# Gene Family MAS V2 - 总体计划

## 项目愿景
构建可发表级别的基因家族分析智能体平台，集成RAG知识库和知识图谱可视化

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## 总体路线图

### Phase 1: 核心RAG系统 (进行中)
- [x] 基础RAG检索 (向量+BM25)
- [x] 多跳推理 (MultiHopRAG)
- [x] Agent编排 (Orchestrator)
- [x] 知识图谱可视化
- [ ] **Self-RAG / 自反思** (下一步)
- [ ] **LangGraph完整工作流**
- [ ] RAPTOR层次索引

### Phase 2: 高级RAG特性
- [ ] 混合检索优化 (Vector + BM25 + KG)
- [ ] 查询重写与扩展
- [ ] 实体链接与消歧
- [ ] 引用溯源 (Citation)

### Phase 3: 知识图谱增强
- [ ] 动态知识图谱构建
- [ ] 跨论文知识融合
- [ ] Neo4j图算法分析
- [ ] 时序知识图谱

### Phase 4: 系统集成
- [ ] bbav5前端Agent状态组件
- [ ] 端到端测试
- [ ] 文档完善

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## 今日任务完成统计 (2026-04-16)

| 任务 | 状态 | 完成度 |
|:---|:---:|:---:|
| V13.1 提取器修订回顾 | ✅ | 100% |
| 知识图谱可视化页面 (kg.html) | ✅ | 100% |
| index.html 知识图谱集成 | ⚠️ | 70% (标签页有问题) |
| RAG与知识图谱联动 (后端) | ✅ | 100% |
| RAG与知识图谱联动 (前端) | ✅ | 90% |
| 测试验证 | ✅ | 80% |

**总体完成率**: 5.5/6 ≈ **92%**

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## 明日计划 (2026-04-17)

### 选项1: 修复前端标签页 (推荐)
- [ ] 调试 index.html 中 el-tabs 渲染问题
- [ ] 确保"知识图谱"标签页正确显示
- [ ] 验证RAG联动后自动切换标签页

### 选项2: RAG进阶功能
- [ ] 实现 Self-RAG / 自反思机制
- [ ] 在 Orchestrator 中添加反思节点
- [ ] 测试迭代式检索效果

### 选项3: 多论文知识融合
- [ ] 导入更多基因家族论文数据
- [ ] 实现跨论文实体链接
- [ ] 扩展知识图谱

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## 本周目标

| 日期 | 目标 |
|:---|:---|
| 04-16 (今天) | 知识图谱前端集成 ✅ |
| 04-17 | 修复标签页问题 或 Self-RAG |
| 04-18 | LangGraph完整工作流 |
| 04-19 | 混合检索优化 |
| 04-20 | 测试与文档 |

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## 关键决策点

1. **是否使用 LangGraph?**
   - 已有 fallback 实现
   - 建议: 先完善 fallback，再迁移到 LangGraph

2. **知识图谱存储?**
   - 当前: JSON文件
   - 建议: 小数据量用JSON，大数据量用Neo4j

3. **RAG与bbav5集成?**
   - 当前: 独立系统
   - 建议: 先完善RAG，再考虑联动

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**最后更新**: 2026-04-16 22:32