From 64830b515e6d957feab2570458ac5073a7e7a2a6 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: potasor Date: Fri, 28 Aug 2026 19:50:10 +0800 Subject: [PATCH] =?UTF-8?q?=E5=B7=A5=E7=A8=8B=E8=BF=81=E7=A7=BB=E8=87=B3gi?= =?UTF-8?q?t?= MIME-Version: 1.0 Content-Type: text/plain; charset=UTF-8 Content-Transfer-Encoding: 8bit --- .../产品/AI生信科学家/人工智能生物信息科学家.md | 46 +-- .../产品/HSmaster/植物基因分型系统HSmaster介绍.md | 248 ++++++------- 公司资料/产品/物种鉴定平台/物种鉴定平台.md | 114 +++--- .../服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq宣传资料.md | 260 +++++++------- .../Hyper-seq测序/Hyper-seq测序技术全流程服务.md | 32 +- 公司资料/服务/Hyper-seq测序/夏老师相关论文.md | 96 ++--- 公司资料/服务/样本寄送建议.md | 334 +++++++++--------- ...创新方案联合Hyper-seq技术实现更低成本全基因组数据采集.md | 136 +++---- 8 files changed, 633 insertions(+), 633 deletions(-) diff --git a/公司资料/产品/AI生信科学家/人工智能生物信息科学家.md b/公司资料/产品/AI生信科学家/人工智能生物信息科学家.md index d403b0e..12d2150 100644 --- a/公司资料/产品/AI生信科学家/人工智能生物信息科学家.md +++ b/公司资料/产品/AI生信科学家/人工智能生物信息科学家.md @@ -1,23 +1,23 @@ -# 人工智能生物信息学科学家 -**全自动、自规划的多组学分析智能体** -智能规划分析全流程 -- 上传数据后，AI智能体自动识别项目类型，规划并执行最优分析路径 -- 覆盖基因组、转录组、重测序、表观组等多组学整合分析 -- 支持自定义分析策略，灵活适配基础研究、育种开发等场景，灵活适配各类科研与工业场景 -智能解读与报告自动生成 -- AI驱动深度数据挖掘:变异影响、基因功能、通路网络 -- 自动生成出版级图表与结构化分析报告 -- 持续整合最新公共数据与算法，提升解读深度 -平台技术特色 -- 全流程自动化--从原始数据到生物洞见，全程无人值守运行 -- 环境自适配--自动配置计算环境，告别手动安装与调试 -- 透明可重复--提供完整分析日志与可复现脚本，支持结果追溯 -- 模块化扩展--轻松集成用户自有工具与流程，构建专属分析生态 -您提供数据 AI规划一切让生信分析像使用智能手机一样简单 -核心业务流程：supervisors → planners → workers → reviewers → evidence → delivery -- supervisors 监管层：总控项目需求、权限、资源配额； -- planners 规划层：RAG 知识库读取参考基因组、测序流程、实验方案，自动生成生信分析脚本计划； -- workers 执行层：调度服务器、运行比对 / 组装 / 重测序等生物信息流程任务； -- reviewers 审核层：校验测序数据质控、比对结果、统计指标是否合规； -- evidence 存证层：保存中间文件、日志、参数、分析证据，满足育种 / 测序溯源； -- delivery 交付层：输出整理好的结果图表、报告、标准化数据集给研究员。 +# 人工智能生物信息学科学家 +**全自动、自规划的多组学分析智能体** +智能规划分析全流程 +- 上传数据后，AI智能体自动识别项目类型，规划并执行最优分析路径 +- 覆盖基因组、转录组、重测序、表观组等多组学整合分析 +- 支持自定义分析策略，灵活适配基础研究、育种开发等场景，灵活适配各类科研与工业场景 +智能解读与报告自动生成 +- AI驱动深度数据挖掘:变异影响、基因功能、通路网络 +- 自动生成出版级图表与结构化分析报告 +- 持续整合最新公共数据与算法，提升解读深度 +平台技术特色 +- 全流程自动化--从原始数据到生物洞见，全程无人值守运行 +- 环境自适配--自动配置计算环境，告别手动安装与调试 +- 透明可重复--提供完整分析日志与可复现脚本，支持结果追溯 +- 模块化扩展--轻松集成用户自有工具与流程，构建专属分析生态 +您提供数据 AI规划一切让生信分析像使用智能手机一样简单 +核心业务流程：supervisors → planners → workers → reviewers → evidence → delivery +- supervisors 监管层：总控项目需求、权限、资源配额； +- planners 规划层：RAG 知识库读取参考基因组、测序流程、实验方案，自动生成生信分析脚本计划； +- workers 执行层：调度服务器、运行比对 / 组装 / 重测序等生物信息流程任务； +- reviewers 审核层：校验测序数据质控、比对结果、统计指标是否合规； +- evidence 存证层：保存中间文件、日志、参数、分析证据，满足育种 / 测序溯源； +- delivery 交付层：输出整理好的结果图表、报告、标准化数据集给研究员。 diff --git a/公司资料/产品/HSmaster/植物基因分型系统HSmaster介绍.md b/公司资料/产品/HSmaster/植物基因分型系统HSmaster介绍.md index f2a20d2..be6475a 100644 --- a/公司资料/产品/HSmaster/植物基因分型系统HSmaster介绍.md +++ b/公司资料/产品/HSmaster/植物基因分型系统HSmaster介绍.md @@ -1,125 +1,125 @@ -育种4.0的开启，高通量技术、智能制造与人工智能赋能现代农业，预示着人类对物种的精准改造将迎来一次壮丽的飞跃。 -# HSmaster：全自动文库制备系统 -高通量样品处理 全自动无人值守 -核酸提取、pcr扩增、文库质检全流程 -兼容KASP标记，模块化更灵活 -Hyper-seq技术加持，低成本建库 -自动化基因文库设备说明： -整套自动化设备分为四个模块： -1. 植物样本制备模块：细胞匀浆机 - 采用深孔板+配套动植物裂解液+高速匀浆机机头，完成样本的破壁匀浆，经过离心完成提取上清液； -2. 核酸提取和 PCR 模块 - 含功能模块：核酸提取系统（磁珠法、负压膜法）、凝胶电泳系统、低温模块，振荡模块、移液操作系统、封膜机、PCR仪，完成核酸提取和PCR检测； -3. 文库制备模块 - 含功能模块：自动化定位离心机、凝胶电泳系统、低温模块，振荡模块、移液操作系统、耗材堆栈等； -4. DNA 浓度检测模块 - 通过全波长光吸收酶标仪检测DNA浓度； -# Hyper-seq技术介绍 -Hyper-seq 是一种极低成本、高效、灵活、高通量的 DNA 测序文库制备和基因分型方法（海南大学Hyper-seq试剂盒 ）。该技术具有广泛的适用性和可扩展性，同时具有一定的基因区域富集效应。可以根据不同的物种和项目的需求，通过使用不同的 Hyper-seq 引物，灵活地调节标记密度，通过特殊的 PCR 方式，不需要额外酶切和连接接头等，即可实现大量样品同时建库，产出海量基因型大数据，以低成本满足不同物种大规模分型测序的需求，助力实现高效率大数据育种和群体研究。 -| 对比项 | 芯片技术 | 常规简化测序（GBS） | Hyper-seq测序 | -| --------------- | ---------------- | -------------------------- | ------------------ | -| **DNA质量要求** | 一般 | 极高，需要酶切 | 低，甚至叶片建库 | -| **前期设计** | 需要前期设计芯片 | 不用 | 不用 | -| **建库时间** | 半天 | 2天 | 3小时 | -| **复杂基因组** | 成本极高 | 成本极高 | 任意调节，超低成本 | -| **SNP变异位点** | 6K-100K | 20万 | 20万以上任意调节 | -| **应用范围** | 少数模式物种 | 大部分物种 | 所有物种 | -| **成本** | 20美元以上/样 | 前期定制较贵，25-60美元/样 | 3-20美元/样 | -# SNP分型-KASP法 -竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR，KASP) 是一种基于单核苷酸多态性(SNP) 的新型基因分型技术，可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(Indel) 进行精准分型，被广泛应用于生命科学研究以及医学领域。其技术原理如下： -第一步：设计好对应的探针与引物，引物一共是三条，两条带有荧光接头的分型上游及一条通用下游。探针一共是四条，两条荧光探针和两条淬灭探针，荧光探针与淬灭探针是互补的，且荧光探针是与特异性上游引物的接头部分序列(tag sequence)一致。 -第二步：普通PCR扩增。在第一轮PCR扩增中，等位基因特异引物(3'末端能配对的)就可识别特定等位基因模板，完成等位基因识别，反向通用引物也会结合并完成整个PCR过程，在此阶段，荧光标记的探针仍与其互补的淬灭探针结合，并且不会产生荧光信号。从第2轮PCR扩增开始，产物中出现携带通用标签序列(tag sequence)的模板，这步完成把通用标签序列引入与SNP对应的PCR产物中。随后携带荧光的探针通过与tag互补的DNA链结合而添加到PCR产物中，因此不再与其互补的淬灭探针结合，从而产生荧光信号而被检测到。 -第三步：荧光检测和分析。利用荧光信号检测仪或荧光定量PCR仪(配有相应荧光探针的检测通道)进行信号读取，并用软件采集信号判别等位基因类型（如果进行聚类分析，要用到KlusterCaller或SNPviewer软件）。 -# 应用-GS育种 -基于Hyper-seq自动化实验室的深度学习GS育种。 -全基因组选择（GS）的过程主要分为两个部分，一方面，需要对参考群体的基因型进行测序；另一方面，需要构建GS预测模型，根据参考群体的表型和基因型来估计预测群体的育种值。针对当前全基因组选择技术发展所面临的技术难题，运用自主研究开发的新型基因测序技术与深度学习算法模型，将低成本基因测序技术（Hyper-seq测序技术）与高精度预测模型（LSTM）相结合，实现了利用覆盖全基因组的高密度分子标记进行生物个体性状预测，在节约大量成本的同时提升预测的准确率，达到利用全基因组选择技术进行早代选择的目的。 -现有技术问题： -- 基因测序成本高、限制多、实现难度大：传统基因测序技术在设备投入、试剂消耗、操作流程等方面成本较高，且受样本处理、数据产出效率等因素限制，大规模应用存在困难。 -- GS模型预测准确率低：基因组选择（Genomic Selection）模型在利用基因标记预测生物体表型时，因标记信息挖掘不充分、模型算法局限等原因，导致预测精度未能满足实际需求。 -研究内容与目标： -- 研发成本效益高、灵活自动化测序技术：旨在开发新型测序方法，通过优化流程、提升自动化程度，降低测序成本并增强技术的灵活性，以适应不同场景的应用需求。 -- 设计基因组预测误差小、表型组预测精度高的GS模型：针对现有GS模型的不足，优化模型算法或整合多组学数据，提高基因组层面的预测准确性，同时提升对表型组（生物体可观测性状集合）的预测精度。 -- 涉及关键要素： - - SNP标记：单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism）是基因组中常见的遗传变异标记，是GS模型构建的核心数据基础。 - - 表型文件：记录生物体表型性状数据的文件，是GS模型训练和验证的关键输入，其质量直接影响预测效果。 -# 应用-回交育种 -低成本和自动化的高通量测序文库制备方法、易于操作的 SNP 发现平台以及用于基因分型的下游数据分析以及用于促进非模式作物基因改良的标记辅助选择——Hyper-seq基因分型技术应用场景广阔。较于其他技术，Hyper-seq基因分型技术具有成本效益最高，物种适应性最强等特点，同时最大限度地减少基于群体的研究的数据浪费。 -# 应用-诱变育种 -通过Hyper-seq高通量技术，我们致力于检测诱变引起的植物基因组变异热区。在不同剂量下对植物器官的诱变机理，通过深入研究探索这一过程中基因表达和基因组变异的动态变化。这综合研究不仅有助于揭示诱变对植物遗传特性的影响，同时为开发具有抗逆性的新植物品种提供了关键信息，推动了诱变育种在植物学和遗传学领域的应用前景。 -# 应用-DNA水平溯源检验 -1. 兼顾"发现"和"检测"全基因组序列碎片的特点，全球物种多态性基因型数据。 -2. 动植物的全基因组扫描测序体系，建立超高速及其精确快速检测系统。 -3. 快速比对有害生物DNA数据，达到有害生物快速和最高精度的检测。 -4. 在引进链中为农业动植物的进行引进鉴定，危害物种预警等价值保护提供SNP核心的指纹数据。 -5. 去中心化的指纹价值算法来定义单个作物唯一识别身份，对链中任意物种进行快速验证，对所有引进动植物和有害动植物进行来源追溯。 -# GS育种策略介绍 -当今处于育种4.0时代背景下，借助信息化和大数据的优势做更深的分析，让表型数据与基因型数据，甚至其他的数据结合起来，对育种的增益才会更大。全基因组选择作为育种4.0时代的新技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。 -## 全基因组选择（GS）的研究策略 -### 01 样本选择 -GS流程包含两个群体，一个是训练群体，需要同时具有表型和基因型信息，估计标记效应值来构建参考模型；另一个是预测群体，只需要基因型信息，通过构建的参考模型得到估计育种值，从而达到预测表型，进行个体选择的目的。训练群体和预测群体的选择有一定的要求，如下： -![alt text](image.png) -### 02 生信分析流程 -![alt text](image-1.png) -# HSmaster全自动建库系统 -HSmaster全自动建库工作站 -中析HSmaster是一款基于Hyper-seq技术打造的全自动高通量的测序文库制备系统。系统整合了4个高精度移液模块，并集成了4台PCR模块、酶标仪、抓手模块、堆栈模块、温控模块、振荡模块、离心模块等，打造了无人值守全自动化平台，真正实现从样本核算提取到建库的一步到位。 -系统由三台独立的机器串联而成，分别完成核酸提取、PCR体系构建、文库纯化。系统先通过磁珠提取技术来快速、简单、高效的提取DNA。在提取完DNA后进行下游的PCR体系构建以及建库纯化与文库构建。全自动高通量实现核酸提取、PCR体系构建以及建库纯化，是一台全能产品。自主开发可视化软件界面和图形化程序列表，详细的分步骤操作指引，拖拽式实验流程搭建，无需编程，自行设置参数，极大提升用户使用友好度。 -| 序号 | 模块名称 | 数量 | -| ---- | -------------------- | ---- | -| 1 | X轴 | 3 | -| 2 | Y轴 | 3 | -| 3 | 单通道1000μL移液模块 | 1 | -| 4 | 8通道200μL移液模块 | 2 | -| 5 | 8通道1000μL移液模块 | 1 | -| 6 | 8通道50μL移液模块 | 2 | -| 7 | 搬运夹爪 | 5 | -| 8 | 堆栈模块 | 2 | -| 9 | 堆栈搬运模块 | 2 | -| 10 | 离心机 | 1 | -| 11 | 金属浴 | 2 | -| 12 | 封膜仪 | 1 | -| 13 | 96通道PCR | 4 | -| 14 | 振荡 | 3 | -| 15 | 升降磁力架 | 2 | -| 16 | 标仪 | 1 | -# 产品特点 -- 精准高效 - 多个 SBS 标准版位，上下分层，配合堆栈和夹爪，可支持高达 400 个样品的 DNA 提取以及建库所需的全部耗材，无需手动频繁更换耗材。4 个不同量程的 8 通道移液模块可以快速、精准地进行液体处理工作，有效提升效率。 -- 配置灵活 - 核酸提取、PCR 扩增以及 poolling 纯化分别由三台独立的工作站完成。独立的工作站通过机械臂夹爪以及传送带串联成一个系统。整个系统的扩展性非常强，既可以通过在每台独立的工作站上增加模块的方式提升通量，也可以通过增加工作站的方式提升系统的功能。 -- 操作简易 - 自研可视化软件界面和丰富多样图形化程序列表，详细的分步骤操作指引，轻松完成拖拽式实验流程搭建，无需编程，自行设置参数，极大提升用户使用友好度。 -- 安全可靠 - 集成式全自动化样本制备，减少手工参与，可内置过滤系统和紫外消毒系统，建库实验中有效避免扩增过程中带来的气溶胶污染。软件数据收集和警报系统，大大提升实验的安全性和可靠性。 -# HSmaster建库流程 - -# 参数规格 -1. 基本参数 -| 参数 | 规格 | -| -------- | ------------------------------------- | -| 尺寸 | (长宽高) 3400x890x2140mm | -| 净重 | 2.5T | -| 电源 | 输入：100V~120V/200V~240V AC，50/60Hz | -| 版位数 | 60 | -| 通信接口 | 3个USB，1个以太网口 | -| 显示方式 | 20寸触摸屏 | -2. 移液精度 -| 加样量(μL) | 变异系数(CV) | 允许误差(E) | 使用针规格 | -| ---------- | ------------ | ----------- | ---------- | -| 1000 | ≤0.3% | ≤1% | 1000μL | -| 150 | ≤0.5% | ≤1.5% | 200μL | -| 25 | ≤2% | ≤4% | 50μL | -3. 温控模块 -| 模块 | 参数 | -| ------------ | ---------------------------------------------------------------------------------- | -| 冷藏模块 | 温度范围：室温~6℃；温度准确性：不超过±2℃；温度均匀性：不超过±2℃ | -| 振荡孵育模块 | 温度范围：室温~95℃；温度准确性：不超过±2℃；温度均匀性：不超过±2℃，具有振荡孵育功能 | -4. 安全防护 -| 功能 | 说明 | -| ---------------- | ---- | -| 紫外消毒功能 | 具备 | -| 过滤功能负压系统 | 具备 | -| 开门暂停报警系统 | 具备 | -# 文章 -Hyper-seq:A novel,effective,and flexible marker-assisted election and genotyping approach IF=32.5 +育种4.0的开启，高通量技术、智能制造与人工智能赋能现代农业，预示着人类对物种的精准改造将迎来一次壮丽的飞跃。 +# HSmaster：全自动文库制备系统 +高通量样品处理 全自动无人值守 +核酸提取、pcr扩增、文库质检全流程 +兼容KASP标记，模块化更灵活 +Hyper-seq技术加持，低成本建库 +自动化基因文库设备说明： +整套自动化设备分为四个模块： +1. 植物样本制备模块：细胞匀浆机 + 采用深孔板+配套动植物裂解液+高速匀浆机机头，完成样本的破壁匀浆，经过离心完成提取上清液； +2. 核酸提取和 PCR 模块 + 含功能模块：核酸提取系统（磁珠法、负压膜法）、凝胶电泳系统、低温模块，振荡模块、移液操作系统、封膜机、PCR仪，完成核酸提取和PCR检测； +3. 文库制备模块 + 含功能模块：自动化定位离心机、凝胶电泳系统、低温模块，振荡模块、移液操作系统、耗材堆栈等； +4. DNA 浓度检测模块 + 通过全波长光吸收酶标仪检测DNA浓度； +# Hyper-seq技术介绍 +Hyper-seq 是一种极低成本、高效、灵活、高通量的 DNA 测序文库制备和基因分型方法（海南大学Hyper-seq试剂盒 ）。该技术具有广泛的适用性和可扩展性，同时具有一定的基因区域富集效应。可以根据不同的物种和项目的需求，通过使用不同的 Hyper-seq 引物，灵活地调节标记密度，通过特殊的 PCR 方式，不需要额外酶切和连接接头等，即可实现大量样品同时建库，产出海量基因型大数据，以低成本满足不同物种大规模分型测序的需求，助力实现高效率大数据育种和群体研究。 +| 对比项 | 芯片技术 | 常规简化测序（GBS） | Hyper-seq测序 | +| --------------- | ---------------- | -------------------------- | ------------------ | +| **DNA质量要求** | 一般 | 极高，需要酶切 | 低，甚至叶片建库 | +| **前期设计** | 需要前期设计芯片 | 不用 | 不用 | +| **建库时间** | 半天 | 2天 | 3小时 | +| **复杂基因组** | 成本极高 | 成本极高 | 任意调节，超低成本 | +| **SNP变异位点** | 6K-100K | 20万 | 20万以上任意调节 | +| **应用范围** | 少数模式物种 | 大部分物种 | 所有物种 | +| **成本** | 20美元以上/样 | 前期定制较贵，25-60美元/样 | 3-20美元/样 | +# SNP分型-KASP法 +竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR，KASP) 是一种基于单核苷酸多态性(SNP) 的新型基因分型技术，可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(Indel) 进行精准分型，被广泛应用于生命科学研究以及医学领域。其技术原理如下： +第一步：设计好对应的探针与引物，引物一共是三条，两条带有荧光接头的分型上游及一条通用下游。探针一共是四条，两条荧光探针和两条淬灭探针，荧光探针与淬灭探针是互补的，且荧光探针是与特异性上游引物的接头部分序列(tag sequence)一致。 +第二步：普通PCR扩增。在第一轮PCR扩增中，等位基因特异引物(3'末端能配对的)就可识别特定等位基因模板，完成等位基因识别，反向通用引物也会结合并完成整个PCR过程，在此阶段，荧光标记的探针仍与其互补的淬灭探针结合，并且不会产生荧光信号。从第2轮PCR扩增开始，产物中出现携带通用标签序列(tag sequence)的模板，这步完成把通用标签序列引入与SNP对应的PCR产物中。随后携带荧光的探针通过与tag互补的DNA链结合而添加到PCR产物中，因此不再与其互补的淬灭探针结合，从而产生荧光信号而被检测到。 +第三步：荧光检测和分析。利用荧光信号检测仪或荧光定量PCR仪(配有相应荧光探针的检测通道)进行信号读取，并用软件采集信号判别等位基因类型（如果进行聚类分析，要用到KlusterCaller或SNPviewer软件）。 +# 应用-GS育种 +基于Hyper-seq自动化实验室的深度学习GS育种。 +全基因组选择（GS）的过程主要分为两个部分，一方面，需要对参考群体的基因型进行测序；另一方面，需要构建GS预测模型，根据参考群体的表型和基因型来估计预测群体的育种值。针对当前全基因组选择技术发展所面临的技术难题，运用自主研究开发的新型基因测序技术与深度学习算法模型，将低成本基因测序技术（Hyper-seq测序技术）与高精度预测模型（LSTM）相结合，实现了利用覆盖全基因组的高密度分子标记进行生物个体性状预测，在节约大量成本的同时提升预测的准确率，达到利用全基因组选择技术进行早代选择的目的。 +现有技术问题： +- 基因测序成本高、限制多、实现难度大：传统基因测序技术在设备投入、试剂消耗、操作流程等方面成本较高，且受样本处理、数据产出效率等因素限制，大规模应用存在困难。 +- GS模型预测准确率低：基因组选择（Genomic Selection）模型在利用基因标记预测生物体表型时，因标记信息挖掘不充分、模型算法局限等原因，导致预测精度未能满足实际需求。 +研究内容与目标： +- 研发成本效益高、灵活自动化测序技术：旨在开发新型测序方法，通过优化流程、提升自动化程度，降低测序成本并增强技术的灵活性，以适应不同场景的应用需求。 +- 设计基因组预测误差小、表型组预测精度高的GS模型：针对现有GS模型的不足，优化模型算法或整合多组学数据，提高基因组层面的预测准确性，同时提升对表型组（生物体可观测性状集合）的预测精度。 +- 涉及关键要素： + - SNP标记：单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism）是基因组中常见的遗传变异标记，是GS模型构建的核心数据基础。 + - 表型文件：记录生物体表型性状数据的文件，是GS模型训练和验证的关键输入，其质量直接影响预测效果。 +# 应用-回交育种 +低成本和自动化的高通量测序文库制备方法、易于操作的 SNP 发现平台以及用于基因分型的下游数据分析以及用于促进非模式作物基因改良的标记辅助选择——Hyper-seq基因分型技术应用场景广阔。较于其他技术，Hyper-seq基因分型技术具有成本效益最高，物种适应性最强等特点，同时最大限度地减少基于群体的研究的数据浪费。 +# 应用-诱变育种 +通过Hyper-seq高通量技术，我们致力于检测诱变引起的植物基因组变异热区。在不同剂量下对植物器官的诱变机理，通过深入研究探索这一过程中基因表达和基因组变异的动态变化。这综合研究不仅有助于揭示诱变对植物遗传特性的影响，同时为开发具有抗逆性的新植物品种提供了关键信息，推动了诱变育种在植物学和遗传学领域的应用前景。 +# 应用-DNA水平溯源检验 +1. 兼顾"发现"和"检测"全基因组序列碎片的特点，全球物种多态性基因型数据。 +2. 动植物的全基因组扫描测序体系，建立超高速及其精确快速检测系统。 +3. 快速比对有害生物DNA数据，达到有害生物快速和最高精度的检测。 +4. 在引进链中为农业动植物的进行引进鉴定，危害物种预警等价值保护提供SNP核心的指纹数据。 +5. 去中心化的指纹价值算法来定义单个作物唯一识别身份，对链中任意物种进行快速验证，对所有引进动植物和有害动植物进行来源追溯。 +# GS育种策略介绍 +当今处于育种4.0时代背景下，借助信息化和大数据的优势做更深的分析，让表型数据与基因型数据，甚至其他的数据结合起来，对育种的增益才会更大。全基因组选择作为育种4.0时代的新技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。 +## 全基因组选择（GS）的研究策略 +### 01 样本选择 +GS流程包含两个群体，一个是训练群体，需要同时具有表型和基因型信息，估计标记效应值来构建参考模型；另一个是预测群体，只需要基因型信息，通过构建的参考模型得到估计育种值，从而达到预测表型，进行个体选择的目的。训练群体和预测群体的选择有一定的要求，如下： +![alt text](image.png) +### 02 生信分析流程 +![alt text](image-1.png) +# HSmaster全自动建库系统 +HSmaster全自动建库工作站 +中析HSmaster是一款基于Hyper-seq技术打造的全自动高通量的测序文库制备系统。系统整合了4个高精度移液模块，并集成了4台PCR模块、酶标仪、抓手模块、堆栈模块、温控模块、振荡模块、离心模块等，打造了无人值守全自动化平台，真正实现从样本核算提取到建库的一步到位。 +系统由三台独立的机器串联而成，分别完成核酸提取、PCR体系构建、文库纯化。系统先通过磁珠提取技术来快速、简单、高效的提取DNA。在提取完DNA后进行下游的PCR体系构建以及建库纯化与文库构建。全自动高通量实现核酸提取、PCR体系构建以及建库纯化，是一台全能产品。自主开发可视化软件界面和图形化程序列表，详细的分步骤操作指引，拖拽式实验流程搭建，无需编程，自行设置参数，极大提升用户使用友好度。 +| 序号 | 模块名称 | 数量 | +| ---- | -------------------- | ---- | +| 1 | X轴 | 3 | +| 2 | Y轴 | 3 | +| 3 | 单通道1000μL移液模块 | 1 | +| 4 | 8通道200μL移液模块 | 2 | +| 5 | 8通道1000μL移液模块 | 1 | +| 6 | 8通道50μL移液模块 | 2 | +| 7 | 搬运夹爪 | 5 | +| 8 | 堆栈模块 | 2 | +| 9 | 堆栈搬运模块 | 2 | +| 10 | 离心机 | 1 | +| 11 | 金属浴 | 2 | +| 12 | 封膜仪 | 1 | +| 13 | 96通道PCR | 4 | +| 14 | 振荡 | 3 | +| 15 | 升降磁力架 | 2 | +| 16 | 标仪 | 1 | +# 产品特点 +- 精准高效 + 多个 SBS 标准版位，上下分层，配合堆栈和夹爪，可支持高达 400 个样品的 DNA 提取以及建库所需的全部耗材，无需手动频繁更换耗材。4 个不同量程的 8 通道移液模块可以快速、精准地进行液体处理工作，有效提升效率。 +- 配置灵活 + 核酸提取、PCR 扩增以及 poolling 纯化分别由三台独立的工作站完成。独立的工作站通过机械臂夹爪以及传送带串联成一个系统。整个系统的扩展性非常强，既可以通过在每台独立的工作站上增加模块的方式提升通量，也可以通过增加工作站的方式提升系统的功能。 +- 操作简易 + 自研可视化软件界面和丰富多样图形化程序列表，详细的分步骤操作指引，轻松完成拖拽式实验流程搭建，无需编程，自行设置参数，极大提升用户使用友好度。 +- 安全可靠 + 集成式全自动化样本制备，减少手工参与，可内置过滤系统和紫外消毒系统，建库实验中有效避免扩增过程中带来的气溶胶污染。软件数据收集和警报系统，大大提升实验的安全性和可靠性。 +# HSmaster建库流程 + +# 参数规格 +1. 基本参数 +| 参数 | 规格 | +| -------- | ------------------------------------- | +| 尺寸 | (长宽高) 3400x890x2140mm | +| 净重 | 2.5T | +| 电源 | 输入：100V~120V/200V~240V AC，50/60Hz | +| 版位数 | 60 | +| 通信接口 | 3个USB，1个以太网口 | +| 显示方式 | 20寸触摸屏 | +2. 移液精度 +| 加样量(μL) | 变异系数(CV) | 允许误差(E) | 使用针规格 | +| ---------- | ------------ | ----------- | ---------- | +| 1000 | ≤0.3% | ≤1% | 1000μL | +| 150 | ≤0.5% | ≤1.5% | 200μL | +| 25 | ≤2% | ≤4% | 50μL | +3. 