admin/PlantAI-rag
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity
Files
main
PlantAI-rag/docs/guides/EXTRACTOR_CATALOG.md
T

392 lines
14 KiB
Markdown
Raw Permalink Normal View History

初始提交
2026-07-10 17:59:59 +08:00
# 提取器分类目录 - gene-family-mas-v2
## 📁 目录结构
```
gene-family-mas-v2/
├── extractors/ # 主提取器（根目录）
│ ├── fusion/ # PC融合版
│ ├── llm/ # LLM提取器
│ └── legacy/ # 旧版提取器
├── src/rag/extractors/ # RAG集成提取器
│ ├── core/ # 核心提取器（v11-v12）
│ ├── supplementary/ # 附表相关
│ ├── section/ # 章节处理
│ └── smart/ # 智能提取器
├── scripts/extractors/ # 脚本提取器
│ ├── v7-v9/ # 早期版本
│ ├── v10/ # v10系列
│ └── phylogeny/ # 系统发育专用
├── scripts/utils/ # 工具脚本
└── tests/ # 测试脚本
```
---
## 🎯 一、主提取器（根目录）
### 1.1 PC融合版（推荐用于对标PC）
| 文件名 | 版本 | 功能描述 | 状态 |
|--------|------|----------|------|
| `extractor_fusion_complete.py` | v1.0 | **当前主用**，8种实体，7种关系，复合展开 | ✅ 推荐 |
| `extractor_fusion_v1.py` | v1.0 | 融合版初版 | ⚠️ 旧版 |
| `extractor_pc_based.py` | v1.0 | 基于PC规则库（788模式） | ⚠️ 性能慢 |
| `extractor_pc_complete.py` | - | PC完整版 | ❌ 未完成 |
| `extractor_pc_style.py` | - | PC风格版 | ⚠️ 测试版 |
| `extractor_pc_*.py` | - | 其他PC变体（122_types, entities, entities_v2, full_types, v2） | ⚠️ 实验版 |
**核心功能**：
- 8种实体：gene, tissue, metabolite, process, compartment, chromosome, species, phylogeny_group
- 7种关系：expressed_in, transports, located_on, grouped_with, involved_in, localizes_to, identified_in
- 复合基因展开、证据验证
### 1.2 LLM提取器
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `llm_extractor_dashscope.py` | 百炼API提取 | ✅ 可用 |
| `llm_extractor_simple.py` | 简单LLM提取 | ⚠️ 基础版 |
| `llm_extractor_v2.py` | LLM提取v2 | ⚠️ 旧版 |
| `llm_relation_extractor.py` | LLM关系提取 | ⚠️ 专用 |
### 1.3 混合/增强版
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extractor_hybrid.py` | 混合提取 | ⚠️ 实验 |
| `extractor_hybrid_v3.py` | 混合v3 | ⚠️ 实验 |
| `extractor_enhanced.py` | 增强版 | ⚠️ 旧版 |
| `extractor_final.py` | 最终版 | ⚠️ 旧版 |
| `extractor_complete_v1.py` | 完整版v1 | ⚠️ 旧版 |
| `extractor_production_v1.py` | 生产版 | ⚠️ 旧版 |
### 1.4 SUC5专用（早期实验）
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extractor_suc5.py` | SUC5提取 | ❌ 归档 |
| `extractor_suc5_v2.py` | SUC5 v2 | ❌ 归档 |
| `extractor_suc5_v3.py` | SUC5 v3 | ❌ 归档 |
| `extractor_suc5_v4.py` | SUC5 v4 | ❌ 归档 |
| `extractor_suc5_final.py` | SUC5最终 | ❌ 归档 |
| `extractor_suc5_pc_match.py` | SUC5 PC匹配 | ❌ 归档 |
### 1.5 其他专用
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extractor_v2_pro.py` | v2专业版 | ❌ 归档 |
| `extract_complete_sentence.py` | 完整句子提取 | ⚠️ 工具 |
| `universal_extractor_v1.py` | 通用提取v1 | ⚠️ 旧版 |
| `universal_extractor_v2.py` | 通用提取v2 | ⚠️ 旧版 |
---
## 🎯 二、RAG集成提取器（src/rag/extractors/）
### 2.1 核心提取器（v11-v12）
| 文件名 | 版本 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|------|
| `extract_v12_final.py` | v12 | **完整版**，附表下载+章节补充+实体过滤 | ✅ 推荐 |
| `extract_v12_1_fixed.py` | v12.1 | 修复版，保存章节文本 | ✅ 可用 |
