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0282cfeeeb
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feat(bioflow): 阶段进度条+滚动日志+点击定位全链;图片注入三修;QA启动就绪等待
- 生信进度:后端新增 stage_progress 事件帧+进度解析白名单(rnaseq_qc/sample_qc),
kernel 日志流式落盘(20行/1s flush+fsync),logs 分页端点(offset/limit/eof),
事件 seq 跨重启扫描续增(2026-09-17 断流修复);前端 FlowProgressCard 确定性/
不确定两态进度条+点击定位到生信任务 TAB,BioJobsPane DAG 行展开滚动日志区
(3s 轮询),log_tail 4000 截断,重跑 stage_started 清零进度
- 图片注入:figures 三源重构(标准DOI图库主路径/遗留体系兜底/PMC兜底),
[[FIG:]] 宽松归一化识别 PMC/PMID/DOI 三种形态,引文兜底扩展至
[PMCID:]/[DOI:] 且标记未满配额继续注入,注入预算 90s/10篇(175 实测校准),
PMC graphic 无 content-type 宽松正则,空结果不缓存(176 冷连接三连败修复)
- QA 启动自愈:start.sh 启动前等 Qdrant readyz(30min)+Neo4j TCP(10min);
backend_guard 标签校验改子集判定
- 样本配对:同 inode 去重优先真实文件,R1/R2 归一配对一对一认领
- gitignore 新增 *.bak-*/*.before-*/bioflow_service/bioflow.db
测试:bioflow_service pytest 358/358,前端 bioflow vitest 205/205
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2026-09-24 16:48:52 +08:00 |
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 adminandClaude Fable 5
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f2c101ec65
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feat(bioflow): 样本配置智能分析——描述文件优先+实况分析+解压
- ensure_samples_yaml 重写(用户要求,不做变体匹配):
1. 描述文件发现(源目录树限深度 4):tsv/csv > xlsx > yaml/yml
2. 实况分析:分类原始序列与压缩包(tar/zip 解压到 input/archives/,
幂等),R1/R2 语义配对(不假设命名规律)
3. 描述文件路径校正:失效路径按 run 标识在实况中定位(唯一命中替换,
按 R1/R2 分边;零命中保留由 CLI 报错)
4. 生成 samples.yaml 引用真实路径,返回 fastq 父目录并入执行容器挂载
- 176 实测:rice 目录 24 样本全部通过输入校验,fastp 真实执行
- 340 用例 + 4 场景(tsv 校正/xlsx/实况配对/压缩包)全绿
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
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2026-09-16 19:54:21 +08:00 |
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adminandClaude Fable 5
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becf76ecd9
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feat(bioflow): 分析路径规划中提示——planning 帧+前端思考中状态
- 后端 chat 流在规划开始前发 planning 帧(seq=-2,与 plan_ready 同机制)
- 前端收到 planning 帧立即创建 bioflow_path 块(status=running,
脉动圆点+「正在分析需求并规划分析路径…」),plan_ready 填入候选并关闭
- bioflow store 增加 planning/planningText 状态
- 339 后端用例 + 121 r3debug + 373 主套件全绿;已部署 176
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
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2026-09-16 16:15:17 +08:00 |
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adminandClaude Fable 5
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2ee9af4bd0
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fix(bioflow): 路径登记目录展开+黑名单+自动挂载
- 登记目录自动展开多文件(扩展名白名单过滤,上限 200)
- 移除白名单根校验(用户数据可在任意位置),改敏感路径黑名单
(/etc /root /proc /var/lib/docker 等前缀 + .env/*.key/id_ed25519 等文件名)
- 登记文件 symlink 进任务 input + server_registered.json 持久化
- 执行容器自动挂载登记路径(-v src:src:ro),跨重启恢复
- 前端 chat.js 兼容 items[] 响应(单文件亦在 items[0])
- 336 用例全绿
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
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2026-09-15 23:11:27 +08:00 |
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