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# Gene Family MAS V2 - 项目结构
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> 整理后的项目目录结构
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gene-family-mas-v2/
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├── 📁 api/ # FastAPI接口
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│ ├── main.py # 主入口
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│ ├── rag_routes.py # RAG路由
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│ ├── kg_routes.py # 知识图谱路由
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│ └── ...
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├── 📁 scripts/ # Python脚本
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│ ├── 📁 extractors/ # 提取器脚本
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│ │ ├── extract_phylogeny_v5_universal_v3.py # v5.2提取器 ⭐
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│ │ ├── batch_extract.py # 批量提取
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│ │ ├── kg_import.py # 知识图谱导入
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│ │ └── ...
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│ ├── 📁 utils/ # 工具脚本
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│ │ ├── add_missing_genes.py
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│ │ ├── apply_locus_mapping.py
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│ │ └── ...
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│ │
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│ ├── 📁 legacy/ # 旧版本脚本
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│ │ ├── api_server.py
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│ │ └── api_server_v*.py
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│ └── 📁 analysis/ # 分析脚本
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│ └── ...
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├── 📁 docs/ # 文档
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│ ├── 📁 reports/ # 分析报告
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│ │ ├── COMPETITIVE_ANALYSIS.md
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│ │ ├── COMPARISON_REPORT.md
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│ │ └── ...
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│ ├── 📁 plans/ # 计划文档
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│ │ ├── COMPLETE_PROJECT_PLAN.md
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│ │ └── ...
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│ ├── 📁 memos/ # 记忆文档
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│ │ └── (从memory/移动)
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│ └── PROJECT_STRUCTURE.md # 本文件
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├── 📁 config/ # 配置文件
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│ ├── docker-compose.yml
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│ ├── docker-compose.neo4j.yml
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│ ├── Dockerfile
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│ └── .env*
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├── 📁 data/ # 数据目录
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│ ├── 📁 raw/ # 原始数据
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│ ├── 📁 processed/ # 处理后的数据
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│ └── 📁 neo4j/ # Neo4j数据
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│ ├── data/
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│ ├── logs/
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│ ├── import/
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│ └── plugins/
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├── 📁 frontend/ # 前端代码
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│ ├── src/
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│ └── ...
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├── 📁 skills/ # 技能模块
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│ └── ...
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├── 📁 evaluation/ # 评估结果
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│ └── ...
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├── 📁 paper/ # 论文PDF
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│ └── ceshi/
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├── 📁 extracted/ # 提取结果
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│ └── ...
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├── 📁 prompts/ # Prompt模板
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│ └── ...
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├── 📁 project_memory/ # 项目记忆 ⭐
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│ ├── INDEX.md
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│ └── 2026-*.md
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├── 📁 batch_results/ # 批量处理结果
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│ └── ...
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├── 📁 archive/ # 归档文件
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│ └── ...
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├── 📄 README.md # 项目说明
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├── 📄 CHANGELOG.md # 变更日志
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└── 📄 organize.py # 整理脚本
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## 🎯 核心文件位置
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| 功能 | 文件路径 |
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| **v5.2提取器** | `scripts/extractors/extract_phylogeny_v5_universal_v3.py` |
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| **批量提取** | `scripts/extractors/batch_extract.py` |
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| **TAIR关键词库** | `scripts/extractors/gene_family_keywords_v3.json` |
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| **知识图谱导入** | `scripts/extractors/kg_import.py` |
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| **知识图谱Schema** | `scripts/extractors/kg_schema.py` |
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| **API路由** | `api/rag_routes.py`, `api/kg_routes.py` |
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| **前端** | `frontend/src/App.vue` |
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| **项目计划** | `docs/plans/COMPLETE_PROJECT_PLAN.md` |
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| **今日记忆** | `project_memory/2026-04-01.md` |
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## 📝 整理说明
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- **scripts/extractors/**: 核心提取器脚本
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- **scripts/utils/**: 辅助工具脚本
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- **scripts/legacy/**: 旧版本保留
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- **docs/**: 所有文档按类型分类
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- **config/**: 配置文件集中管理
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- **data/**: 数据文件集中管理
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- **project_memory/**: 项目记忆文档
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*最后整理: 2026-04-01*
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