| `extract_v12_1_complete.py` | v12.1 | 完整版 | ⚠️ 待验证 |
| `extract_v12_1_improved.py` | v12.1 | 改进版 | ⚠️ 待验证 |
| `extract_v12_1_curl.py` | v12.1 | curl版本 | ⚠️ 工具 |
| `extract_v11_final.py` | v11 | v11最终版 | ⚠️ 旧版 |
**v12核心功能**：
- 附表自动下载（Europe PMC）
- marker-pdf章节识别
- PyMuPDF章节补充
- 实体过滤（gene_entity_filter）
- gene-centric chunks
- **缺点**：关系抽取不完整
### 2.2 附表相关
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `supplementary_downloader.py` | **附表下载器**（Europe PMC） | ✅ 核心工具 |
| `data_availability_extractor.py` | 数据可用性提取 | ⚠️ 专用 |
| `multi_db_extractor.py` | 多数据库提取 | ⚠️ 专用 |
| `geo_extractor.py` | **GEO数据提取** | ✅ 重要 |
### 2.3 章节处理
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `section_trigger.py` | 章节补充触发器 | ✅ 工具 |
| `section_supplementer.py` | 章节补充器 | ✅ 工具 |
| `marker_section_chunker.py` | marker章节切分 | ⚠️ 工具 |
| `hybrid_section_chunker.py` | 混合章节切分 | ⚠️ 工具 |
### 2.4 实体处理
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `gene_entity_filter.py` | **基因实体过滤器** | ✅ 核心工具 |
| `gene_centric_chunker.py` | **gene-centric chunks生成** | ✅ 核心工具 |
| `complete_gene_extractor.py` | 完整基因提取 | ⚠️ 专用 |
| `universal_gene_family_extractor.py` | 通用基因家族提取 | ⚠️ 专用 |
| `smart_gene_family_extractor.py` | 智能提取器 | ⚠️ 专用 |
| `smart_gene_family_extractor_v2.py` | 智能提取器v2 | ⚠️ 专用 |
### 2.5 PDF处理
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `enhanced_pdf_extractor.py` | 增强PDF提取 | ⚠️ 旧版 |
| `enhanced_pdf_extractor_v2.py` | 增强PDF提取v2 | ⚠️ 旧版 |
| `unified_data_extractor.py` | 统一数据提取 | ⚠️ 整合 |
| `expression_relation_extractor.py` | 表达关系提取 | ⚠️ 专用 |
| `compare_extractors.py` | 提取器对比 | ⚠️ 工具 |
---
## 🎯 三、脚本提取器（scripts/extractors/）
### 3.1 v10系列（附表支持）
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extract_v10_with_supplementary.py` | **v10附表增强版** | ✅ 推荐 |
| `extract_v10_final.py` | v10最终版 | ⚠️ 旧版 |
| `extract_v10_final_v2.py` | v10最终版v2 | ⚠️ 旧版 |
| `extract_v10_revised.py` | v10修订版 | ⚠️ 旧版 |
| `extract_v10_integrated.py` | v10集成版 | ⚠️ 旧版 |
| `extract_v10_chromosome_complete.py` | v10染色体完整版 | ⚠️ 专用 |
### 3.2 v7-v9系列（早期版本）
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extract_v9_complete.py` | v9完整版 | ❌ 归档 |
| `extract_v8_rag.py` | v8 RAG版 | ❌ 归档 |
| `extract_v7_complete.py` | v7完整版 | ❌ 归档 |
| `extract_v7_final.py` | v7最终版 | ❌ 归档 |
| `extract_v7_full_simple.py` | v7简单版 | ❌ 归档 |
| `extract_v7_with_supp.py` | v7附表版 | ❌ 归档 |
### 3.3 系统发育专用（phylogeny）
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extract_phylogeny_v7_revised.py` | v7修订版 | ❌ 归档 |
| `extract_phylogeny_v7_full.py` | v7完整版 | ❌ 归档 |
| `extract_phylogeny_v7.py` | v7 | ❌ 归档 |
| `extract_phylogeny_v6_2_universal.py` | v6.2通用版 | ❌ 归档 |
| `extract_phylogeny_v6_full.py` | v6完整版 | ❌ 归档 |
| `extract_phylogeny_v6.py` | v6 | ❌ 归档 |
| `extract_phylogeny_v5_universal_v3.py` | v5.3通用版 | ❌ 归档 |
