# Gene Family MAS V2 - 项目结构

> 整理后的项目目录结构

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gene-family-mas-v2/
├── 📁 api/                          # FastAPI接口
│   ├── main.py                      # 主入口
│   ├── rag_routes.py                # RAG路由
│   ├── kg_routes.py                 # 知识图谱路由
│   └── ...
│
├── 📁 scripts/                      # Python脚本
│   ├── 📁 extractors/               # 提取器脚本
│   │   ├── extract_phylogeny_v5_universal_v3.py  # v5.2提取器 ⭐
│   │   ├── batch_extract.py         # 批量提取
│   │   ├── kg_import.py             # 知识图谱导入
│   │   └── ...
│   │
│   ├── 📁 utils/                    # 工具脚本
│   │   ├── add_missing_genes.py
│   │   ├── apply_locus_mapping.py
│   │   └── ...
│   │
│   ├── 📁 legacy/                   # 旧版本脚本
│   │   ├── api_server.py
│   │   └── api_server_v*.py
│   │
│   └── 📁 analysis/                 # 分析脚本
│       └── ...
│
├── 📁 docs/                         # 文档
│   ├── 📁 reports/                  # 分析报告
│   │   ├── COMPETITIVE_ANALYSIS.md
│   │   ├── COMPARISON_REPORT.md
│   │   └── ...
│   │
│   ├── 📁 plans/                    # 计划文档
│   │   ├── COMPLETE_PROJECT_PLAN.md
│   │   └── ...
│   │
│   ├── 📁 memos/                    # 记忆文档
│   │   └── (从memory/移动)
│   │
│   └── PROJECT_STRUCTURE.md         # 本文件
│
├── 📁 config/                       # 配置文件
│   ├── docker-compose.yml
│   ├── docker-compose.neo4j.yml
│   ├── Dockerfile
│   └── .env*
│
├── 📁 data/                         # 数据目录
│   ├── 📁 raw/                      # 原始数据
│   ├── 📁 processed/                # 处理后的数据
│   └── 📁 neo4j/                    # Neo4j数据
│       ├── data/
│       ├── logs/
│       ├── import/
│       └── plugins/
│
├── 📁 frontend/                     # 前端代码
│   ├── src/
│   └── ...
│
├── 📁 skills/                       # 技能模块
│   └── ...
│
├── 📁 evaluation/                   # 评估结果
│   └── ...
│
├── 📁 paper/                        # 论文PDF
│   └── ceshi/
│
├── 📁 extracted/                    # 提取结果
│   └── ...
│
├── 📁 prompts/                      # Prompt模板
│   └── ...
│
├── 📁 project_memory/               # 项目记忆 ⭐
│   ├── INDEX.md
│   └── 2026-*.md
│
├── 📁 batch_results/                # 批量处理结果
│   └── ...
│
├── 📁 archive/                      # 归档文件
│   └── ...
│
├── 📄 README.md                     # 项目说明
├── 📄 CHANGELOG.md                  # 变更日志
└── 📄 organize.py                   # 整理脚本
```

## 🎯 核心文件位置

| 功能 | 文件路径 |
|:---|:---|
| **v5.2提取器** | `scripts/extractors/extract_phylogeny_v5_universal_v3.py` |
| **批量提取** | `scripts/extractors/batch_extract.py` |
| **TAIR关键词库** | `scripts/extractors/gene_family_keywords_v3.json` |
| **知识图谱导入** | `scripts/extractors/kg_import.py` |
| **知识图谱Schema** | `scripts/extractors/kg_schema.py` |
| **API路由** | `api/rag_routes.py`, `api/kg_routes.py` |
| **前端** | `frontend/src/App.vue` |
| **项目计划** | `docs/plans/COMPLETE_PROJECT_PLAN.md` |
| **今日记忆** | `project_memory/2026-04-01.md` |

## 📝 整理说明

- **scripts/extractors/**: 核心提取器脚本
- **scripts/utils/**: 辅助工具脚本
- **scripts/legacy/**: 旧版本保留
- **docs/**: 所有文档按类型分类
- **config/**: 配置文件集中管理
- **data/**: 数据文件集中管理
- **project_memory/**: 项目记忆文档

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*最后整理: 2026-04-01*