温控模块 +| 模块 | 参数 | +| ------------ | ---------------------------------------------------------------------------------- | +| 冷藏模块 | 温度范围：室温~6℃；温度准确性：不超过±2℃；温度均匀性：不超过±2℃ | +| 振荡孵育模块 | 温度范围：室温~95℃；温度准确性：不超过±2℃；温度均匀性：不超过±2℃，具有振荡孵育功能 | +4. 安全防护 +| 功能 | 说明 | +| ---------------- | ---- | +| 紫外消毒功能 | 具备 | +| 过滤功能负压系统 | 具备 | +| 开门暂停报警系统 | 具备 | +# 文章 +Hyper-seq:A novel,effective,and flexible marker-assisted election and genotyping approach IF=32.5 Methodology and application of Hyper-seq technology (Hyper-seq-G, Hyper-seq-FD, and Hyper-seq-INC) \ No newline at end of file diff --git a/公司资料/产品/物种鉴定平台/物种鉴定平台.md b/公司资料/产品/物种鉴定平台/物种鉴定平台.md index 15b23b8..dad51a8 100644 --- a/公司资料/产品/物种鉴定平台/物种鉴定平台.md +++ b/公司资料/产品/物种鉴定平台/物种鉴定平台.md @@ -1,58 +1,58 @@ -# 物种鉴定平台：SpecIDHub - -由三亚海古纪与华大共同研发基于SeqFD技术 -口号：守护生物安全，快速、准确—全领域物种鉴定 - -生物安全领域的检测及监测对于维护公共卫生安全至关重要。随着科技的进步，高通量测序技术以其快速、全面、精准的特点，为生物安全领域检测提供了强有力的工具。物种鉴定平台SpecIDHub是一个适配高通量测序数据的在线比对平台，旨在为检验检疫、环境监测、种质鉴定、食品溯源、生物多样性保护等生物安全领域检测，提供精准、高效且用户友好的比对识别服务。 - -## 鉴定流程 -1. 样本采集 -2. 建库、测序 -3. SpeclD Hub分析 -4. 鉴定报告 - -## 产品亮点 -- 全读长数据兼容 - 可适配目前主流高通量测序平台产生的测序 数据 - -- 高效识别，精准比对 - 构建持续更新的各细分领域专有参考数据库，在确保比对结果准确性的同时，减少运行时间 - -- 一键式极简自动分析 - 可自动化生成鉴定报告，无需专业生物信息学 背景也可轻松上手 - -- 支持新序列收录更新 - 经验证和注释的新序列可存储和应用；同时支持新增个性化细分领域参考数据库 - - -## 定制化专有比対库 - -- 进境植物检疫性有害生物 - 收录351种进境植物检疫性有害生物信息，覆盖欧洲榆小蠹、飞机草、田野矢车菊、刺茄、下葡茎 酸模、石榴螟、非洲木薯花叶病毒、亚洲候选韧皮部杆菌等；支持定期/定制化更新。 - -- 农作物种质资源数据库 - 收录45种可供利用的农作物种质信息，覆盖水稻、小麦、甘蔗、大豆、花生、葡萄、芒果等；支持定 期/定制化更新。 - -- 外来入侵物种数据库 - 收录70种外来入侵物种信息，覆盖桉树枝瘿姬小蜂、清道夫鱼、棕榈象甲、可可粉蚧、刺苋、苍耳、 垂序商陆等；支持定期/定制化更新。 - - -- 个性化定制数据库 - 提供定制化参考数据库的开发服务，灵活满足用户的个性化数据比对需求。 - - -## 订购指南 -| 类别 | 产品信息（型号） | 产品货号 | -| ---- | --------------------------------------------------- | -------------- | -| 仪器 | CycloneSEQ G100-ER（测序仪+工作站+键盘鼠标+显示器） | H910-000002-00 | -| 芯片 | CycloneSEQ WT测序芯片（2张/套） | H930-000001-00 | -| 试剂 | CycloneSEQ WT测序试剂盒（6 T） | H940-000016 | -| 试剂 | CycloneSEQ 清洗试剂盒 | H940-000017 | -| 试剂 | CycloneSEQ 96条形码文库制备试剂套装（3 RXN） | H940-000066 | -| 试剂 | CycloneSEQ 极速24条形码文库制备试剂套装（6 RXN） | H940-000099 | -| 试剂 | SeqFD文库制备试剂盒（海古纪） | HY-0002 | -| 软件 | 物种鉴定平台 SpecID Hub | — | - -联系华大智造当地销售代表，获取详情。 -电话：400-688-114 +# 物种鉴定平台：SpecIDHub + +由三亚海古纪与华大共同研发基于SeqFD技术 +口号：守护生物安全，快速、准确—全领域物种鉴定 + +生物安全领域的检测及监测对于维护公共卫生安全至关重要。随着科技的进步，高通量测序技术以其快速、全面、精准的特点，为生物安全领域检测提供了强有力的工具。物种鉴定平台SpecIDHub是一个适配高通量测序数据的在线比对平台，旨在为检验检疫、环境监测、种质鉴定、食品溯源、生物多样性保护等生物安全领域检测，提供精准、高效且用户友好的比对识别服务。 + +## 鉴定流程 +1. 样本采集 +2. 建库、测序 +3. SpeclD Hub分析 +4. 鉴定报告 + +## 产品亮点 +- 全读长数据兼容 + 可适配目前主流高通量测序平台产生的测序 数据 + +- 高效识别，精准比对 + 构建持续更新的各细分领域专有参考数据库，在确保比对结果准确性的同时，减少运行时间 + +- 一键式极简自动分析 + 可自动化生成鉴定报告，无需专业生物信息学 背景也可轻松上手 + +- 支持新序列收录更新 + 经验证和注释的新序列可存储和应用；同时支持新增个性化细分领域参考数据库 + + +## 定制化专有比対库 + +- 进境植物检疫性有害生物 + 收录351种进境植物检疫性有害生物信息，覆盖欧洲榆小蠹、飞机草、田野矢车菊、刺茄、下葡茎 酸模、石榴螟、非洲木薯花叶病毒、亚洲候选韧皮部杆菌等；支持定期/定制化更新。 + +- 农作物种质资源数据库 + 收录45种可供利用的农作物种质信息，覆盖水稻、小麦、甘蔗、大豆、花生、葡萄、芒果等；支持定 期/定制化更新。 + +- 外来入侵物种数据库 + 收录70种外来入侵物种信息，覆盖桉树枝瘿姬小蜂、清道夫鱼、棕榈象甲、可可粉蚧、刺苋、苍耳、 垂序商陆等；支持定期/定制化更新。 + + +- 个性化定制数据库 + 提供定制化参考数据库的开发服务，灵活满足用户的个性化数据比对需求。 + + +## 订购指南 +| 类别 | 产品信息（型号） | 产品货号 | +| ---- | --------------------------------------------------- | -------------- | +| 仪器 | CycloneSEQ G100-ER（测序仪+工作站+键盘鼠标+显示器） | H910-000002-00 | +| 芯片 | CycloneSEQ WT测序芯片（2张/套） | H930-000001-00 | +| 试剂 | CycloneSEQ WT测序试剂盒（6 T） | H940-000016 | +| 试剂 | CycloneSEQ 清洗试剂盒 | H940-000017 | +| 试剂 | CycloneSEQ 96条形码文库制备试剂套装（3 RXN） | H940-000066 | +| 试剂 | CycloneSEQ 极速24条形码文库制备试剂套装（6 RXN） | H940-000099 | +| 试剂 | SeqFD文库制备试剂盒（海古纪） | HY-0002 | +| 软件 | 物种鉴定平台 SpecID Hub | — | + +联系华大智造当地销售代表，获取详情。 +电话：400-688-114 邮 箱：MGl-service@mgi-tech.com \ No newline at end of file diff --git a/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq宣传资料.md b/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq宣传资料.md index 320f779..0909a65 100644 --- a/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq宣传资料.md +++ b/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq宣传资料.md @@ -1,131 +1,131 @@ -# Hyper-seq 技术宣传册 -## 封面页 -突破极限：Hyper-seq 助力大数据育种变革 -一种极低成本、高效、灵活、高通量的DNA测序文库制备与基因分型技术 -## 引言页 -藏粮于技，种业腾飞 -粮食是社稷之本，种业是粮食之基。国家领导人强调：“只有用自己的手攥紧中国种子，才能端稳中国饭碗，才能实现粮食安全。”当前现代种业已进入常规育种、现代生物技术育种与信息化育种深度融合的“育种4.0”时代。然而，大群体测序成本居高不下，让“育种4.0”的前进步伐受阻。 -由海南大学夏志强团队原创研发的 Hyper-seq 技术，是一种极低成本、高效、灵活、高通量的 DNA 测序文库制备和基因分型方法。该技术的问世，标志着分子辅助育种与基因分型迈入了低成本、大数据、智能化的全新阶段。技术成果发表于 Cell Press 合作期刊 The Innovation，已获国际发明专利授权（专利号：No.2020/06979），并获得全国颠覆性技术大赛领域赛优秀奖、第一届“崖州湾杯”科技创新大赛一等奖等多项荣誉。 -截至目前，Hyper-seq 技术已为超过 40 家研究机构和高校提供技术服务，覆盖超过 50 个物种、50,000 份材料，成功应用于玉米、马铃薯、节节麦、木薯、水稻、小麦等主要作物，形成了成熟可靠的技术服务体系。 -## 核心优势页 -Hyper-seq 四大核心优势 -① 极低成本 -打破测序成本壁垒，让大规模群体研究不再受限。 -对于 1G 基因组样本，建库测序成本可低至 每个样本不到 10 美元 -单个样本分析成本 50–150 元人民币（根据基因组大小调整测序覆盖度） -较世界同类简化测序技术（GBS、RAD 等）和分子育种芯片技术成本 降低 50% 以上 -② 极简高效 -一步 PCR，化繁为简，突破传统建库瓶颈。 -仅需一步 PCR，即可同时完成简化基因组、添加接头序列及扩增基因组序列 -整个建库时间 缩短至 3–5 小时，远低于常规方法的 20 小时以上 -无需酶切、无需连接接头等繁琐步骤，DNA 样品质量要求低，甚至可直接使用新鲜叶片建库 -③ 灵活调控 -一“芯”多用，按需定制，精准满足多样化科研需求。 -通过使用不同 Hyper-seq 引物，可 灵活调节标记密度，适应从小基因组到大基因组的各类物种 -内置三种核心模式：常规模式、极简模式和高密度模式，覆盖从育种筛选到性状定位的全场景 -• -④ 高通量 -大规模并行处理，海量基因型数据快速产出。 -采用 大规模 Barcode 混合测序策略，单次可完成 96 孔或 384 孔样本混合建库测序 -1000 份水稻样品测序仅需 一天 完成 -完美匹配自动化流程，支持无人值守全自动化生产 -## 技术原理页 -Hyper-seq 技术原理 -三步合一，一步完成——重新定义测序文库构建 -Hyper-seq 技术最核心的创新在于：将基因组简化、Barcode 添加和简化基因组序列扩增融合为单次 PCR 反应，彻底颠覆了传统测序建库“分步进行、环环相扣”的复杂模式。 -引物设计的精妙智慧 -Hyper-seq 文库引物由四部分构成： -固定碱基（CCGG/AATT） ：精准锚定目标基因组扩增区域 -摆动碱基（H/V） ：灵活调节基因组的简化程度 -随机碱基（N） ：提升引物兼容性，适配多样本类型 -Barcode 序列：赋予每份样本独立身份标识，支持后续高效拆分 -引物靶向 GC 富集区域，优先扩增外显子阅读框区段，在保证标记覆盖均一性的同时具有一定的基因区域富集效应，令测序数据更具生物学意义。 -非酶切建库——降低门槛，释放潜能 -Hyper-seq 无需限制性内切酶酶切和条形码连接步骤，成功解决了基因组 DNA 片段 非酶切直接测序 的问题，大幅降低了对 DNA 样品质量的要求，样品兼容性极强。 -## 技术路线页 -全流程解决方案 -样本接收 → 建库测序 → 数据分析 → 应用落地 -第一步：DNA 提取 -新鲜叶片或任意 DNA 样品快速提取，对 DNA 质量要求极低 -第二步：一步 PCR 建库 -单次 PCR 反应，3–5 小时同时完成简化基因组、Barcode 添加和序列扩增 -第三步：混合测序 -等量混合纯化 250–500bp PCR 产物，96 或 384 个样本混合测序，有效避免数据量较大差异问题 -第四步：数据拆分与 SNP 检测 -通过 Barcode 识别拆分混合样本，高效检测全基因组 SNP 标记，实现基因型精准鉴定 -第五步：应用分析与决策支持 -依据项目需求开展遗传图谱构建、GWAS 关联分析、指纹图谱绘制或选择育种指导 -## 应用场景页 -Hyper-seq 十大核心应用领域 -Hyper-seq 技术适用于各类物种（包括复杂大基因组）的重测序或简化测序，已广泛应用于作物遗传改良与育种研究的各个环节。 -① 作物遗传背景筛选与回交育种 -Hyper-seq 可快速、低成本地筛选回交育种中的遗传背景，精准鉴定目标材料，大幅提升育种效率。新一代 Hyper-seq 配合 SeqFD 技术，专用于作物回交育种的遗传背景筛选、基因分型和标记辅助选择检测。 -② 核心种质资源评估与构建 -从庞大的种质资源库中快速筛选核心子集，以最少的样本量最大程度地保留整个群体的遗传多样性，为遗传资源高效利用和育种研究奠定基础。 -③ DNA 指纹图谱与品种鉴定 -基于 Hyper-seq 技术构建的 DNA 指纹图谱，准确性高、位点适应性强、成本低，可大规模进行品种资源多样性评估和纯度鉴定。该技术已获国家发明专利（专利号：ZL202010102817.5）。 -④ 全基因组关联分析（GWAS） -在玉米、马铃薯、节节麦、木薯、水稻、小麦等多种作物中，Hyper-seq 检测到的分子标记数量远超传统育种芯片，标记覆盖均一性更优，为关键性状基因定位提供坚实基础。已成功应用于马铃薯块茎肉色关联基因研究和美人蕉叶片性状 GWAS 分析。 -⑤ 遗传图谱构建与 QTL 定位 -凭借灵活可调的标记密度，Hyper-seq 可按需构建不同密度的遗传图谱，精确锁定目标 QTL 位点。 -⑥ 分子标记辅助选择育种 -海量 SNP/InDel 标记为分子标记辅助育种注入源源不断的“大数据基因燃料”。 -⑦ 基因组选择育种 -通过构建全基因组选择模型，利用数万个分子标记预测育种材料的表现，实现超越传统育种的精准智能化育种。夏志强团队已联合构建育种材料模型，完成超过一万份热带物种资源的基因型解析，逐渐形成一套完整的全基因组选择育种体系。 -⑧ 生物安全防控与分子检测 -新一代 Hyper-seq、SeqFD 技术可用于生物安全防控的快速分子检测，为检验检疫提供高效技术手段。 -⑨ 目标关键基因与新候选基因定位 -结合 GWAS 结果，快速锁定目标性状相关的关键基因或新候选基因位点。 -⑩ 物种鉴定与分类 -通过基因组水平的分子标记比对，实现不同物种、亚种或品系的精准鉴定。 -## 产品形态页 -Hyper-seq 三种核心模式 -根据科研与育种实践的需求深度，Hyper-seq 提供三款精准适配的测序模式，让每一份投入都物尽其用。 -模式 标记覆盖度 适用场景 特点 -Hyper-seq-G 约 10% 基因组 大部分物种常规育种研究 最常规模式，平衡覆盖度与成本，适用于绝大多数育种应用 -Hyper-seq-FD 0.0024%–4.2% 基因组 复杂大基因组育种 极简模式，专为小麦、马铃薯、玉米等大基因组物种开发，显著降低测序成本，让育种家负担得起 -Hyper-seq-INC 约 60% 基因组（8 对引物） 高精度性状定位 高密度模式，标记密度高，覆盖均匀，精准定位目标性状位点 -配套产品与服务 -① Hyper-seq 建库试剂盒 -标准化的试剂盒产品，开放供应，支持科研单位自主建库测序。 -② 全自动高通量测序文库制备系统 -基于 Hyper-seq 技术打造的全自动化平台，整合 4 个高精度移液模块，集成 4 台 PCR 模块、酶标仪、抓手模块、堆栈模块等，实现从样本核酸提取到建库的一步到位无人值守全自动化运行，大幅提升精准度，减少人工成本与误差。 -③ 全国独家技术服务——三亚海古纪 -三亚海古纪生物科技有限公司已获得 Hyper-seq 技术全国独家成果转化实施许可，提供从实验设计、建库测序到数据分析的全链条一站式服务。 -④ Hyper-seq 专属生物信息分析流程 -已开发配套的 Hyper-seq 专用分析软件流程，支持海量基因型数据的自动拆分、比对、SNP 检测和下游分析，搭建规模化基因型分析平台。 -## 典型成果页 -Hyper-seq 项目案例与成果 -- 宏大的项目验证 -Hyper-seq 技术首发时，研究团队对 6 个物种的 2,094 份样品 进行了建库测序及数据分析，数据证明其标记检测能力与育种芯片价值相当。 -- 合作网络辐射全国 -Hyper-seq 技术已成功应用于 超过 30 家研究机构和高校，实际应用覆盖 超过 50 个物种和 50,000 份材料，全面验证了技术的可靠性、稳健性与普适性。 -- 代表性科研文章 -1. 马铃薯同源四倍体基因组研究（Plant Biotechnology Journal, 2022, IF=13.8）：利用 Hyper-seq 对 150 份四倍体马铃薯进行 GWAS 分析，成功揭示与块茎肉色显著相关的关键基因。 -2. 美人蕉科植物基因组研究（Frontiers in Plant Science, 2022, IF=6.627）：利用 Hyper-seq 对 241 份美人蕉材料进行分析，检测到 1,565 万个 SNP 和 InDel 标记，完成群体遗传结构与叶片性状 GWAS 分析。 -3. 槟榔果实形状 GWAS 研究（International Journal of Molecular Sciences, 2023, IF=5.599）：利用 Hyper-seq 对槟榔群体进行全基因组关联分析，定位调控果实形状的关键候选基因。 -- 荣誉与认证 -国际发明专利授权（专利号：No.2020/06979） -DNA 指纹图谱构建方法国家发明专利（ZL202010102817.5）-13 -全国颠覆性技术大赛领域赛优秀奖-16 -第一届“崖州湾杯”科技创新大赛一等奖-16 -## 自动化与未来页 -全自动化——Hyper-seq 的未来形态 -无人实验室系统：让育种进入“自动驾驶”时代 -夏志强团队已成功创建 高效、快速的基因分型无人实验室系统。基于 Hyper-seq 技术打造的全自动高通量测序文库制备系统，整合了高精度移液模块、超高速均匀热循环模块、自动化反应体系构建模块与无人值守智能控制系统等关键技术，真正实现了从样本核酸提取到建库的全流程自动化。这不仅大幅提升了样本处理精度，更显著降低了人工成本与误差。 -智能化育种：数据驱动的大数据育种体系 -与传统分子育种相比，使用 Hyper-seq 技术获取作物全基因组数据后，结合大数据技术和人工智能算法，可将成千上万的分子标记和性状建立计算机模型，实现高效、精确的智能化大数据育种。夏志强团队正在积极打造一套从育种材料接收，到 Hyper-seq 建库测序，再到数据分析反馈的全产业链闭环，为种子研究装上“智力引擎”。 -Hyper-seq 2.0 持续迭代 -夏志强团队原创研发两代超低成本基因型分型技术，新一代 Hyper-seq 和 SeqFD 技术已在基因功能挖掘及生物安全防控中发挥重要作用。未来，随着测序成本进一步降低，以及简捷、快速基因分型平台的持续开发，Hyper-seq 技术将使更多的全球非模式作物育种者受益，为全球种业发展贡献中国智慧。 -## 合作联系方式页 -联系我们，开启基因组大数据育种新篇章 -Hyper-seq 技术——极低成本、高效、灵活、高通量的 DNA 测序文库制备与基因分型解决方案，来自海南大学夏志强团队。 -- 全国独家技术服务合作 -1. 三亚海古纪生物科技有限公司（全国独家成果转化实施许可） -2. 核心技术发明团队 -海南大学三亚南繁研究院“基因组与大数据育种”团队 -夏志强 研究员/副院长 及团队 - -## 封底页 -让育种进入大数据时代 +# Hyper-seq 技术宣传册 +## 封面页 +突破极限：Hyper-seq 助力大数据育种变革 +一种极低成本、高效、灵活、高通量的DNA测序文库制备与基因分型技术 +## 引言页 +藏粮于技，种业腾飞 +粮食是社稷之本，种业是粮食之基。国家领导人强调：“只有用自己的手攥紧中国种子，才能端稳中国饭碗，才能实现粮食安全。”当前现代种业已进入常规育种、现代生物技术育种与信息化育种深度融合的“育种4.0”时代。然而，大群体测序成本居高不下，让“育种4.0”的前进步伐受阻。 +由海南大学夏志强团队原创研发的 Hyper-seq 技术，是一种极低成本、高效、灵活、高通量的 DNA 测序文库制备和基因分型方法。该技术的问世，标志着分子辅助育种与基因分型迈入了低成本、大数据、智能化的全新阶段。技术成果发表于 Cell Press 合作期刊 The Innovation，已获国际发明专利授权（专利号：No.2020/06979），并获得全国颠覆性技术大赛领域赛优秀奖、第一届“崖州湾杯”科技创新大赛一等奖等多项荣誉。 +截至目前，Hyper-seq 技术已为超过 40 家研究机构和高校提供技术服务，覆盖超过 50 个物种、50,000 份材料，成功应用于玉米、马铃薯、节节麦、木薯、水稻、小麦等主要作物，形成了成熟可靠的技术服务体系。 +## 核心优势页 +Hyper-seq 四大核心优势 +① 极低成本 +打破测序成本壁垒，让大规模群体研究不再受限。 +对于 1G 基因组样本，建库测序成本可低至 每个样本不到 10 美元 +单个样本分析成本 50–150 元人民币（根据基因组大小调整测序覆盖度） +较世界同类简化测序技术（GBS、RAD 等）和分子育种芯片技术成本 降低 50% 以上 +② 极简高效 +一步 PCR，化繁为简，突破传统建库瓶颈。 +仅需一步 PCR，即可同时完成简化基因组、添加接头序列及扩增基因组序列 +整个建库时间 缩短至 3–5 小时，远低于常规方法的 20 小时以上 +无需酶切、无需连接接头等繁琐步骤，DNA 样品质量要求低，甚至可直接使用新鲜叶片建库 +③ 灵活调控 +一“芯”多用，按需定制，精准满足多样化科研需求。 +通过使用不同 Hyper-seq 引物，可 灵活调节标记密度，适应从小基因组到大基因组的各类物种 +内置三种核心模式：常规模式、极简模式和高密度模式，覆盖从育种筛选到性状定位的全场景 +• +④ 高通量 +大规模并行处理，海量基因型数据快速产出。 +采用 大规模 Barcode 混合测序策略，单次可完成 96 孔或 384 孔样本混合建库测序 +1000 份水稻样品测序仅需 一天 完成 +完美匹配自动化流程，支持无人值守全自动化生产 +## 技术原理页 +Hyper-seq 技术原理 +三步合一，一步完成——重新定义测序文库构建 +Hyper-seq 技术最核心的创新在于：将基因组简化、Barcode 添加和简化基因组序列扩增融合为单次 PCR 反应，彻底颠覆了传统测序建库“分步进行、环环相扣”的复杂模式。 +引物设计的精妙智慧 +Hyper-seq 文库引物由四部分构成： +固定碱基（CCGG/AATT） ：精准锚定目标基因组扩增区域 +摆动碱基（H/V） ：灵活调节基因组的简化程度 +随机碱基（N） ：提升引物兼容性，适配多样本类型 +Barcode 序列：赋予每份样本独立身份标识，支持后续高效拆分 +引物靶向 GC 富集区域，优先扩增外显子阅读框区段，在保证标记覆盖均一性的同时具有一定的基因区域富集效应，令测序数据更具生物学意义。 +非酶切建库——降低门槛，释放潜能 +Hyper-seq 无需限制性内切酶酶切和条形码连接步骤，成功解决了基因组 DNA 片段 非酶切直接测序 的问题，大幅降低了对 DNA 样品质量的要求，样品兼容性极强。 +## 技术路线页 +全流程解决方案 +样本接收 → 建库测序 → 数据分析 → 应用落地 +第一步：DNA 提取 +新鲜叶片或任意 DNA 样品快速提取，对 DNA 质量要求极低 +第二步：一步 PCR 建库 +单次 PCR 反应，3–5 小时同时完成简化基因组、Barcode 添加和序列扩增 +第三步：混合测序 +等量混合纯化 250–500bp PCR 产物，96 或 384 个样本混合测序，有效避免数据量较大差异问题 +第四步：数据拆分与 SNP 检测 +通过 Barcode 识别拆分混合样本，高效检测全基因组 SNP 标记，实现基因型精准鉴定 +第五步：应用分析与决策支持 +依据项目需求开展遗传图谱构建、GWAS 关联分析、指纹图谱绘制或选择育种指导 +## 应用场景页 +Hyper-seq 十大核心应用领域 +Hyper-seq 技术适用于各类物种（包括复杂大基因组）的重测序或简化测序，已广泛应用于作物遗传改良与育种研究的各个环节。 +① 作物遗传背景筛选与回交育种 +Hyper-seq 可快速、低成本地筛选回交育种中的遗传背景，精准鉴定目标材料，大幅提升育种效率。新一代 Hyper-seq 配合 SeqFD 技术，专用于作物回交育种的遗传背景筛选、基因分型和标记辅助选择检测。 +② 核心种质资源评估与构建 +从庞大的种质资源库中快速筛选核心子集，以最少的样本量最大程度地保留整个群体的遗传多样性，为遗传资源高效利用和育种研究奠定基础。 +③ DNA 指纹图谱与品种鉴定 +基于 Hyper-seq 技术构建的 DNA 指纹图谱，准确性高、位点适应性强、成本低，可大规模进行品种资源多样性评估和纯度鉴定。该技术已获国家发明专利（专利号：ZL202010102817.5）。 +④ 全基因组关联分析（GWAS） +在玉米、马铃薯、节节麦、木薯、水稻、小麦等多种作物中，Hyper-seq 检测到的分子标记数量远超传统育种芯片，标记覆盖均一性更优，为关键性状基因定位提供坚实基础。已成功应用于马铃薯块茎肉色关联基因研究和美人蕉叶片性状 GWAS 分析。 +⑤ 遗传图谱构建与 QTL 定位 +凭借灵活可调的标记密度，Hyper-seq 可按需构建不同密度的遗传图谱，精确锁定目标 QTL 位点。 +⑥ 分子标记辅助选择育种 +海量 SNP/InDel 标记为分子标记辅助育种注入源源不断的“大数据基因燃料”。 +⑦ 基因组选择育种 +通过构建全基因组选择模型，利用数万个分子标记预测育种材料的表现，实现超越传统育种的精准智能化育种。夏志强团队已联合构建育种材料模型，完成超过一万份热带物种资源的基因型解析，逐渐形成一套完整的全基因组选择育种体系。 +⑧ 生物安全防控与分子检测 +新一代 Hyper-seq、SeqFD 技术可用于生物安全防控的快速分子检测，为检验检疫提供高效技术手段。 +⑨ 目标关键基因与新候选基因定位 +结合 GWAS 结果，快速锁定目标性状相关的关键基因或新候选基因位点。 +⑩ 物种鉴定与分类 +通过基因组水平的分子标记比对，实现不同物种、亚种或品系的精准鉴定。 +## 产品形态页 +Hyper-seq 三种核心模式 +根据科研与育种实践的需求深度，Hyper-seq 提供三款精准适配的测序模式，让每一份投入都物尽其用。 +模式 标记覆盖度 适用场景 特点 +Hyper-seq-G 约 10% 基因组 大部分物种常规育种研究 最常规模式，平衡覆盖度与成本，适用于绝大多数育种应用 +Hyper-seq-FD 0.0024%–4.2% 基因组 复杂大基因组育种 极简模式，专为小麦、马铃薯、玉米等大基因组物种开发，显著降低测序成本，让育种家负担得起 +Hyper-seq-INC 约 60% 基因组（8 对引物） 高精度性状定位 高密度模式，标记密度高，覆盖均匀，精准定位目标性状位点 +配套产品与服务 +① Hyper-seq 建库试剂盒 +标准化的试剂盒产品，开放供应，支持科研单位自主建库测序。 +② 全自动高通量测序文库制备系统 +基于 Hyper-seq 技术打造的全自动化平台，整合 4 个高精度移液模块，集成 4 台 PCR 模块、酶标仪、抓手模块、堆栈模块等，实现从样本核酸提取到建库的一步到位无人值守全自动化运行，大幅提升精准度，减少人工成本与误差。 +③ 全国独家技术服务——三亚海古纪 +三亚海古纪生物科技有限公司已获得 Hyper-seq 技术全国独家成果转化实施许可，提供从实验设计、建库测序到数据分析的全链条一站式服务。 +④ Hyper-seq 专属生物信息分析流程 +已开发配套的 Hyper-seq 专用分析软件流程，支持海量基因型数据的自动拆分、比对、SNP 检测和下游分析，搭建规模化基因型分析平台。 +## 典型成果页 +Hyper-seq 项目案例与成果 +- 宏大的项目验证 +Hyper-seq 技术首发时，研究团队对 6 个物种的 2,094 份样品 进行了建库测序及数据分析，数据证明其标记检测能力与育种芯片价值相当。 +- 合作网络辐射全国 +Hyper-seq 技术已成功应用于 超过 30 家研究机构和高校，实际应用覆盖 超过 50 个物种和 50,000 份材料，全面验证了技术的可靠性、稳健性与普适性。 +- 代表性科研文章 +1. 马铃薯同源四倍体基因组研究（Plant Biotechnology Journal, 2022, IF=13.8）：利用 Hyper-seq 对 150 份四倍体马铃薯进行 GWAS 分析，成功揭示与块茎肉色显著相关的关键基因。 +2. 美人蕉科植物基因组研究（Frontiers in Plant Science, 2022, IF=6.627）：利用 Hyper-seq 对 241 份美人蕉材料进行分析，检测到 1,565 万个 SNP 和 InDel 标记，完成群体遗传结构与叶片性状 GWAS 分析。 +3. 槟榔果实形状 GWAS 研究（International Journal of Molecular Sciences, 2023, IF=5.599）：利用 Hyper-seq 对槟榔群体进行全基因组关联分析，定位调控果实形状的关键候选基因。 +- 荣誉与认证 +国际发明专利授权（专利号：No.2020/06979） +DNA 指纹图谱构建方法国家发明专利（ZL202010102817.5）-13 +全国颠覆性技术大赛领域赛优秀奖-16 +第一届“崖州湾杯”科技创新大赛一等奖-16 +## 自动化与未来页 +全自动化——Hyper-seq 的未来形态 +无人实验室系统：让育种进入“自动驾驶”时代 +夏志强团队已成功创建 高效、快速的基因分型无人实验室系统。基于 Hyper-seq 技术打造的全自动高通量测序文库制备系统，整合了高精度移液模块、超高速均匀热循环模块、自动化反应体系构建模块与无人值守智能控制系统等关键技术，真正实现了从样本核酸提取到建库的全流程自动化。这不仅大幅提升了样本处理精度，更显著降低了人工成本与误差。 +智能化育种：数据驱动的大数据育种体系 +与传统分子育种相比，使用 Hyper-seq 技术获取作物全基因组数据后，结合大数据技术和人工智能算法，可将成千上万的分子标记和性状建立计算机模型，实现高效、精确的智能化大数据育种。夏志强团队正在积极打造一套从育种材料接收，到 Hyper-seq 建库测序，再到数据分析反馈的全产业链闭环，为种子研究装上“智力引擎”。 +Hyper-seq 2.0 持续迭代 +夏志强团队原创研发两代超低成本基因型分型技术，新一代 Hyper-seq 和 SeqFD 技术已在基因功能挖掘及生物安全防控中发挥重要作用。未来，随着测序成本进一步降低，以及简捷、快速基因分型平台的持续开发，Hyper-seq 技术将使更多的全球非模式作物育种者受益，为全球种业发展贡献中国智慧。 +## 合作联系方式页 +联系我们，开启基因组大数据育种新篇章 +Hyper-seq 技术——极低成本、高效、灵活、高通量的 DNA 测序文库制备与基因分型解决方案，来自海南大学夏志强团队。 +- 全国独家技术服务合作 +1. 三亚海古纪生物科技有限公司（全国独家成果转化实施许可） +2. 核心技术发明团队 +海南大学三亚南繁研究院“基因组与大数据育种”团队 +夏志强 研究员/副院长 及团队 + +## 封底页 +让育种进入大数据时代 Hyper-seq：超低成本助力种业腾飞 \ No newline at end of file diff --git a/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq测序技术全流程服务.md b/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq测序技术全流程服务.md index 80da9ba..6d9c33d 100644 --- a/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq测序技术全流程服务.md +++ b/公司资料/服务/Hyper-seq测序/Hyper-seq测序技术全流程服务.md @@ -1,17 +1,17 @@ -# Hyper-seq测序技术全流程服务 -![alt text](Hyper-seq测序全流程.jpg) -极低成本（60-80元/样本）、极简高效、灵活调控、高通量 -## 全流程解决方案 -样本接收 → 建库测序 → 数据分析 → 应用落地 -第一步：DNA 提取 -第二步：一步 PCR 建库 -第三步：混合测序 -第四步：数据拆分与 SNP 检测 -通过 Barcode 识别拆分混合样本，高效检测全基因组 SNP 标记，实现基因型精准鉴定 -第五步：应用分析与决策支持 -依据项目需求开展遗传图谱构建、GWAS 关联分析、指纹图谱绘制或选择育种指导 -![alt text](../../产品/物种鉴定平台/华大.svg) -三亚海古纪与华大共同研发的基于SeqFD技术的物种鉴定平台 -![alt text](../../产品/物种鉴定平台/物种鉴定平台.png) -收集3个海关名录，数据量约18GB (包括fasta基因组序列数据，覆盖466物种，如松材线虫 、水稻、小麦、甘蔗、大豆、清道夫、水葫芦等） +# Hyper-seq测序技术全流程服务 +![alt text](Hyper-seq测序全流程.jpg) +极低成本（60-80元/样本）、极简高效、灵活调控、高通量 +## 全流程解决方案 +样本接收 → 建库测序 → 数据分析 → 应用落地 +第一步：DNA 提取 +第二步：一步 PCR 建库 +第三步：混合测序 +第四步：数据拆分与 SNP 检测 +通过 Barcode 识别拆分混合样本，高效检测全基因组 SNP 标记，实现基因型精准鉴定 +第五步：应用分析与决策支持 +依据项目需求开展遗传图谱构建、GWAS 关联分析、指纹图谱绘制或选择育种指导 +![alt text](../../产品/物种鉴定平台/华大.svg) +三亚海古纪与华大共同研发的基于SeqFD技术的物种鉴定平台 +![alt text](../../产品/物种鉴定平台/物种鉴定平台.png) +收集3个海关名录，数据量约18GB (包括fasta基因组序列数据，覆盖466物种，如松材线虫 、水稻、小麦、甘蔗、大豆、清道夫、水葫芦等） ![alt text](../../产品/物种鉴定平台/操作流程.png) \ No newline at end of file diff --git a/公司资料/服务/Hyper-seq测序/夏老师相关论文.md b/公司资料/服务/Hyper-seq测序/夏老师相关论文.md index b8ab1bd..29dbd43 100644 --- a/公司资料/服务/Hyper-seq测序/夏老师相关论文.md +++ b/公司资料/服务/Hyper-seq测序/夏老师相关论文.md @@ -1,49 +1,49 @@ -**1. Hyper-seq 技术原理论文** -- **论文**：*Hyper-seq: novel effective, flexible and great potential marker-assisted selection and genotyping approach* (2022) -- **期刊**：**The Innovation** (IF: 32.1，一区) -- **角色**：通讯作者 -- **亮点**：这是Hyper-seq技术的**核心方法学论文**，定义了该技术的原理与应用潜力。 -- **微信公众号推文**：https://mp.weixin.qq.com/s/wQnx3U8xaKNPT51Sb0MCbw -- **原文链接**：https://www.cell.com/the-innovation/fulltext/S2666-6758(22)00050-9 -**2. Hyper-seq 技术重点应用论文** -以下论文明确将Hyper-seq作为关键技术手段，用于解决重大基因组学问题。 - -- **木薯泛基因组**：*Pan-genome and Haplotype Map of Cultivars and Their Wild Ancestors Provides Insights into Adaptive Evolution of Cassava* (2025) - - **Molecular Plant** (IF: 24，一区)，夏老师为**第一作者**。 - - 利用Hyper-seq等技术构建了木薯的泛基因组和单倍型图谱。 - - 原文链接：https://europepmc.org/article/ppr/ppr685388 - - 微信公众号推文：https://mp.weixin.qq.com/s/FdhgQAt_u-WBudSac-AU3A - -- **马铃薯基因组**：*The autotetraploid potato genome provides insights into highly heterozygous species* (2022) - - **Plant Biotechnology Journal** (IF: 13.263，一区)，夏老师为**共同第一作者兼通讯作者**。 - - 应用Hyper-seq技术解析高杂合同源四倍体马铃薯的基因组。 - - 原文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/pbi.13883 - - 微信公众号推文：https://mp.weixin.qq.com/s/H_yj3oQ6Gyjty3MhxoGu0Q - -- **象草基因组**：*Chromosome-Scale Genome Assembly Provides Insights into Speciation of Allotetraploid and Massive Biomass Accumulation of Elephant Grass* (2022) - - **Molecular Ecology Resources** (IF: 8.678，一区)，夏老师为**共同第一作者**。 - - 运用Hyper-seq技术构建象草染色体水平基因组，研究异源四倍体物种形成。 - - 原文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13612 - - 微信公众号推文：https://mp.weixin.qq.com/s/vVWOKw-Gq4Asi7a1GrdvIg - -- **茶树GWAS**：*Genome-wide Association Analysis Identifies Molecular Markers Associated with Tea Flavor-related Metabolites* (2021) - - **Horticulture Research** (IF: 7.291，一区)，夏老师为**第一作者**。 - - 基于Hyper-seq技术进行基因分型，开展全基因组关联分析，定位茶叶风味相关代谢物。 - - 原文链接：https://academic.oup.com/hr/article/doi/10.1038/s41438-021-00477-3/6446588?guestAccessKey= - -**3. 其他相关基因组学研究** -这些论文虽未在标题或推文中明确提及Hyper-seq，但属于夏老师团队同期的重要基因组学工作，可能使用了相关技术。 - -- **甘草比较基因组**：*Comparative genomics of three medicinal Glycyrrhiza species unveiled novel candidates for the production of important bioactive compounds* (2025) - - **The Plant Journal** (IF: 7.2，一区)，夏老师为**通讯作者**。 - - 原文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/tpj.70223 - -- **白兰单倍型基因组**：*A high-quality haplotype genome of Michelia alba DC reveals differences in methylation patterns and flower characteristics* (2024) - - **Molecular Horticulture** (IF: 10.6，一区)，夏老师为**通讯作者**。 - - 原文链接：https://link.springer.com/article/10.1186/s43897-024-00098-z - -- **百香果基因组**：*Chromosome-Scale Genome Assembly Provides Insights into the Evolution and Flavor Synthesis of Passion Fruit* (2021) - - **Horticulture Research** (IF: 7.291，一区)，夏老师为**第一作者**。 - - 原文链接：https://www.maxapress.com/article/doi/10.48130/tp-0024-0021?viewType=HTML - +**1. Hyper-seq 技术原理论文** +- **论文**：*Hyper-seq: novel effective, flexible and great potential marker-assisted selection and genotyping approach* (2022) +- **期刊**：**The Innovation** (IF: 32.1，一区) +- **角色**：通讯作者 +- **亮点**：这是Hyper-seq技术的**核心方法学论文**，定义了该技术的原理与应用潜力。 +- **微信公众号推文**：https://mp.weixin.qq.com/s/wQnx3U8xaKNPT51Sb0MCbw +- **原文链接**：https://www.cell.com/the-innovation/fulltext/S2666-6758(22)00050-9 +**2. Hyper-seq 技术重点应用论文** +以下论文明确将Hyper-seq作为关键技术手段，用于解决重大基因组学问题。 + +- **木薯泛基因组**：*Pan-genome and Haplotype Map of Cultivars and Their Wild Ancestors Provides Insights into Adaptive Evolution of Cassava* (2025) + - **Molecular Plant** (IF: 24，一区)，夏老师为**第一作者**。 + - 利用Hyper-seq等技术构建了木薯的泛基因组和单倍型图谱。 + - 原文链接：https://europepmc.org/article/ppr/ppr685388 + - 微信公众号推文：https://mp.weixin.qq.com/s/FdhgQAt_u-WBudSac-AU3A + +- **马铃薯基因组**：*The autotetraploid potato genome provides insights into highly heterozygous species* (2022) + - **Plant Biotechnology Journal** (IF: 13.263，一区)，夏老师为**共同第一作者兼通讯作者**。 + - 应用Hyper-seq技术解析高杂合同源四倍体马铃薯的基因组。 + - 原文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/pbi.13883 + - 微信公众号推文：https://mp.weixin.qq.com/s/H_yj3oQ6Gyjty3MhxoGu0Q + +- **象草基因组**：*Chromosome-Scale Genome Assembly Provides Insights into Speciation of Allotetraploid and Massive Biomass Accumulation of Elephant Grass* (2022) + - **Molecular Ecology Resources** (IF: 8.678，一区)，夏老师为**共同第一作者**。 + - 运用Hyper-seq技术构建象草染色体水平基因组，研究异源四倍体物种形成。 + - 原文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.13612 + - 微信公众号推文：https://mp.weixin.qq.com/s/vVWOKw-Gq4Asi7a1GrdvIg + +- **茶树GWAS**：*Genome-wide Association Analysis Identifies Molecular Markers Associated with Tea Flavor-related Metabolites* (2021) + - **Horticulture Research** (IF: 7.291，一区)，夏老师为**第一作者**。 + - 基于Hyper-seq技术进行基因分型，开展全基因组关联分析，定位茶叶风味相关代谢物。 + - 原文链接：https://academic.oup.com/hr/article/doi/10.1038/s41438-021-00477-3/6446588?guestAccessKey= + +**3. 其他相关基因组学研究** +这些论文虽未在标题或推文中明确提及Hyper-seq，但属于夏老师团队同期的重要基因组学工作，可能使用了相关技术。 + +- **甘草比较基因组**：*Comparative genomics of three medicinal Glycyrrhiza species unveiled novel candidates for the production of important bioactive compounds* (2025) + - **The Plant Journal** (IF: 7.2，一区)，夏老师为**通讯作者**。 + - 原文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/tpj.70223 + +- **白兰单倍型基因组**：*A high-quality haplotype genome of Michelia alba DC reveals differences in methylation patterns and flower characteristics* (2024) + - **Molecular Horticulture** (IF: 10.6，一区)，夏老师为**通讯作者**。 + - 原文链接：https://link.springer.com/article/10.1186/s43897-024-00098-z + +- **百香果基因组**：*Chromosome-Scale Genome Assembly Provides Insights into the Evolution and Flavor Synthesis of Passion Fruit* (2021) + - **Horticulture Research** (IF: 7.291，一区)，夏老师为**第一作者**。 + - 原文链接：https://www.maxapress.com/article/doi/10.48130/tp-0024-0021?viewType=HTML + 简单概括，**第1篇是技术奠基之作，第2、5、6、8篇是Hyper-seq应用的直接证明**。所有论文均发表在一区高影响力期刊，体现了研究的系统性。 \ No newline at end of file diff --git a/公司资料/服务/样本寄送建议.md b/公司资料/服务/样本寄送建议.md index 741b5f9..e613646 100644 --- a/公司资料/服务/样本寄送建议.md +++ b/公司资料/服务/样本寄送建议.md @@ -1,168 +1,168 @@ -声明： -实验室科服业务不接收人间传染的病原微生物目录.pdf中实验活动需在BSL-2及以上实验等级的样本。名录中实验活动需BSL-1实验等级的样本，在送样前需提供样本无感染性或经灭活的声明无潜在感染风险的声明 （中英文）.doc。对于高毒性动植物等样品，必须事先通过销售、客服或运营经理与技术人员联系，确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。 -提取风险提示和注意事项：核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系，尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响，因此较难保证单次提取满足质量要求，客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸，请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本，建议自行提取。取样过程中，需要全程佩戴手套，并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒，以免样本污染 -1. 植物样本 -1.1 植物组织样本说明 -(1)植物主要包括禾本科植物、十字花科植物、常见作物、林木、常见蔬菜和花卉、中药、蕨类或苔藓。 -(2)样本的取材优先选择核酸含量相对较高的组织。幼嫩的组织最佳，如幼叶，幼芽。可送组培苗但不推荐冷冻保存的组织。建议优先采集新鲜组织样品送样，尽量避免送保存过久的组织样本和反复冻融的组织样本。 -1.2 样本制备运输注意事项 -(1)建议在采集样本之前，将样本置于黑暗环境24 ~ 48 h后再取材。如果需要立即取材，请尽快采集好样本后，迅速置于低温保存或运输，减少植物中化合物的氧化对核酸的影响。 -(2)对于有特殊组织部位要求的样品，客户在送样之前需做好样品分离处理，尽量避免寄送活体植物。 -(3)建议采用带有螺口的冻存管送样，管壁上标明样品名称；自封袋可以留剪刀口后折叠封存；一般不建议离心管送样，不得已用离心管时，离心管口需用封口膜封死。 -(4)组织样品大小在满足提取总量所需基本要求外，尽量使样品易于取出，具体体现为锡纸折叠整齐有条理，不要团成团；自封袋分类合理有效，不要多余分装；冻存管中样品不宜塞满，如果为多次提取提供样品，建议分装。 -1.3 样本制备方法 -1.3.1 新鲜组织样： -(1)组织取样前准备好足够的冰袋，写好样品名称编号的合适大小的自封袋和锡纸。 -(2)取样时尽量保留叶柄，使用无菌水或75%乙醇擦拭或冲洗干净，用潮湿的吸水性较好的纸或纱布包裹，不要让材料干枯，但不能太湿，以免泡坏样品。材料珍贵的样品，请一片片叶片分开包裹，不要重叠，以防叶片烂毁浪费。 -(3)新鲜材料的运输，从-20℃取出的冰袋不要直接接触样品，以免造成保湿用纸结冰，导致样品局部冻伤。 -1.3.2 冻存组织样： -(1)组织取样前准备好足够的液氮，写好样品名称编号的合适大小的自封袋、锡纸或者冻存管。 -(2)迅速取下合适大小的新鲜的植物组织部位，使用无菌水或75%乙醇擦拭或冲洗干净，再用吸水纸吸干样品表面后,迅速浸没于液氮中。 -(3)将组织样品从液氮取出放入准备好的自封袋、锡纸或者是预冷的冻存管中。再次将样品进行液氮冷冻后放入足量干冰箱寄送或置于-80°C保存。 -1.4 植物组织送样量建议 -由于不建议客户取样后常温称重,所以重量可参照该对照关系：0.5 g对应植物为9cm2叶片，略大于一元硬币大小。 -具体送样量建议 WGS 文库至少 0.2 g，GBS文库至少 0.5 g，RAD文库 至少1 g，总体建议送样 2 g 以上。 -2. 动物样本 -2.1 动物样本说明 -(1)动物主要包括脊椎动物、节肢动物和水产类，涵盖常规的哺乳动物、鸟类、爬行动物以及两栖动物，昆虫和虾蟹类动物等。 -(2)送样需要选择新鲜采集的样本，建议优先采集核酸含量相对较高的组织，尽量避免送保存过久的组织样本和反复冻融的组织样本，特别是动物肝脏，脾脏，肾脏，心脏，脂肪，脑，肿瘤等有较高DNA酶活性的组织。 -2.2 样本制备运输注意事项 -(1)对于有特殊组织部位要求的样品，客户在送样之前需做好样品分离、解剖等处理，严禁寄送活体动物。 -(2)样品分割和处理时应在冰上进行，防止样品降解。 -(3)组织样品大小在满足提取总量所需基本要求外，尽量使样品易于取出，具体体现为锡纸折叠整齐有条理，不要团成团；自封袋分类合理有效，不要多余分装；冻存管中样品不宜塞满，达到容量的80%即可。如果为多次提取提供样品，建议根据提取次数分装。 -2.3 样本制备方法 -(1)组织取样前准备好足够的液氮、冰袋等，写好样品名称编号的合适大小的自封袋、锡纸或者冻存管，管盖须钻孔（防止管内液氮体积膨胀爆炸），并在冻存管内加满液氮。 -(2)迅速取下适量的新鲜的动物组织，用预冷的生理盐水进行漂洗，以去除血渍和污物，并剔除结缔组织和毛发等非研究组织，将样品分割成50 mg左右的小块（约黄豆大小），立即浸入装有液氮的冻存管中彻底冷冻，再将样品放入足量干冰箱寄送或置于-80℃保存。 -(3)无法使用冻存管采集保存的样品，离体后仍需将样品立即浸入液氮彻底冷冻，再选用合适的容器包装，包装后需再浸入液氮中彻底冷冻一次，最后将样品放入足量干冰箱寄送或置于-80°C保存。 -2.4 特殊样本注意事项 -2.4.1 昆虫样本 -昆虫污染较为严重，需额外进行以下处理： -(1)饥饿处理：根据物种饥饿耐受情况，饥饿6 ~ 48 h。 -(2)喂食抗生素：昆虫尽量使用广谱抗生素或者近缘物种报道过的无菌品系构建所使用的抗生素种类、浓度，处理天数2 ~ 5 d，可视物种情况而定。 -(3)去除肠道或整个腹部，保留胸部、头部提取。 -(4)表面消毒：75%乙醇浸泡1 ~ 2 min，无菌水漂洗1 ~ 2次，滤纸吸干后速冻。 -2.4.2 甲壳动物、软体动物和刺胞动物样本 -(1)甲壳动物（虾类和蟹类等）&软体动物（海绵和海参等）&刺胞动物（珊瑚等）送样前需额外使用75%的乙醇进行漂洗。 -(2)针对刺胞动物，可去除头部和肠道等部位，保留肌肉外壁用于提取。 -2.5 动物样本送样量 -动物组织 WGS 文库样品量应大于 0.1g；RAD-seq文库送样量大于0.5 g；GBS-seq文库送样量大于0.5 g。 -3 血液样本 -3.1 血液样本说明 -新鲜血样或是冻存血样均需要使用EDTA抗凝管进行采集并与抗凝剂充分混合，血液样本不建议保存时间过长，新鲜血液不超过24 h，冻存血液不超过1年。 -3.2 血液样本要求 -样本类型 WGS RAD-seq GBS-seq -动物血液（哺乳类） ≥ 1 mL ≥ 1 mL ≥ 1 mL -动物血液（红细胞有核类） ≥ 0.5 mL ≥ 0.5 mL ≥ 0.5 mL - -(1)要求为全血样本，并加入抗凝剂，推荐使用EDTA抗凝的采血管收集样品（由于会影响实验，不能使用肝素抗凝），冷冻后，干冰运输。 -(2)血液样本一定要避免反复冻融，如果血液放置时间过长，或经历过反复冻融，请务必提前沟通，以尽量保证血液样本核酸提取质量。因放置过久或经历过反复冻融的样本经常会发生细胞核破裂，核酸游离于血浆中。加入抗凝剂后的新鲜血液一般可以在4℃放置12 ~ 24 h，但经过速冻后的样本一定要低温保存。 -(3)血液样品应使用塑料材质的采血管送样，不宜装满、达到80%容量即可。应避免使用玻璃材质采血管送样或装液太满，以至冻裂。 -(4)干冰寄送：寄送样本时需要足够的干冰，以保证全程低温运输。 -3.3 样本保存要求 -3.3.1 动物新鲜血液样本 -当新鲜血液采集后运输并可在5 d内运达时，请参照如下指导： -(1)用EDTA管采集血液。采集后的血液可放置到采血管混匀仪室温混匀15 min，或手动轻柔缓慢颠倒混匀15次，确保无凝血现象。 -(2)采血用封口膜封口后保存在4℃，使用4℃冰袋运输（请勿使用-20 ℃冰袋）。 -3.3.2 鱼血（或水生动物血液）样本 -新鲜采取的血液，要加抗凝剂，抗凝剂可以根据客户自己平常的研究来确定。采样后，请妥善-80℃保存好，运输到实验室前不能有过冻融。取好的样品一周内送到实验室，超过一周请重新准备样本。 -3.3.3 冷冻血液采集及预处理指南 -推荐将采集后充分抗凝的血液进行分装，以便进行后续储存和运输。分装650 µL ~ 1 mL全血（针对不含有带核红细胞的血液）。一次提取仅需要一管分装血液，推荐额外送样一管作为备份。将血液抽取到EDTA管中，采集后的血液，可放置到采血管混匀仪室温混匀15 min。或手动缓慢混匀15次，保证与抗凝剂的充分混匀，确保无凝血现象。 -将血液进行分装，每个冻存管分装650 µL ~ 1 mL血液。将每份血液迅速放到-80℃冰箱冷冻。如条件不具备的话，最晚在采血后4 d内完成冷冻。 -注：如果血液已经冷冻，切勿为了分装而解冻。可将整管血液送样，如有需要可安排返样。冷冻全血样本需要保证从冷冻之日起，恒定保存在-80℃，没有经历过样本化冻。 -3.4 样本运输要求 -3.4.1 新鲜血液打包运输指南： -(1)将采血管放入密封袋中，塑料袋内放置吸水纸（吸附意外的泄露）。切勿用纸巾包裹采血管。 -(2)使用泡泡纸松松地包裹密封袋。不要用胶带直接包裹或钉密封袋。 -(3)将打包好的采血管放入体积足够的聚苯乙烯泡沫箱中，放入足够的冰袋（4℃），保证运输过程低温。如有需要，加入缓冲材料。使用最快速的运输服务进行运输。 -注：新鲜血液必须在采血5 d内运达。如果不能够在5 d内运达，则需冷冻新鲜血液（参考如下冷冻血液运输指南），EDTA抗凝，5 ~ 10 mL。 -3.4.2 冷冻血液打包运输指南 -(1)分装后的冷冻管口需用封口膜包裹，将所有样品管放到密封袋中。 -(2)用泡泡纸松松地包裹密封袋，不要用胶带直接包裹或钉密封袋。 -(3)使用可放下合适体积的干冰和样品的聚苯乙烯泡沫箱，确保运输过程干冰量足够。使用最快速的运输服务进行运输。 -4. 细胞样本 -4.1 细胞样本要求 -a. 细胞送样量>5*106 ，优先选择生长对数期细胞，若细胞贴壁培养，需要去除培养基，使用胰酶消化； -b. PBS悬浮消化后的细胞，转入冻存管，离心去除上清； -c. 立刻液氮速冻15min，-80保存，干冰保存运输； -d. 不建议寄送冻存未复苏的细胞 -5 DNA样本 -5.1 核酸样本说明 -5.1.1 核酸样本检测方法 -客户在核酸样本寄送前，需提供样本基本质控结果，常见样本质控包括Qubit®、NanoDropTM、AGE（琼脂糖凝胶电泳）或者Agilent 2100中一种或多种形式的样品分析结果。 -5.1.2 核酸样本检测项目及说明 -v：体积（Volume），样品（溶液）体积。 -m：总量（Total Mass），DNA/RNA总量。 -c：浓度（Concentration），DNA/RNA浓度。 -OD260/280：OD260/280比值，DNA检测中260与280吸光度值比，反映DNA纯度。 -OD260/230：OD260/230比值，DNA检测中260与230吸光度值比，反映DNA纯度。 -5.1.3 样品分类 -Pass：合格，质量满足二代建库要求。 -Fail：样品质量不满足建库测序要求，不建议使用。 -5.1.4 风险与建议 -总量不足或浓度过低存在以下风险：1、文库构建可能失败；2、文库产量低不能上机测序或测序数据不足；3、影响文库随机性、数据覆盖度偏低。因此对于核酸总量不足、过低或降解的样本，若仍需要建库，则请自行承担责任与风险。 -降解样品：影响文库随机性，可造成duplication偏高等。 -5.2 核酸送样浓度建议： -(1)WGS 文库送样总量应至少大于 400ng，浓度大于 24ng/μL -(2)GBS文库送样总量大于300ng，浓度大于10ng/μL -因部分客户核酸含有杂质、颜色等物质导致会产生大量损失，为保证您的样本一次检测合格并节约宝贵的重送样时间，送样建议量是高于公司判定标准的，请您在核酸量足够的前提下尽量按照送样建议来送样，感谢您的大力支持与配合。 -5.3 核酸质量建议： -提取的DNA需要无核酶和RNA的污染，DNA浓度测量建议用Qubit测定，最低浓度不低于40 ng/µL；DNA的主带需要大于40 Kb，越大越好；DNA纯度经过Nanodrop检测，A260/280需在1.8 ~ 2.0之间，A260/230在1.9 ~ 2.4之间，NC:QC（样品 NanoDrop 所测浓度与 Qubit 所测浓度比值）在0.95 ~ 3.0之间。 -5.4 样品运输： -DNA可溶解在TE buffer或ddH2O中，样品送样前需保持在4℃，碎冰邮寄，或根据具体情况用干冰邮寄，切忌反复冻融； -5.5 样本检测： -对于收到的DNA样品，我公司将用1 µL的DNA去检测浓度（Nanodrop和Qubit分别检测），用200 ng的DNA去上样，用脉冲电泳检测条带大小，如样品不符合建库要求会尽快将结果反馈给客户。 -注：含乙醇的DNA样本需提前告知。 -5.6 DNA样本文库构建风险： -(1)总量不足可能导致： - a. 文库构建失败； - b. 文库产量低不能上机测序或测序数据量不足； - c. 影响文库随机性； - d. 导致数据产量和覆盖度偏低； -(2)样品降解（尤其基因组样品）：影响覆盖均一性和随机性；可造成duplication偏高等。 -(3)含有杂质样本：可能造成文库构建失败，建议纯化后送样。 -6. PCR产物 -6.1 组织样本 -样本类型 PCR-free文库 -350bp (基因组) PCR-free文库 -非350bp （基因组） -植物组织 >3g >3g -动物组织 >1.5g >1.5g -细胞 >8*108个 >>8*108个 -动物血液(哺乳类) >5mL >5mL -动物血液(红细胞有核类) >3mL >3mL -唾液 >10mL >10mL -菌液(对数生长期) >5mL >5mL -土壤 3mL 3mL -粪便、肠道内容物、食糜 >2mL >2mL -瘤胃液 >2mL >2mL -水体(滤膜) 直径4cm滤膜3张 直径4cm滤膜3张 -拭子 >10个 >10个 - -6.2 核酸样本 - -a.PCR产物要经过纯化（如胶回收纯化），确保条带单一，无降解，无引物二聚体 -b.送样时使用干冰或冰袋运送 -c.PCR产物构建pcr-free文库时，PCR产物不可以加illumina测序接头（P5、P7序列、搭桥序列） -文库类型 浓度 体积 总量 备注 -扩增子（pcr产物单建库） - 20μl≤V≤120μl >1500ng 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样 或者酌情增加送样量 -PCR-free文库 350bp >24ng/μL 20μl≤V≤120μl >2μg -PCR-free文库 -非350bp >24ng/μL 20μl≤V≤120μl >5μg - -1. 样本打包及寄送建议 -样本的打包 -核酸样本 -(1)核酸样品建议使用质量好的1.5 mL或2 mL低吸附EP管装载样品，并用封口膜封口。为了防止样品管破裂，或者污染和混乱，请不要使用诸如PCR管、0.5 mL EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备，还请在送样前自行转管处理。 -(2)为了防止样品运输途中由于干冰挤压而损坏，少于10管的样品建议将EP管放入50 mL离心管，并在50 mL离心管中用棉花或卫生纸固定；大量样品建议将EP管放置在冻存盒中，并在冻存盒外面包裹气泡垫。 -(3)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出，建议将样品管盖用封口膜缠绕4 ~ 5圈。 -组织样本 -(1)建议根据送样量使用不同规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品，并用封口膜封口。 -(2)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂，最好将样品管放到50 mL离心管或其他支撑物中，并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中，并在冻存盒外面包裹气泡垫。 -(3)使用锡箔纸、自封袋装载的样品，为防止运输中受挤压破损，建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中，在样品包装外再用气泡垫包好并固定。 -(4)对于血液样品，建议采用5 ~ 10 mL塑料抗凝采血管装载，为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏，需要将每支采血管管身用气泡垫包好，然后放置到塑料或纸质包装盒中。 -(5)为方便处理和保存，组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍（特殊的得率较低的样品除外）。 -样本的名称标识 -(1)所有的样品必须具有清晰的标记，并且简洁明了。 -(2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称，并将锡箔纸放在自封袋中，自封袋外面再标记上样品名称，防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。 -(3)使用乙醇沉淀的核酸样品，由于挥发出的乙醇会使Mark笔的标记模糊，建议用油性笔将样品名称写在标签纸上，然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上，并缠绕2 ~ 3圈。 +声明： +实验室科服业务不接收人间传染的病原微生物目录.pdf中实验活动需在BSL-2及以上实验等级的样本。名录中实验活动需BSL-1实验等级的样本，在送样前需提供样本无感染性或经灭活的声明无潜在感染风险的声明 （中英文）.doc。对于高毒性动植物等样品，必须事先通过销售、客服或运营经理与技术人员联系，确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。 +提取风险提示和注意事项：核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系，尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响，因此较难保证单次提取满足质量要求，客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸，请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本，建议自行提取。取样过程中，需要全程佩戴手套，并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒，以免样本污染 +1. 植物样本 +1.1 植物组织样本说明 +(1)植物主要包括禾本科植物、十字花科植物、常见作物、林木、常见蔬菜和花卉、中药、蕨类或苔藓。 +(2)样本的取材优先选择核酸含量相对较高的组织。幼嫩的组织最佳，如幼叶，幼芽。可送组培苗但不推荐冷冻保存的组织。建议优先采集新鲜组织样品送样，尽量避免送保存过久的组织样本和反复冻融的组织样本。 +1.2 样本制备运输注意事项 +(1)建议在采集样本之前，将样本置于黑暗环境24 ~ 48 h后再取材。如果需要立即取材，请尽快采集好样本后，迅速置于低温保存或运输，减少植物中化合物的氧化对核酸的影响。 +(2)对于有特殊组织部位要求的样品，客户在送样之前需做好样品分离处理，尽量避免寄送活体植物。 +(3)建议采用带有螺口的冻存管送样，管壁上标明样品名称；自封袋可以留剪刀口后折叠封存；一般不建议离心管送样，不得已用离心管时，离心管口需用封口膜封死。 +(4)组织样品大小在满足提取总量所需基本要求外，尽量使样品易于取出，具体体现为锡纸折叠整齐有条理，不要团成团；自封袋分类合理有效，不要多余分装；冻存管中样品不宜塞满，如果为多次提取提供样品，建议分装。 +1.3 样本制备方法 +1.3.1 新鲜组织样： +(1)组织取样前准备好足够的冰袋，写好样品名称编号的合适大小的自封袋和锡纸。 +(2)取样时尽量保留叶柄，使用无菌水或75%乙醇擦拭或冲洗干净，用潮湿的吸水性较好的纸或纱布包裹，不要让材料干枯，但不能太湿，以免泡坏样品。材料珍贵的样品，请一片片叶片分开包裹，不要重叠，以防叶片烂毁浪费。 +(3)新鲜材料的运输，从-20℃取出的冰袋不要直接接触样品，以免造成保湿用纸结冰，导致样品局部冻伤。 +1.3.2 冻存组织样： +(1)组织取样前准备好足够的液氮，写好样品名称编号的合适大小的自封袋、锡纸或者冻存管。 +(2)迅速取下合适大小的新鲜的植物组织部位，使用无菌水或75%乙醇擦拭或冲洗干净，再用吸水纸吸干样品表面后,迅速浸没于液氮中。 +(3)将组织样品从液氮取出放入准备好的自封袋、锡纸或者是预冷的冻存管中。再次将样品进行液氮冷冻后放入足量干冰箱寄送或置于-80°C保存。 +1.4 植物组织送样量建议 +由于不建议客户取样后常温称重,所以重量可参照该对照关系：0.5 g对应植物为9cm2叶片，略大于一元硬币大小。 +具体送样量建议 WGS 文库至少 0.2 g，GBS文库至少 0.5 g，RAD文库 至少1 g，总体建议送样 2 g 以上。 +2. 动物样本 +2.1 动物样本说明 +(1)动物主要包括脊椎动物、节肢动物和水产类，涵盖常规的哺乳动物、鸟类、爬行动物以及两栖动物，昆虫和虾蟹类动物等。 +(2)送样需要选择新鲜采集的样本，建议优先采集核酸含量相对较高的组织，尽量避免送保存过久的组织样本和反复冻融的组织样本，特别是动物肝脏，脾脏，肾脏，心脏，脂肪，脑，肿瘤等有较高DNA酶活性的组织。 +2.2 样本制备运输注意事项 +(1)对于有特殊组织部位要求的样品，客户在送样之前需做好样品分离、解剖等处理，严禁寄送活体动物。 +(2)样品分割和处理时应在冰上进行，防止样品降解。 +(3)组织样品大小在满足提取总量所需基本要求外，尽量使样品易于取出，具体体现为锡纸折叠整齐有条理，不要团成团；自封袋分类合理有效，不要多余分装；冻存管中样品不宜塞满，达到容量的80%即可。如果为多次提取提供样品，建议根据提取次数分装。 +2.3 样本制备方法 +(1)组织取样前准备好足够的液氮、冰袋等，写好样品名称编号的合适大小的自封袋、锡纸或者冻存管，管盖须钻孔（防止管内液氮体积膨胀爆炸），并在冻存管内加满液氮。 +(2)迅速取下适量的新鲜的动物组织，用预冷的生理盐水进行漂洗，以去除血渍和污物，并剔除结缔组织和毛发等非研究组织，将样品分割成50 mg左右的小块（约黄豆大小），立即浸入装有液氮的冻存管中彻底冷冻，再将样品放入足量干冰箱寄送或置于-80℃保存。 +(3)无法使用冻存管采集保存的样品，离体后仍需将样品立即浸入液氮彻底冷冻，再选用合适的容器包装，包装后需再浸入液氮中彻底冷冻一次，最后将样品放入足量干冰箱寄送或置于-80°C保存。 +2.4 特殊样本注意事项 +2.4.1 昆虫样本 +昆虫污染较为严重，需额外进行以下处理： +(1)饥饿处理：根据物种饥饿耐受情况，饥饿6 ~ 48 h。 +(2)喂食抗生素：昆虫尽量使用广谱抗生素或者近缘物种报道过的无菌品系构建所使用的抗生素种类、浓度，处理天数2 ~ 5 d，可视物种情况而定。 +(3)去除肠道或整个腹部，保留胸部、头部提取。 +(4)表面消毒：75%乙醇浸泡1 ~ 2 min，无菌水漂洗1 ~ 2次，滤纸吸干后速冻。 +2.4.2 甲壳动物、软体动物和刺胞动物样本 +(1)甲壳动物（虾类和蟹类等）&软体动物（海绵和海参等）&刺胞动物（珊瑚等）送样前需额外使用75%的乙醇进行漂洗。 +(2)针对刺胞动物，可去除头部和肠道等部位，保留肌肉外壁用于提取。 +2.5 动物样本送样量 +动物组织 WGS 文库样品量应大于 0.1g；RAD-seq文库送样量大于0.5 g；GBS-seq文库送样量大于0.5 g。 +3 血液样本 +3.1 血液样本说明 +新鲜血样或是冻存血样均需要使用EDTA抗凝管进行采集并与抗凝剂充分混合，血液样本不建议保存时间过长，新鲜血液不超过24 h，冻存血液不超过1年。 +3.2 血液样本要求 +样本类型 WGS RAD-seq GBS-seq +动物血液（哺乳类） ≥ 1 mL ≥ 1 mL ≥ 1 mL +动物血液（红细胞有核类） ≥ 0.5 mL ≥ 0.5 mL ≥ 0.5 mL + +(1)要求为全血样本，并加入抗凝剂，推荐使用EDTA抗凝的采血管收集样品（由于会影响实验，不能使用肝素抗凝），冷冻后，干冰运输。 +(2)血液样本一定要避免反复冻融，如果血液放置时间过长，或经历过反复冻融，请务必提前沟通，以尽量保证血液样本核酸提取质量。因放置过久或经历过反复冻融的样本经常会发生细胞核破裂，核酸游离于血浆中。加入抗凝剂后的新鲜血液一般可以在4℃放置12 ~ 24 h，但经过速冻后的样本一定要低温保存。 +(3)血液样品应使用塑料材质的采血管送样，不宜装满、达到80%容量即可。应避免使用玻璃材质采血管送样或装液太满，以至冻裂。 +(4)干冰寄送：寄送样本时需要足够的干冰，以保证全程低温运输。 +3.3 样本保存要求 +3.3.1 动物新鲜血液样本 +当新鲜血液采集后运输并可在5 d内运达时，请参照如下指导： +(1)用EDTA管采集血液。采集后的血液可放置到采血管混匀仪室温混匀15 min，或手动轻柔缓慢颠倒混匀15次，确保无凝血现象。 +(2)采血用封口膜封口后保存在4℃，使用4℃冰袋运输（请勿使用-20 ℃冰袋）。 +3.3.2 鱼血（或水生动物血液）样本 +新鲜采取的血液，要加抗凝剂，抗凝剂可以根据客户自己平常的研究来确定。采样后，请妥善-80℃保存好，运输到实验室前不能有过冻融。取好的样品一周内送到实验室，超过一周请重新准备样本。 +3.3.3 冷冻血液采集及预处理指南 +推荐将采集后充分抗凝的血液进行分装，以便进行后续储存和运输。分装650 µL ~ 1 mL全血（针对不含有带核红细胞的血液）。一次提取仅需要一管分装血液，推荐额外送样一管作为备份。将血液抽取到EDTA管中，采集后的血液，可放置到采血管混匀仪室温混匀15 min。或手动缓慢混匀15次，保证与抗凝剂的充分混匀，确保无凝血现象。 +将血液进行分装，每个冻存管分装650 µL ~ 1 mL血液。将每份血液迅速放到-80℃冰箱冷冻。如条件不具备的话，最晚在采血后4 d内完成冷冻。 +注：如果血液已经冷冻，切勿为了分装而解冻。可将整管血液送样，如有需要可安排返样。冷冻全血样本需要保证从冷冻之日起，恒定保存在-80℃，没有经历过样本化冻。 +3.4 样本运输要求 +3.4.1 新鲜血液打包运输指南： +(1)将采血管放入密封袋中，塑料袋内放置吸水纸（吸附意外的泄露）。切勿用纸巾包裹采血管。 +(2)使用泡泡纸松松地包裹密封袋。不要用胶带直接包裹或钉密封袋。 +(3)将打包好的采血管放入体积足够的聚苯乙烯泡沫箱中，放入足够的冰袋（4℃），保证运输过程低温。如有需要，加入缓冲材料。使用最快速的运输服务进行运输。 +注：新鲜血液必须在采血5 d内运达。如果不能够在5 d内运达，则需冷冻新鲜血液（参考如下冷冻血液运输指南），EDTA抗凝，5 ~ 10 mL。 +3.4.2 冷冻血液打包运输指南 +(1)分装后的冷冻管口需用封口膜包裹，将所有样品管放到密封袋中。 +(2)用泡泡纸松松地包裹密封袋，不要用胶带直接包裹或钉密封袋。 +(3)使用可放下合适体积的干冰和样品的聚苯乙烯泡沫箱，确保运输过程干冰量足够。使用最快速的运输服务进行运输。 +4. 细胞样本 +4.1 细胞样本要求 +a. 细胞送样量>5*106 ，优先选择生长对数期细胞，若细胞贴壁培养，需要去除培养基，使用胰酶消化； +b. PBS悬浮消化后的细胞，转入冻存管，离心去除上清； +c. 立刻液氮速冻15min，-80保存，干冰保存运输； +d. 不建议寄送冻存未复苏的细胞 +5 DNA样本 +5.1 核酸样本说明 +5.1.1 核酸样本检测方法 +客户在核酸样本寄送前，需提供样本基本质控结果，常见样本质控包括Qubit®、NanoDropTM、AGE（琼脂糖凝胶电泳）或者Agilent 2100中一种或多种形式的样品分析结果。 +5.1.2 核酸样本检测项目及说明 +v：体积（Volume），样品（溶液）体积。 +m：总量（Total Mass），DNA/RNA总量。 +c：浓度（Concentration），DNA/RNA浓度。 +OD260/280：OD260/280比值，DNA检测中260与280吸光度值比，反映DNA纯度。 +OD260/230：OD260/230比值，DNA检测中260与230吸光度值比，反映DNA纯度。 +5.1.3 样品分类 +Pass：合格，质量满足二代建库要求。 +Fail：样品质量不满足建库测序要求，不建议使用。 +5.1.4 风险与建议 +总量不足或浓度过低存在以下风险：1、文库构建可能失败；2、文库产量低不能上机测序或测序数据不足；3、影响文库随机性、数据覆盖度偏低。因此对于核酸总量不足、过低或降解的样本，若仍需要建库，则请自行承担责任与风险。 +降解样品：影响文库随机性，可造成duplication偏高等。 +5.2 核酸送样浓度建议： +(1)WGS 文库送样总量应至少大于 400ng，浓度大于 24ng/μL +(2)GBS文库送样总量大于300ng，浓度大于10ng/μL +因部分客户核酸含有杂质、颜色等物质导致会产生大量损失，为保证您的样本一次检测合格并节约宝贵的重送样时间，送样建议量是高于公司判定标准的，请您在核酸量足够的前提下尽量按照送样建议来送样，感谢您的大力支持与配合。 +5.3 核酸质量建议： +提取的DNA需要无核酶和RNA的污染，DNA浓度测量建议用Qubit测定，最低浓度不低于40 ng/µL；DNA的主带需要大于40 Kb，越大越好；DNA纯度经过Nanodrop检测，A260/280需在1.8 ~ 2.0之间，A260/230在1.9 ~ 2.4之间，NC:QC（样品 NanoDrop 所测浓度与 Qubit 所测浓度比值）在0.95 ~ 3.0之间。 +5.4 样品运输： +DNA可溶解在TE buffer或ddH2O中，样品送样前需保持在4℃，碎冰邮寄，或根据具体情况用干冰邮寄，切忌反复冻融； +5.5 样本检测： +对于收到的DNA样品，我公司将用1 µL的DNA去检测浓度（Nanodrop和Qubit分别检测），用200 ng的DNA去上样，用脉冲电泳检测条带大小，如样品不符合建库要求会尽快将结果反馈给客户。 +注：含乙醇的DNA样本需提前告知。 +5.6 DNA样本文库构建风险： +(1)总量不足可能导致： + a. 文库构建失败； + b. 文库产量低不能上机测序或测序数据量不足； + c. 影响文库随机性； + d. 导致数据产量和覆盖度偏低； +(2)样品降解（尤其基因组样品）：影响覆盖均一性和随机性；可造成duplication偏高等。 +(3)含有杂质样本：可能造成文库构建失败，建议纯化后送样。 +6. PCR产物 +6.1 组织样本 +样本类型 PCR-free文库 +350bp (基因组) PCR-free文库 +非350bp （基因组） +植物组织 >3g >3g +动物组织 >1.5g >1.5g +细胞 >8*108个 >>8*108个 +动物血液(哺乳类) >5mL >5mL +动物血液(红细胞有核类) >3mL >3mL +唾液 >10mL >10mL +菌液(对数生长期) >5mL >5mL +土壤 3mL 3mL +粪便、肠道内容物、食糜 >2mL >2mL +瘤胃液 >2mL >2mL +水体(滤膜) 直径4cm滤膜3张 直径4cm滤膜3张 +拭子 >10个 >10个 + +6.2 核酸样本 + +a.PCR产物要经过纯化（如胶回收纯化），确保条带单一，无降解，无引物二聚体 +b.送样时使用干冰或冰袋运送 +c.PCR产物构建pcr-free文库时，PCR产物不可以加illumina测序接头（P5、P7序列、搭桥序列） +文库类型 浓度 体积 总量 备注 +扩增子（pcr产物单建库） - 20μl≤V≤120μl >1500ng 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样 或者酌情增加送样量 +PCR-free文库 350bp >24ng/μL 20μl≤V≤120μl >2μg +PCR-free文库 +非350bp >24ng/μL 20μl≤V≤120μl >5μg + +1. 样本打包及寄送建议 +样本的打包 +核酸样本 +(1)核酸样品建议使用质量好的1.5 mL或2 mL低吸附EP管装载样品，并用封口膜封口。为了防止样品管破裂，或者污染和混乱，请不要使用诸如PCR管、0.5 mL EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备，还请在送样前自行转管处理。 +(2)为了防止样品运输途中由于干冰挤压而损坏，少于10管的样品建议将EP管放入50 mL离心管，并在50 mL离心管中用棉花或卫生纸固定；大量样品建议将EP管放置在冻存盒中，并在冻存盒外面包裹气泡垫。 +(3)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出，建议将样品管盖用封口膜缠绕4 ~ 5圈。 +组织样本 +(1)建议根据送样量使用不同规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品，并用封口膜封口。 +(2)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂，最好将样品管放到50 mL离心管或其他支撑物中，并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中，并在冻存盒外面包裹气泡垫。 +(3)使用锡箔纸、自封袋装载的样品，为防止运输中受挤压破损，建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中，在样品包装外再用气泡垫包好并固定。 +(4)对于血液样品，建议采用5 ~ 10 mL塑料抗凝采血管装载，为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏，需要将每支采血管管身用气泡垫包好，然后放置到塑料或纸质包装盒中。 +(5)为方便处理和保存，组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍（特殊的得率较低的样品除外）。 +样本的名称标识 +(1)所有的样品必须具有清晰的标记，并且简洁明了。 +(2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称，并将锡箔纸放在自封袋中，自封袋外面再标记上样品名称，防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。 +(3)使用乙醇沉淀的核酸样品，由于挥发出的乙醇会使Mark笔的标记模糊，建议用油性笔将样品名称写在标签纸上，然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上，并缠绕2 ~ 3圈。 (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。 \ No newline at end of file diff --git a/公司资料/资讯/2025-2-12/瀚辰光翼智能自动化创新方案联合Hyper-seq技术实现更低成本全基因组数据采集.md b/公司资料/资讯/2025-2-12/瀚辰光翼智能自动化创新方案联合Hyper-seq技术实现更低成本全基因组数据采集.md index 3e9ae41..7d07369 100644 --- a/公司资料/资讯/2025-2-12/瀚辰光翼智能自动化创新方案联合Hyper-seq技术实现更低成本全基因组数据采集.md +++ b/公司资料/资讯/2025-2-12/瀚辰光翼智能自动化创新方案联合Hyper-seq技术实现更低成本全基因组数据采集.md @@ -1,69 +1,69 @@ -# 科技快讯：Hyper-seq技术实现低成本全基因组数据采集 -**原文链接**：https://mp.weixin.qq.com/s/p7izwxbE_vgt1AMg93giyg -**来源**：成都瀚辰光翼科技有限责任公司 -**发布时间**：2025年2月12日 -**核心关联**：海南大学南繁学院、桂林市农业科学研究中心联合研究，瀚辰光翼提供自动化解决方案 - ---- - -## 研究背景：水稻品质育种新需求 - -水稻是全球半数人口的主粮，其**直链淀粉含量（AC）** 和**凝胶稠度（GC）** 是决定食味与蒸煮品质的关键指标。传统育种改良这两大性状存在周期长、效率低、易受环境影响等挑战。**全基因组选择（GS）** 作为新一代育种技术，能通过基因型与表型数据结合显著缩短世代间隔，但其推广受限于基因分型的高成本与低效率。 - ---- - -## 创新技术方案：Hyper-seq + 智能自动化 - -### 1. 核心技术：Hyper-seq基因分型方案 -- **成本革命**：1G基因组样本的文库制备+测序总成本低至**5美元/样本**，显著优于传统低覆盖度全基因组测序（LcWGS）和芯片技术。 -- **效率飞跃**：从叶片采集到文库构建全流程自动化，**3小时**内完成384个样本的DNA提取和文库构建。 - -### 2. 自动化赋能 -联合**成都瀚辰光翼科技有限责任公司**开发智慧实验室，实现全自动化的高质量DNA提取及文库构建，确保数据标准化与均一性。 - ---- - -## 水稻研究核心成果 - -**研究对象**：417份水稻种质资源 -**目标性状**：直链淀粉含量（AC）、凝胶稠度（GC） - -### 模型构建与精度 -- 测试了**7种GS模型**（GBLUP、RRBLUP、BayesA/B/C、BayesLASSO、BayesRKHS），各模型预测精度差异不显著。 -- **最佳预测精度**： - - AC性状：**0.8316–0.8360** - - GC性状：**0.7075–0.7235** - -### 关键发现 -1. **规模效应**：以GBLUP模型为例，标记数（AC>5000个，GC>3000个）或群体规模（从100增至200）增加时，预测精度显著提升，后续趋于平稳。 -2. **标记优化**：通过GWAS筛选不同程度显著相关的SNP，发现纳入更多标记（p值阈值放宽至0.1）可显著提高预测准确性。 - -### 研究意义 -为快速筛选AC和GC最优组合的水稻品系提供高效工具，加速优质品种培育进程，并为**智能育种4.0**发展提供技术支撑。 - ---- - -## 同期大豆研究验证 - -海南大学团队在《Agronomy》同期发表大豆研究，基于**420份种质资源**和**104,728个SNP**数据集： -- **最佳模型**：Bayesian_A（对主要茎节数预测精度达57.24%），GBLUP计算效率最高。 -- **成本与效率**：同样实现**5美元/样本**、全流程自动化，约**15,000个SNP**即可稳定模型表现。 -- **结论**：Hyper-seq为大豆育种提供了低成本、高通量、可靠的基因分型方案。 - ---- - -## 研究团队与支持 - -- **水稻研究共同第一作者**：卢彦洁、夏成材、王子豪（海南大学） -- **通讯作者**：夏志强教授、邹枚伶助理研究员（海南大学）；范大泳研究员（桂林市农科中心） -- **大豆研究团队**：海南大学夏志强教授团队 -- **主要资助项目**： - - 广西科技厅项目（GuikeAA23062015） - - 三亚崖州湾科技城项目（SCKJ-JYRC-2022-57） - - 海南崖州湾种子实验室项目（B23YQ0002） - ---- - -## 原文链接 -- **水稻研究**：[https://doi.org/10.3390/agronomy15020336](https://doi.org/10.3390/agronomy15020336) +# 科技快讯：Hyper-seq技术实现低成本全基因组数据采集 +**原文链接**：https://mp.weixin.qq.com/s/p7izwxbE_vgt1AMg93giyg +**来源**：成都瀚辰光翼科技有限责任公司 +**发布时间**：2025年2月12日 +**核心关联**：海南大学南繁学院、桂林市农业科学研究中心联合研究，瀚辰光翼提供自动化解决方案 + +--- + +## 研究背景：水稻品质育种新需求 + +水稻是全球半数人口的主粮，其**直链淀粉含量（AC）** 和**凝胶稠度（GC）** 是决定食味与蒸煮品质的关键指标。传统育种改良这两大性状存在周期长、效率低、易受环境影响等挑战。**全基因组选择（GS）** 作为新一代育种技术，能通过基因型与表型数据结合显著缩短世代间隔，但其推广受限于基因分型的高成本与低效率。 + +--- + +## 创新技术方案：Hyper-seq + 智能自动化 + +### 1. 核心技术：Hyper-seq基因分型方案 +- **成本革命**：1G基因组样本的文库制备+测序总成本低至**5美元/样本**，显著优于传统低覆盖度全基因组测序（LcWGS）和芯片技术。 +- **效率飞跃**：从叶片采集到文库构建全流程自动化，**3小时**内完成384个样本的DNA提取和文库构建。 + +### 2. 自动化赋能 +联合**成都瀚辰光翼科技有限责任公司**开发智慧实验室，实现全自动化的高质量DNA提取及文库构建，确保数据标准化与均一性。 + +--- + +## 水稻研究核心成果 + +**研究对象**：417份水稻种质资源 +**目标性状**：直链淀粉含量（AC）、凝胶稠度（GC） + +### 模型构建与精度 +- 测试了**7种GS模型**（GBLUP、RRBLUP、BayesA/B/C、BayesLASSO、BayesRKHS），各模型预测精度差异不显著。 +- **最佳预测精度**： + - AC性状：**0.8316–0.8360** + - GC性状：**0.7075–0.7235** + +### 关键发现 +1. **规模效应**：以GBLUP模型为例，标记数（AC>5000个，GC>3000个）或群体规模（从100增至200）增加时，预测精度显著提升，后续趋于平稳。 +2. **标记优化**：通过GWAS筛选不同程度显著相关的SNP，发现纳入更多标记（p值阈值放宽至0.1）可显著提高预测准确性。 + +### 研究意义 +为快速筛选AC和GC最优组合的水稻品系提供高效工具，加速优质品种培育进程，并为**智能育种4.0**发展提供技术支撑。 + +--- + +## 同期大豆研究验证 + +海南大学团队在《Agronomy》同期发表大豆研究，基于**420份种质资源**和**104,728个SNP**数据集： +- **最佳模型**：Bayesian_A（对主要茎节数预测精度达57.24%），GBLUP计算效率最高。 +- **成本与效率**：同样实现**5美元/样本**、全流程自动化，约**15,000个SNP**即可稳定模型表现。 +- **结论**：Hyper-seq为大豆育种提供了低成本、高通量、可靠的基因分型方案。 + +--- + +## 研究团队与支持 + +- **水稻研究共同第一作者**：卢彦洁、夏成材、王子豪（海南大学） +- **通讯作者**：夏志强教授、邹枚伶助理研究员（海南大学）；范大泳研究员（桂林市农科中心） +- **大豆研究团队**：海南大学夏志强教授团队 +- **主要资助项目**： + - 广西科技厅项目（GuikeAA23062015） + - 三亚崖州湾科技城项目（SCKJ-JYRC-2022-57） + - 海南崖州湾种子实验室项目（B23YQ0002） + +--- + +## 原文链接 +- **水稻研究**：[https://doi.org/10.3390/agronomy15020336](https://doi.org/10.3390/agronomy15020336) - **大豆研究**：[https://doi.org/10.3390/agronomy15020264](https://doi.org/10.3390/agronomy15020264) \ No newline at end of file