BIO-001）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 对话发「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」 | 消息进入生信流程：回复中出现候选路径卡（FlowPathCard），不会走普通 QA 流程 | 路径卡出现 |
+| 对话发「什么是 SPL 家族」（无生信上下文） | 走普通 QA 流程 | 无路径卡、QA 正常回答 |
+| 对话发「SPL 会议安排」 | 不误入生信（语境词排除） | 走 QA |
+| 生信任务完成后发「用 XXX 存档任务的方法帮我跑水稻 MADS 家族鉴定」 | 走生信流程，路径卡带「复用存档」徽章，参数表单预填存档值 | 复用徽章+预填 |
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+## 2. 路径引导（FR-BIO-002/003）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 发「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」 | 回复 2-3 条候选路径卡，每条含阶段链（如 genome_prepare→identify→phylogeny→…）；自动补全的前置阶段有明示（auto_filled 标注） | 候选卡 ≥2 条、可点选 |
+| 点选某条路径 | 卡片变选中态（1.5px 渐变描边），「确认」按钮变可用 | 选中样式+按钮亮起 |
+| 点「确认」 | 生成阶段进度卡（FlowProgressCard），每阶段一行圆点+状态 | 进度卡出现 |
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+## 3. 流程咨询知识库（FR-BIO-026 / P6）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 生信上下文中发「identify 需要什么输入」 | 回答带引用块（来源文件+章节标题），可点击跳转原文 | 引用块出现且非空 |
+| 发「怎么跑系统发育分析」 | 同上，引用来自阶段契约或全流程说明文档 | 引用 source=corpus 或 stage_contract |
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+## 4. 文件引导（FR-BIO-005/006/007）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 任务进入需要文件的阶段（无输入文件） | 对话出现文件引导卡（FlowFileCard）：「请将数据文件拖入窗口上传…」 | 引导卡出现 |
+| 拖拽 Ft.pep.fasta 等文件到输入框 | 上传进度条（百分比）可见，完成后文件出现在引导卡列表 | 进度条+完成态 |
+| 在引导卡的服务器路径输入行填 `/home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new/bioflow_kernel/assets/examples/test_input/Ft.pep.fasta` 并提交 | 路径登记成功（返回文件大小） | 登记成功提示 |
+| 上传/登记完成后 | 任务自动续跑：自动连续模式下直接进入执行；手动模式下弹参数表单 | 阶段状态流转（await_files→running 或 waiting_confirm） |
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+## 5. 参数确认表单（FR-BIO-008/009）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 阶段就绪后 | 对话出现参数表单卡（FlowFormCard）：「XXXX 步骤，可调整参数如下，可按需调整，调整完毕后继续」，每个参数带默认值+来源标注（契约/运行时/存档） | 表单卡+来源标注 |
+| 修改某参数（如 blast_evalue 改 1e-5）后点「继续」 | 阶段开始执行，该参数值在 manifest 中体现 | 进度卡该阶段转 running |
+| 打开「自动连续执行」开关 | 后续阶段不再弹表单，按推荐参数连续跑；随时可暂停切回手动 | 连续执行+可暂停 |
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+## 6. 阶段进度卡（FR-BIO-013/014）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 阶段执行中 | 进度卡该阶段圆点脉冲动画（running 态），实时日志尾部滚动显示 | 动画+日志滚动 |
+| 阶段成功 | 圆点转 done（相位色），下一阶段开始 | 状态流转 |
+| 注入失败（如传坏文件重跑） | 失败阶段标红（✕ 底），卡片内出现「重跑/跳过/改参数重跑」三选一按钮 | 红标+三按钮 |
+| 点「重跑」 | 该阶段重新执行 | attempt 计数+1、状态转 running |
+| 点「跳过」 | 阶段标记 skipped，任务继续下一阶段 | skipped 态+推进 |
+| 阶段链 >10 个 | 进度卡自动折叠为分组视图，运行中的组默认展开 | 折叠分组 |
+| 刷新页面（断线重连） | 进度卡按任务快照整体回放（不丢状态） | 快照回放+继续流转 |
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+## 7. 报告生成与调整（FR-BIO-015/016/019 / P3）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 任务完成（含报告阶段） | 对话提示报告已生成；文档 TAB 出现生信报告，可预览（白底、图文并茂、图内嵌） | 报告可预览 |
+| 报告预览中点编辑 | 可像公文一样编辑文字（DocPane 复用） | 编辑落盘 |
+| 导出 PDF / DOCX | 下载文件，PDF 与预览视觉一致（所见即所得） | 导出成功+一致 |
