PlantAI-rag-new

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feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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legacy_startup

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pep_v2

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tree_motif_domain_structure.R

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vcf

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add_rag_to_identify.py_

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build_faiss.sh

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calculate_fpkm_tpm_simple.R

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calculate_fpkm_tpm.R

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check_rnaseq_confirm_params.js

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check_subfamily_evidence_scope.py

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collect_conversion_publication_figures.py

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combine_hmm_blast.py

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combo_tree_motif_structure_domain_panel_test.R

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combo_tree_motif_structure_domain.R

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cross_stress_analysis.py

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download_planttfdb_motifs.py

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draw_enrich_expression.R

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draw_expression.R

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eggnog_crawler.py

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extension_stage_benchmark_report.py

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extension_stage_golden_validate.py

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extension_stage_template_cases.py

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extension_stage_template_validate.py

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fasta_pI_mw.R

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fetch_gene2go_bioc.R

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fix_all_syntax.py

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gene_highlight_jcvi.py

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GeneFamily_stat.py

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get_dataset_color.py

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get_dataset_symbol.py

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get_mapchart_tandem.py

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get_mcscanx_circos.py

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get_meme_pos.py

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get_Plant_mPLoc_out.py

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gff_filter_longest.py

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interspecies_tree.R

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karyogram_gene_family.R

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kegg.R

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map_data_ids.py

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map_gff_ids.py

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motree_py.py

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MOTree.pm

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msa_figure_from_aligned.R

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multi_species_integration.py

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plot_rnaseq_go_enrichment.R

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plot_structure.R

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plot_tree.py

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promoter_position_distribution.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

promoter_v4_final.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

promoter_v5_fused_heatmap.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

promoter_v6_combined.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

promoter_visualization_enhanced_v2.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

promoter_visualization_enhanced_v3.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

promoter_visualization_enhanced_v4.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

promoter_visualization_enhanced.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

pysam_bcftools.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

reference_classification_from_tree.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

render_extension_publication_figures.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

reorganize_workspace.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

repair_gwas_asaw_tools.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

rnaseq_expression_plot_prototype.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_blast_pipeline.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_extension_archetype_experiments.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_extension_p0_fixture_experiments.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_extension_publication_experiments.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_extension_tri_chain_evidence_experiments.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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run_finalize_members.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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run_gwas_api20_benchmark.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_gwas_extension_stage_experiment.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_gwas_publication_experiments.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_hmm_pipeline.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_identify.py

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run_motif.py

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run_msa_figure.py

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2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_phylogeny.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_summary.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_vcf10_threshold_adapter_conversion_test.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

run_vcf_api20_benchmark.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

sim_verify_go_only_stage.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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sim_verify_three_stages.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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sort_fasta_by_ids.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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subfamily_palette.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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subfamliy_blast.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

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test_deeptmhmm_topology_plot.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_interspecies_multi_ref_plan_b.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_ortholog_revision_verify.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_promoter_viz_output_path.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_rnaseq_de_to_go_enrich_simulated_full.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_rnaseq_enrich_background_recovery_flow.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_rnaseq_go_kegg_annotation_agent_flow.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_rnaseq_multiagent_linkage.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

test_subcellular_heatmap_plot.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

tf_expression_clustering.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

tf_family_analysis.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

tiqu_miaoshuwenjian.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

tree_domain.R

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2026-09-06 02:59:26 +08:00

tree_motif.R

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2026-09-06 02:59:26 +08:00

tree_plot.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

tximport_abundance.R

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00

wolfpsort_batch.py

feat(bioflow): P0 内核移植与 8 环境镜像——副本 100 处适配零硬编码/8 镜像验证清单全过/金标 24 ID diff 空/TL 复查 4 项修正(gfpy 储备裁决+镜像备份排除+冒烟零硬编码+金标固化)

2026-09-06 02:59:26 +08:00