### 3.4 知识图谱导入
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `kg_import.py` | KG导入 | ⚠️ 工具 |
| `kg_schema.py` | KG schema | ⚠️ 工具 |
| `import_genes_to_kg.py` | 导入基因到KG | ⚠️ 工具 |
| `import_groups_to_kg.py` | 导入分组到KG | ⚠️ 工具 |
| `import_tair_families.py` | 导入TAIR家族 | ⚠️ 工具 |
| `save_results.py` | 保存结果 | ⚠️ 工具 |
| `v7_reviewer.py` | v7审查 | ⚠️ 工具 |
| `batch_extract.py` | 批量提取 | ⚠️ 工具 |
---
## 🎯 四、工具脚本（scripts/utils/）
### 4.1 附表/数据获取
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `fetch_supplementary_data.py` | 获取附表数据 | ✅ 工具 |
| `universal_supplementary_fetcher.py` | 通用附表获取 | ✅ 工具 |
### 4.2 数据处理
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `add_missing_genes.py` | 添加缺失基因 | ⚠️ 工具 |
| `apply_locus_mapping.py` | 应用位点映射 | ⚠️ 工具 |
| `chunk_by_section.py` | 按章节切分 | ⚠️ 工具 |
| `expand_expression_relations.py` | 扩展表达关系 | ⚠️ 工具 |
| `expand_selective.py` | 选择性扩展 | ⚠️ 工具 |
| `merge_all_extractions.py` | 合并所有提取 | ⚠️ 工具 |
| `final_merge_and_eval.py` | 最终合并评估 | ⚠️ 工具 |
| `final_merge_v2.py` | 最终合并v2 | ⚠️ 工具 |
| `final_merge_v3.py` | 最终合并v3 | ⚠️ 工具 |
| `post_process_aggressive.py` | 激进后处理 | ⚠️ 工具 |
| `post_process_filter.py` | 后处理过滤 | ⚠️ 工具 |
### 4.3 验证/评估
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `validate_extraction.py` | 验证提取 | ⚠️ 工具 |
| `generate_validation_report.py` | 生成验证报告 | ⚠️ 工具 |
| `reasoning_engine.py` | 推理引擎 | ⚠️ 工具 |
### 4.4 数据库
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `kg_sqlite.py` | SQLite KG操作 | ⚠️ 工具 |
---
## 🎯 五、其他重要脚本（scripts/）
### 5.1 RAG构建
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `build_rag_index.py` | 构建RAG索引 | ✅ 重要 |
| `build_rag_v2.py` | 构建RAG v2 | ⚠️ 旧版 |
| `build_multi_layer_rag.py` | 构建多层RAG | ⚠️ 专用 |
| `create_faiss_index.py` | 创建FAISS索引 | ✅ 重要 |
| `create_faiss_index_bge.py` | BGE版FAISS | ✅ 重要 |
| `create_faiss_index_enhanced.py` | 增强版FAISS | ⚠️ 旧版 |
| `create_faiss_index_ollama.py` | Ollama版FAISS | ⚠️ 专用 |
### 5.2 Qdrant迁移
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `migrate_to_qdrant.py` | 迁移到Qdrant | ✅ 重要 |
| `migrate_to_qdrant_fast.py` | 快速迁移 | ⚠️ 旧版 |
| `migrate_to_qdrant_quick.py` | 快速迁移v2 | ⚠️ 旧版 |
| `migrate_to_qdrant_sync.py` | 同步迁移 | ⚠️ 旧版 |
| `migrate_all_to_qdrant.py` | 全部迁移 | ⚠️ 旧版 |
### 5.3 测试脚本
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `test_smart_extractor_lizhi.py` | 测试荔枝提取 | ⚠️ 测试 |
| `test_lizhi_extraction.py` | 荔枝提取测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_expression_extraction.py` | 表达提取测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_v2_simple.py` | v2简单测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_v2_with_sample.py` | v2样本测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_v6_2_comparison.py` | v6.2对比测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_phase2_complete.py` | Phase2完整测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_prompt_v2.py` | Prompt