+| 对话发「xxx 图表颜色换成红色」 | 解析为图表调整指令，重跑对应绘图阶段，新图回填报告并刷新预览 | 新图回填 |
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+## 8. 任务存档（FR-BIO-020/021）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 任务完成后 | 对话出现存档提示卡：「本次生信任务已完成，是否存档？」含名称/描述输入与「存档」「放弃」按钮 | 提示卡出现 |
+| 填名称+描述点「存档」 | 回复存档状态三要素（名称/位置/大小） | 三要素回复 |
+| 点「放弃」 | 提示卡消失，同一任务不再重复提示 | 不重复提示 |
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+## 9. 存档方法复用（FR-BIO-022/023/024）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 发「用 XXX 存档任务的方法帮我跑水稻 MADS 家族鉴定」 | 按名称匹配存档，路径卡显示复用徽章，表单预填存档参数（来源标注「存档 XXX」） | 预填+来源标注 |
+| 确认后执行 | 用存档的阶段链+参数发起新任务 | 新任务按存档方法跑 |
+| 生信档案 TAB 中选档案点「复用发起」 | 消息流出现预填表单，确认后发起新任务 | 面板复用入口 |
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+## 10. 生信任务面板（FR-BIO-025 / P5）
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+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 工作区切「生信任务」TAB | 任务列表（标题/状态徽章/进度百分比） | 列表正常 |
+| 点某任务 | 阶段 DAG（纵向连线+节点圆点按状态取色） | DAG 渲染 |
+| 点某阶段 | 打开 manifest + 日志尾 80 行（代码块） | manifest+日志可读 |
+| 对失败阶段点「重跑」 | 该阶段重新执行 | 状态转 running |
+| 点「删除」 | 二次确认后删除（运行中任务禁用删除） | 确认弹窗+禁用态 |
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+## 11. 生信档案面板（FR-BIO-022 / P5）
+
+| 操作 | 期望输出 | 判据 |
+|---|---|---|
+| 切「生信档案」TAB | 档案列表（名称/人类可读大小/时间/复用次数） | 列表正常 |
+| 点某档案 | 详情回看：阶段链/参数/产物清单/报告 iframe 预览 | 详情完整 |
+| 点「删除」 | 二次确认后删除 | 确认弹窗 |
+| 点「复用发起」 | 打开预填表单到消息流并切生信任务 TAB | 预填+切 TAB |
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+## 12. 三形态部署（FR-BIO-027/028）
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+| 形态 | 验证方法 | 期望 |
+|---|---|---|
+| 只部署 rag | BFF 设 BIOFLOW_ENABLED=false 重启，访问 8090 | 生信路由 404、前端无生信 TAB、生信分流关闭——零生信痕迹 |
+| 只部署生信 | 直连 8098 | /api/bioflow/health 200、catalog/jobs 可用；报告预览降级为下载 HTML |
+| 同机部署 | 当前生产形态 | 8090 反代全部 /api/bioflow/* 正常，浏览器同源访问 |
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+## 13. 后端金标验证（FR-BIO-030，服务器命令行）
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+```bash
+cd /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new
+BIOFLOW_DATA=/home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/bioflow-data \
+  bash bioflow_kernel/tests/smoke_golden.sh bioflow-gf:dev
+```
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+期望：4 步全绿——python 版本 3.11.14 / ldd 0 缺库 / 无 /home/xzq 无 conda / 金标 identify 24 ID diff 空（`GOLDEN_DIFF_OK 24 IDs`）。
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+## 14. 端到端主线（一次性走全流程）
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+1. 发「帮我跑水稻 SPL 家族鉴定」
+2. 点选候选路径 → 确认
+3. 按文件引导上传/登记金标四件套（路径见 §0）
+4. 参数表单（默认值即可）点「继续」
+5. 观察进度卡逐阶段流转（identify 阶段真实 docker 执行）
+6. 任务完成 → 存档（命名）
+7. 生信档案 TAB 回看
+8. 发「用（存档名）存档任务的方法帮我跑水稻 MADS 家族鉴定」→ 复用发起
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+期望：全程 7 项引导（路径/文件/参数/报告/存档/复用/过程展示）逐项走全，进度卡实时流转。
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+*手册由 TL 于 2026-09-06 生成，随 P7 终验结论更新。*