PlantAI-rag-new/docs/bioflow_team_context.md

服务器关键环境事实（生信编排实施团队共享上下文，2026-09-05 实测）

【分支与身份】

• 工作分支: feature/bioflow-conversation-orchestration（基于 main 4749f77，含 docgen 两批修复）
• git 身份: admin jerryhaozhang@gmail.com（仓库级已配置）；不 commit/push（由 TL 统一决定）
• 仓库: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-rag-new

【路径】

• 部署根: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/plantai-rag-new-deploy-unified/（sdk/ + ui/）
• venv: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/plantai-rag-new-venv/bin/python（py3.12.13）
• 移植源（只读，零改动）: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/PlantAI-dev/（apps/cli 92 文件含 84 个 run_*；gfa_core 依赖闭包）
• dev 数据: /home/xzq/5090/PlantAI-dev4090-7/data/hmm/（Pfam-A.hmm 1.8G + 索引）；金标在 PlantAI-dev/assets/examples/test_input/（519M + 24 成员 ID 预期）
• 生信数据根（TL 建）: /home/xzq/5090/teamWorkspace/zh/bioflow-data/（hmm/ 软链 + rag_db/pfam_mapping.json）

【端口】8090 BFF / 8091 QA（金标，零改动）/ 8092-8093 legacy RAG / 8094 vstore / 8095 crm / 8098 生信服务（新建）/ 8099 mock / 5180 vite dev 【conda 环境→镜像（环境整体复制进镜像：conda-pack 打包→/opt/conda 解包+conda-unpack 重定位→ENV PATH 直达；最终镜像无 conda 本体、仅 root、无 /home/xzq；方法文档 docs/bioflow_image_build_playbook.md）】8 个在用的：test4py311(16G)→bioflow-gf / gfpy312(5.4G)→bioflow-gfpy / rnaseq(6.1G)→bioflow-rnaseq / rnaR(2.7G)→bioflow-rnaR / ASAW(5.1G)→bioflow-wgs / interproscanpy311(750M)→bioflow-interproscan / panfamily(1.8G)→bioflow-pan / r_de_analysis(1.6G)→bioflow-rde；其余 18 个环境工程结束后按同法补做 【8 镜像】bioflow-gf/gfpy/rnaseq/rnaR/wgs/interproscan/pan/rde（环境数=镜像数，用户拍板；环境枚举权威=dev 环境获取 API 9011 端口 /api/extension-stages/envs + .runtime/lightweight-extension 扩展样本声明）。P0 已完成(2026-09-06)：8 镜像全部构建+验证清单通过；bioflow-gfpy 为 dev 历史残留储备(gfpy312 实测无 mafft/iqtree/meme, 工具在 test4py311, TL 裁决工具阶段单镜像执行不拆 gfpy)；镜像内排除 .bak/.orig 备份(build_all.sh rsync excludes) 【LLM】沿用 docgen 直连模式（DOCGEN_LLM_* 键）；vstore 用 ollama bge-m3:567m 【docker】已有运维先例（plantai-protected 4 容器）；生信容器 --user xzq uid、--rm 一次性、BIOFLOW_DATA 只读挂载

【团队纪律（所有 agent 必须遵守）】

1. 所有改码只在服务器仓库（经 ssh xzq@8.163.92.8 -p 26518 执行），且只在 feature/bioflow-conversation-orchestration 分支
2. 开发 agent 只动自己任务书列出的文件；不越界；发现需改其他文件 → 记入报告交 TL 裁决
3. 零改动：QA 树（8091）、PlantAI-dev 仓库（只读复制源）、ui/src/stores/modes.js、ui/src/i18n/labels.js、ui/src/stores/bench.js(store)、ui/src/api/qa.js、ui/src/sse/parser.js、services/docgen 既有代码（report 模板由 A3 经 TL 协调增量新增）、tooling/compile/compile_sdk.sh（内核/生信服务各自复制副本改白名单，不改原脚本）
4. 不 commit、不 push、不部署、不重启生产进程（编译/部署/镜像构建发布由 TL 执行）
5. 不连生产端口探测（8090/8091 运行中服务）
6. 单元测试只跑不依赖生产服务/网络的（mock/fixture/tmpdir）；全量 pytest/vitest 由 TL 统一执行
7. 每个 agent 有独立工作目录（见各任务书），互不写入
8. 服务层代码只用 dataclass/dict（Cython 编译纪律，勿用 pydantic 模型）；新增 pydantic 模型只放明文白名单 schemas.py
9. 明文安全：凭据绝不写入报告/日志/仓库
10. 产出报告写在本任务书指定的报告文件

【需要改代码前必读的仓库文件】

• tooling/compile/compile_sdk.sh（编译机制，复制改白名单的基准）
• sdk/app/main.py、sdk/app/config.py（BFF 反代注册点与配置键，A2）
• ui/src/components/chat/PipelineCard.vue、AssistantMessage.vue、Composer.vue、ui/src/stores/chat.js、ui/src/components/bench/BenchPanel.vue、ui/src/components/layout/AppShell.vue（A3）
• docs/PRD.md §16（FR-BIO-001~032）、docs/UI_SPEC.md §8、docs/TEST_PLAN.md §9-12（需求与门禁唯一来源）
• docs/TEST_CASES.md 生信部分（T1 产出，用例唯一来源）