adminandClaude Fable 5
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fix(bioflow): rnaseq/wgs 阶段参数契约——CLI 参数注入+样本配置自动生成+产物路径对齐
- stage_image_map 加 cli_contract(13 个 rnaseq 阶段):-i/-o/-c 等
标志按契约注入;无契约阶段保持 --input-dir 默认形态
- rnaseq 系 -o 语义=产物目录,契约注入 workspace/final(CLI 内部以
output.parent 为 workspace 并建 output.parent/final——此前注入
workspace 导致 /job/final 权限错误)
- 登记目录自动生成 samples.yaml(按 f1/r1+f2/r2 配对,不覆盖手工配置;
此前 CLI -c 必填无来源,rnaseq 全链从未真实跑通)
- catalog 补 hisat2_index/gtf/prefix 参数 schema(确认表单收集)
- 338 用例全绿;176 真实任务验证:fastp 在真实 fastq 上产出 clean
产物+报告(首个真实跑通的 rnaseq 阶段)
Co-Authored-By: Claude Fable 5 <noreply@anthropic.com>
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