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adminandClaude Fable 5 35bf6889a4 fix(bioflow): 部署期 P1 双缺陷修复——context 值导入脱钩 init_context 重绑定(路由层动态取模块全局)+BFF 反代非 SSE 透传 bytes 500(改纯透传 Response) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 07:22:01 +08:00
adminandClaude Fable 5 485e844160 feat(bioflow): P2-P5 前端编排闭环——五卡片+两面板+意图分流+探活显隐(373 用例全绿,红线零改动)+P3 docgen 增量合入(bioflow_report 模板+fig:// 渲染,预览与 PDF 导出同源) 
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-06 06:43:25 +08:00
adminandClaude Fable 5 b0c802095c feat(bioflow): P1 生信服务地基——bioflow_service 8098 独立部署树(12 服务模块+3 路由层+SQLite 三表+166 用例全绿)+BFF 流式反代/报告登记(BIOFLOW_ENABLED 开关默认关) 
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 2026-09-06 05:36:10 +08:00
jerryandClaude Fable 5 4749f77544 fix(docgen): 两批手工测试修复——上传/预览/检索 + 护栏/导出/命名/编辑还原/二次预览 
第一批：上传去限制+进度展示、模板HTML预览+按需导出、检索TAB实时更新
第二批：edit护栏移除、导出按钮纯化+file_name落库、编辑失焦还原、
       二次预览白底根治（防竞态+渲染兜底）
模板体系：7套公文模板(templates/)+templating渲染器、websearch联网

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-05 15:49:54 +08:00
jerryandClaude Fable 5 5888e1d5c1 test(docgen): 测试治理资产——131 条验收用例 + 三轮留痕 + E2E/回归套件 
- tests/docgen/:DC-UNIT/API/CONF/E2E/UI/REGRESSION/PERF 分组用例与可复跑脚本,报告逐条留痕(R1-R3 全记录)
- 意图 30 条前后端同表双跑(pytest + node)
- Playwright headless:docgen-ui/docgen-regression spec + b3 benchpanel 第 5 TAB 断言更新

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 2026-09-03 21:13:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 5db3ead73e feat(docgen): doc_writer 能力全链——vstore 独立服务 + BFF docgen 路由 + 前端文档工作台 
- vstore 独立安装包(8094):解析/嵌入/加密 vault/faiss 检索,存储路径支持本地 file 与 http(s):// URL,启动握手校验,集群化预留(embed 独立模块)
- BFF docgen 路由:上传入库/generate/编辑/导出/下载/主库管理,意图护栏(与前端同词典),vstore 失败兜底,quota 507 与 TTL 惰性清理
- 前端:自然触发意图路由、拖拽上传 chips、能力徽标、右侧文档 TAB(WYSIWYG 编辑/prompt 修改/PDF+DOCX 导出下载)、右栏拖宽+手柄仿左栏
- 批量导入工具 docgen_import.py(并发 8、导入即加密+删源明文)

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 2026-09-03 21:13:37 +08:00
jerryandClaude Fable 5 aab24d2f85 feat(capabilities): 面板开关唯一入口——env 总闸改熔断语义(默认放行) 
- QA pipeline/answer_composer/agentic_controller: env 检查从 =1 改 ==0
  (默认放行;运维显式设 0 才禁用)
- SDK qa.py: capabilities(web_search/superpowers) 注入上游,面板开关直达 QA
- answer_composer: superpowers 改会话开关门控(capabilities.superpowers)
- UI: 去掉 gated_by 提示(开关即生效,不再误导)
- env: QA_V1_ENABLE_WEB_SEARCH/SUPERPOWERS 默认 1(熔断位)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 23:29:51 +08:00
jerryandClaude Fable 5 bbd5db2315 feat(capabilities): S6 Superpowers+S7 终验(文档/humanizer CJK 修复/验收脚本) 
- prompts/superpowers_{review,answer_quality,minimal_code}.md + prompt_pack.py
- agentic_controller/answer_composer Superpowers 注入点(env 总闸,关态逐字节一致)
- compile_qa.sh: prompts/ 目录自动拷贝
- humanizer: CJK 逗号规则 + 引用保护收窄(只护标记本身,带引用句可润色)
- docs: README 能力矩阵+env 表 / ARCHITECTURE Gateway 章 / API §6 / PRD:17 /
  TEST_CASES:126 多轮语义 / CHANGELOG
- tooling/cap/final_acceptance.sh 终验矩阵
- 终验: 金标 16/20 regressions=0, 多轮指代 PASS, 热加载 PID 不变 PASS,
  Humanizer 开态「此外」消除且 22 引用保留, 五上游全绿, 7913 已释放