v2测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_api.py` | API测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_rag.py` | RAG测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_qdrant*.py` | Qdrant系列测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_hybrid_qdrant.py` | 混合Qdrant测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_agentic_pipeline.py` | Agent管道测试 | ⚠️ 测试 |
| `simple_test_v2.py` | v2简单测试 | ⚠️ 测试 |
| `end_to_end_test.py` | 端到端测试 | ⚠️ 测试 |
### 5.4 v2系列（早期RAG）
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extract_v2_1.py` | v2.1提取 | ❌ 归档 |
| `extract_v2_2_two_stage.py` | v2.2两阶段 | ❌ 归档 |
| `extract_v2_direct.py` | v2直接版 | ❌ 归档 |
| `extract_v2_robust.py` | v2鲁棒版 | ❌ 归档 |
| `run_v2_extraction.py` | 运行v2提取 | ❌ 归档 |
| `run_v2_extraction_simple.py` | v2简单运行 | ❌ 归档 |
| `run_v2_extraction_standalone.py` | v2独立运行 | ❌ 归档 |
| `run_v2_full.py` | v2完整运行 | ❌ 归档 |
| `run_v2_interactive.py` | v2交互运行 | ❌ 归档 |
### 5.5 结构化数据提取
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `extract_structured_data.py` | 结构化数据提取 | ⚠️ 专用 |
| `extract_structured_data_llm.py` | LLM结构化提取 | ⚠️ 专用 |
| `extract_structured.py` | 结构化提取 | ⚠️ 专用 |
---
## 🎯 六、测试目录（tests/）
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `structured_extractor.py` | 结构化提取器测试 | ⚠️ 测试 |
---
## 🎯 七、其他根目录脚本
| 文件名 | 功能 | 状态 |
|--------|------|------|
| `test_llm_extraction.py` | LLM提取测试 | ⚠️ 测试 |
| `test_sentence_extraction.py` | 句子提取测试 | ⚠️ 测试 |
---
## 📊 使用建议
### 场景1：对标PC项目
**推荐**：`extractor_fusion_complete.py`
- 8种实体类型对齐PC
- 7种关系类型
- 788个PC规则模式
### 场景2：完整提取（含附表）
**推荐**：`src/rag/extractors/extract_v12_final.py`
- 自动下载附表
- marker-pdf章节识别
- gene-centric chunks
### 场景3：GEO数据提取
**推荐**：`src/rag/extractors/geo_extractor.py`
- NCBI GEO数据获取
- 表达数据下载
### 场景4：附表下载
**推荐**：`src/rag/extractors/supplementary_downloader.py`
- Europe PMC附表下载
- 多期刊支持
---
## 🗂️ 整理建议
### 立即保留（根目录）
```
extractor_fusion_complete.py # 当前主用
extractor_fusion_v1.py # 备份
extractor_pc_based.py # PC规则版
llm_extractor_dashscope.py # LLM提取
llm_relation_extractor.py # LLM关系
universal_extractor_v2.py # 通用版
```
### 归档到 archive/old_extractors/
```
extractor_suc5*.py # SUC5专用
extractor_v2_pro.py # v2旧版
extractor_hybrid*.py # 混合实验版
extractor_enhanced.py # 增强旧版
extractor_final.py # 最终旧版
extractor_complete_v1.py # 完整旧版
extractor_production_v1.py # 生产旧版
extract_complete_sentence.py # 句子提取
universal_extractor_v1.py # 通用v1
```
### 归档PC实验版
```
extractor_pc_122_types.py
extractor_pc_complete.py
extractor_pc_complete_types.py
extractor_pc_entities.py
extractor_pc_entities_v2.py
extractor_pc_full_types.py
extractor_pc_style.py
extractor_pc_v2.py
```
---
*最后更新：2026-04-12*
*维护者：xialab的幸运星*
Reference in New Issue Copy Permalink