adminandClaude Fable 5
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服务端生命周期部分（契约 §1/§2/§4/§5/§6；Dev-A）：
- extension_spec.py: spec_v2 白名单 12 占位符 + {output_dir} 必含 + 白名单外拒绝
- extensions.py: 生命周期状态机(契约 §2 枚举) + {extensions}/{ext_id} 文件存储
+ ExtensionExecutor 接口占位(Dev-B 实现 extension_exec.py, inject_executor 注入)
+ extension_* 事件帧经 EventBus 发布(events.py 注册, 不改 job_* 语义)
- extension_llm.py: build/repair AI 转换(DOCGEN_LLM_* 优先, BIOFLOW_EXTENSION_* 别名)
LLM 不可用/坏输出一律回退规则版(_detect_requirements/_command_to_template 移植), 绝不 500
- routers/extension.py: 契约 §6 端点全集; trial/run 执行器未接入返回 503
- intent.py: 契约 §5 两层判定纯函数(A 创建词库 × B 已发布扩展打分 + 歧义消解 + 漏判安全)
chat/stream 接线留给 Dev-C 主分支整合
- config/schemas/main: upload_ext_allow 加 .zip/.py/.r/.sh; extensions_dir +
extension_max_repair_rounds(20) + LLM 键注释; 模型; router 注册
- tests: 5 个测试文件 71 用例; 全仓 286 用例通过
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
82 lines
3.1 KiB
Python
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Python
"""main.py —— 生信服务应用入口（uvicorn 入口，明文白名单文件）。
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- 独立部署树 bioflow_service/（FR-BIO-028：独立进程 8098 + 独立 SQLite）。
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- lifespan：init_db（幂等迁移）→ init_context（kernel/catalog/planner/runner）
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→ recover（服务重启恢复 in-flight 续跑，FR-BIO-031）→ shutdown 清理。
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- 端点：health（/api/bioflow/health，前端探活 FR-BIO-025）。
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- 不依赖 BFF/生产服务（8090/8091 等绝不探测/连接）。
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"""
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from __future__ import annotations
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import logging
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from contextlib import asynccontextmanager
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from fastapi import FastAPI
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from fastapi.middleware.cors import CORSMiddleware
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from .config import get_settings
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from .context import context, init_context, shutdown_context
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from .db import close_db, init_db
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from .routers import bioarchives, bioflow, biojobs, extension
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logging.basicConfig(level=logging.INFO)
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logger = logging.getLogger(__name__)
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def create_app() -> FastAPI:
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settings = get_settings()
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app = FastAPI(title=settings.app_name, version=settings.version)
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app.add_middleware(
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CORSMiddleware,
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allow_origins=["*"], # 生信服务直连形态（FR-BIO-027）；BFF 反代为同源
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allow_credentials=False,
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allow_methods=["*"],
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allow_headers=["*"],
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)
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@asynccontextmanager
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async def _lifespan(_app: FastAPI):
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# 测试注入：context.db 已由测试预置（build_context 注入的临时库），
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# 跳过启动初始化（不替换全局 db、不加载真实映射表、不 recover）。
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# 注意经模块属性动态读取（monkeypatch 替换的是 context 模块的全局）。
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from . import context as context_mod
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injected = context_mod.context.db is not None
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if not injected:
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try:
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await init_db()
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except Exception:
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# SQLite 初始化失败不阻断服务启动（health 报 db 降级；端点返回 INTERNAL）
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logger.exception("main: 数据库初始化失败（health 将报 db 降级）")
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try:
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await init_context()
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except Exception:
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logger.exception("main: context 初始化失败（kernel 映射表缺失时 docker 执行不可用）")
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try:
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if context_mod.context.runner is not None:
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recovered = await context_mod.context.runner.recover()
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if recovered:
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logger.info("main: 重启恢复 %d 个 in-flight 任务续跑", len(recovered))
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except Exception:
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logger.exception("main: 重启恢复扫描失败（任务不重跑，等待后续操作）")
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try:
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yield
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finally:
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await shutdown_context()
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try:
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await close_db()
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except Exception:
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pass
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app.router.lifespan_context = _lifespan
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app.include_router(bioflow.router)
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app.include_router(biojobs.router)
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app.include_router(bioarchives.router)
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app.include_router(extension.router)
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return app
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app = create_app()
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