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 18:27:41 +08:00
jerryandClaude Fable 5 cd7e98e7c7 feat(capabilities): S4 SDK+UI 能力端点+Humanizer+设置面板(含 S3 发布修复) 
- sdk/services/capabilities.py: MANIFEST+DEFAULTS+sanitize+QA 注册表合并
- sdk/services/humanizer.py: 9 类中文 AI 痕迹规则(块级保护引用/表格/代码/图片)
- sdk/routers/capabilities.py: GET /api/capabilities + POST install 透传
- sdk/schemas.py+sessions.py: SessionMeta.capabilities + PATCH meta 白名单 merge
- sdk/routers/qa.py: humanize 会话开关注入 SSE;chat.js: body 加 session_id
- sse_relay.py: humanize_enabled 参数链(修 _pump_events 可见性编译错误)
- api.py(QA): /capabilities/registry loopback(BFF 合并)
- ui: settings store+SettingsPanel+AppShell 接线+SessionPanel 展开态设置入口+labels
- 测试: humanizer 8 用例+capabilities_svc 6 用例;SDK 146 全绿;UI vitest 172 全绿

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 16:50:54 +08:00
jerryandClaude Fable 5 dd54aa0e5d feat(web-search): S3 联网搜索(机制实例 1)+ 金标判定器防抖 
- web_search.py: WebSearchCompleter(PubMed esearch+esummary 8s/重试1, Crossref 兜底 6s)
  + build_query 中文→英文查询构建(物种映射表+基因家族正则, 修 \b CJK 边界缺陷)
- pipeline.py: 证据采纳后 _maybe_web_search 确定性门控(请求开关 AND env 总闸 AND
  去重公开引用数 < min_evidence; 修 selected 恒 30 无信号缺陷)
- answer_composer.py: web_results 段 + SYSTEM Web 引用规则
- config.py: enable_web_search/max_results(4)/timeout(8)/max_chars(1200)
- sse_relay.py: STAGE 映射 +web_search_started/completed(11→13)
- capabilities.yaml: web_search manifest(http provider)
- env: QA_V1_ENABLE_WEB_SEARCH=0 等 4 键(example+真实)
- run_golden.py: LLM 方差防抖(FAIL 复跑一次,两次都 FAIL 才算回归;
  GI-005 实测三次采样 key_hit 0.6/0.8/0.4 横跨阈值)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 15:44:31 +08:00
jerryandClaude Fable 5 8c103ea382 feat(capabilities): S1+S2 机制地基+多轮记忆(能力框架/热加载/MCP Provider/history 线程化) 
- capabilities/{manifests,registry,providers,install_manager}.py + tool_runner.py:
  三层机制(注册层/调用层/安装管理层),四 Provider,热加载差分刷新
- configs/capabilities.yaml: 唯一注册入口(明文热加载面)
- api.py: QARequest+history/capabilities, /capabilities/install loopback 路由
- llm_client.py: complete() tools 透传 + complete_raw_messages() 工具调用循环支持
- pipeline.py/answer_composer.py: history 线程化(只进 Dialogue Context,检索零回归)
- sdk: services/history.py(3轮/16k预算) + routers/qa.py session_id 剥离注入
- compile_qa.sh: rsync 允许子目录 + capabilities.yaml 入 install 清单
- tooling/cap/: fake_mcp_server.py + cap_selfcheck.py 机制自检
- requirements.lock: mcp 2.1.1 + 依赖 12 包

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-02 13:00:35 +08:00
jerryandClaude Fable 5 4071b29520 Python 统一 U0-U4:venv py3.12.13 + 四树 cp312 重编译 + 端口互换 8091/8092/8093 + 旧服务停而不删 
- U0:新建 plantai-rag-new-venv(3.12.13,130 包),torch 2.13.0+cpu/cython 3.2.8/faiss 1.14.3/openai 3.3.1,requirements.lock 固化
- U1:四树全 venv 重编译(sdk 15/qa 45/methodology 28/legacy 283 .so 全 cp312),audit 双审计过
- U2:备用端口影子对照:金标 search evidence 30/30 与生产一致、SDK pytest 125 过、五上游绿
- U3:统一树切终态 8091/8092/8093 + BFF 8090(venv),停旧服务(容器/进程不删,30 天窗)
- U4:minerupy311→minerupy312 断链修复、GF_PYTHON_ENV 回退统一、start-dev/run/bff_restart 去 conda、server.env/README 更新

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-09-01 12:23:37 +08:00
jerryandClaude Fable 5 a990a00eb5 端口终态修订:BFF 8090 / QA 8091 / Methodology 8092 / legacy 8093 
- config.py 默认值改终态(浸泡期 .env 覆盖 7921/8001/7911 继续生效)
- extraction _DEFAULT_ALT=8093;三个 start.sh 默认端口改终态
- 运行中服务零触碰:浸泡端口不变,BFF 未重启,旧服务不动
- 验证:sdk pytest 125 绿,BFF 五上游仍绿(env 覆盖优先)

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 16:41:37 +08:00
jerryandClaude Fable 5 3048c18437 P4/M5 收尾:extraction 回退链 7900→7911 + methodology_routes env 化 
- extraction.py 回落 _DEFAULT_ALT=7911(agent/legacy-rag 编译树,替代退役 7900)
- legacy 侧 methodology_routes 同款 env 化补丁(UPLOAD_JOBS_DIR 可配)
- 单模块重编译 + 树审计双绿(463 .so, marker 重写)
- 决定性验证:停 8001 → extraction 经 7911 正常返回 → 恢复 8001

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 16:02:22 +08:00
jerryandClaude Fable 5 30b01b8ae1 P4/M5: SDK legacy 健康键 + 代理路由,五上游全绿 
- config.py rag_legacy_base_url=7910(默认)/ upstream.py legacy 键入 probe_all
- routers/legacy.py:13 族前缀白名单透明代理(线程池阻塞调用)
- 浸泡:sdk/.env RAG_LEGACY_BASE_URL=7911(agent/legacy-rag 编译树)
- 验证:经 BFF 代理 kg/stats+kg/families 200,非白名单 404

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 15:58:47 +08:00
jerryandClaude Fable 5 0875bb036c P0/M1: 四部分重构——frontend→ui、backend→sdk 改名 + 引用修复 + 骨架 
- git mv 保留历史：ui/(Vue3+Vite)、sdk/(BFF 中间层)
- 路径语义修正：db_path/figures_cache 改相对 sdk/(BFF cwd)，
  历史库 sdk/backend/data 迁移至 sdk/data/(会话/图片缓存无损)
- 引用修复 ~15 处：config.py、deploy/*.sh、vitest/playwright 配置、
  单测导入路径、docs、README、gitignore、.env.example
- 骨架：agent/{qa,methodology,legacy-rag,vendor}、knowledge/manifest.yaml、
  tooling/{compile,kb,crypto,assemble,audit,tools,scripts} + README
- 门禁验证：sdk pytest 125 通过、ui vitest 158 通过、
  生产 BFF 脚本重启四上游全绿 + 静态托管 + 会话库无损

Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
 2026-08-31 12:56:47 +08:00